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CC= gcc
CXX= g++
CFLAGS+= -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -DHAVE_FREEGLUT# -pg -fprofile-arcs -ftest-coverage
CXXFLAGS:= $(CFLAGS)
DFLAGS=
ZOBJS= adler32.o compress.o crc32.o deflate.o gzio.o inffast.o inflate.o \
infback.o inftrees.o trees.o uncompr.o zutil.o
OBJS= zrio.o btree.o maqmap_index.o read_cache.o cns_cache.o const.o stdhashc.o
PROGS= maqindex maqview zrio
VERSION= 0.2.4
LIBS= -lm
#For Mac
#GLLIBS= -framework openGL -framework glut
#For Linux
#GLLIBS= -lGL -lglut
GLLIBS= -Wl,-Bstatic -lglut -Wl,-Bdynamic -lGL -lGLU
.SUFFIXES:.c .o .cc
.c.o:
$(CC) -c $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(DFLAGS) $< -o $@
.cc.o:
$(CXX) -c $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) $(DFLAGS) $< -o $@
all:$(PROGS)
zrio:$(ZOBJS) zrio_main.o
$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(LDFLAGS) -o $@ -DMAIN_ZRIO zrio_main.o zrio.o $(ZOBJS)
maqindex:$(ZOBJS) $(OBJS) maqmap_index_main.o
$(CXX) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(LDFLAGS) -o $@ $(ZOBJS) $(OBJS) maqmap_index_main.o
maqview:$(ZOBJS) $(OBJS) view_goto.o MainFrame.o view_panel.o gl_gui.o
$(CXX) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(LDFLAGS) -o $@ $(ZOBJS) $(OBJS) view_goto.o view_panel.o gl_gui.o MainFrame.o $(GLLIBS)
maqview.1:maqview.pod
pod2man --center "Bioinformatics Tools" --release "maqview-$(VERSION)" maqview.pod > $@
adler32.o: zlib.h zconf.h
compress.o: zlib.h zconf.h
crc32.o: crc32.h zlib.h zconf.h
deflate.o: deflate.h zutil.h zlib.h zconf.h
gzio.o: zutil.h zlib.h zconf.h
inffast.o: zutil.h zlib.h zconf.h inftrees.h inflate.h inffast.h
inflate.o: zutil.h zlib.h zconf.h inftrees.h inflate.h inffast.h
infback.o: zutil.h zlib.h zconf.h inftrees.h inflate.h inffast.h
inftrees.o: zutil.h zlib.h zconf.h inftrees.h
trees.o: deflate.h zutil.h zlib.h zconf.h trees.h
uncompr.o: zlib.h zconf.h
zutil.o: zutil.h zlib.h zconf.h
clear:
rm -f *.o a.out *~ *.a
clean:
rm -f *.o a.out *~ *.a $(PROGS) maqview.1 *.gc* gmont.out
|
