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@SQ	SN:GL000215.1	LN:172545	M5:5eb3b418480ae67a997957c909375a73	UR:ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/phase2_reference_assembly_sequence/hs37d5.fa.gz	AS:NCBI37	SP:Human
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@SQ	SN:GL000192.1	LN:547496	M5:325ba9e808f669dfeee210fdd7b470ac	UR:ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/phase2_reference_assembly_sequence/hs37d5.fa.gz	AS:NCBI37	SP:Human
@SQ	SN:NC_007605	LN:171823	M5:6743bd63b3ff2b5b8985d8933c53290a	UR:ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/phase2_reference_assembly_sequence/hs37d5.fa.gz	AS:NCBI37	SP:Human
@SQ	SN:hs37d5	LN:35477943	M5:5b6a4b3a81a2d3c134b7d14bf6ad39f1	UR:ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/phase2_reference_assembly_sequence/hs37d5.fa.gz	AS:NCBI37	SP:Human
@RG	ID:SRR741409	LB:IWG_IND-TG.HG02002-1_3pA	SM:HG02002	PI:266	CN:BCM	PL:ILLUMINA	DS:SRP001524
@RG	ID:SRR741410	LB:IWG_IND-TG.HG02002-1_3pA	SM:HG02002	PI:266	CN:BCM	PL:ILLUMINA	DS:SRP001524
@PG	ID:bwa_index	PN:bwa	VN:0.5.9-r16	CL:bwa index -a bwtsw $reference_fasta
@PG	ID:bwa_aln_fastq	PN:bwa	PP:bwa_index	VN:0.5.9-r16	CL:bwa aln -q 15 -f $sai_file $reference_fasta $fastq_file
@PG	ID:bwa_sam	PN:bwa	PP:bwa_aln_fastq	VN:0.5.9-r16	CL:bwa sampe -a 798 -r $rg_line -f $sam_file $reference_fasta $sai_file(s) $fastq_file(s)
@PG	ID:sam_to_fixed_bam	PN:samtools	PP:bwa_sam	VN:0.1.17 (r973:277)	CL:samtools view -bSu $sam_file | samtools sort -n -o - samtools_nsort_tmp | samtools fixmate /dev/stdin /dev/stdout | samtools sort -o - samtools_csort_tmp | samtools fillmd -u - $reference_fasta > $fixed_bam_file
@PG	ID:gatk_target_interval_creator	PN:GenomeAnalysisTK	PP:sam_to_fixed_bam	VN:1.2-29-g0acaf2d	CL:java $jvm_args -jar GenomeAnalysisTK.jar -T RealignerTargetCreator -R $reference_fasta -o $intervals_file -known $known_indels_file(s) 
@PG	ID:bam_realignment_around_known_indels	PN:GenomeAnalysisTK	PP:gatk_target_interval_creator	VN:1.2-29-g0acaf2d	CL:java $jvm_args -jar GenomeAnalysisTK.jar -T IndelRealigner -R $reference_fasta -I $bam_file -o $realigned_bam_file -targetIntervals $intervals_file -known $known_indels_file(s) -LOD 0.4 -model KNOWNS_ONLY -compress 0 --disable_bam_indexing
@PG	ID:bam_count_covariates	PN:GenomeAnalysisTK	PP:bam_realignment_around_known_indels	VN:1.2-29-g0acaf2d	CL:java $jvm_args -jar GenomeAnalysisTK.jar -T CountCovariates -R $reference_fasta -I $bam_file -recalFile $bam_file.recal_data.csv -knownSites $known_sites_file(s) -l INFO -L '1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;X;Y;MT' -cov ReadGroupCovariate -cov QualityScoreCovariate -cov CycleCovariate -cov DinucCovariate
