1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17
|
##fileformat=VCFv4.1
##Goby=UNKNOWN
##INFO=<ID=BIOMART_COORDS,Number=1,Type=String,Description="Coordinates for use with Biomart.">
##INFO=<ID=INDEL,Number=1,Type=Flag,Description="Indicates that the variation is an indel.">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=BC,Number=5,Type=String,Description="Base counts in format A=?;T=?;C=?;G=?;N=?.">
##FORMAT=<ID=GB,Number=1,Type=String,Description="Number of bases that pass base filters in this sample, or ignore string.">
##FORMAT=<ID=FB,Number=1,Type=String,Description="Number of bases that failed base filters in this sample, or ignore string.">
##FORMAT=<ID=Zygosity,Number=1,Type=String,Description="Zygosity">
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT basen0-indels basen1-indels basen2-indels basen3-indels basen4-indels basen5-indels basen6-indels basen7-indels basen8-indels basen9-indels
target1 124 . T--AAAAAAAA TAAAAAAAAAA . . BIOMART_COORDS=target1:124:124;INDEL GT:BC:GB:FB:Zygosity 0/0:T=4:4:0:homozygous 0/1:T=4,TAAAAAAAAAA=4:8:0:heterozygous 0/0:T=4:4:0:homozygous 0/0:T=4:4:0:homozygous 0/0:T=4:4:0:homozygous 0/0:T=4:4:0:homozygous 0/0:T=4:4:0:homozygous 0/0:T=4:4:0:homozygous 0/0:T=4:4:0:homozygous 0/0:T=4:4:0:homozygous
target1 126 . A . . . BIOMART_COORDS=target1:126:126 GT:BC:GB:FB:Zygosity 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous
target1 136 . TAAAAAAAA T---AAAAA . . BIOMART_COORDS=target1:136:136;INDEL GT:BC:GB:FB:Zygosity 0/0:T=4:4:0:homozygous 0/0:T=4:4:0:homozygous 0/1:T=4,T---AAAAA=4:8:0:heterozygous 0/0:T=4:4:0:homozygous 0/0:T=4:4:0:homozygous 0/0:T=4:4:0:homozygous 0/0:T=4:4:0:homozygous 0/0:T=4:4:0:homozygous 0/0:T=4:4:0:homozygous 0/0:T=4:4:0:homozygous
target1 137 . A . . . BIOMART_COORDS=target1:137:137 GT:BC:GB:FB:Zygosity 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0::0:0:not-typed 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous
target1 138 . A . . . BIOMART_COORDS=target1:138:138 GT:BC:GB:FB:Zygosity 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0::0:0:not-typed 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous
target1 139 . A . . . BIOMART_COORDS=target1:139:139 GT:BC:GB:FB:Zygosity 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0::0:0:not-typed 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous
target1 141 . A G . . BIOMART_COORDS=target1:141:141 GT:BC:GB:FB:Zygosity 1/1:G=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 0/0:A=4:4:0:homozygous 1/1:G=4:4:0:homozygous 1/1:G=4:4:0:homozygous 1/1:G=4:4:0:homozygous 1/1:G=4:4:0:homozygous 1/1:G=4:4:0:homozygous 1/1:G=4:4:0:homozygous 1/1:G=4:4:0:homozygous
|