File: input.top

package info (click to toggle)
openmm 8.1.2%2Bdfsg-12
links: PTS, VCS
area: main
in suites: forky, sid
size: 119,192 kB
sloc: xml: 377,325; cpp: 226,673; ansic: 42,767; python: 32,634; lisp: 2,441; sh: 440; makefile: 254; f90: 233; csh: 19
file content (5553 lines) | stat: -rw-r--r-- 170,667 bytes
parent folder | download | duplicates (8)
;
;	File 'topol.top' was generated
;	By user: peastman (1000)
;	On host: higgs
;	At date: Wed Apr 17 13:46:13 2013
;
;	This is a standalone topology file
;
;	It was generated using program:
;	pdb2gmx - VERSION 4.5.5
;
;	Command line was:
;	pdb2gmx -f input.pdb 
;
;	Force field was read from the standard Gromacs share directory.
;

; Include forcefield parameters
#include "amber99sb.ff/forcefield.itp"

[ moleculetype ]
; Name            nrexcl
Protein             3

[ atoms ]
;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB
; residue   1 LEU rtp NLEU q +1.0
     1         N3      1    LEU      N      1      0.101      14.01   ; qtot 0.101
     2          H      1    LEU     H1      2     0.2148      1.008   ; qtot 0.3158
     3          H      1    LEU     H2      3     0.2148      1.008   ; qtot 0.5306
     4          H      1    LEU     H3      4     0.2148      1.008   ; qtot 0.7454
     5         CT      1    LEU     CA      5     0.0104      12.01   ; qtot 0.7558
     6         HP      1    LEU     HA      6     0.1053      1.008   ; qtot 0.8611
     7         CT      1    LEU     CB      7    -0.0244      12.01   ; qtot 0.8367
     8         HC      1    LEU    HB1      8     0.0256      1.008   ; qtot 0.8623
     9         HC      1    LEU    HB2      9     0.0256      1.008   ; qtot 0.8879
    10         CT      1    LEU     CG     10     0.3421      12.01   ; qtot 1.23
    11         HC      1    LEU     HG     11     -0.038      1.008   ; qtot 1.192
    12         CT      1    LEU    CD1     12    -0.4106      12.01   ; qtot 0.7814
    13         HC      1    LEU   HD11     13      0.098      1.008   ; qtot 0.8794
    14         HC      1    LEU   HD12     14      0.098      1.008   ; qtot 0.9774
    15         HC      1    LEU   HD13     15      0.098      1.008   ; qtot 1.075
    16         CT      1    LEU    CD2     16    -0.4104      12.01   ; qtot 0.665
    17         HC      1    LEU   HD21     17      0.098      1.008   ; qtot 0.763
    18         HC      1    LEU   HD22     18      0.098      1.008   ; qtot 0.861
    19         HC      1    LEU   HD23     19      0.098      1.008   ; qtot 0.959
    20          C      1    LEU      C     20     0.6123      12.01   ; qtot 1.571
    21          O      1    LEU      O     21    -0.5713         16   ; qtot 1
; residue   2 SER rtp SER  q  0.0
    22          N      2    SER      N     22    -0.4157      14.01   ; qtot 0.5843
    23          H      2    SER      H     23     0.2719      1.008   ; qtot 0.8562
    24         CT      2    SER     CA     24    -0.0249      12.01   ; qtot 0.8313
    25         H1      2    SER     HA     25     0.0843      1.008   ; qtot 0.9156
    26         CT      2    SER     CB     26     0.2117      12.01   ; qtot 1.127
    27         H1      2    SER    HB1     27     0.0352      1.008   ; qtot 1.162
    28         H1      2    SER    HB2     28     0.0352      1.008   ; qtot 1.198
    29         OH      2    SER     OG     29    -0.6546         16   ; qtot 0.5431
    30         HO      2    SER     HG     30     0.4275      1.008   ; qtot 0.9706
    31          C      2    SER      C     31     0.5973      12.01   ; qtot 1.568
    32          O      2    SER      O     32    -0.5679         16   ; qtot 1
; residue   3 ASP rtp ASP  q -1.0
    33          N      3    ASP      N     33    -0.5163      14.01   ; qtot 0.4837
    34          H      3    ASP      H     34     0.2936      1.008   ; qtot 0.7773
    35         CT      3    ASP     CA     35     0.0381      12.01   ; qtot 0.8154
    36         H1      3    ASP     HA     36      0.088      1.008   ; qtot 0.9034
    37         CT      3    ASP     CB     37    -0.0303      12.01   ; qtot 0.8731
    38         HC      3    ASP    HB1     38    -0.0122      1.008   ; qtot 0.8609
    39         HC      3    ASP    HB2     39    -0.0122      1.008   ; qtot 0.8487
    40          C      3    ASP     CG     40     0.7994      12.01   ; qtot 1.648
    41         O2      3    ASP    OD1     41    -0.8014         16   ; qtot 0.8467
