# Perl-RDB 
# PROFboth
# 
# Copyright          : Burkhard Rost, CUBIC NYC / LION Heidelberg
# Email              : rost@columbia.edu
# WWW                : http://cubic.bioc.columbia.edu
# Version            : 2000.02
# 
# --------------------------------------------------------------------------------
# About your protein :
# 
# VALUE    PROT_ID   : query
# VALUE    PROT_NCHN : 1
# VALUE    PROT_NRES : 2465
# VALUE    PROT_NALI : 2820
# VALUE    PROT_NFAR : 2772
# VALUE    PROT_NFAR50-5: 346
# VALUE    PROT_NFAR40-5: 346
# VALUE    PROT_NFAR30-5: 343
# VALUE    PROT_NFAR5-5: 0
# 
# --------------------------------------------------------------------------------
# About the alignment:
# 
# VALUE    ALI_ORIG  : query.hsspPsiFil
# 
# --------------------------------------------------------------------------------
# About PROF specifics:
# 
# VALUE    PROF_FPAR : acc=/usr/share/profphd/prof/net/PROFboth_best.par
# VALUE    PROF_NNET : acc=6
# 
# --------------------------------------------------------------------------------
# Notation used      :
# 
# ------------------------------------------------------------------------
# NOTATION HEADER    : PROTEIN
# NOTATION PROT_ID   : identifier of protein [w]
# NOTATION PROT_NRES : number of residues [d]
# NOTATION PROT_NCHN : number of chains (if PDB protein) [d]
# NOTATION PROT_NALI : number of proteins aligned in family [d]
# NOTATION PROT_NFAR : number of distant relatives [d]
# 
# ------------------------------------------------------------------------
# NOTATION HEADER    : ALIGNMENT
# NOTATION HEADER    : ALIGNMENT: input file
# 
# ------------------------------------------------------------------------
# NOTATION HEADER    : INTERNAL
# NOTATION PROF_FPAR : name of parameter file, used [w]
# NOTATION PROF_NNET : number of networks used for prediction [d]
# 
# 
# ------------------------------------------------------------------------
# NOTATION BODY      : PROTEIN
# NOTATION NO        : counting residues [d]
# NOTATION AA        : amino acid one letter code [A-Z!a-z]
# NOTATION CHN       : protein chain [A-Z!a-z]
# 
# ------------------------------------------------------------------------
# NOTATION BODY      : PROF
# 
# ------------------------------------------------------------------------
# NOTATION BODY      : PROFsec
# NOTATION OHEL      : observed secondary structure: H=helix, E=extended (sheet), blank=other (loop)
# NOTATION PHEL      : PROF predicted secondary structure: H=helix, E=extended (sheet), blank=other (loop) PROF = PROF: Profile network prediction HeiDelberg
# NOTATION RI_S      : reliability index for PROFsec prediction (0=lo 9=high) Note: for the brief presentation strong predictions marked by '*'
# NOTATION pH        : 'probability' for assigning helix (1=high, 0=low)
# NOTATION pE        : 'probability' for assigning strand (1=high, 0=low)
# NOTATION pL        : 'probability' for assigning neither helix, nor strand (1=high, 0=low)
# NOTATION OtH       : actual neural network output from PROFsec for helix unit
# NOTATION OtE       : actual neural network output from PROFsec for strand unit
# NOTATION OtL       : actual neural network output from PROFsec for 'no-regular' unit
# 
# ------------------------------------------------------------------------
# NOTATION BODY      : PROFacc
# NOTATION OACC      : observed solvent accessibility (acc) in square Angstroem (taken from DSSP: W Kabsch and C Sander, Biopolymers, 22, 2577-2637, 1983)
# NOTATION PACC      : PROF predicted solvent accessibility (acc) in square Angstroem
# NOTATION OREL      : observed relative solvent accessibility (acc) in 10 states: a value of n (=0-9) corresponds to a relative acc. of between n*n % and (n+1)*(n+1) % (e.g. for n=5: 16-25%).
# NOTATION PREL      : PROF predicted relative solvent accessibility (acc) in 10 states: a value of n (=0-9) corresponds to a relative acc. of between n*n % and (n+1)*(n+1) % (e.g. for n=5: 16-25%).
# NOTATION RI_A      : reliability index for PROFacc prediction (0=low to 9=high) Note: for the brief presentation strong predictions marked by '*'
# NOTATION Obe       : observerd relative solvent accessibility (acc) in 2 states: b = 0-16%, e = 16-100%.
# NOTATION Pbe       : PROF predicted  relative solvent accessibility (acc) in 2 states: b = 0-16%, e = 16-100%.
# NOTATION Obie      : observerd relative solvent accessibility (acc) in 3 states: b = 0-9%, i = 9-36%, e = 36-100%.
# NOTATION Pbie      : PROF predicted relative solvent accessibility (acc) in 3 states: b = 0-9%, i = 9-36%, e = 36-100%.
