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144
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#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <stdlib.h>
#include "mafft.h"
int report( int status, int progress, char *message )
{
fprintf( stderr, "status = %d\n", status );
fprintf( stderr, "progress = %d / 100\n", progress );
fprintf( stderr, "message = %s\n", message );
return( 0 );
}
int chudan( int status, int progress, char *message )
{
fprintf( stderr, "status = %d\n", status );
fprintf( stderr, "progress = %d / 100\n", progress );
fprintf( stderr, "message = %s\n", message );
return( 2 );
}
int main( void )
{
int i;
int argc;
char **argv;
char **seq;
char **name;
char *message;
int res;
int n, l, mlen;
// printf( "This is interface.\n" );
l = 10000;
n = 130;
seq = (char **)calloc( n, sizeof( char * ) );
name = (char **)calloc( n, sizeof( char * ) );
for( i=0; i<n; i++ ) seq[i] = calloc( l+1, sizeof( char ) );
for( i=0; i<n; i++ ) name[i] = calloc( 100, sizeof( char ) );
for( i=0; i<10; i++ )
{
strcpy( name[i*13+0], "name0" );
strcpy( name[i*13+1], "name1" );
strcpy( name[i*13+2], "name2" );
strcpy( name[i*13+3], "name3" );
strcpy( name[i*13+4], "name4" );
strcpy( name[i*13+5], "name5" );
strcpy( name[i*13+6], "name6" );
strcpy( name[i*13+7], "name7" );
strcpy( name[i*13+8], "name8" );
strcpy( name[i*13+9], "name9" );
strcpy( name[i*13+10], "name10" );
strcpy( name[i*13+11], "name11" );
strcpy( name[i*13+12], "name12" );
strcpy( seq[i*13+0], "TAATTAAAGGGCCGTGGTATACTGACCATGCGAAGGTAGCATAATCATTAGCCTTTTGATTTGAGGCTGGAATGAATGGTTTGACGAGAGATGGTCTGTCTCTTCGATTAAATTGAAGTTAATCTTTAAGTGAAAAAGCTTAAATGTACTTGGAGGGCGATAAGACCCTATAGATCTTTACATTTAATTCTTTTGTCTTGCGGTAGGTAATTAGACAGAGTAAAACAATGTTCGGTTGGGGCGACGGTAAGAACAGAATAAACACTTACAACATAAACACATCAATAAATGACCATTGATCCTTAGATGAATAAAGACCAAGTTACCTTAGGGATAACAGCGTAATTCTTTTTTGAGAGTTCAAATCGACAAAAGAGTTTGCGAGCCTCGATG-------------------" );
strcpy( seq[i*13+1], "GTGTTGAAGGGCCGCGGTATTTTTGACCGTGCGAAGGTAGCATAATCATTAGTCTTTTAATTGAAGGCTCGAATGAATGGTTGGACGAAAAACACACTGTTTCAGACAAAGAATTTGAATTTAACTTTTAAGTGAAAAGGCTTAAATGAATTAAAAAGACGATAAGACCCTATAAATCTTTACATTATGTTTTGTATTTTTAAAGTTGTTGTGTATTAAAAAGAAATATAAAGTAGATGTTGTGTTGGGGCAACGATAATATAATAAGATTAGCTGTTGGTAAAATTAAACAAATGTGTTTGTTAGGAGTAGTTAGATCCTTTTTAGAGATTTAAAGATTAAGTTACTTTAGGGATAACAGCGTTATTTTTTCTGAGAGTTCTTATCGAAGAAAAAGATTGCGACCTCGATG" );