    42         O2      3    ASP    OD2     42    -0.8014         16   ; qtot 0.0453
    43          C      3    ASP      C     43     0.5366      12.01   ; qtot 0.5819
    44          O      3    ASP      O     44    -0.5819         16   ; qtot 0
; residue   4 GLU rtp GLU  q -1.0
    45          N      4    GLU      N     45    -0.5163      14.01   ; qtot -0.5163
    46          H      4    GLU      H     46     0.2936      1.008   ; qtot -0.2227
    47         CT      4    GLU     CA     47     0.0397      12.01   ; qtot -0.183
    48         H1      4    GLU     HA     48     0.1105      1.008   ; qtot -0.0725
    49         CT      4    GLU     CB     49      0.056      12.01   ; qtot -0.0165
    50         HC      4    GLU    HB1     50    -0.0173      1.008   ; qtot -0.0338
    51         HC      4    GLU    HB2     51    -0.0173      1.008   ; qtot -0.0511
    52         CT      4    GLU     CG     52     0.0136      12.01   ; qtot -0.0375
    53         HC      4    GLU    HG1     53    -0.0425      1.008   ; qtot -0.08
    54         HC      4    GLU    HG2     54    -0.0425      1.008   ; qtot -0.1225
    55          C      4    GLU     CD     55     0.8054      12.01   ; qtot 0.6829
    56         O2      4    GLU    OE1     56    -0.8188         16   ; qtot -0.1359
    57         O2      4    GLU    OE2     57    -0.8188         16   ; qtot -0.9547
    58          C      4    GLU      C     58     0.5366      12.01   ; qtot -0.4181
    59          O      4    GLU      O     59    -0.5819         16   ; qtot -1
; residue   5 ASP rtp ASP  q -1.0
    60          N      5    ASP      N     60    -0.5163      14.01   ; qtot -1.516
    61          H      5    ASP      H     61     0.2936      1.008   ; qtot -1.223
    62         CT      5    ASP     CA     62     0.0381      12.01   ; qtot -1.185
    63         H1      5    ASP     HA     63      0.088      1.008   ; qtot -1.097
    64         CT      5    ASP     CB     64    -0.0303      12.01   ; qtot -1.127
    65         HC      5    ASP    HB1     65    -0.0122      1.008   ; qtot -1.139
    66         HC      5    ASP    HB2     66    -0.0122      1.008   ; qtot -1.151
    67          C      5    ASP     CG     67     0.7994      12.01   ; qtot -0.3519
    68         O2      5    ASP    OD1     68    -0.8014         16   ; qtot -1.153
    69         O2      5    ASP    OD2     69    -0.8014         16   ; qtot -1.955
    70          C      5    ASP      C     70     0.5366      12.01   ; qtot -1.418
    71          O      5    ASP      O     71    -0.5819         16   ; qtot -2
; residue   6 PHE rtp PHE  q  0.0
    72          N      6    PHE      N     72    -0.4157      14.01   ; qtot -2.416
    73          H      6    PHE      H     73     0.2719      1.008   ; qtot -2.144
    74         CT      6    PHE     CA     74    -0.0024      12.01   ; qtot -2.146
    75         H1      6    PHE     HA     75     0.0978      1.008   ; qtot -2.048
    76         CT      6    PHE     CB     76    -0.0343      12.01   ; qtot -2.083
    77         HC      6    PHE    HB1     77     0.0295      1.008   ; qtot -2.053
    78         HC      6    PHE    HB2     78     0.0295      1.008   ; qtot -2.024
    79         CA      6    PHE     CG     79     0.0118      12.01   ; qtot -2.012
    80         CA      6    PHE    CD1     80    -0.1256      12.01   ; qtot -2.138
    81         HA      6    PHE    HD1     81      0.133      1.008   ; qtot -2.005
    82         CA      6    PHE    CE1     82    -0.1704      12.01   ; qtot -2.175
    83         HA      6    PHE    HE1     83      0.143      1.008   ; qtot -2.032
    84         CA      6    PHE     CZ     84    -0.1072      12.01   ; qtot -2.139
    85         HA      6    PHE     HZ     85     0.1297      1.008   ; qtot -2.009
    86         CA      6    PHE    CE2     86    -0.1704      12.01   ; qtot -2.18
    87         HA      6    PHE    HE2     87      0.143      1.008   ; qtot -2.037
    88         CA      6    PHE    CD2     88    -0.1256      12.01   ; qtot -2.162
    89         HA      6    PHE    HD2     89      0.133      1.008   ; qtot -2.029
    90          C      6    PHE      C     90     0.5973      12.01   ; qtot -1.432
    91          O      6    PHE      O     91    -0.5679         16   ; qtot -2
; residue   7 LYS rtp LYS  q +1.0
