#:lav
d {
  "lastz.v0.05.02 ../test_data/pseudocat.fa ../test_data/pseudopig.fa C=2 W=8 T=0 
              A             C             G             T
   9.100000e+01 -1.140000e+02 -3.100000e+01 -1.230000e+02
  -1.140000e+02  1.000000e+02 -1.250000e+02 -3.100000e+01
  -3.100000e+01 -1.250000e+02  1.000000e+02 -1.140000e+02
  -1.230000e+02 -3.100000e+01 -1.140000e+02  9.100000e+01
  O = 400.000000, E = 30.000000, K = 3000.000000, L = 3000.000000, M = 0"
}
#:lav
s {
  "../test_data/pseudocat.fa" 1 18803 0 1
  "../test_data/pseudopig.fa" 1 22929 0 1
}
h {
   "> cat"
   "> pig1"
}
a {
  s 5643.000000
  b 4901 21309
  e 5171 21537
  l 4901 21309 4924 21332 67
  l 4925 21334 5024 21433 68
  l 5027 21434 5042 21449 75
  l 5088 21450 5116 21478 62
  l 5117 21483 5171 21537 64
}
#:lav
s {
  "../test_data/pseudocat.fa" 1 18803 0 1
  "../test_data/pseudopig.fa-" 1 22929 1 1
}
h {
   "> cat"
   "> pig1 (reverse complement)"
}
a {
  s 9369.000000
  b 1 1
  e 718 767
  l 1 1 43 43 58
  l 47 44 62 59 75
  l 63 62 71 70 67
  l 72 72 78 78 57
  l 79 81 83 85 80
  l 84 91 120 127 54
  l 121 133 135 147 73
  l 140 148 166 174 56
  l 169 175 181 187 62
  l 182 197 357 372 58
  l 361 373 416 428 66
  l 417 433 422 438 83
  l 423 442 545 564 55
  l 552 565 567 580 56
  l 568 582 575 589 88
  l 579 590 605 616 59
  l 606 630 612 636 71
  l 613 648 623 658 73
  l 624 670 643 689 65
  l 644 693 718 767 59
}
a {
  s 77494.000000
  b 4325 865
  e 9280 5820
  l 4325 865 4402 942 69
  l 4430 943 4500 1013 55
  l 4501 1017 4552 1068 54
  l 4556 1069 4571 1084 56
  l 4573 1085 4579 1091 71
  l 4580 1096 4606 1122 63
  l 4611 1123 4623 1135 62
  l 4624 1137 4654 1167 65
  l 4657 1168 4663 1174 57
  l 4664 1179 4690 1205 63
  l 4699 1206 4794 1301 60
  l 4795 1303 4895 1403 53
  l 4896 1405 4902 1411 71
  l 4903 1427 4917 1441 67
  l 4918 1445 4960 1487 49
  l 4962 1488 5012 1538 45
  l 5025 1539 5066 1580 45
  l 5072 1581 5081 1590 70
  l 5093 1591 5118 1616 46
  l 5125 1617 5138 1630 71
  l 5152 1631 5162 1641 73
  l 5185 1642 5233 1690 71
  l 5245 1691 5277 1723 55
  l 5278 1725 5283 1730 100
  l 5284 1739 5382 1837 63
  l 5385 1838 5462 1915 62
  l 5464 1916 5528 1980 46
  l 5529 1988 5562 2021 56
  l 5571 2022 5596 2047 50
  l 5597 2050 5608 2061 67
  l 5609 2063 5728 2182 62
  l 5729 2184 5755 2210 70
  l 5756 2212 5818 2274 60
  l 5819 2298 5946 2425 59
  l 5948 2426 6033 2511 52
  l 6034 2519 6069 2554 69
  l 6070 2559 6093 2582 58
  l 6094 2589 6244 2739 54
  l 6249 2740 6324 2815 62
  l 6326 2816 6366 2856 61
  l 6367 2870 6385 2888 63
  l 6386 2892 6561 3067 57
  l 6564 3068 6642 3146 61
  l 6644 3147 6669 3172 62
  l 6670 3174 6687 3191 56
  l 6690 3192 6704 3206 53
  l 6714 3207 6750 3243 68
  l 6751 3245 6789 3283 67
  l 6790 3288 6801 3299 67
  l 6806 3300 6872 3366 60
  l 6873 3368 6895 3390 83
  l 6896 3393 6903 3400 63
