File: seq-var-reads-gsnap.sam

package info (click to toggle)
libgoby-java 3.3.1%2Bdfsg2-11
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: sid, trixie
  • size: 58,108 kB
  • sloc: java: 78,105; cpp: 5,011; xml: 3,170; python: 2,108; sh: 1,575; ansic: 277; makefile: 114
file content (29 lines) | stat: -rw-r--r-- 5,061 bytes parent folder | download | duplicates (2)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
@SQ	SN:synth1	LN:110
0	0	synth1	31	26	50M	*	0	0	CCGCCCTTGCCCTTCCTCCCTTCCCTTTCGGAGTCCTGGCCCCACCCTGT	"#$%&'()*+,-./0123456789:;"#$%&'()*+,-./0123456789	MD:Z:50	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:0	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
1	16	synth1	31	26	50M	*	0	0	CCGCCCTTGCCCTTCCTCCCTTCCCTTTCGGAGTCCTGGCCCCACCCTGT	9876543210/.-,+*)('&%$#";:9876543210/.-,+*)('&%$#"	MD:Z:50	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:0	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
2	0	synth1	31	26	50M	*	0	0	CCGCCCTTGCCCTTCCTCCCTTCCCTCGTGGAGTCCTGGCCCCACCCTGT	"#$%&'()*+,-./0123456789:;"#$%&'()*+,-./0123456789	MD:Z:26TTC21	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:3	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
3	16	synth1	31	26	50M	*	0	0	CCGCCCTTGCCCTTCCTCCCTCTACTTTCGGAGTCCTGGCCCCACCCTGT	9876543210/.-,+*)('&%$#";:9876543210/.-,+*)('&%$#"	MD:Z:21TCC26	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:3	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
4	0	synth1	31	26	26M3I21M	*	0	0	CCGCCCTTGCCCTTCCTCCCTTCCCTATCTTCGGAGTCCTGGCCCCACCC	"#$%&'()*+,-./0123456789:;"#$%&'()*+,-./0123456789	MD:Z:47	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:3	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
5	16	synth1	34	26	21M3I26M	*	0	0	CCCTTGCCCTTCCTCCCTTCCGATCTTTCGGAGTCCTGGCCCCACCCTGT	9876543210/.-,+*)('&%$#";:9876543210/.-,+*)('&%$#"	MD:Z:47	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:3	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
6	0	synth1	31	26	26M3D21M	*	0	0	CCGCCCTTGCCCTTCCTCCCTTCCCTGGAGTCCTGGCCCCACCCTGT	"#$%&'()*+,-./0123456789:;"#$%&'()*+,-./0123456	MD:Z:26^TTC21	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:3	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
7	16	synth1	31	26	21M3D26M	*	0	0	CCGCCCTTGCCCTTCCTCCCTCTTTCGGAGTCCTGGCCCCACCCTGT	6543210/.-,+*)('&%$#";:9876543210/.-,+*)('&%$#"	MD:Z:21^TCC26	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:3	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
8	0	synth1	1	26	50M	*	0	0	CTGAGGCAGGGCTGGACCCAGTGCCCGCGGCCGCCCTTGCCCTTCCTCCC	"#$%&'()*+,-./0123456789:;"#$%&'()*+,-./0123456789	MD:Z:50	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:0	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
9	16	synth1	1	26	50M	*	0	0	CTGAGGCAGGGCTGGACCCAGTGCCCGCGGCCGCCCTTGCCCTTCCTCCC	9876543210/.-,+*)('&%$#";:9876543210/.-,+*)('&%$#"	MD:Z:50	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:0	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
10	0	synth1	61	26	50M	*	0	0	GAGTCCTGGCCCCACCCTGTGCTTCCCCTCCGCCTGCTGCACAGGCGCCC	"#$%&'()*+,-./0123456789:;"#$%&'()*+,-./0123456789	MD:Z:50	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:0	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
11	16	synth1	61	26	50M	*	0	0	GAGTCCTGGCCCCACCCTGTGCTTCCCCTCCGCCTGCTGCACAGGCGCCC	9876543210/.-,+*)('&%$#";:9876543210/.-,+*)('&%$#"	MD:Z:50	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:0	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