strcpy( seq[i*13+2], "ATATTGAAGGGCCGCGGTATTTCTGACCGTGCGAAGGTAGCATAATCATTAGTCTTTTAATTGGAGGCTCGTATGAAAGGTCGAACGAGTGATAGACTGTCTCAGCAAAAAAAAAATTGAACTTAACTTTAAAGTGAAAAGGCTTTAATATTTCAGAAAGACGATAAGACCCTATAAATCTTCACACCACCTTTTATACTAAGCCAATCTGTTTGTATAAGGAGAAGTATAAAAAACGTGTTTTGTTGGGGCAACAAAGATATAATTAAATAACTGTTTTAATTTTAAAACAAAAATTTTTGAAAATAAATTGATCCTCTCTAAAGATTAAAAGATCAAGTTACTTTAGGGATAACAGCGTCATTTTTCTTGAGAGTTCCCATCGAAAGAAAAGTTTGCGACCTCGATG---" );
strcpy( seq[i*13+3], "AAATTAAAGAGCCGCAGTATTTTGACTGTGCGAAGGTAGCATAATAAATTGTCTTTTAAATAAAGGCTTGAATGAAAGGTTGGACAAAGTATCATCTGTTTCTTAAATATTTATTGAATTTGACTTTTAAGTGAAAAGGCTTAAATAAATCAAAAAGACGATAAGACCCTATAAATCTTTACAATAAATATATTTTATATTTTAGTTTATAAGTGAATGATATATAAAAATATAGGTTTGTTGCGCTGGGGCGGCGTAGATATATAAATAAACTGTCTATAGTTTAAATACAATAATCATTGCTTAATATAAATTGATCCTTAAATAGATTAAAAGATTAAGATACTTTAGGGATAACAGCGTTATTTTTTTTGAGAGTTCAAATCGACAAAAGAGTTTGCGAGCCTCGATG" );
strcpy( seq[i*13+4], "AAATTAAAGAGCCGCAGTATTTTGACTGTGCGAAGGTAGCATAATAAATTGTCTTTTAAATAAAGGCTTGAATGAAAGGTTGGACAAAGTATCATCTGTTTCTTAAATATTTATTGAATTTGACTTTTAAGTGAAAAGGCTTAAATAAATCAAAAAGACGATAAGACCCTATAAATCTTTACAATAAATATATTTTATATTTTAGCTTATAAGTGTATAAGAAATAAAAATATAGGTTTGTTGCGCTGGGGCGGCGTAGATATATAAATAAACTGTCTATAATTTAAATACAATAATCATTGCTTAATACAAATTGATCCTTAAATAGATTAAAAGATTAAGATACTTTAGGGATAACAGCGTTATTTTTTTTGAGAGTTCAAATCGACAAAAGAGTTTGCGAGCCTCGATG" );
strcpy( seq[i*13+5], "ATATTAAAGAGCCGCAGTATTCTGACTGTGCGAAGGTAGCATAATAAATTGTCTTTTAAATGAAGGCTTGAATGAAAGGTTGGACAAAGTATCATCTGTTTCTTAAATATTTATTGAATTTGACTTTCAAGTGAAAAGGCTTGAATAAATTAAAAAGACGATAAGACCCTATAAATCTTTACAATAAACATGTTCTATATTTTAATTTATAATTGTATAAAATATTAAATTTGTAATTGTTTCGCTGGGGCGGCGTAGATATATAAATAAACTGTCTATTTATTAAATCCAGTAATTATTGATTAATAAAATTGATCCTTGAATAGATTAAAAGATTAAGATACTTTAGGGATAACAGCGTTATTTTTTTTGAGAGTTCAAATCGACAAAAGAGTTTGCGAGCCTCGATG--" );
strcpy( seq[i*13+6], "ATATTAAAGAGCCGCAGTATTTTGACTGTGCGAAGGTAGCATAATAAATTGTCTTTTAAATGAAGGCTTGAATGAAAGGTTGGACAAAGAATCATCTGTTTCTTAAATATTTATTGAATTTGACTTTTAAGTGAAAAGGCTTAAATAAATTAAAAAGACGATAAGACCCTATAAATCTTAACAATAAATAGACTTTATATTTTAATTTATAAGTGTGTAAGGTATAAATTTTATAATTGTTTCGCTGGGGCGGCGTAGATATATAAATAAACTGTCTATATATTATATCCAATAATTGTTGATTAATAAAATTGATCCTTAAATAGATTAAAAGATTAAGATACTTTAGGGATAACAGCGTTATTTTTTTTGAGAGTTCAAATCGACAAAAGAGTTTGCGAGCCTCGATG--" );
