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#! /bin/sh
# Regression tests
cd $(dirname $0)
PATH=../bin:$PATH
tmp=${TMPDIR-/tmp}/$$
trap 'rm -f $tmp.*' EXIT
lastdb -uNEAR $tmp.x hg19-M.fa
lastal -Q1 -e120 -i1 $tmp.x bs1.fastq > $tmp.maf1
lastal -Q1 -e120 -i1 $tmp.x bs2.fastq > $tmp.maf2
maf-convert tab $tmp.maf1 > $tmp.tab1
maf-convert tab $tmp.maf2 > $tmp.tab2
fastq-interleave bs1.fastq bs2.fastq | lastal -Q1 -e120 -i1 $tmp.x > $tmp.maf
{
last-pair-probs -h
echo
last-pair-probs -e $tmp.maf
echo
last-pair-probs -er $tmp.maf1 $tmp.maf2
echo
last-pair-probs < $tmp.maf
last-pair-probs -m0.001 $tmp.tab1 $tmp.tab2
last-pair-probs -r $tmp.tab1 $tmp.tab2
last-pair-probs -f248 -s40.7715 $tmp.tab1 $tmp.tab2
last-pair-probs -d0.001 $tmp.tab1 $tmp.tab2
last-pair-probs -cX $tmp.tab1 $tmp.tab2
last-pair-probs -c. $tmp.tab1 $tmp.tab2
sed 's:/1::' $tmp.maf1 > $tmp.m1
sed 's:/2::' $tmp.maf2 > $tmp.m2
last-pair-probs $tmp.m1 $tmp.m2
sed 's:/1::' $tmp.tab1 > $tmp.t1
sed 's:/2::' $tmp.tab2 > $tmp.t2
last-pair-probs $tmp.t1 $tmp.t2
} | diff -u last-pair-test.out -
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