# NOTATION Ot4       : actual neural network output from PROFsec for unit 0 coding for a relative solvent accessibility of 4*4 - 5*5 percent (16-25%). Note: OtN, with N=0-9 give the same information for the other output units!
# 
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# 
No	AA	OHEL	PHEL	RI_S	OACC	PACC	OREL	PREL	RI_A	pH	pE	pL	Obe	Pbe	Obie	Pbie	OtH	OtE	OtL	Ot0	Ot1	Ot2	Ot3	Ot4	Ot5	Ot6	Ot7	Ot8	Ot9
1	V	L	L	9	0	127	0	90	3	0	0	9	b	e	b	e	1	1	96	10	10	9	10	12	14	15	16	22	25
2	S	L	L	6	0	93	0	72	3	1	0	7	b	e	b	e	15	8	80	2	3	5	8	13	18	23	26	29	29
3	E	L	L	4	0	139	0	72	3	2	1	6	b	e	b	e	23	11	71	3	4	5	8	12	17	24	28	30	29
4	L	L	L	3	0	9	0	6	2	3	0	6	b	b	b	b	33	6	69	23	24	25	25	21	16	11	7	5	4
5	P	L	H	3	0	40	0	30	2	6	0	3	b	e	b	i	67	3	37	12	13	14	19	22	24	24	21	17	13
6	A	L	H	6	0	59	0	56	6	7	0	1	b	e	b	e	80	4	17	3	4	5	7	11	16	24	31	31	29
7	R	L	H	6	0	49	0	20	3	8	0	1	b	e	b	i	80	4	16	14	15	19	23	26	25	20	14	8	4
8	W	L	H	7	0	0	0	0	4	8	0	0	b	b	b	b	86	4	9	33	29	23	19	15	10	6	4	2	1
9	H	L	H	8	0	77	0	42	2	8	0	0	b	e	b	e	88	3	8	8	9	12	16	20	23	25	22	15	10
10	E	L	H	7	0	81	0	42	3	8	0	1	b	e	b	e	87	3	10	5	6	8	11	15	21	27	27	21	14
11	L	L	H	8	0	0	0	0	4	9	0	0	b	b	b	b	91	1	7	33	28	22	18	15	12	9	6	4	3
12	A	L	H	7	0	0	0	0	1	8	0	1	b	b	b	b	87	2	11	25	23	20	19	18	15	12	9	7	5
13	K	L	H	4	0	147	0	72	6	7	0	2	b	e	b	e	74	3	26	1	1	2	3	7	14	25	35	36	35
14	Q	L	H	2	0	83	0	42	2	5	0	3	b	e	b	e	60	4	39	7	9	12	16	20	24	25	23	19	14
15	F	L	L	2	0	0	0	0	0	3	0	5	b	b	b	b	36	5	60	25	25	24	22	19	13	9	6	4	3
16	P	L	H	0	0	76	0	56	3	4	0	4	b	e	b	e	51	6	47	6	7	8	11	15	20	25	27	24	21
17	K	L	H	1	0	147	0	72	3	5	0	3	b	e	b	e	56	9	38	3	4	5	8	11	16	22	28	29	28
18	L	L	H	1	0	0	0	0	0	5	0	3	b	b	b	b	56	7	38	26	25	24	23	20	15	11	8	7	7
19	E	L	H	0	0	108	0	56	2	4	0	4	b	e	b	e	49	8	47	6	7	9	12	16	20	24	25	24	23
20	R	L	L	2	0	178	0	72	5	3	0	5	b	e	b	e	35	10	58	3	4	5	7	10	15	22	28	32	32
21	I	L	L	6	0	20	0	12	1	1	0	7	b	b	b	i	13	8	81	20	22	25	26	22	17	12	8	6	5
22	P	L	L	6	0	57	0	42	2	1	0	8	b	e	b	e	14	5	82	6	6	8	11	17	23	27	27	22	18
23	G	L	H	0	0	35	0	42	0	4	0	4	b	e	b	e	51	3	49	10	10	11	13	16	19	22	22	21	20
24	E	L	H	3	0	108	0	56	2	6	0	3	b	e	b	e	67	2	31	7	8	10	14	17	20	22	24	23	21
25	R	L	H	4	0	138	0	56	3	7	0	2	b	e	b	e	72	3	26	5	6	8	12	16	20	25	26	23	19