  l 6909 3401 7043 3535 66
  l 7047 3536 7095 3584 73
  l 7099 3585 7108 3594 90
  l 7109 3597 7258 3746 65
  l 7261 3747 7284 3770 46
  l 7286 3771 7305 3790 60
  l 7306 3796 7383 3873 55
  l 7404 3874 7444 3914 54
  l 7445 3917 7454 3926 70
  l 7462 3927 7506 3971 60
  l 7507 3973 7521 3987 67
  l 7526 3988 7556 4018 61
  l 7559 4019 7590 4050 44
  l 7591 4053 7627 4089 70
  l 7628 4092 7652 4116 64
  l 7655 4117 7750 4212 59
  l 7751 4214 7837 4300 51
  l 7839 4301 7884 4346 70
  l 7886 4347 7895 4356 80
  l 7896 4363 7904 4371 56
  l 7905 4373 7953 4421 67
  l 7954 4437 7975 4458 55
  l 7976 4486 7988 4498 54
  l 7989 4505 7998 4514 70
  l 7999 4526 8009 4536 82
  l 8010 4572 8012 4574 100
  l 8013 4579 8059 4625 53
  l 8062 4626 8152 4716 58
  l 8154 4717 8177 4740 67
  l 8179 4741 8195 4757 65
  l 8202 4758 8226 4782 60
  l 8227 4784 8257 4814 77
  l 8261 4815 8335 4889 68
  l 8339 4890 8411 4962 64
  l 8413 4963 8551 5101 61
  l 8555 5102 8574 5121 65
  l 8575 5123 8777 5325 58
  l 8779 5326 8809 5356 58
  l 8813 5357 8831 5375 53
  l 8838 5376 8873 5411 53
  l 8874 5413 8941 5480 59
  l 8942 5486 8948 5492 100
  l 8953 5493 8986 5526 56
  l 8987 5530 9061 5604 64
  l 9063 5605 9221 5763 49
  l 9223 5764 9267 5808 56
  l 9269 5809 9280 5820 75
}
a {
  s 15503.000000
  b 10825 8530
  e 11401 9096
  l 10825 8530 10877 8582 70
  l 10878 8591 10887 8600 60
  l 10895 8601 10950 8656 77
  l 10951 8658 11030 8737 63
  l 11031 8740 11060 8769 67
  l 11061 8775 11151 8865 62
  l 11164 8866 11210 8912 57
  l 11218 8913 11401 9096 62
}
a {
  s 82556.000000
  b 13866 16063
  e 17594 19721
  l 13866 16063 13902 16099 68
  l 13903 16105 13912 16114 90
  l 13913 16124 13959 16170 60
  l 13960 16173 14162 16375 59
  l 14165 16376 14178 16389 57
  l 14181 16390 14191 16400 73
  l 14192 16402 14201 16411 80
  l 14202 16415 14408 16621 61
  l 14413 16622 14532 16741 63
  l 14533 16750 14606 16823 66
  l 14607 16834 14613 16840 100
  l 14619 16841 14644 16866 54
  l 14654 16867 14723 16936 60
  l 14724 16938 14753 16967 63
  l 14767 16968 14889 17090 64
  l 14890 17092 14899 17101 80
  l 14900 17103 14936 17139 65
  l 14937 17142 14988 17193 58
  l 14989 17197 15038 17246 68
  l 15041 17247 15105 17311 57
  l 15107 17312 15114 17319 75
  l 15115 17321 15205 17411 59
  l 15209 17412 15327 17530 58
  l 15329 17531 15357 17559 55
  l 15364 17560 15488 17684 62
  l 15489 17689 15498 17698 70
  l 15499 17700 15598 17799 63
  l 15599 17801 15605 17807 100
  l 15607 17808 15655 17856 67
  l 15657 17857 15697 17897 56
  l 15700 17898 15725 17923 65
  l 15726 17925 15804 18003 63
  l 15805 18006 15919 18120 66
  l 15922 18121 16096 18295 62
  l 16103 18296 16122 18315 60
  l 16134 18316 16157 18339 67
  l 16158 18342 16406 18590 59
  l 16408 18591 16439 18622 72
  l 16440 18624 16495 18679 61
