package info
(click to toggle)
Folder: src
| .. (parent) | ||||
| d | rwxr-xr-x | 6 | CA_code | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | alp | |
| d | rwxr-xr-x | 6 | gumbel_params | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | split | |
| - | rw-r--r-- | 14,740 | Alignment.cc | |
| - | rw-r--r-- | 6,604 | Alignment.hh | |
| - | rw-r--r-- | 703 | AlignmentPot.cc | |
| - | rw-r--r-- | 2,174 | AlignmentPot.hh | |
| - | rw-r--r-- | 18,316 | AlignmentWrite.cc | |
| - | rw-r--r-- | 3,611 | Alphabet.cc | |
| - | rw-r--r-- | 2,347 | Alphabet.hh | |
| - | rw-r--r-- | 27,836 | Centroid.cc | |
| - | rw-r--r-- | 5,522 | Centroid.hh | |
| - | rw-r--r-- | 4,486 | CyclicSubsetSeed.cc | |
| - | rw-r--r-- | 4,526 | CyclicSubsetSeed.hh | |
| - | rw-r--r-- | 873 | CyclicSubsetSeedData.hh | |
| - | rw-r--r-- | 857 | DiagonalTable.cc | |
| - | rw-r--r-- | 1,401 | DiagonalTable.hh | |
| - | rw-r--r-- | 9,424 | GappedXdropAligner.cc | |
| - | rw-r--r-- | 9,215 | GappedXdropAligner.hh | |
| - | rw-r--r-- | 5,687 | GappedXdropAligner2qual.cc | |
| - | rw-r--r-- | 10,750 | GappedXdropAligner3frame.cc | |
| - | rw-r--r-- | 5,077 | GappedXdropAligner3framePssm.cc | |
| - | rw-r--r-- | 5,019 | GappedXdropAlignerInl.hh | |
| - | rw-r--r-- | 5,119 | GappedXdropAlignerPssm.cc | |
| - | rw-r--r-- | 691 | GeneralizedAffineGapCosts.cc | |
| - | rw-r--r-- | 1,657 | GeneralizedAffineGapCosts.hh | |
| - | rw-r--r-- | 3,888 | GeneticCode.cc | |
| - | rw-r--r-- | 2,540 | GeneticCode.hh | |
| - | rw-r--r-- | 5,642 | GreedyXdropAligner.cc | |
| - | rw-r--r-- | 2,271 | GreedyXdropAligner.hh | |
| - | rw-r--r-- | 8,988 | LambdaCalculator.cc | |
| - | rw-r--r-- | 2,068 | LambdaCalculator.hh | |
| - | rw-r--r-- | 15,582 | LastEvaluer.cc | |
| - | rw-r--r-- | 3,344 | LastEvaluer.hh | |
| - | rw-r--r-- | 22,748 | LastalArguments.cc | |
| - | rw-r--r-- | 3,612 | LastalArguments.hh | |
| - | rw-r--r-- | 5,811 | LastdbArguments.cc | |
| - | rw-r--r-- | 1,427 | LastdbArguments.hh | |
| - | rw-r--r-- | 2,387 | Mmap.hh | |
| - | rw-r--r-- | 4,767 | MultiSequence.cc | |
| - | rw-r--r-- | 7,386 | MultiSequence.hh | |
| - | rw-r--r-- | 6,036 | MultiSequenceQual.cc | |
| - | rw-r--r-- | 4,005 | OneQualityScoreMatrix.cc | |
| - | rw-r--r-- | 3,593 | OneQualityScoreMatrix.hh | |
| - | rw-r--r-- | 3,526 | QualityPssmMaker.cc | |
| - | rw-r--r-- | 2,558 | QualityPssmMaker.hh | |
| - | rw-r--r-- | 8,497 | ScoreMatrix.cc | |
| - | rw-r--r-- | 1,738 | ScoreMatrix.hh | |
| - | rw-r--r-- | 10,056 | ScoreMatrixData.hh | |
| - | rw-r--r-- | 887 | ScoreMatrixRow.hh | |
| - | rw-r--r-- | 739 | SegmentPair.cc | |
| - | rw-r--r-- | 1,315 | SegmentPair.hh | |
| - | rw-r--r-- | 4,254 | SegmentPairPot.cc | |
| - | rw-r--r-- | 2,936 | SegmentPairPot.hh | |
| - | rw-r--r-- | 1,078 | SequenceFormat.hh | |
| - | rw-r--r-- | 1,335 | SubsetMinimizerFinder.cc | |
| - | rw-r--r-- | 1,227 | SubsetMinimizerFinder.hh | |
| - | rw-r--r-- | 5,290 | SubsetSuffixArray.cc | |
| - | rw-r--r-- | 9,166 | SubsetSuffixArray.hh | |
| - | rw-r--r-- | 10,730 | SubsetSuffixArraySearch.cc | |
| - | rw-r--r-- | 13,220 | SubsetSuffixArraySort.cc | |
| - | rw-r--r-- | 1,181 | TantanMasker.cc | |
| - | rw-r--r-- | 1,405 | TantanMasker.hh | |
| - | rw-r--r-- | 6,107 | TwoQualityScoreMatrix.cc | |
| - | rw-r--r-- | 3,539 | TwoQualityScoreMatrix.hh | |
| - | rw-r--r-- | 820 | VectorOrMmap.hh | |
| - | rw-r--r-- | 1,764 | fileMap.cc | |
| - | rw-r--r-- | 613 | fileMap.hh | |
| - | rw-r--r-- | 3,346 | gaplessPssmXdrop.cc | |
| - | rw-r--r-- | 1,639 | gaplessPssmXdrop.hh | |
| - | rw-r--r-- | 5,019 | gaplessTwoQualityXdrop.cc | |
| - | rw-r--r-- | 2,940 | gaplessTwoQualityXdrop.hh | |
| - | rw-r--r-- | 3,614 | gaplessXdrop.cc | |
| - | rw-r--r-- | 3,215 | gaplessXdrop.hh | |
| - | rw-r--r-- | 252 | getoptUtil.hh | |
| - | rw-r--r-- | 1,027 | io.hh | |
| - | rw-r--r-- | 2,848 | last-merge-batches.c | |
| - | rw-r--r-- | 4,514 | last-pair-probs-main.cc | |
| - | rw-r--r-- | 20,843 | last-pair-probs.cc | |
| - | rw-r--r-- | 1,661 | last-pair-probs.hh | |
| - | rw-r--r-- | 1,564 | last.hh | |
| - | rw-r--r-- | 46,768 | lastal.cc | |
| - | rw-r--r-- | 12,452 | lastdb.cc | |
| - | rw-r--r-- | 15,843 | makefile | |
| - | rw-r--r-- | 1,618 | mcf_zstream.hh | |
| - | rw-r--r-- | 2,327 | qualityScoreUtil.hh | |
| - | rw-r--r-- | 1,526 | stringify.hh | |
| - | rw-r--r-- | 14,281 | tantan.cc | |
| - | rw-r--r-- | 4,724 | tantan.hh | |
| - | rw-r--r-- | 778 | threadUtil.hh | |
| - | rw-r--r-- | 6 | version.hh | |
| - | rw-r--r-- | 810 | zio.hh |