@PG	ID:bam_recalibrate_quality_scores	PN:GenomeAnalysisTK	PP:bam_count_covariates	VN:1.2-29-g0acaf2d	CL:java $jvm_args -jar GenomeAnalysisTK.jar -T TableRecalibration -R $reference_fasta -recalFile $bam_file.recal_data.csv -I $bam_file -o $recalibrated_bam_file -l INFO -compress 0 --disable_bam_indexing
@PG	ID:bam_calculate_bq	PN:samtools	PP:bam_recalibrate_quality_scores	VN:0.1.17 (r973:277)	CL:samtools calmd -Erb $bam_file $reference_fasta > $bq_bam_file
@PG	ID:bam_merge	PN:picard	PP:bam_calculate_bq	VN:1.53	CL:java $jvm_args -jar MergeSamFiles.jar INPUT=$bam_file(s) OUTPUT=$merged_bam VALIDATION_STRINGENCY=SILENT
@PG	ID:bam_mark_duplicates	PN:picard	PP:bam_merge	VN:1.53	CL:java $jvm_args -jar MarkDuplicates.jar INPUT=$bam_file OUTPUT=$markdup_bam_file ASSUME_SORTED=TRUE METRICS_FILE=/dev/null VALIDATION_STRINGENCY=SILENT
@PG	ID:bam_merge.1	PN:picard	PP:bam_mark_duplicates	VN:1.53	CL:java $jvm_args -jar MergeSamFiles.jar INPUT=$bam_file(s) OUTPUT=$merged_bam VALIDATION_STRINGENCY=SILENT
@PG	ID:samtools	PN:samtools	PP:bam_merge.1	VN:1.10	CL:samtools view -h -o HG02002.sam tests/HG02002.bam
@CO	$known_indels_file(s) = ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/phase2_mapping_resources/ALL.wgs.indels_mills_devine_hg19_leftAligned_collapsed_double_hit.indels.sites.vcf.gz
@CO	$known_indels_file(s) .= ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/phase2_mapping_resources/ALL.wgs.low_coverage_vqsr.20101123.indels.sites.vcf.gz
@CO	$known_sites_file(s) = ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/phase2_mapping_resources/ALL.wgs.dbsnp.build135.snps.sites.vcf.gz
SRR741410.59076279	99	6	32771448	60	7M1D94M	=	32771594	246	AGGACTTCAGTACTATGTTGAATAGGAGTAATGAGAGGGGGCATTCTTGTCTTCTGCCAGTTTTCAAGGGGAATGCTTCCAGCTTTTGCCCATTCAGTATG	3NOFEHFHHIHEGIFHIHGHGKHFKKIKGEJHJILHLJKKKJJIIKJGIIIIIKKKKKJKGGFFJIMKKGJGEGONOCIJIIJJCCCJJHJIHCHIGFBED	X0:i:1	X1:i:0	MD:Z:7^C75G18	RG:Z:SRR741410	AM:i:37	NM:i:2	SM:i:37	MQ:i:60	XT:A:U	BQ:Z:@@@@@@@d@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
SRR741409.41474140	163	6	32771457	37	101M	=	32771663	241	AGTACTATGTTGAATAGGAGTAATGAGAGGGGGCATTCTTGTCTTCTGCCAGTTTTCAAGGGGAATGCTTCCAGGTTTTGCCCATTCAGTATGATGTTGGC	3MHDFIEGHHGHGKHFKJGKBCIGIHKHLKKKKIIIHJAGIIIIIKIJJKHJEDHHLKLKKMJIKGIJJGHNDLGHMCCGJKJJIDKLHJGIHMHGGALDA	X0:i:1	X1:i:0	MD:Z:101	RG:Z:SRR741409	AM:i:0	NM:i:0	SM:i:37	MQ:i:29	XT:A:U	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