    92          N      7    LYS      N     92    -0.3479      14.01   ; qtot -2.348
    93          H      7    LYS      H     93     0.2747      1.008   ; qtot -2.073
    94         CT      7    LYS     CA     94      -0.24      12.01   ; qtot -2.313
    95         H1      7    LYS     HA     95     0.1426      1.008   ; qtot -2.171
    96         CT      7    LYS     CB     96    -0.0094      12.01   ; qtot -2.18
    97         HC      7    LYS    HB1     97     0.0362      1.008   ; qtot -2.144
    98         HC      7    LYS    HB2     98     0.0362      1.008   ; qtot -2.108
    99         CT      7    LYS     CG     99     0.0187      12.01   ; qtot -2.089
   100         HC      7    LYS    HG1    100     0.0103      1.008   ; qtot -2.079
   101         HC      7    LYS    HG2    101     0.0103      1.008   ; qtot -2.068
   102         CT      7    LYS     CD    102    -0.0479      12.01   ; qtot -2.116
   103         HC      7    LYS    HD1    103     0.0621      1.008   ; qtot -2.054
   104         HC      7    LYS    HD2    104     0.0621      1.008   ; qtot -1.992
   105         CT      7    LYS     CE    105    -0.0143      12.01   ; qtot -2.006
   106         HP      7    LYS    HE1    106     0.1135      1.008   ; qtot -1.893
   107         HP      7    LYS    HE2    107     0.1135      1.008   ; qtot -1.779
   108         N3      7    LYS     NZ    108    -0.3854      14.01   ; qtot -2.165
   109          H      7    LYS    HZ1    109       0.34      1.008   ; qtot -1.825
   110          H      7    LYS    HZ2    110       0.34      1.008   ; qtot -1.485
   111          H      7    LYS    HZ3    111       0.34      1.008   ; qtot -1.145
   112          C      7    LYS      C    112     0.7341      12.01   ; qtot -0.4106
   113          O      7    LYS      O    113    -0.5894         16   ; qtot -1
; residue   8 ALA rtp ALA  q  0.0
   114          N      8    ALA      N    114    -0.4157      14.01   ; qtot -1.416
   115          H      8    ALA      H    115     0.2719      1.008   ; qtot -1.144
   116         CT      8    ALA     CA    116     0.0337      12.01   ; qtot -1.11
   117         H1      8    ALA     HA    117     0.0823      1.008   ; qtot -1.028
   118         CT      8    ALA     CB    118    -0.1825      12.01   ; qtot -1.21
   119         HC      8    ALA    HB1    119     0.0603      1.008   ; qtot -1.15
   120         HC      8    ALA    HB2    120     0.0603      1.008   ; qtot -1.09
   121         HC      8    ALA    HB3    121     0.0603      1.008   ; qtot -1.029
   122          C      8    ALA      C    122     0.5973      12.01   ; qtot -0.4321
   123          O      8    ALA      O    123    -0.5679         16   ; qtot -1
; residue   9 VAL rtp VAL  q  0.0
   124          N      9    VAL      N    124    -0.4157      14.01   ; qtot -1.416
   125          H      9    VAL      H    125     0.2719      1.008   ; qtot -1.144
   126         CT      9    VAL     CA    126    -0.0875      12.01   ; qtot -1.231
   127         H1      9    VAL     HA    127     0.0969      1.008   ; qtot -1.134
   128         CT      9    VAL     CB    128     0.2985      12.01   ; qtot -0.8359
   129         HC      9    VAL     HB    129    -0.0297      1.008   ; qtot -0.8656
   130         CT      9    VAL    CG1    130    -0.3192      12.01   ; qtot -1.185
   131         HC      9    VAL   HG11    131     0.0791      1.008   ; qtot -1.106
   132         HC      9    VAL   HG12    132     0.0791      1.008   ; qtot -1.027
   133         HC      9    VAL   HG13    133     0.0791      1.008   ; qtot -0.9475
   134         CT      9    VAL    CG2    134    -0.3192      12.01   ; qtot -1.267
   135         HC      9    VAL   HG21    135     0.0791      1.008   ; qtot -1.188
   136         HC      9    VAL   HG22    136     0.0791      1.008   ; qtot -1.109
   137         HC      9    VAL   HG23    137     0.0791      1.008   ; qtot -1.029
   138          C      9    VAL      C    138     0.5973      12.01   ; qtot -0.4321
   139          O      9    VAL      O    139    -0.5679         16   ; qtot -1
; residue  10 PHE rtp PHE  q  0.0
   140          N     10    PHE      N    140    -0.4157      14.01   ; qtot -1.416
   141          H     10    PHE      H    141     0.2719      1.008   ; qtot -1.144
   142         CT     10    PHE     CA    142    -0.0024      12.01   ; qtot -1.146
