package info (click to toggle)
libgoby-java 3.3.1%2Bdfsg2-11
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: sid, trixie
  • size: 58,108 kB
  • sloc: java: 78,105; cpp: 5,011; xml: 3,170; python: 2,108; sh: 1,575; ansic: 277; makefile: 114

Folder: modes

d .. (parent)
d d rwxr-xr-x 80 core
d d rwxr-xr-x 4,096 dsv
d d rwxr-xr-x 4,096 formats
- - rw-r--r-- 24,864 AbstractAlignmentToCompactMode.java
- - rw-r--r-- 19,481 AbstractCommandLineMode.java
- - rw-r--r-- 1,321 AbstractGobyMode.java
- - rw-r--r-- 10,599 AggregatePeaksByPeakDistanceMode.java
- - rw-r--r-- 2,301 AggregatePeaksByPeakDistanceMode.jsap
- - rw-r--r-- 17,115 AggregatePeaksByRPKMDifferenceMode.java
- - rw-r--r-- 2,896 AggregatePeaksByRPKMDifferenceMode.jsap
- - rw-r--r-- 7,825 AlignMode.jsap
- - rw-r--r-- 6,201 AlignmentToPileupMode.java
- - rw-r--r-- 4,660 AlignmentToPileupMode.jsap
- - rw-r--r-- 33,970 AlignmentToTextMode.java
- - rw-r--r-- 4,942 AlignmentToTextMode.jsap
- - rw-r--r-- 13,882 AnnotationPenaltyMode.java
- - rw-r--r-- 1,441 AnnotationPenaltyMode.jsap
- - rw-r--r-- 9,491 AnnotationsToCountsMode.java
- - rw-r--r-- 2,209 AnnotationsToCountsMode.jsap
- - rw-r--r-- 16,458 BarcodeDecoderMode.java
- - rw-r--r-- 5,097 BarcodeDecoderMode.jsap
- - rw-r--r-- 6,723 BaseStatsMode.java
- - rw-r--r-- 1,558 BaseStatsMode.jsap
- - rw-r--r-- 6,275 BisulfiteConversionMode.java
- - rw-r--r-- 2,314 BisulfiteConversionMode.jsap
- - rw-r--r-- 4,920 BuildSequenceCacheMode.java
- - rw-r--r-- 1,538 BuildSequenceCacheMode.jsap
- - rw-r--r-- 12,853 ColorSpaceConverter.java
- - rw-r--r-- 42,213 CompactAlignmentToAnnotationCountsMode.java
- - rw-r--r-- 11,404 CompactAlignmentToAnnotationCountsMode.jsap
- - rw-r--r-- 15,775 CompactAlignmentToCountsMode.java
- - rw-r--r-- 5,426 CompactAlignmentToCountsMode.jsap
- - rw-r--r-- 8,506 CompactAlignmentToReadSetMode.java
- - rw-r--r-- 3,380 CompactAlignmentToReadSetMode.jsap
- - rw-r--r-- 10,807 CompactAlignmentToTranscriptCountsMode.java
- - rw-r--r-- 5,421 CompactAlignmentToTranscriptCountsMode.jsap
- - rw-r--r-- 26,750 CompactFileStatsMode.java
- - rw-r--r-- 2,861 CompactFileStatsMode.jsap
- - rw-r--r-- 22,199 CompactToFastaMode.java
- - rw-r--r-- 7,688 CompactToFastaMode.jsap
- - rw-r--r-- 26,922 CompactToSAMMode.java
- - rw-r--r-- 3,373 CompactToSAMMode.jsap
- - rw-r--r-- 4,296 CompareAlignmentToGenomeMode.java
- - rw-r--r-- 1,470 CompareAlignmentToGenomeMode.jsap
- - rw-r--r-- 14,355 ConcatenateAlignmentMode.java
- - rw-r--r-- 7,587 ConcatenateAlignmentMode.jsap
- - rw-r--r-- 13,490 ConcatenateCompactReadsMode.java
