File: promer.cluster

package info (click to toggle)
mummer 3.23%2Bdfsg-7
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: bullseye
  • size: 8,032 kB
  • sloc: cpp: 14,190; ansic: 7,537; perl: 4,176; makefile: 362; sh: 175; csh: 44; awk: 17
file content (301 lines) | stat: -rw-r--r-- 9,343 bytes parent folder | download | duplicates (7)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
/home/aphillip/web/mummer/examples/data/D_melanogaster_2Rslice.fasta /home/aphillip/web/mummer/examples/data/D_pseudoobscura_contigs.fasta
PROMER
>D_melanogaster_2Rslice 3210101 35600 40744
 3 -3
      24    39044     48     -      -
      75    38993     33     3      3
     111    38957     33     3      3
     147    38921     54     3      3
 2 -1
     479    38575     24     -      -
     506    38548     18     3      3
     548    38506     24    24     24
     581    38473     30     9      9
 3 -2
     930    38064     27     -      -
     975    38019     21    18     18
     999    37995     69     3      3
    1092    37902     33    24     24
 2 -3
    1415    37580     24     -      -
    1466    37529     18    27     27
    1493    37502     72     9      9
    1607    37388     57    42     42
    1691    37304     24    27     27
    1718    37277     21     3      3
 1 -2
    1897    37128     24     -      -
    1957    37068     18    36     36
    1984    37041     60     9      9
    2071    36954     18    27     27
    2092    36933     21     3      3
    2119    36906     18     6      6
    2140    36885     27     3      3
 3 -1
    2622    36694     45     -      -
    2742    36583     18    75     66
 3 -1
    3264    36034     21     -      -
    3318    35974     39    33     39
 3 -1
    3411    35863     33     -      -
    3447    35827     27     3      3
 3 -1
    3600    35674     18     -      -
    3636    35638     36    18     18
    3720    35554     18    48     48
 2 -1
    8111    31612     18     -      -
    8180    31531     24    51     63
    8246    31465     18    42     42
    8282    31441     18    18      6
    8303    31420     27     3      3
    8333    31390     75     3      3
 1 -3
    8293    31430     30     -      -
    8329    31394     30     6      6
    8380    31343     18    21     21
    8413    31310     18    15     15
 3 -2
    8304    31419     18     -      -
    8334    31389     24    12     12
    8379    31344     18    21     21
    8412    31311     18    15     15
 3 -2
    8526    31197     21     -      -
    8550    31173    120     3      3
 2 -1
    8552    31171     18     -      -
    8579    31144     72     9      9
    8654    31069     21     3      3
 1 -3
    8551    31172     18     -      -
    8578    31145     72     9      9
    8653    31070     18     3      3
 1 -3
    8776    30860     21     -      -
    8803    30818     21     6     21
    8827    30794     30     3      3
 2 -1
    8777    30859     21     -      -
    8816    30805     24    18     33
    8843    30778     18     3      3
-3  1
   26052    18010     21     -      -
   25995    18067     24    36     36
   25929    18133     36    42     42
   25887    18175     18     6      6
   25851    18211     27    18     18
-2  3
   25729    18339     48     -      -
   25657    18411     42    24     24
-1  2
   25094    18716     18     -      -
   25067    18743     24     9      9
   25001    18812     30    42     45
-1  1
   24602    18991     21     -      -
   24578    19015     48     3      3
 3 -3
   12549    27293     84     -      -
 1 -1
   12550    27292     45     -      -
   12598    27244     39     3      3
 2 -2
   12566    27276     30     -      -
   12599    27243     33     3      3
-3  1
   22956    20185     24     -      -
   22926    20215     24     6      6
   22893    20248     36     9      9
-1  2
   22955    20186     21     -      -
   22913    20228     33    21     21
   22877    20264     21     3      3
-2  3
   22954    20187     21     -      -
   22912    20229     33    21     21
   22876    20265     21     3      3
-3  2
   21630    21389     21     -      -
   21597    21422     18    12     12
   21561    21458     36    18     18
-2  1
   21628    21391     27     -      -
   21598    21421     66     3      3
-1  3
   21629    21390     21     -      -
   21596    21423     63    12     12
-2  2
   20941    21923     45     -      -
   20893    21971     18     3      3
   20851    22013     18    24     24
   20755    22118     21    78     87
   20695    22184     84    39     45
   20608    22271     66     3      3
   20539    22340     21     3      3
 1 -1
   17902    23353     75     -      -
   17980    23275     27     3      3
   18013    23248     45     6      0
 2 -1
   19694    22864     54     -      -
   19760    22798     18    12     12
 3 -2