SRR741410.46609899	147	6	32771476	60	101M	=	32771277	-299	GTAATGAGAGGGGGCATTCTTGTCTTCTGCCAGTTTTCAAGGGGAATGCTTCCAGCTTTTGCCCATTCAGTATGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATG	1CAFNMNHE>AE;4OEFHINJHMICGHIIGNHB@BLFHEJHEFIEFHFJHHIED<@F@GBF@CGFGGGHDEGGGIGDFFDGIGGGDGDIFGFFFF@FFII3	X0:i:1	X1:i:0	MD:Z:55G28C16	RG:Z:SRR741410	AM:i:37	NM:i:2	SM:i:37	MQ:i:60	XT:A:U	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
SRR741409.36424205	99	6	32771479	60	101M	=	32771584	205	ATGAGAGGGGGCATTCTTGTCTTCTGCCAGTTTTCAAGGGGAATGCTTCCAGGTTTTGCCCATTCAGTATGATGTTGGCTGCGGGTTTGTCATAGATGGCT	3KKDFDEGGFFCCFDDGEFKDHIFHHKFGEFGEGILHGFFGGICHGJHGIHEHGHIGHDFHFH@INEE?MGMCNNLNHNHFJ@HIGBBHIOJIKGGIFFAF	X0:i:1	X1:i:0	MD:Z:101	RG:Z:SRR741409	AM:i:37	NM:i:0	SM:i:37	MQ:i:60	XT:A:U	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@C
SRR741409.8404199	147	6	32771493	60	101M	=	32771339	-254	TCTTGTCTTCTGCCAGTTTTCAAGGGGAATGCTTCCAGGTTTTGCCCATTCAGTATGATGTTGGCTGCGGGTTTGTCATAGATGGCTCTTACTATTTTGAC	CDMMDBMNHHJIIIPIGGGHHDJIJIIFHIJJKIJJIJJMMMKLJMKEMJKKJHJJKJJILJEJLJJBIJHKKIHHJIFIIHIIIKHJIEHHDGIJIGMM3	X0:i:1	X1:i:0	MD:Z:101	RG:Z:SRR741409	AM:i:37	NM:i:0	SM:i:37	MQ:i:60	XT:A:U	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
SRR741409.247179	83	6	32771498	60	101M	=	32771213	-385	TCTTCTGCCAGTTTTCAAGGGGAATGCTTCCAGGTTTTGCCCATTCAGTATGATGTTGGCTGCGGGTTTGTCATAGATGGCTCTTACTATTTTGACGTATG	ELNFEOGHOJNGGPHHBOJJJICHIHHJGFGJJHKJLHIHIIHFHFKFGIIJIIFGJIJLJF?JJGKIIHHHHEHHDHIHEGIICDFDFHIIGGF=ECKL3	X0:i:1	X1:i:0	MD:Z:101	RG:Z:SRR741409	AM:i:37	NM:i:0	SM:i:37	MQ:i:60	XT:A:U	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
SRR741410.65647816	147	6	32771540	60	101M	=	32771354	-286	ATTCAGTATGATGTTGGCTGCGGGTTTGTCATAGATGGCTCTTACTATTTTGACGTATGTTCCTTCAATAACTAGTTTATCAAGAGTTTTTAACATGAAGG	7@H?A*B?8IMGECGJIOB<AD?GLEHFB7GFLIGIGFBE;I::HA.?@2:=@AGGIICFJC=?;DEE>@JIDECIE@?A>CD=GCHFAFDEEBFDEDJH3	X0:i:1	X1:i:0	MD:Z:101	RG:Z:SRR741410	AM:i:25	NM:i:0	SM:i:37	MQ:i:60	XT:A:U	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@C@
SRR741410.5342796	1123	6	32771547	60	101M	=	32771653	206	ATGATGTTGGCTGCGGGTTTGTCATAGATGGCTCTTACTATTTTGACGTATGTTCCTTCAATAACTAGTTTATCAAGAGTTTTTAACATGAAGGAGTGTTG	3LOFGHHFHIHGII?JJIDEHHHIHFKIFGIHJJJHGIJCHHHHKGH@GEIIIFJFJIKKIID@FJFJHDBDGHJEJHJLCLCCFOHOHHNCOOEGGDE?C	X0:i:1	X1:i:0	MD:Z:101	RG:Z:SRR741410	AM:i:37	NM:i:0	SM:i:37	MQ:i:60	XT:A:U	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