12	0	synth1	2	26	1S49M	*	0	0	ATGAGGCAGGGCTGGACCCGGTGCCCGCGGCCGCCCTTGCCCTTCCTCCC	"#$%&'()*+,-./0123456789:;"#$%&'()*+,-./0123456789	MD:Z:18A30	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:1	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
13	0	synth1	3	26	2S48M	*	0	0	AAGAGGCAGGGCTGGACCCGGTGCCCGCGGCCGCCCTTGCCCTTCCTCCC	"#$%&'()*+,-./0123456789:;"#$%&'()*+,-./0123456789	MD:Z:17A30	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:1	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
14	0	synth1	6	26	5S45M	*	0	0	AAAAAGCAGGGCTGGACCCGGTGCCCGCGGCCGCCCTTGCCCTTCCTCCC	"#$%&'()*+,-./0123456789:;"#$%&'()*+,-./0123456789	MD:Z:14A30	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:1	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
15	0	synth1	3	26	2S48M	*	0	0	CAGAGGCAGGGCTGGACCCAGTGCCCGCGGCCGCCCTTGCCCTTCCTCCC	"#$%&'()*+,-./0123456789:;"#$%&'()*+,-./0123456789	MD:Z:48	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:0	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
16	0	synth1	4	26	3S47M	*	0	0	CAAAGGCAGGGCTGGACCCAGTGCCCGCGGCCGCCCTTGCCCTTCCTCCC	"#$%&'()*+,-./0123456789:;"#$%&'()*+,-./0123456789	MD:Z:47	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:0	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
17	0	synth1	7	26	6S44M	*	0	0	CAAAAACAGGGCTGGACCCAGTGCCCGCGGCCGCCCTTGCCCTTCCTCCC	"#$%&'()*+,-./0123456789:;"#$%&'()*+,-./0123456789	MD:Z:44	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:0	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
18	0	synth1	1	26	49M1S	*	0	0	CTGAGGCAGGGCTGGACCCAGTGCCCGCGGCCGCCCTTGCCCTTCCTCCA	"#$%&'()*+,-./0123456789:;"#$%&'()*+,-./0123456789	MD:Z:49	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:0	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
19	0	synth1	1	26	48M2S	*	0	0	CTGAGGCAGGGCTGGACCCAGTGCCCGCGGCCGCCCTTGCCCTTCCTCAA	"#$%&'()*+,-./0123456789:;"#$%&'()*+,-./0123456789	MD:Z:48	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:0	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
20	0	synth1	1	26	45M5S	*	0	0	CTGAGGCAGGGCTGGACCCAGTGCCCGCGGCCGCCCTTGCCCTTCAAAAA	"#$%&'()*+,-./0123456789:;"#$%&'()*+,-./0123456789	MD:Z:45	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:0	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
21	0	synth1	1	26	48M2S	*	0	0	CTGAGGCAGGGCTGGACCCAGTGCCCGCGGCCGCCCTTGCCCTTCCTCAC	"#$%&'()*+,-./0123456789:;"#$%&'()*+,-./0123456789	MD:Z:48	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:0	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
22	0	synth1	1	26	47M3S	*	0	0	CTGAGGCAGGGCTGGACCCAGTGCCCGCGGCCGCCCTTGCCCTTCCTAAC	"#$%&'()*+,-./0123456789:;"#$%&'()*+,-./0123456789	MD:Z:47	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:0	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
23	0	synth1	1	26	44M6S	*	0	0	CTGAGGCAGGGCTGGACCCAGTGCCCGCGGCCGCCCTTGCCCTTAAAAAC	"#$%&'()*+,-./0123456789:;"#$%&'()*+,-./0123456789	MD:Z:44	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:0	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
24	0	synth1	32	26	1S30M3D15M1S	*	0	0	ACGCCCTTGCAATTCCTCCCTTCCCTTTCGGCCTGGCCCCACCCTGA	"#$%&'()*+,-./0123456789:;"#$%&'()*+,-./0123456	MD:Z:9CC19^AGT15	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:5	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0
25	4	*	0	0	*	*	0	0	ACGCCCTTGCAATTCCTCCCTTCCCTATCTTCGGAGTCCTGGCCCCACCA	"#$%&'()*+,-./0123456789:;"#$%&'()*+,-./0123456789
26	4	*	0	0	*	*	0	0	TGGTGGGGCCAGGACTCCGAAGATAGGGAAGGGAGGAATTGCAAGGGCGT	"#$%&'()*+,-./0123456789:;"#$%&'()*+,-./0123456789
27	0	synth1	31	26	11M3D36M	*	0	0	CCGCCCTTGCCCCTCCCTTCCCTTTCGGAGTCAAGGCCCCACCCTGT	"#$%&'()*+,-./0123456789:;"#$%&'()*+,-./0123456	MD:Z:11^CTT21CT13	NH:i:1	HI:i:1	NM:i:5	SM:i:26	XQ:i:40	X2:i:0