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/*
Copyright (C) 2011 Laszlo Kajan, Technical University of Munich, Germany
This file is part of librostlab.
librostlab is free software: you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published by
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*/
#include "rostlab/blosum62.h"
const signed char rostlab::blosum62[27][27] = {
// * A B C D E F G H I J K L M N o P Q R S T u V W X Y Z
/* * */ { 1, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, 0, -4, -4, -4, -4, -4, 0, -4, -4, -4, -4, -4, },
/* A */ { -4, 4, -2, 0, -2, -1, -2, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, -1, -1, -1, 1, 0, 0, 0, -3, -1, -2, -1, },
/* B */ { -4, -2, 4, -3, 4, 1, -3, -1, 0, -3, -3, 0, -4, -3, 4, 0, -2, 0, -1, 0, -1, 0, -3, -4, -1, -3, 0, },
/* C */ { -4, 0, -3, 9, -3, -4, -2, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -1, -3, 0, -3, -3, -3, -1, -1, 0, -1, -2, -1, -2, -3, },
/* D */ { -4, -2, 4, -3, 6, 2, -3, -1, -1, -3, -3, -1, -4, -3, 1, 0, -1, 0, -2, 0, -1, 0, -3, -4, -1, -3, 1, },
/* E */ { -4, -1, 1, -4, 2, 5, -3, -2, 0, -3, -3, 1, -3, -2, 0, 0, -1, 2, 0, 0, -1, 0, -2, -3, -1, -2, 4, },
/* F */ { -4, -2, -3, -2, -3, -3, 6, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 0, -3, 0, -4, -3, -3, -2, -2, 0, -1, 1, -1, 3, -3, },
/* G */ { -4, 0, -1, -3, -1, -2, -3, 6, -2, -4, -4, -2, -4, -3, 0, 0, -2, -2, -2, 0, -2, 0, -3, -2, -1, -3, -2, },
/* H */ { -4, -2, 0, -3, -1, 0, -1, -2, 8, -3, -3, -1, -3, -2, 1, 0, -2, 0, 0, -1, -2, 0, -3, -2, -1, 2, 0, },
/* I */ { -4, -1, -3, -1, -3, -3, 0, -4, -3, 4, 3, -3, 2, 1, -3, 0, -3, -3, -3, -2, -1, 0, 3, -3, -1, -1, -3, },
/* J */ { -4, -1, -3, -1, -3, -3, 0, -4, -3, 3, 3, -3, 3, 2, -3, 0, -3, -2, -2, -2, -1, 0, 2, -2, -1, -1, -3, },
/* K */ { -4, -1, 0, -3, -1, 1, -3, -2, -1, -3, -3, 5, -2, -1, 0, 0, -1, 1, 2, 0, -1, 0, -2, -3, -1, -2, 1, },
/* L */ { -4, -1, -4, -1, -4, -3, 0, -4, -3, 2, 3, -2, 4, 2, -3, 0, -3, -2, -2, -2, -1, 0, 1, -2, -1, -1, -3, },
/* M */ { -4, -1, -3, -1, -3, -2, 0, -3, -2, 1, 2, -1, 2, 5, -2, 0, -2, 0, -1, -1, -1, 0, 1, -1, -1, -1, -1, },
/* N */ { -4, -2, 4, -3, 1, 0, -3, 0, 1, -3, -3, 0, -3, -2, 6, 0, -2, 0, 0, 1, 0, 0, -3, -4, -1, -2, 0, },
/* o */ { 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, },
/* P */ { -4, -1, -2, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -3, -1, -3, -2, -2, 0, 7, -1, -2, -1, -1, 0, -2, -4, -1, -3, -1, },
/* Q */ { -4, -1, 0, -3, 0, 2, -3, -2, 0, -3, -2, 1, -2, 0, 0, 0, -1, 5, 1, 0, -1, 0, -2, -2, -1, -1, 4, },
/* R */ { -4, -1, -1, -3, -2, 0, -3, -2, 0, -3, -2, 2, -2, -1, 0, 0, -2, 1, 5, -1, -1, 0, -3, -3, -1, -2, 0, },
/* S */ { -4, 1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, -2, 0, -2, -1, 1, 0, -1, 0, -1, 4, 1, 0, -2, -3, -1, -2, 0, },
/* T */ { -4, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -1, -1, 1, 5, 0, 0, -2, -1, -2, -1, },
/* u */ { 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, },
/* V */ { -4, 0, -3, -1, -3, -2, -1, -3, -3, 3, 2, -2, 1, 1, -3, 0, -2, -2, -3, -2, 0, 0, 4, -3, -1, -1, -2, },
/* W */ { -4, -3, -4, -2, -4, -3, 1, -2, -2, -3, -2, -3, -2, -1, -4, 0, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -3, 11, -1, 2, -2, },
/* X */ { -4, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, },
/* Y */ { -4, -2, -3, -2, -3, -2, 3, -3, 2, -1, -1, -2, -1, -1, -2, 0, -3, -1, -2, -2, -2, 0, -1, 2, -1, 7, -2, },
/* Z */ { -4, -1, 0, -3, 1, 4, -3, -2, 0, -3, -3, 1, -3, -1, 0, 0, -1, 4, 0, 0, -1, 0, -2, -2, -1, -2, 4, }
};
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