1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
|
#include "gtest/gtest.h"
#include "Variant.h"
#include <iostream>
#include <string>
#include <vector>
TEST(Variant, correctGenotype){
const char *truth[] = {"0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|0", "0|1", "0|1", "0|0", "0|0", "0|0", "1|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|1", "1|1", "1|1", "0|0", "1|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "2|2", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|0", "1|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|0", "1|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|1", "1|1", "0|0", "1|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|1", "1|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "1|1", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0", "0|0"};
vcflib::VariantCallFile variantFile;
std::string filename = "../samples/1kg-phaseIII-v5a.20130502.genotypes.chr22-16-16.5mb.vcf.gz";
variantFile.open(filename);
vcflib::Variant var(variantFile);
int index = 0;
while (variantFile.getNextVariant(var)) {
std::string tCall = string(truth[index]);
std::string eCall = var.samples["NA21144"]["GT"].front();
ASSERT_EQ(tCall, eCall);
index+=1;
if(index > 999){
break;
}
}
}
|
