package info (click to toggle)
muscle3 3.8.1551-3
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: sid, trixie
  • size: 1,508 kB
  • sloc: cpp: 27,031; makefile: 42; sh: 11

Folder: 3.8.1551-3

show hidden (1)
d .. (parent)
d d rwxr-xr-x 4,096 .pc
d d rwxr-xr-x 4,096 debian
- - rwxr-xr-x 904 Makefile
- - rw-r--r-- 21,861 aligngivenpath.cpp
- - rw-r--r-- 7,292 aligngivenpathsw.cpp
- - rw-r--r-- 946 aligntwomsas.cpp
- - rw-r--r-- 831 aligntwoprofs.cpp
- - rw-r--r-- 4,627 aln.cpp
- - rw-r--r-- 5,667 alpha.cpp
- - rw-r--r-- 2,032 alpha.h
- - rw-r--r-- 6,201 anchors.cpp
- - rw-r--r-- 3,330 bittraceback.cpp
- - rw-r--r-- 2,047 blosum62.cpp
- - rw-r--r-- 6,703 blosumla.cpp
- - rw-r--r-- 18,822 clust.cpp
- - rw-r--r-- 4,637 clust.h
- - rw-r--r-- 8,528 cluster.cpp
- - rw-r--r-- 2,345 cluster.h
- - rw-r--r-- 576 clustset.h
- - rw-r--r-- 1,010 clustsetdf.h
- - rw-r--r-- 1,262 clustsetmsa.h
- - rw-r--r-- 4,935 clwwt.cpp
- - rw-r--r-- 5,834 color.cpp
- - rw-r--r-- 3,146 cons.cpp
- - rw-r--r-- 9,233 diaglist.cpp
- - rw-r--r-- 1,880 diaglist.h
- - rw-r--r-- 4,461 diffobjscore.cpp
- - rw-r--r-- 3,123 diffpaths.cpp
- - rw-r--r-- 11,142 difftrees.cpp
- - rw-r--r-- 7,255 difftreese.cpp
- - rw-r--r-- 1,913 distcalc.cpp
- - rw-r--r-- 1,070 distcalc.h
- - rw-r--r-- 2,424 distfunc.cpp
- - rw-r--r-- 807 distfunc.h
- - rw-r--r-- 1,142 distpwkimura.cpp
- - rw-r--r-- 7,231 domuscle.cpp
- - rw-r--r-- 1,171 dosp.cpp
- - rw-r--r-- 1,018 dpregionlist.h
- - rw-r--r-- 3,435 dpreglist.cpp
- - rw-r--r-- 1,043 dpreglist.h
- - rw-r--r-- 919 drawtree.cpp
- - rw-r--r-- 1,719 edgelist.cpp
- - rw-r--r-- 507 edgelist.h
- - rw-r--r-- 160 enumopts.cpp
- - rw-r--r-- 252 enumopts.h
- - rw-r--r-- 2,033 enums.h
- - rw-r--r-- 644 enumtostr.cpp
- - rw-r--r-- 13,256 estring.cpp
- - rw-r--r-- 501 estring.h
- - rw-r--r-- 1,260 fasta.cpp
- - rw-r--r-- 2,438 fasta2.cpp
- - rw-r--r-- 1,760 fastclust.cpp
- - rw-r--r-- 1,125 fastdist.cpp
- - rw-r--r-- 6,001 fastdistjones.cpp
- - rw-r--r-- 2,820 fastdistkbit.cpp
- - rw-r--r-- 6,509 fastdistkmer.cpp
- - rw-r--r-- 7,503 fastdistmafft.cpp
- - rw-r--r-- 6,967 fastdistnuc.cpp
- - rw-r--r-- 3,548 fastscorepath2.cpp
- - rw-r--r-- 3,657 finddiags.cpp
- - rw-r--r-- 3,455 finddiagsn.cpp
- - rw-r--r-- 2,731 gapscoredimer.h
- - rw-r--r-- 3,777 glbalign.cpp
- - rw-r--r-- 1,204 glbalign352.cpp
- - rw-r--r-- 4,307 glbaligndiag.cpp
- - rw-r--r-- 10,474 glbalignle.cpp
- - rw-r--r-- 9,200 glbalignsimple.cpp
- - rw-r--r-- 9,453 glbalignsp.cpp
- - rw-r--r-- 10,221 glbalignspn.cpp
- - rw-r--r-- 7,368 glbalignss.cpp
- - rw-r--r-- 10,349 glbalndimer.cpp
- - rw-r--r-- 6,031 globals.cpp
- - rw-r--r-- 2,906 globalslinux.cpp
- - rw-r--r-- 1,830 globalsosx.cpp
- - rw-r--r-- 712 globalsother.cpp
- - rw-r--r-- 2,393 globalswin32.cpp
- - rw-r--r-- 24,365 gonnet.cpp
- - rw-r--r-- 249 gonnet.h
- - rw-r--r-- 2,494 henikoffweight.cpp
- - rw-r--r-- 3,681 henikoffweightpb.cpp
- - rw-r--r-- 3,656 html.cpp
- - rw-r--r-- 919 hydro.cpp
- - rw-r--r-- 7,652 intmath.cpp
- - rw-r--r-- 5,916 intmath.h
- - rw-r--r-- 2,073 local.cpp
- - rw-r--r-- 1,314 main.cpp
- - rw-r--r-- 5,522 makerootmsa.cpp
- - rw-r--r-- 2,053 makerootmsab.cpp
- - rw-r--r-- 880 maketree.cpp
