1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
|
BEGIN {ORS = ""}
(FNR == 1) {print "\n\n";}
(((substr($1,1,6) =="HETATM") || ($1 =="ATOM")) && ($3 == "C")) {
if (substr($0,18,3) =="ALA") {print "A"}
if (substr($0,18,3) =="ARG") {print "R"}
if (substr($0,18,3) =="ASN") {print "N"}
if (substr($0,18,3) =="ASP") {print "D"}
if (substr($0,18,3) =="CYS") {print "C"}
if (substr($0,18,3) =="GLU") {print "E"}
if (substr($0,18,3) =="GLN") {print "Q"}
if (substr($0,18,3) =="GLY") {print "G"}
if (substr($0,18,3) =="HIS") {print "H"}
if (substr($0,18,3) =="ILE") {print "I"}
if (substr($0,18,3) =="LEU") {print "L"}
if (substr($0,18,3) =="LYS") {print "K"}
if (substr($0,18,3) =="MET") {print "M"}
if (substr($0,18,3) =="PHE") {print "F"}
if (substr($0,18,3) =="PRO") {print "P"}
if (substr($0,18,3) =="SER") {print "S"}
if (substr($0,18,3) =="THR") {print "T"}
if (substr($0,18,3) =="TRP") {print "W"}
if (substr($0,18,3) =="TYR") {print "Y"}
if (substr($0,18,3) =="VAL") {print "V"}
#RNA section
#if (substr($0,18,3) =="A ") {print "A"}
#if (substr($0,18,3) =="U ") {print "U"}
#if (substr($0,18,3) =="G ") {print "G"}
#if (substr($0,18,3) =="C ") {print "C"}
#if (substr($0,18,3) ==" A") {print "A"}
#if (substr($0,18,3) ==" U") {print "U"}
#if (substr($0,18,3) ==" G") {print "G"}
#if (substr($0,18,3) ==" C") {print "C"}
}
(((substr($1,1,6) =="HETATM") ||($1 =="ATOM")) && (($3 == "C3'") || ($3 == "C3*"))) {
#print $0"\n";
TEMP =substr($0,18,3);
gsub(/ */,"", TEMP);
print TEMP ;
}
END {ORS = "\n"; print ""}
|