26	L	L	H	6	0	32	0	20	0	8	0	1	b	e	b	i	81	3	17	19	18	19	21	22	20	16	11	6	3
27	L	L	H	8	0	0	0	0	3	9	0	0	b	b	b	b	90	2	8	31	28	23	20	17	12	8	5	2	1
28	N	L	H	8	0	87	0	56	4	9	0	0	b	e	b	e	90	2	7	3	4	5	9	14	21	27	28	21	15
29	D	L	H	8	0	48	0	30	3	9	0	0	b	e	b	i	91	1	7	9	10	13	18	22	26	25	20	13	9
30	L	L	H	8	0	0	0	0	9	9	0	0	b	b	b	b	92	1	6	43	34	19	11	7	4	3	2	1	0
31	R	L	H	8	0	49	0	20	3	8	0	0	b	e	b	i	89	1	9	14	15	18	22	25	24	20	13	7	3
32	D	L	H	7	0	91	0	56	3	8	0	0	b	e	b	e	89	2	10	4	5	8	11	15	21	27	28	22	16
33	W	L	H	7	0	0	0	0	0	8	0	1	b	b	b	b	85	3	15	23	23	23	23	21	16	11	7	4	3
34	F	L	H	5	0	0	0	0	2	7	0	1	b	b	b	b	79	6	21	28	26	23	21	18	14	10	7	5	4
35	H	L	H	2	0	103	0	56	3	5	0	3	b	e	b	e	63	8	36	7	8	10	12	15	19	23	25	23	21
36	N	L	L	2	0	65	0	42	1	3	0	5	b	e	b	e	40	6	60	8	9	11	15	18	20	22	22	20	18
37	D	L	L	5	0	91	0	56	1	1	0	7	b	e	b	e	19	5	78	8	8	10	13	17	20	22	23	23	22
38	D	L	L	6	0	91	0	56	3	1	0	7	b	e	b	e	14	8	82	6	6	8	12	16	20	24	26	25	23
39	P	L	L	6	0	16	0	12	1	1	0	7	b	b	b	i	16	9	78	17	19	22	23	21	18	15	13	12	12
40	D	L	L	5	0	91	0	56	3	1	0	7	b	e	b	e	19	7	77	5	6	8	11	14	19	23	25	25	24
41	K	L	L	4	0	147	0	72	1	2	0	6	b	e	b	e	28	8	71	6	7	9	13	15	18	21	22	23	23
42	R	L	L	4	0	74	0	30	0	2	0	6	b	e	b	i	27	8	70	10	11	13	17	19	21	21	20	19	18
43	D	L	L	3	0	117	0	72	2	2	0	6	b	e	b	e	30	9	68	5	6	8	12	15	18	21	23	26	26
44	K	L	L	3	0	147	0	72	3	2	1	6	b	e	b	e	31	11	65	4	5	7	10	13	17	21	24	27	27
45	I	L	L	3	0	33	0	20	0	2	1	5	b	e	b	i	30	13	64	11	13	16	19	21	21	20	18	16	15
46	T	L	L	4	0	102	0	72	0	2	1	6	b	e	b	e	24	12	70	10	11	13	16	18	19	20	20	22	22
47	S	L	L	5	0	93	0	72	0	1	0	7	b	e	b	e	18	9	75	10	11	13	16	19	20	20	20	21	20
48	Q	L	L	5	0	142	0	72	1	1	1	7	b	e	b	e	18	11	74	9	9	11	14	16	19	21	22	23	22
49	L	L	L	5	0	0	0	0	0	1	1	7	b	b	b	b	18	12	71	23	23	23	23	20	17	13	9	7	6
50	P	L	L	1	0	0	0	0	0	3	0	5	b	b	b	b	42	9	56	21	21	21	21	20	18	16	13	10	8
51	N	L	H	0	0	47	0	30	0	5	0	4	b	e	b	i	55	6	47	15	15	14	16	17	18	18	17	15	13
52	T	L	H	2	0	0	0	0	1	5	0	3	b	b	b	b	61	9	34	26	26	23	22	19	16	11	8	5	4
53	L	L	H	3	0	0	0	0	5	6	1	2	b	b	b	b	65	12	29	35	31	22	18	13	9	6	4	2	1
54	L	L	H	3	0	0	0	0	3	6	1	2	b	b	b	b	64	12	27	29	27	22	19	16	13	9	6	3	2
55	T	L	H	3	0	0	0	0	4	6	0	2	b	b	b	b	68	8	29	33	29	21	18	14	11	7	4	2	1