- - rw-r--r-- 2,791 ConcatenateCompactReadsMode.jsap
- - rw-r--r-- 8,711 CountArchiveToPeakAnnotationsMode.java
- - rw-r--r-- 3,298 CountArchiveToPeakAnnotationsMode.jsap
- - rw-r--r-- 9,221 CountsArchiveToBedGraphMode.java
- - rw-r--r-- 2,614 CountsArchiveToBedGraphMode.jsap
- - rw-r--r-- 12,346 CountsArchiveToUnionPeaksAnnotationMode.java
- - rw-r--r-- 3,941 CountsArchiveToUnionPeaksAnnotationMode.jsap
- - rw-r--r-- 9,904 CountsArchiveToWiggleMode.java
- - rw-r--r-- 3,059 CountsArchiveToWiggleMode.jsap
- - rw-r--r-- 9,940 CoverageMode.java
- - rw-r--r-- 3,182 CoverageMode.jsap
- - rw-r--r-- 14,784 DiffAlignmentMode.java
- - rw-r--r-- 1,097 DiffAlignmentMode.jsap
- - rw-r--r-- 33,254 DiscoverSequenceVariantsMode.java
- - rw-r--r-- 13,190 DiscoverSequenceVariantsMode.jsap
- - rw-r--r-- 17,268 DisplaySequenceVariationsMode.java
- - rw-r--r-- 2,931 DisplaySequenceVariationsMode.jsap
- - rw-r--r-- 1,216 DummyFormatConfigurator.java
- - rw-r--r-- 21,309 EmpiricalPMode.java
- - rw-r--r-- 3,250 EmpiricalPMode.jsap
- - rw-r--r-- 2,989 ExtractSplicingEventsMode.java
- - rw-r--r-- 2,254 ExtractSplicingEventsMode.jsap
- - rw-r--r-- 37,638 FalseDiscoveryRateMode.java
- - rw-r--r-- 3,947 FalseDiscoveryRateMode.jsap
- - rw-r--r-- 29,883 FastaToCompactMode.java
- - rw-r--r-- 10,582 FastaToCompactMode.jsap
- - rw-r--r-- 5,120 FilesToAttributesMode.java
- - rw-r--r-- 2,464 FilesToAttributesMode.jsap
- - rw-r--r-- 1,238 FormatConfigurator.java
- - rw-r--r-- 12,539 GenericToolsDriver.java
- - rw-r--r-- 2,431 GenericToolsDriver.jsap
- - rw-r--r-- 2,223 GobyDriver.java
- - rw-r--r-- 12,692 HeptamerWeightsMode.java
- - rw-r--r-- 3,096 HeptamerWeightsMode.jsap
- - rw-r--r-- 7,519 InferSexFromAlignmentsMode.java
- - rw-r--r-- 1,368 InferSexFromAlignmentsMode.jsap
- - rw-r--r-- 7,041 IterateSortedAlignmentsToPileup.java
- - rw-r--r-- 23,511 LastToCompactMode.java
- - rw-r--r-- 6,852 LastToCompactMode.jsap
- - rw-r--r-- 6,646 MergeCompactAlignmentsMode.java
- - rw-r--r-- 2,782 MergeCompactAlignmentsMode.jsap
- - rw-r--r-- 33,023 MethylStatsMode.java
- - rw-r--r-- 5,194 MethylStatsMode.jsap
- - rw-r--r-- 196 MethylationFormat.java
- - rw-r--r-- 4,100 PercentMismatchesQualityFilter.java
- - rw-r--r-- 10,760 ReadQualityStatsMode.java
- - rw-r--r-- 2,613 ReadQualityStatsMode.jsap
- - rw-r--r-- 4,504 ReadSetToTextMode.java
- - rw-r--r-- 1,967 ReadSetToTextMode.jsap
- - rw-r--r-- 9,675 ReadsToWeightsMode.java
- - rw-r--r-- 2,668 ReadsToWeightsMode.jsap
- - rw-r--r-- 22,625 ReformatCompactReadsMode.java
- - rw-r--r-- 8,585 ReformatCompactReadsMode.jsap
- - rw-r--r-- 10,989 RunParallelMode.java