- - rw-r--r-- 1,304 mhack.cpp
- - rw-r--r-- 8,060 mpam200.cpp
- - rw-r--r-- 20,836 msa.cpp
- - rw-r--r-- 6,239 msa.h
- - rw-r--r-- 14,064 msa2.cpp
- - rw-r--r-- 821 msadist.h
- - rw-r--r-- 3,566 msadistkimura.cpp
- - rw-r--r-- 253 msadistkimura.h
- - rw-r--r-- 528 msadistmafft.h
- - rw-r--r-- 3,589 msf.cpp
- - rw-r--r-- 2,696 muscle.cpp
- - rw-r--r-- 11,829 muscle.h
- - rw-r--r-- 2,156 muscleout.cpp
- - rw-r--r-- 540 nucmx.cpp
- - rw-r--r-- 12,677 nwdasimple.cpp
- - rw-r--r-- 14,365 nwdasimple2.cpp
- - rw-r--r-- 22,457 nwdasmall.cpp
- - rw-r--r-- 2,432 nwrec.cpp
- - rw-r--r-- 16,156 nwsmall.cpp
- - rw-r--r-- 2,391 objscore.cpp
- - rw-r--r-- 1,279 objscore.h
- - rw-r--r-- 13,861 objscore2.cpp
- - rw-r--r-- 7,023 objscoreda.cpp
- - rw-r--r-- 302 onexception.cpp
- - rw-r--r-- 4,805 options.cpp
- - rw-r--r-- 461 outweights.cpp
- - rw-r--r-- 4,227 pam200mafft.cpp
- - rw-r--r-- 17,106 params.cpp
- - rw-r--r-- 2,932 params.h
- - rw-r--r-- 30,947 phy.cpp
- - rw-r--r-- 7,551 phy2.cpp
- - rw-r--r-- 13,728 phy3.cpp
- - rw-r--r-- 8,679 phy4.cpp
- - rw-r--r-- 2,743 phyfromclust.cpp
- - rw-r--r-- 5,910 phyfromfile.cpp
- - rw-r--r-- 2,655 physeq.cpp
- - rw-r--r-- 2,099 phytofile.cpp
- - rw-r--r-- 2,831 posgap.cpp
- - rw-r--r-- 2,071 ppscore.cpp
- - rw-r--r-- 1,266 profdb.cpp
- - rw-r--r-- 3,069 profile.cpp
- - rw-r--r-- 4,510 profile.h
- - rw-r--r-- 7,700 profilefrommsa.cpp
- - rw-r--r-- 5,510 progalign.cpp
- - rw-r--r-- 3,466 progress.cpp
- - rw-r--r-- 2,002 progressivealign.cpp
- - rw-r--r-- 9,845 pwpath.cpp
- - rw-r--r-- 2,430 pwpath.h
- - rw-r--r-- 3,265 readmx.cpp
- - rw-r--r-- 2,846 realigndiffs.cpp
- - rw-r--r-- 3,999 realigndiffse.cpp
- - rw-r--r-- 1,687 refine.cpp
- - rw-r--r-- 7,680 refinehoriz.cpp
- - rw-r--r-- 5,999 refinesubfams.cpp
- - rw-r--r-- 1,309 refinetree.cpp
- - rw-r--r-- 1,186 refinetreee.cpp
- - rw-r--r-- 4,085 refinevert.cpp
- - rw-r--r-- 5,416 refinew.cpp
- - rw-r--r-- 1,446 savebest.cpp
- - rw-r--r-- 3,498 scoredist.cpp
- - rw-r--r-- 4,506 scoregaps.cpp
- - rw-r--r-- 2,526 scorehistory.cpp
- - rw-r--r-- 508 scorehistory.h
- - rw-r--r-- 2,594 scorepp.cpp
- - rw-r--r-- 6,996 seq.cpp
- - rw-r--r-- 1,868 seq.h
- - rw-r--r-- 6,360 seqvect.cpp
- - rw-r--r-- 1,550 seqvect.h
- - rw-r--r-- 4,925 setblosumweights.cpp
- - rw-r--r-- 6,067 setgscweights.cpp
- - rw-r--r-- 612 setnewhandler.cpp
- - rw-r--r-- 6,684 spfast.cpp
- - rw-r--r-- 3,845 sptest.cpp
- - rw-r--r-- 621 stabilize.cpp
- - rw-r--r-- 9,829 subfam.cpp
- - rw-r--r-- 1,381 subfams.cpp
- - rw-r--r-- 7 svnversion.h
- - rw-r--r-- 5,735 sw.cpp
- - rw-r--r-- 794 termgaps.cpp
- - rw-r--r-- 6,717 textfile.cpp
- - rw-r--r-- 1,586 textfile.h
- - rw-r--r-- 10,417 threewaywt.cpp
- - rw-r--r-- 364 timing.h
- - rw-r--r-- 2,478 tomhydro.cpp
- - rw-r--r-- 5,316 traceback.cpp
- - rw-r--r-- 1,463 tracebackopt.cpp
- - rw-r--r-- 4,940 tracebacksw.cpp
- - rw-r--r-- 9,561 tree.h
- - rw-r--r-- 2,312 treefrommsa.cpp
- - rw-r--r-- 2,172 types.h
- - rw-r--r-- 1,442 typetostr.cpp
- - rw-r--r-- 180 unixio.h
- - rw-r--r-- 10,414 upgma2.cpp
- - rw-r--r-- 1,737 usage.cpp
- - rw-r--r-- 3,192 validateids.cpp
- - rw-r--r-- 10,365 vtml2.cpp
- - rw-r--r-- 1,690 writescorefile.cpp