1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
|
#:lav
d {
"lastz.v0.05.02 ../test_data/pseudocat.fa ../test_data/pseudopig.fa C=3 --seed=111010011101
A C G T
91 -114 -31 -123
-114 100 -125 -31
-31 -125 100 -114
-123 -31 -114 91
O = 400, E = 30, K = 3000, L = 3000, M = 0"
}
#:lav
s {
"../test_data/pseudocat.fa" 1 18803 0 1
"../test_data/pseudopig.fa" 1 22929 0 1
}
h {
"> cat"
"> pig1"
}
a {
s 3719
b 4938 21347
e 5024 21433
l 4938 21347 5024 21433 71
}
#:lav
s {
"../test_data/pseudocat.fa" 1 18803 0 1
"../test_data/pseudopig.fa-" 1 22929 1 1
}
h {
"> cat"
"> pig1 (reverse complement)"
}
a {
s 3131
b 183 198
e 280 295
l 183 198 280 295 67
}
a {
s 3785
b 8393 4943
e 8552 5102
l 8393 4943 8552 5102 61
}
a {
s 3778
b 8581 5129
e 8777 5325
l 8581 5129 8777 5325 58
}
a {
s 3140
b 9656 6954
e 9742 7040
l 9656 6954 9742 7040 69
}
a {
s 4531
b 11218 8913
e 11401 9096
l 11218 8913 11401 9096 62
}
a {
s 4516
b 13961 16174
e 14162 16375
l 13961 16174 14162 16375 59
}
a {
s 5104
b 14200 16413
e 14404 16617
l 14200 16413 14404 16617 60
}
a {
s 3723
b 14783 16984
e 14889 17090
l 14783 16984 14889 17090 67
}
a {
s 5087
b 15926 18125
e 16097 18296
l 15926 18125 16097 18296 63
}
#:lav
s {
"../test_data/pseudocat.fa" 1 18803 0 1
"../test_data/pseudopig.fa" 1 22929 0 2
}
h {
"> cat"
"> pig2"
}
a {
s 3348
b 4929 17498
e 5024 17593
l 4929 17498 5024 17593 70
}
#:lav
s {
"../test_data/pseudocat.fa" 1 18803 0 1
"../test_data/pseudopig.fa-" 1 22929 1 2
}
h {
"> cat"
"> pig2 (reverse complement)"
}
a {
s 3850
b 183 4038
e 312 4167
l 183 4038 312 4167 65
}
a {
s 4685
b 13977 7670
e 14124 7817
l 13977 7670 14124 7817 65
}
a {
s 3800
b 15217 8900
e 15331 9014
l 15217 8900 15331 9014 65
}
a {
s 4147
b 15933 9612
e 16096 9775
l 15933 9612 16096 9775 63
}
a {
s 4046
b 17500 11107
e 17595 11202
l 17500 11107 17595 11202 73
}
a {
s 3909
b 8412 16242
e 8539 16369
l 8412 16242 8539 16369 63
}
a {
s 3242
b 8577 16405
e 8778 16606
l 8577 16405 8778 16606 55
}
a {
s 4800
b 11219 20194
e 11394 20369
l 11219 20194 11394 20369 61
}
#:lav
s {
"../test_data/pseudocat.fa" 1 18803 0 1
"../test_data/pseudopig.fa" 1 22929 0 3
}
h {
"> cat"
"> pig3"
}
a {
s 4742
b 4937 18406
e 5024 18493
l 4937 18406 5024 18493 77
}
#:lav
s {
"../test_data/pseudocat.fa" 1 18803 0 1
"../test_data/pseudopig.fa-" 1 22929 1 3
}
h {
"> cat"
"> pig3 (reverse complement)"
}
a {
s 4709
b 13982 10315
e 14134 10467
l 13982 10315 14134 10467 63
}
a {
s 5301
b 14200 10533
e 14404 10737
l 14200 10533 14404 10737 62
}
a {
s 3088
b 15209 11532
e 15338 11661
l 15209 11532 15338 11661 58
}
a {
s 4951
b 15933 12252
e 16104 12423
l 15933 12252 16104 12423 63
}
a {
s 3183
b 17501 13748
e 17594 13841
l 17501 13748 17594 13841 66
}
a {
s 4607
b 8388 18858
e 8552 19022
l 8388 18858 8552 19022 64
}
a {
s 5720
b 8578 19046
e 8766 19234
l 8578 19046 8766 19234 65
}
a {
s 3424
b 9654 20872
e 9750 20968
l 9654 20872 9750 20968 66
}
m {
n 0
}
#:eof
|
