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/*
* order.cpp
*
*
* Created by Pat Schloss on 8/8/08.
* Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
*
*/
#include "ordervector.hpp"
/***********************************************************************/
OrderVector::OrderVector() : DataVector() {}
/***********************************************************************/
//OrderVector::OrderVector(int ns) : DataVector(), data(ns, -1) {}
/***********************************************************************/
OrderVector::OrderVector(string id, vector<int> ov) :
DataVector(id), data(ov)
{
updateStats();
}
/***********************************************************************/
OrderVector::OrderVector(ifstream& f) : DataVector() {
try {
int hold;
f >> label;
f >> hold;
data.assign(hold, -1);
int inputData;
for(int i=0;i<hold;i++){
f >> inputData;
set(i, inputData);
}
updateStats();
}
catch(exception& e) {
m->errorOut(e, "OrderVector", "OrderVector");
exit(1);
}
}
/***********************************************************************/
int OrderVector::getNumBins(){
if(needToUpdate == 1){ updateStats(); }
return numBins;
}
/***********************************************************************/
int OrderVector::getNumSeqs(){
if(needToUpdate == 1){ updateStats(); }
return numSeqs;
}
/***********************************************************************/
int OrderVector::getMaxRank(){
if(needToUpdate == 1){ updateStats(); }
return maxRank;
}
/***********************************************************************/
void OrderVector::clear(){
numBins = 0;
maxRank = 0;
numSeqs = 0;
data.clear();
}
/***********************************************************************/
void OrderVector::set(int index, int binNumber){
data[index] = binNumber;
needToUpdate = 1;
}
/***********************************************************************/
int OrderVector::get(int index){
return data[index];
}
/***********************************************************************/
void OrderVector::push_back(int index){
data.push_back(index);
needToUpdate = 1;
}
/***********************************************************************/
void OrderVector::print(ostream& output){
try {
output << label << '\t' << numSeqs << '\t';
for(int i=0;i<data.size();i++){
output << data[i] << '\t';
}
output << endl;
}
catch(exception& e) {
m->errorOut(e, "OrderVector", "print");
exit(1);
}
}
/***********************************************************************/
void OrderVector::print(string prefix, ostream& output){
try {
output << prefix << '\t' << numSeqs << '\t';
for(int i=0;i<numSeqs;i++){
output << data[i] << '\t';
}
output << endl;
}
catch(exception& e) {
m->errorOut(e, "OrderVector", "print");
exit(1);
}
}
/***********************************************************************/
void OrderVector::resize(int){
m->mothurOut("resize() did nothing in class OrderVector");
}
/***********************************************************************/
int OrderVector::size(){
return data.size();
}
/***********************************************************************/
vector<int>::iterator OrderVector::begin(){
return data.begin();
}
/***********************************************************************/
vector<int>::iterator OrderVector::end(){
return data.end();
}
/***********************************************************************/
RAbundVector OrderVector::getRAbundVector(){
try {
RAbundVector rav(data.size());
for(int i=0;i<numSeqs;i++){
rav.set(data[i], rav.get(data[i]) + 1);
}
sort(rav.rbegin(), rav.rend());
for(int i=numSeqs-1;i>=0;i--){
if(rav.get(i) == 0){ rav.pop_back(); }
else{
break;
}
}
rav.setLabel(label);
return rav;
}
catch(exception& e) {
m->errorOut(e, "OrderVector", "getRAbundVector");
exit(1);
}
}
/***********************************************************************/
SAbundVector OrderVector::getSAbundVector(){
RAbundVector rav(this->getRAbundVector());
return rav.getSAbundVector();
}
/***********************************************************************/
OrderVector OrderVector::getOrderVector(map<string,int>* hold = 0){
return *this;
}
/***********************************************************************/
void OrderVector::updateStats(){
try {
needToUpdate = 0;
// int maxBinVectorLength = 0;
numSeqs = 0;
numBins = 0;
maxRank = 0;
for(int i=0;i<data.size();i++){
if(data[i] != -1){
numSeqs++;
}
}
vector<int> hold(numSeqs);
for(int i=0;i<numSeqs;i++){
if(data[i] != -1){
hold[data[i]] = hold[data[i]]+1;
}
}
for(int i=0;i<numSeqs;i++){
if(hold[i] > 0) { numBins++; }
if(hold[i] > maxRank) { maxRank = hold[i]; }
}
}
catch(exception& e) {
m->errorOut(e, "OrderVector", "updateStats");
exit(1);
}
}
/***********************************************************************/
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