  l 16497 18680 16572 18755 54
  l 16573 18760 16613 18800 61
  l 16616 18801 16639 18824 67
  l 16642 18825 16682 18865 66
  l 16703 18866 16728 18891 54
  l 16732 18892 16841 19001 57
  l 16844 19002 16875 19033 72
  l 16887 19034 17024 19171 58
  l 17030 19172 17042 19184 77
  l 17044 19185 17052 19193 78
  l 17057 19194 17088 19225 53
  l 17093 19226 17101 19234 78
  l 17106 19235 17118 19247 62
  l 17126 19248 17152 19274 78
  l 17153 19276 17164 19287 67
  l 17166 19288 17184 19306 58
  l 17185 19311 17244 19370 58
  l 17246 19371 17306 19431 62
  l 17307 19435 17327 19455 57
  l 17328 19462 17352 19486 68
  l 17353 19489 17362 19498 80
  l 17364 19499 17445 19580 56
  l 17448 19581 17464 19597 59
  l 17475 19598 17503 19626 59
  l 17504 19630 17510 19636 71
  l 17511 19638 17594 19721 62
}
#:lav
s {
  "../test_data/pseudocat.fa" 1 18803 0 1
  "../test_data/pseudopig.fa" 1 22929 0 2
}
h {
   "> cat"
   "> pig2"
}
a {
  s 4637.000000
  b 4901 17469
  e 5024 17593
  l 4901 17469 4924 17492 71
  l 4925 17494 5024 17593 68
}
#:lav
s {
  "../test_data/pseudocat.fa" 1 18803 0 1
  "../test_data/pseudopig.fa-" 1 22929 1 2
}
h {
   "> cat"
   "> pig2 (reverse complement)"
}
a {
  s 48163.000000
  b 6629 14413
  e 9280 17100
  l 6629 14413 6645 14429 88
  l 6647 14430 6669 14452 61
  l 6680 14453 6749 14522 46
  l 6750 14524 6872 14646 54
  l 6873 14648 6895 14670 61
  l 6898 14671 6915 14688 72
  l 6917 14689 7044 14816 55
  l 7048 14817 7095 14864 65
  l 7099 14865 7113 14879 67
  l 7114 14882 7257 15025 63
  l 7260 15026 7289 15055 60
  l 7290 15059 7299 15068 60
  l 7300 15070 7374 15144 60
  l 7394 15145 7402 15153 56
  l 7404 15154 7454 15204 61
  l 7460 15205 7503 15248 66
  l 7504 15252 7506 15254 100
  l 7509 15255 7521 15267 77
  l 7526 15268 7550 15292 56
  l 7553 15293 7604 15344 62
  l 7605 15347 7624 15366 60
  l 7625 15369 7654 15398 70
  l 7657 15399 7753 15495 64
  l 7754 15497 7838 15581 58
  l 7840 15582 7899 15641 67
  l 7900 15648 7949 15697 46
  l 7950 15704 7953 15707 100
  l 7954 15713 7968 15727 73
  l 7969 15732 7975 15738 86
  l 7976 15786 7986 15796 64
  l 7987 15818 8014 15845 50
  l 8015 15861 8060 15906 74
  l 8063 15907 8146 15990 58
  l 8147 15992 8151 15996 80
  l 8154 15997 8175 16018 64
  l 8176 16022 8184 16030 78
  l 8190 16031 8196 16037 71
  l 8202 16038 8226 16062 72
  l 8227 16064 8257 16094 71
  l 8261 16095 8335 16169 61
  l 8339 16170 8392 16223 56
  l 8394 16224 8403 16233 50
  l 8404 16235 8411 16242 88
  l 8413 16243 8551 16381 61
  l 8555 16382 8576 16403 68
  l 8577 16405 8776 16604 56
  l 8778 16605 8811 16638 47
  l 8815 16639 8832 16656 78
  l 8839 16657 8858 16676 55
  l 8860 16677 8879 16696 65
  l 8880 16699 8943 16762 63
  l 8944 16764 8984 16804 59
  l 8985 16808 9065 16888 53
  l 9067 16889 9222 17044 59
  l 9224 17045 9260 17081 81
