1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
|
firstStage 1
#doing this in two stages:
lastStage 2
DNA A 1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
DNA B 1 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
# This multiplies the strength of the baseInteraction's by the given factor:
baseInteractionScaleFactor 200
#since we upped the strength, we don't need as many reporting intervals:
numReportingIntervals 30
# You don't have to specify each baseInteraction individually. This generates them for the whole helix:
nucleicAcidDuplex A 1 21 B 21 1
#NtCs slow down your calculation. So let's turn them on only after the helix is almost fully folded.
readAtStage 2
# We need less time for this stage, since we are almost folded at the start
numReportingIntervals 10
# This is a user variable. Just because I am too lazy to type the numbers 1 to 21 manually:
@residueIndex 1
NtC A @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
NtC B @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
# Now we increment @residueIndex. So it will now be set to 2:
@residueIndex 1+@residueIndex
NtC A @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
NtC B @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
# Now it will become 3. And so on:
@residueIndex 1+@residueIndex
NtC A @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
NtC B @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
@residueIndex 1+@residueIndex
NtC A @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
NtC B @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
@residueIndex 1+@residueIndex
NtC A @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
NtC B @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
@residueIndex 1+@residueIndex
NtC A @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
NtC B @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
@residueIndex 1+@residueIndex
NtC A @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
NtC B @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
@residueIndex 1+@residueIndex
NtC A @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
NtC B @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
@residueIndex 1+@residueIndex
NtC A @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
NtC B @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
@residueIndex 1+@residueIndex
NtC A @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
NtC B @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
@residueIndex 1+@residueIndex
NtC A @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
NtC B @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
@residueIndex 1+@residueIndex
NtC A @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
NtC B @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
@residueIndex 1+@residueIndex
NtC A @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
NtC B @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
@residueIndex 1+@residueIndex
NtC A @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
NtC B @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
@residueIndex 1+@residueIndex
NtC A @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
NtC B @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
@residueIndex 1+@residueIndex
NtC A @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
NtC B @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
@residueIndex 1+@residueIndex
NtC A @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
NtC B @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
@residueIndex 1+@residueIndex
NtC A @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
NtC B @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
@residueIndex 1+@residueIndex
NtC A @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
NtC B @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
@residueIndex 1+@residueIndex
NtC A @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
NtC B @residueIndex @residueIndex+1 BB00 .5
readBlockEnd
|
