| 12
 3
 4
 5
 6
 7
 8
 9
 10
 11
 12
 13
 14
 15
 16
 17
 18
 19
 20
 21
 22
 23
 24
 25
 26
 27
 28
 29
 30
 31
 32
 33
 34
 35
 36
 37
 38
 39
 40
 41
 42
 43
 44
 45
 46
 47
 48
 49
 50
 51
 52
 53
 54
 55
 56
 57
 58
 59
 60
 61
 62
 63
 64
 65
 66
 67
 68
 69
 70
 71
 72
 73
 74
 75
 76
 77
 78
 79
 80
 81
 82
 83
 84
 85
 86
 87
 88
 89
 90
 91
 92
 93
 94
 95
 96
 97
 98
 99
 100
 101
 102
 103
 104
 105
 106
 107
 108
 109
 
 | <?xml version = "1.0"?>
<xsl:stylesheet version="1.0" xmlns:xsl="http://www.w3.org/1999/XSL/Transform">
  <xsl:output indent="yes" method="text"/>
  <xsl:key name="terms" match="term" use="id"/>
  <xsl:template mode="id" match="*">
    <xsl:value-of select="translate(.,':','_')"/>
  </xsl:template>
  <xsl:template match="/">
    <!-- ******** -->
    <!-- ONTOLOGY -->
    <!-- ******** -->
    <xsl:text>(in-knowledge-base test x-test)

</xsl:text>
    <xsl:text>(signature :atomic-concepts (</xsl:text>
    <xsl:for-each select="obo/term">
    <xsl:text>
            </xsl:text>
      <xsl:apply-templates mode="id" select="id"/>
      <xsl:text> </xsl:text>
    </xsl:for-each>
    <xsl:text>)
   :roles (</xsl:text>
    <xsl:for-each select="obo/typedef">
      <xsl:text>
            (</xsl:text>
      <xsl:apply-templates mode="id" select="id"/>
      <xsl:text>) </xsl:text>
    </xsl:for-each>
    <xsl:text>))
</xsl:text>
    <xsl:apply-templates select="obo/term"/>
    <!-- ******* -->
    <!-- QUERIES -->
    <!-- ******* -->
    <!-- check existing predictions -->
    <xsl:for-each select="obo/term/is_a[@novel_inferred='true']">
      <xsl:text>(concept-subsumes? </xsl:text>
      <xsl:apply-templates mode="id" select="."/>
      <xsl:text> </xsl:text>
      <xsl:apply-templates mode="id" select="../id"/>
      <xsl:text>)
</xsl:text>
    </xsl:for-each>
    <!-- check for new subsumptions -->
    <xsl:for-each select="obo/term">
      <xsl:text>(concept-ancestors </xsl:text>
      <xsl:apply-templates mode="id" select="id"/>
      <xsl:text>)
</xsl:text>
    </xsl:for-each>
  </xsl:template>
  <xsl:template match="term">
    <xsl:apply-templates select="is_a"/>
    <xsl:apply-templates select="relationship"/>
    <xsl:if test="count(intersection_of)>0">
      <xsl:text>(equivalent </xsl:text>
      <xsl:apply-templates mode="id" select="id"/>
      <xsl:text> (and </xsl:text>
      <xsl:apply-templates select="intersection_of"/>
      <xsl:text>))
</xsl:text>
    </xsl:if>
  </xsl:template>
  <xsl:template match="is_a">
    <xsl:if test="not(@novel_inferred) and not(@problematic_inferred)">
      <xsl:text>(implies </xsl:text>
      <xsl:apply-templates mode="id" select="../id"/>
      <xsl:text> </xsl:text>
      <xsl:apply-templates mode="id" select="."/>
      <xsl:text>)
</xsl:text>
    </xsl:if>
  </xsl:template>
  <xsl:template match="relationship">
      <xsl:text>(implies </xsl:text>
      <xsl:apply-templates mode="id" select="../id"/>
      <xsl:text> (some </xsl:text>
      <xsl:value-of select="type"/>
      <xsl:text> </xsl:text>
      <xsl:apply-templates mode="id" select="to"/>
      <xsl:text>))
</xsl:text>
    
  </xsl:template>
    
  <xsl:template match="intersection_of">
    <xsl:text> </xsl:text>
    <xsl:choose>
      <xsl:when test="type='is_a'">
        <xsl:apply-templates mode="id" select="to"/>
      </xsl:when>
      <xsl:otherwise>
        <xsl:text>(some </xsl:text>
        <xsl:value-of select="type"/>
        <xsl:text> </xsl:text>
        <xsl:apply-templates mode="id" select="to"/>
        <xsl:text>)</xsl:text>
      </xsl:otherwise>
    </xsl:choose>
  </xsl:template>
  
  <xsl:template match="text()|@*">
  </xsl:template>
</xsl:stylesheet>
 |