  l 9263 17082 9267 17086 80
  l 9268 17088 9280 17100 69
}
a {
  s 14884.000000
  b 10825 19810
  e 11394 20369
  l 10825 19810 10907 19892 65
  l 10908 19894 10950 19936 77
  l 10951 19938 11029 20016 67
  l 11030 20019 11065 20054 58
  l 11066 20060 11156 20150 57
  l 11169 20151 11211 20193 53
  l 11219 20194 11394 20369 61
}
#:lav
s {
  "../test_data/pseudocat.fa" 1 18803 0 1
  "../test_data/pseudopig.fa" 1 22929 0 3
}
h {
   "> cat"
   "> pig3"
}
a {
  s 7835.000000
  b 4884 18350
  e 5171 18597
  l 4884 18350 4899 18365 75
  l 4900 18368 4932 18400 76
  l 4933 18402 5024 18493 75
  l 5027 18494 5035 18502 89
  l 5081 18503 5116 18538 64
  l 5117 18543 5171 18597 62
}
#:lav
s {
  "../test_data/pseudocat.fa" 1 18803 0 1
  "../test_data/pseudopig.fa-" 1 22929 1 3
}
h {
   "> cat"
   "> pig3 (reverse complement)"
}
a {
  s 74886.000000
  b 13874 10191
  e 17594 13841
  l 13874 10191 13904 10221 68
  l 13905 10227 13913 10235 89
  l 13914 10245 13961 10292 63
  l 13962 10295 14134 10467 60
  l 14136 10468 14143 10475 50
  l 14149 10476 14159 10486 82
  l 14160 10491 14178 10509 68
  l 14181 10510 14199 10528 47
  l 14200 10533 14412 10745 62
  l 14417 10746 14483 10812 64
  l 14484 10814 14497 10827 64
  l 14499 10828 14527 10856 59
  l 14528 10863 14542 10877 60
  l 14543 10880 14572 10909 63
  l 14574 10910 14586 10922 69
  l 14587 10924 14601 10938 67
  l 14602 10943 14617 10958 81
  l 14618 10960 14639 10981 68
  l 14649 10982 14716 11049 56
  l 14735 11050 14771 11086 51
  l 14772 11093 14889 11210 59
  l 14890 11212 14899 11221 60
  l 14900 11223 14936 11259 70
  l 14937 11262 14989 11314 60
  l 14990 11318 15031 11359 67
  l 15033 11360 15046 11373 64
  l 15048 11374 15205 11531 63
  l 15209 11532 15338 11661 58
  l 15340 11662 15352 11674 77
  l 15359 11675 15487 11803 56
  l 15488 11809 15657 11978 59
  l 15659 11979 15697 12017 72
  l 15700 12018 15725 12043 58
  l 15726 12045 15805 12124 64
  l 15806 12127 15926 12247 61
  l 15929 12248 16104 12423 63
  l 16112 12424 16132 12444 48
  l 16143 12445 16162 12464 60
  l 16163 12467 16406 12710 60
  l 16408 12711 16446 12749 67
  l 16447 12751 16496 12800 68
  l 16498 12801 16567 12870 57
  l 16568 12876 16572 12880 80
  l 16574 12881 16605 12912 69
  l 16610 12913 16690 12993 69
  l 16714 12994 16840 13120 55
  l 16843 13121 16877 13155 54
  l 16889 13156 17011 13278 63
  l 17012 13282 17016 13286 100
  l 17023 13287 17029 13293 57
  l 17032 13294 17043 13305 83
  l 17076 13306 17093 13323 72
  l 17094 13325 17109 13340 50
  l 17110 13350 17120 13360 73
  l 17121 13363 17184 13426 53
  l 17185 13431 17244 13490 52
  l 17246 13491 17306 13551 61
  l 17307 13555 17316 13564 70
  l 17318 13565 17347 13594 50
  l 17348 13603 17447 13702 57
  l 17456 13703 17474 13721 58
  l 17479 13722 17499 13742 67
  l 17500 13747 17594 13841 65
}
m {
  n 0
}
#:eof