1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
|
CC= gcc
CXX= g++
CFLAGS= -g -Wall -O2 -m64 # comment out `-m64' for 32-bit compilation
CXXFLAGS= $(CFLAGS)
DFLAGS= -D_FASTMAP -DMAQ_LONGREADS
OBJS= const.o seq.o bfa.o read.o fasta2bfa.o fastq2bfq.o \
match_aux.o match.o sort_mapping.o merge.o get_pos.o \
pileup.o mapcheck.o assopt.o assemble.o maqmap.o \
aux_utils.o rbcc.o subsnp.o pair_stat.o indel_soa.o \
maqmap_conv.o altchr.o submap.o rmdup.o simulate.o \
genran.o indel_pe.o stdaln.o indel_call.o eland2maq.o \
csmap2ntmap.o break_pair.o glfgen.o
PROG= maq
MANPAGE= maq.1
VERSION= 0.7.1
LIBS= -lz -lm
.SUFFIXES:.c .o .cc
.c.o:
$(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $< -o $@
.cc.o:
$(CXX) -c $(CXXFLAGS) $(DFLAGS) $< -o $@
all:$(PROG) $(MANPAGE)
maq:$(OBJS) main.o
$(CXX) $(CXXFLAGS) $(DFLAGS) $(OBJS) main.o -o $@ $(LIBS)
maq.1:maq.pod
pod2man --center "Bioinformatics Tools" --release "maq-$(VERSION)" maq.pod > $@
main.o:main.c main.h
$(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) -DPACKAGE_VERSION=\"$(VERSION)\" main.c -o main.o
bfa.o:bfa.h
const.o:const.h
read.o:read.h
seq.o:seq.h
fasta2bfa.o:const.h seq.h
fastq2bfq.o:const.h seq.h
match.o:match.hh dword.hh main.h algo.hh bfa.h read.h
match_aux.o:read.h match.hh main.h
sort_mapping.o:match.hh algo.hh read.h
assemble.o:assemble.h algo.hh main.h bfa.h
assopt:assemble.h
genran.o:genran.h
simulate.o:genran.h
clean:
rm -f *.o a.out *~ *.a $(PROG) $(MANPAGE)
|
