1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
|
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -99,14 +99,17 @@ endif
# Default to build and link the libminimap2 submodule
ifeq ($(MINIMAP2), install)
- MINIMAP2_LIB = ./minimap2/libminimap2.a
- MINIMAP2_INCLUDE = -I./minimap2
+ MINIMAP2_LIB ?= ./minimap2/libminimap2.a
+ MINIMAP2_INCLUDE ?= -I./minimap2
else
- # Use system-wide htslib
- MINIMAP2_LIB =
- MINIMAP2_INCLUDE =
+ MINIMAP2_INCLUDE ?= -I/usr/include/minimap2
+ifeq ($(MINIMAP2), static)
+ MINIMAP2_LIB ?= /usr/lib/libminimap2.a
+else
+ MINIMAP2_LIB ?=
LIBS += -lminimap2
endif
+endif
# Default to build and link slow5 submodule
ifeq ($(SLOW5LIB), install)
|