SRR741410.7851681	99	6	32771547	60	101M	=	32771653	206	ATGATGTTGGCTGCGGGTTTGTCATAGATGGCTCTTACTATTTTGACGTATGTTCCTTCAATAACTAGTTTATCAAGAGTTTTTAACATGAAGGAGTGTTG	3GOFBHHFHIHIII?HJGFFHEHHHFIGIJKJJJIHGIJGIHHHKHIBGEHIHGGIJIKJIIFKHHGJIBBFHIJIJNJLLCCCFFHJHHNNIOGHEFK>3	X0:i:1	X1:i:0	MD:Z:101	RG:Z:SRR741410	AM:i:37	NM:i:0	SM:i:37	MQ:i:60	XT:A:U	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
SRR741409.44188522	99	6	32771548	60	101M	=	32771662	214	TGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCTCTTACTATTTTGACGTATGTTCCTTCAATAGCTAGTTTCTCAAGAGTTTTTAACATGAAGGAGTGTTGA	3LIFFEAGGGHGBGHHFEFHFHHGEKGGGHHJIJHAGICHHHGKKHAJFJHJHKKKHIIKIGLKJHMJGC.7;HLKJK@FMHIHPHPKJIPHNGFGDGBFD	X0:i:1	X1:i:0	MD:Z:12C49A7A30	RG:Z:SRR741409	AM:i:37	NM:i:3	SM:i:37	MQ:i:60	XT:A:U	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@F
SRR741410.10295475	83	6	32771562	60	101M	=	32771372	-290	GGTTTGTCATAGATGGCTCTTACTATTTTGACGTATGTTCCTTCAATAGCTAGTTTAGCAAGAGTTTTTAACATGAAGGAGTGTTGAATTTTATCAGAAGA	57@>8@=JA9/37GCJIHOABGC,@6,6AHO:+FLG<6*).;)<9D+F>EAE+@@+E677=;7(@E<;+*BK>9.@?GD?,LCAFE5EM:;AD3BFA3D:1	X0:i:1	X1:i:0	MD:Z:48A8T43	RG:Z:SRR741410	AM:i:37	NM:i:2	SM:i:37	MQ:i:60	XT:A:U	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
SRR741409.36424205	147	6	32771584	60	101M	=	32771479	-205	CTATTTTGACGTATGTTCCTTCAATAACTAGTTTATCAAGAGTTTTTAACATGAAGGAGTGTTGAATTTTATCAGAAGACTTTTCTGCATCTATTGAGACA	GHKGEBIEG9ALKKION@LLNIIHAIJGFIILLGIJJHJHJEGGHIFFIFIJJHFGEFHGGI;IFGJKJBHGIIIEIEEHFIGGGF;FD?ICF6DGB:-.3	X0:i:1	X1:i:0	MD:Z:99T1	RG:Z:SRR741409	AM:i:37	NM:i:1	SM:i:37	MQ:i:60	XT:A:U	BQ:Z:B@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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SRR741410.61259835	1123	6	32771594	60	101M	=	32771769	275	GTATGTTCCTTCAATAACTAGTTTATCAAGAGTTTTTAACATGAAGGAGTGTTGAATTTTATCAGAAGACTTTTCTGCATCTATTGAGATAATCATGTGGG	(0/.+7@FFHFIHKHFKHIFKIFGEHJILKIKKFFGHELGIHKHKLLFHBFGGJJJIHIIGJJKLJMMJJHIIIKHKJJIKJDJIKGHJIGKHHJHNMFL:	X0:i:1	X1:i:0	MD:Z:101	RG:Z:SRR741410	AM:i:37	NM:i:0	SM:i:37	MQ:i:60	XT:A:U	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@AJ@
SRR741410.59076279	147	6	32771594	60	101M	=	32771448	-246	GTATGTTCCTTCAATAGCTAGTTTATCAAGAGTTTTTAACATGAAGGAGTGTTGAATTTTATCAGAAGACTTTTCTGCATCTATTGAGATAATCATGTGGG	ECFIGEHIJJIKHIGJJLHHHLLFHIKIKKKIMMMMGIJKJJKIKKKIHJGLIKHILLLGIIIJGHHHEHJKKHKHIIHHJEGJHDHHGDEGFGFFDFML3	X0:i:1	X1:i:0	MD:Z:16A84	RG:Z:SRR741410	AM:i:37	NM:i:1	SM:i:37	MQ:i:60	XT:A:U	BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@HJ@
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