   20544    22335     21     -      -
   20568    22311     21     3      3
   20592    22287     18     3      3
   20613    22266     27     3      3
   20664    22215     33    24     24
 2 -2
   21527    21492     72     -      -
   21611    21408     21    12     12
 1 -1
   21532    21487     66     -      -
   21610    21409     21    12     12
 3 -3
   21564    21455     36     -      -
   21603    21416     27     3      3
 3 -1
   22857    20284     21     -      -
   22881    20260     33     3      3
   22935    20206     21    21     21
 2 -3
   22859    20282     27     -      -
   22892    20249     36     6      6
   22934    20207     24     6      6
 1 -2
   22858    20283     21     -      -
   22882    20259     18     3      3
   22933    20208     24    33     33
-3  2
   12630    27212     33     -      -
   12594    27248     45     3      3
-1  3
   12632    27210     36     -      -
   12593    27249     45     3      3
 3 -1
   25617    18451     39     -      -
   25683    18385     30    27     27
-1  1
    8855    30766     30     -      -
    8819    30802     18     6      6
    8795    30841     21     6     21
-3  3
    8673    31050     21     -      -
    8649    31074     72     3      3
    8568    31155     18     9      9
-1  1
    8669    31054     18     -      -
    8648    31075     72     3      3
    8567    31156     18     9      9
-2  2
    8668    31055    144     -      -
-3  3
    8439    31284    159     -      -
    8262    31449     36    18      6
    8220    31491     18     6      6
    8199    31512     21     3      3
    8175    31536     21     3      3
    8127    31596     18    27     39
    8103    31623     51     6      9
    8010    31716     39    42     42
    7896    31818     78    75     63
    7773    31941     18    45     45
-1  1
    8429    31294     18     -      -
    8396    31327     18    15     15
    8357    31366     30    21     21
    8321    31402     30     6      6
-2  2
    8428    31295     18     -      -
    8395    31328     18    15     15
    8356    31367     24    21     21
    8320    31403     18    12     12
-3  3
    7671    31995     21     -      -
    7647    32019     18     3      3
    7620    32046     42     9      9
    7545    32124     24    33     36
    7485    32181     54    36     33
    7431    32241     54     0      6
-3  2
    4539    34982     24     -      -
    4512    35009     48     3      3
    4404    35132     27    60     75
-2  3
    3736    35538     45     -      -
    3688    35586     54     3      3
    3631    35643     75     3      3
    3538    35736     21    18     18
    3499    35775     69    18     18
    3427    35847     27     3      3
-2  3
    3355    35937     39     -      -
    3283    36015     21    33     39
-2  3
    3250    36072     24     -      -
    3178    36156     36    48     60
    3121    36204     33    21     12
    3037    36288     45    51     51
    2989    36336     36     3      3
    2950    36375     30     3      3
    2881    36450     24    39     45
    2827    36498     42    30     24
    2770    36555     24    15     15
    2701    36618     21    45     39
    2677    36639     57     3      0
    2602    36714     18    18     18
    2581    36735     36     3      3
-1  2
    2165    36860     48     -      -
    2114    36911     54     3      3
    2042    36983     66    18     18
    1973    37052     90     3      3
    1841    37181     24    42     39
-3  1
    1737    37258    138     -      -
    1596    37399     21     3      3
    1566    37429    153     9      9
-3  3
    1353    37641     57     -      -
    1293    37701     18     3      3
    1272    37722     51     3      3
    1218    37776     18     3      3
-2  2
    1144    37850     18     -      -
    1123    37871     39     3      3
    1054    37940    126    30     30
-3  3
     615    38439     69     -      -
     543    38511     39     3      3
     501    38553     84     3      3
-2  2
     610    38444     27     -      -
     523    38531     18    60     60
     490    38564     27    15     15
-2  1
     352    38698     57     -      -
     283    38767     36    12     12
-2  1
     205    38863    183     -      -
>D_melanogaster_2Rslice 3214968 35600 1370
-3  3
   26049       84     18     -      -
   25995      138     24    36     36
   25929      204     36    42     42
   25887      246     18     6      6
   25851      282     27    18     18
-2  3
   25729      336     48     -      -
   25657      408     42    24     24
-1  3
   25094      648     18     -      -
   25067      675     24     9      9
   25001      744     30    42     45
-1  3
   24602      858     21     -      -
   24578      882     48     3      3
 3 -2
   25617      448     39     -      -
   25683      382     30    27     27