- - rw-r--r-- 3,234 RunParallelMode.jsap
- - rw-r--r-- 15,024 SAMComparisonMode.java
- - rw-r--r-- 4,723 SAMComparisonMode.jsap
- - rw-r--r-- 20,083 SAMToCompactMode.java
- - rw-r--r-- 8,923 SAMToCompactMode.jsap
- - rw-r--r-- 24,923 SAMToCompactOldMode.java
- - rw-r--r-- 6,615 SAMToCompactOldMode.jsap
- - rw-r--r-- 38,667 SAMToCompactSamHelperMode.java
- - rw-r--r-- 9,990 SAMToCompactSamHelperMode.jsap
- - rw-r--r-- 11,640 SamExtractReadsMode.java
- - rw-r--r-- 2,244 SamExtractReadsMode.jsap
- - rw-r--r-- 13,874 SampleQualityScoresMode.java
- - rw-r--r-- 1,627 SampleQualityScoresMode.jsap
- - rw-r--r-- 11,904 SequenceVariationStats2Mode.java
- - rw-r--r-- 2,145 SequenceVariationStats2Mode.jsap
- - rw-r--r-- 8,795 SequenceVariationStatsMode.java
- - rw-r--r-- 2,145 SequenceVariationStatsMode.jsap
- - rw-r--r-- 4,435 SimulateReadsMode.java
- - rw-r--r-- 5,015 SimulateReadsMode.jsap
- - rw-r--r-- 6,137 Sort1Mode.java
- - rw-r--r-- 2,864 Sort1Mode.jsap
- - rw-r--r-- 35,540 SortMode.java
- - rw-r--r-- 6,704 SortMode.jsap
- - rw-r--r-- 17,455 SplicedSamHelper.java
- - rw-r--r-- 8,128 SplitCompactReadsMode.java
- - rw-r--r-- 3,266 SplitCompactReadsMode.jsap
- - rw-r--r-- 8,632 SplitFastaMode.java
- - rw-r--r-- 2,622 SplitFastaMode.jsap
- - rw-r--r-- 16,476 SplitTranscriptsMode.java
- - rw-r--r-- 2,403 SplitTranscriptsMode.jsap
- - rw-r--r-- 10,871 StatsMode.java
- - rw-r--r-- 5,362 StatsMode.jsap
- - rw-r--r-- 14,181 SuggestPositionSlicesMode.java
- - rw-r--r-- 3,672 SuggestPositionSlicesMode.jsap
- - rw-r--r-- 8,601 TabToColumnInfoMode.java
- - rw-r--r-- 2,702 TabToColumnInfoMode.jsap
- - rw-r--r-- 14,629 TallyBasesMode.java
- - rw-r--r-- 4,750 TallyBasesMode.jsap
- - rw-r--r-- 14,214 TallyReadsMode.java
- - rw-r--r-- 1,884 TallyReadsMode.jsap
- - rw-r--r-- 3,036 TestRConnectionMode.java
- - rw-r--r-- 15,934 TrimMode.java
- - rw-r--r-- 4,281 TrimMode.jsap
- - rw-r--r-- 3,941 UpgradeMode.java
- - rw-r--r-- 1,364 UpgradeMode.jsap
- - rw-r--r-- 26,168 VCFCompareMode.java
- - rw-r--r-- 1,853 VCFCompareMode.jsap
- - rw-r--r-- 17,107 VCFSubsetMode.java
- - rw-r--r-- 3,484 VCFSubsetMode.jsap
- - rw-r--r-- 8,937 VCFToGenotypeMapMode.java
- - rw-r--r-- 1,977 VCFToGenotypeMapMode.jsap
- - rw-r--r-- 5,857 VCFToKnownIndelsMode.java
- - rw-r--r-- 1,588 VCFToKnownIndelsMode.jsap
- - rw-r--r-- 9,351 VcfToTabMode.java
- - rw-r--r-- 1,909 VcfToTabMode.jsap
- - rw-r--r-- 3,039 VersionMode.java
- - rw-r--r-- 1,153 WeightParameters.java
- - rw-r--r-- 25,932 WithinGroupVariabilityMode.java
- - rw-r--r-- 3,113 WithinGroupVariabilityMode.jsap
- - rw-r--r-- 937 package.html