56	P	L	H	6	0	0	0	0	7	7	0	1	b	b	b	b	81	5	17	37	31	17	13	9	7	5	3	2	1
57	L	L	H	7	0	0	0	0	9	8	0	0	b	b	b	b	86	6	10	42	34	18	12	7	4	2	1	0	0
58	V	L	H	7	0	0	0	0	6	8	0	0	b	b	b	b	87	6	8	36	30	19	14	11	8	5	3	1	0
59	V	L	H	7	0	0	0	0	9	8	0	0	b	b	b	b	87	5	10	44	34	16	10	7	5	3	1	0	0
60	L	L	H	8	0	0	0	0	9	9	0	0	b	b	b	b	93	3	4	44	34	17	11	7	4	2	1	0	0
61	T	L	H	8	0	0	0	0	6	9	0	0	b	b	b	b	94	2	5	36	30	17	13	10	8	5	3	1	1
62	Q	L	H	8	0	0	0	0	5	9	0	0	b	b	b	b	93	1	5	34	29	20	17	13	10	6	3	1	0
63	L	L	H	9	0	0	0	0	9	9	0	0	b	b	b	b	94	1	4	45	35	17	10	6	4	2	1	0	0
64	A	L	H	8	0	0	0	0	6	9	0	0	b	b	b	b	94	1	5	35	29	18	15	12	9	6	4	2	1
65	H	L	H	8	0	0	0	0	1	9	0	0	b	b	b	b	94	1	6	24	23	19	19	17	16	12	8	4	2
66	F	L	H	8	0	0	0	0	7	9	0	0	b	b	b	b	92	2	6	40	33	20	15	10	6	3	1	0	0
67	A	L	H	8	0	0	0	0	4	9	0	0	b	b	b	b	92	2	6	32	28	21	17	14	11	7	4	2	1
68	R	L	H	8	0	74	0	30	2	9	0	0	b	e	b	i	92	2	7	12	13	15	18	21	24	23	19	12	8
69	Y	L	H	7	0	0	0	0	0	8	0	1	b	b	b	b	85	3	13	24	23	22	21	20	16	11	7	4	3
70	L	L	H	5	0	0	0	0	3	7	0	2	b	b	b	b	78	5	21	31	28	23	20	17	12	8	5	3	2
71	S	L	H	3	0	72	0	56	3	6	0	3	b	e	b	e	65	7	34	8	9	10	12	14	17	21	24	23	22
72	Y	L	L	0	0	93	0	42	1	4	0	4	b	e	b	e	48	7	50	8	9	12	16	19	21	22	22	20	18
73	N	L	L	4	0	65	0	42	1	2	0	6	b	e	b	e	27	7	71	10	10	12	16	19	21	22	21	19	17
74	P	L	L	4	0	40	0	30	0	2	0	6	b	e	b	i	30	6	70	12	13	15	18	20	21	21	20	20	19
75	S	L	L	3	0	117	0	90	2	2	0	6	b	e	b	e	31	7	67	6	7	9	11	14	16	19	22	26	27
76	G	L	L	3	0	60	0	72	1	2	0	6	b	e	b	e	28	8	67	8	9	11	13	15	18	20	22	24	24
77	G	L	L	4	0	25	0	30	0	2	0	6	b	e	b	i	24	8	72	12	12	14	17	19	20	20	19	19	18
78	S	L	L	5	0	93	0	72	1	2	0	7	b	e	b	e	21	10	74	10	10	12	15	17	19	21	22	23	23
79	V	L	L	4	0	28	0	20	0	2	1	6	b	e	b	i	25	14	65	12	13	16	19	20	20	19	17	15	13
80	H	L	L	3	0	77	0	42	2	2	1	6	b	e	b	e	27	13	62	11	11	13	16	19	22	23	21	18	15
81	A	L	L	0	0	0	0	0	0	4	1	4	b	b	b	b	42	11	50	21	21	20	20	19	18	16	13	11	9
82	D	L	H	0	0	68	0	42	1	4	0	4	b	e	b	e	50	8	46	9	10	12	15	17	20	22	22	20	18
83	D	L	H	1	0	91	0	56	2	5	0	3	b	e	b	e	57	9	38	8	8	10	12	15	19	22	24	23	21
84	L	L	H	1	0	0	0	0	1	5	1	3	b	b	b	b	55	13	37	25	23	20	19	18	16	13	10	8	6
85	F	L	H	1	0	0	0	0	2	4	1	3	b	b	b	b	50	17	39	27	25	21	19	17	13	10	8	6	5
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