strcpy( seq[i*13+7], "GTATTAAAGAGCCGCAGTATTCTGACTGTGCGAAGGTAGCATAATAAATTGTCTTTTAAATGGAGGCTTGAATGAAAGGTTGGACAAAGTATCATCTGTTTCTTAAATATTTATTGAATTTGACTTTCAAGTGAAAAGGCTTGAATAAATTAAAAAGACGATAAGACCCTATAAATCTTTACAATAAACATGTTCTATATTTTAATTTATAAGTATATAAAATATTAAATTTGTATTTGTTTCGCTGGGGCGGCGTGGATATATAAATAAACTGTCTATGTGTTAAATCCAATAATTATTGATTAGTAAAATTGATCCTTAAATAGATTAAAAGATTAAGATACTTTAGGGATAACAGCGTTATTTTTTTTGAGAGTTCAAATCGACAAAAGAGTTTGCGAGCCTCGATG--" );
strcpy( seq[i*13+8], "GTATTAAAGAGCCGCAGTATTCTGACTGTGCGAAGGTAGCATAATAAATTGTCTTTTAAATGGAGGCTTGAATGAAAGGTTGGACAAAGTATCATCTGTTTCTTAAATATTTATTGAATTTGACTTTCAAGTGAAAAGGCTTGAATAAATTAAAAAGACGATAAGACCCTATAAATCTTTACAATAAACATGTTCTATATTTTAATTTATAAGTGTATAAAGTATTAAATTTGTATTTGTTTCGCTGGGGCGGCGTGGATATATAAATAAACTGTCTATGTGTTAAATCCAATAATTATTGATTAATAAAATTGATCCTTAAATAGATTAAAAGATTAAGATACTTTAGGGATAACAGCGTTATTTTTTTTGAGAGTTCAAATCGACAAAAGAGTTTGCGAGCCTCGATG--" );
strcpy( seq[i*13+9], "TGATTAAAGAGCCGCAGTATTTTGACTGTGCGAAGGTAGCATAATAGATTGTCTTTTAAATGGGGGCTAGAATGAATGGTTGGACAAAGTATCGTCTGTTTCTTAAATAAATATTGAATTTGACTTTTAAGTTAAAAGGCTTAAATAAAATAAAAAGACGATAAGACCCTATAAATCTTTACATAAATTATATTTTAAATTTTAAGTTATAATTTTATAAAATATAAAAGTATAGTTTTGTTGTGCTGGGGCGGCATAGATATATAAATAAACTGTCTATAAATTTGAATCAATGATTGTTGATTAATGTGGTTGATCCTTTAAGAGATTAGAAGATTAAGTTACTTTAGGGATAACAGCGTTATTTTTTCTGAGAGTTCAAATCGACAAAAGAGTTTGCGAGCCTCGATG-" );
strcpy( seq[i*13+10], "TGATTAAAGAGCCGCAGTATTTTGACTGTGCGAAGGTAGCATAATAGATTGTCTTTTAAATGGGGGCTAGAATGAATGGTTGGACAAAGTATCATCTGTTTCTTAAATAAATATTGAATTTGACTTTTAAGTTAAAAGGCTTAAATAAAATAAAAAGACGATAAGACCCTATAAATCTTTACATAAATTATATTTTAAATTTTAATTTATAATTTTATAAAATATAAAAGTATAGTTTTGTTGTGCTGGGGCGGCATAGATATATAAATAAACTGTCTATAAATTTAAATCAATAGTTGTTGATTAATATAGTTGATCCTTTAAAAGATTAGAAGATTAAGTTACTTTAGGGATAACAGCGTTATTTTTTCTGAGAGTTCAAATCGACAAAAGAGTTTGCGAGCCTCGATG-" );
strcpy( seq[i*13+11], "TAATTAAAGAGCCGCAGTATTTTGACTGTGCGAAGGTAGCATAATAGATTGGCTTTTAAATGGAGGCTGGAATGAATGGTTGGACAAAGTATCATCTGTTTCTTAAATAAATATTGAATTTGACTTTTAAGTTAAAAGGCTTAAATAAAATAAAAAGACGATAAGACCCTATAAATCTTTACATAAATTATATTTTAAATTTTAACTTATAATTTTATAAAATATAAAAGTATAATTTTGTTGTGCTGGGGCGGCGTAGATATATAAATGAACTGTCTATGAAATTAAATCAATAATAGTTGATTATTAATATTGATCCTTTAATAGATTAAAAGATTAAGATACTTTAGGGATAACAGCGTTATTTTTTCTGAGAGTTCAAATCGACAAAAGAGTTTGCGAGCCTCGATG-" );
strcpy( seq[i*13+12], "TAATTAAAGAGCCGCAGTATTTTGACTGTGCGAAGGTAGCATAATAGATTGGCTTTTAAATGGAGGCTGGAATGAATGGTTGGACAAAGTATCATCTGTTTCTTAAATAAATATTGAATTTGACTTTTAAGTTAAAAGGCTTAAATAAAATAAAAAGACGATAAGACCCTATAAATCTTTACATAAATTATATTTTAAATTTTAATTTATAATTTTATAAAATATAAAAGTATAATTTTGTTGTGCTGGGGCGGCGTAGATATATAAATGAACTGTCTATGAAATTAAATCAATAATAGTTGATTATTAATATTGATCCTTTAATAGATTAAAAGATTAAGATACTTTAGGGATAACAGCGTTATTTTTTCTGAGAGTTCAAATCGACAAAAGAGTTTGCGAGCCTCGATG-" );
}
argc = 20;
argv = (char **)calloc( argc, sizeof( char * ) );
for( i=0; i<argc; i++ ) argv[i] = calloc( 100, sizeof( char ) );
strcpy( argv[0], "disttbfast" );
strcpy( argv[1], "-W" );
strcpy( argv[2], "6" );
strcpy( argv[3], "-b" );
strcpy( argv[4], "62" );
strcpy( argv[5], "-Q" );
strcpy( argv[6], "100" );
strcpy( argv[7], "-h" );
strcpy( argv[8], "0" );
strcpy( argv[9], "-F" );
strcpy( argv[10], "-X" );
strcpy( argv[11], "-s" );
strcpy( argv[12], "0.0" );
strcpy( argv[13], "-f" );
strcpy( argv[14], "-1.53" );
strcpy( argv[15], "-C" );
strcpy( argv[16], "0" );
strcpy( argv[17], "-D" ); // Necessary. DNA -> -D; Protein -> -P
strcpy( argv[18], "-I" ); // --add
strcpy( argv[19], "2" ); // --add
#if 0
mlen = 5000;
message = (char *)calloc( mlen+1, sizeof( char ) );
fprintf( stderr, "first run\n" );
res = disttbfast( n, l, mlen, name, seq, &message, argc, argv, report );
fprintf( stderr, "second run\n" );
res = disttbfast( n, l, mlen, name, seq, &message, argc, argv, report );
fprintf( stderr, "third run\n" );
res = disttbfast( n, l, mlen, name, seq, &message, argc, argv, report );
fprintf( stderr, "\n\n\nmessage in interface = :%s:\n", message );
free( message );
#else
fprintf( stderr, "first run\n" );
res = disttbfast( n, l, name, seq, argc, argv, report );
fprintf( stderr, "second run\n" );
res = disttbfast( n, l, name, seq, argc, argv, chudan );
// fprintf( stderr, "third run\n" );
// res = disttbfast( n, l, name, seq, argc, argv, report );
#endif
if( res == GUI_LENGTHOVER )
{
fprintf( stderr, "length over!" );
}
else
{
fprintf( stderr, "res = %d\n", res );
fprintf( stdout, "Output:\n" );
for( i=0; i<n; i++ )
fprintf( stdout, "%s\n", seq[i] );
}
fprintf( stderr, "argv = \n" );
for( i=0; i<argc; i++ )
fprintf( stderr, "%s ", argv[i] );
fprintf( stderr, "\n" );
for( i=0; i<n; i++ ) free( seq[i] );
free( seq );
for( i=0; i<n; i++ ) free( name[i] );
free( name );
for( i=0; i<argc; i++ ) free( argv[i] );
free( argv );
}
|