   143         H1     10    PHE     HA    143     0.0978      1.008   ; qtot -1.048
   144         CT     10    PHE     CB    144    -0.0343      12.01   ; qtot -1.083
   145         HC     10    PHE    HB1    145     0.0295      1.008   ; qtot -1.053
   146         HC     10    PHE    HB2    146     0.0295      1.008   ; qtot -1.024
   147         CA     10    PHE     CG    147     0.0118      12.01   ; qtot -1.012
   148         CA     10    PHE    CD1    148    -0.1256      12.01   ; qtot -1.138
   149         HA     10    PHE    HD1    149      0.133      1.008   ; qtot -1.005
   150         CA     10    PHE    CE1    150    -0.1704      12.01   ; qtot -1.175
   151         HA     10    PHE    HE1    151      0.143      1.008   ; qtot -1.032
   152         CA     10    PHE     CZ    152    -0.1072      12.01   ; qtot -1.139
   153         HA     10    PHE     HZ    153     0.1297      1.008   ; qtot -1.009
   154         CA     10    PHE    CE2    154    -0.1704      12.01   ; qtot -1.18
   155         HA     10    PHE    HE2    155      0.143      1.008   ; qtot -1.037
   156         CA     10    PHE    CD2    156    -0.1256      12.01   ; qtot -1.162
   157         HA     10    PHE    HD2    157      0.133      1.008   ; qtot -1.029
   158          C     10    PHE      C    158     0.5973      12.01   ; qtot -0.4321
   159          O     10    PHE      O    159    -0.5679         16   ; qtot -1
; residue  11 GLY rtp GLY  q  0.0
   160          N     11    GLY      N    160    -0.4157      14.01   ; qtot -1.416
   161          H     11    GLY      H    161     0.2719      1.008   ; qtot -1.144
   162         CT     11    GLY     CA    162    -0.0252      12.01   ; qtot -1.169
   163         H1     11    GLY    HA1    163     0.0698      1.008   ; qtot -1.099
   164         H1     11    GLY    HA2    164     0.0698      1.008   ; qtot -1.029
   165          C     11    GLY      C    165     0.5973      12.01   ; qtot -0.4321
   166          O     11    GLY      O    166    -0.5679         16   ; qtot -1
; residue  12 MET rtp MET  q  0.0
   167          N     12    MET      N    167    -0.4157      14.01   ; qtot -1.416
   168          H     12    MET      H    168     0.2719      1.008   ; qtot -1.144
   169         CT     12    MET     CA    169    -0.0237      12.01   ; qtot -1.167
   170         H1     12    MET     HA    170      0.088      1.008   ; qtot -1.079
   171         CT     12    MET     CB    171     0.0342      12.01   ; qtot -1.045
   172         HC     12    MET    HB1    172     0.0241      1.008   ; qtot -1.021
   173         HC     12    MET    HB2    173     0.0241      1.008   ; qtot -0.9971
   174         CT     12    MET     CG    174     0.0018      12.01   ; qtot -0.9953
   175         H1     12    MET    HG1    175      0.044      1.008   ; qtot -0.9513
   176         H1     12    MET    HG2    176      0.044      1.008   ; qtot -0.9073
   177          S     12    MET     SD    177    -0.2737      32.06   ; qtot -1.181
   178         CT     12    MET     CE    178    -0.0536      12.01   ; qtot -1.235
   179         H1     12    MET    HE1    179     0.0684      1.008   ; qtot -1.166
   180         H1     12    MET    HE2    180     0.0684      1.008   ; qtot -1.098
   181         H1     12    MET    HE3    181     0.0684      1.008   ; qtot -1.029
   182          C     12    MET      C    182     0.5973      12.01   ; qtot -0.4321
   183          O     12    MET      O    183    -0.5679         16   ; qtot -1
; residue  13 THR rtp THR  q  0.0
   184          N     13    THR      N    184    -0.4157      14.01   ; qtot -1.416
   185          H     13    THR      H    185     0.2719      1.008   ; qtot -1.144
   186         CT     13    THR     CA    186    -0.0389      12.01   ; qtot -1.183
   187         H1     13    THR     HA    187     0.1007      1.008   ; qtot -1.082
   188         CT     13    THR     CB    188     0.3654      12.01   ; qtot -0.7166
   189         H1     13    THR     HB    189     0.0043      1.008   ; qtot -0.7123
   190         CT     13    THR    CG2    190    -0.2438      12.01   ; qtot -0.9561
   191         HC     13    THR   HG21    191     0.0642      1.008   ; qtot -0.8919
   192         HC     13    THR   HG22    192     0.0642      1.008   ; qtot -0.8277
   193         HC     13    THR   HG23    193     0.0642      1.008   ; qtot -0.7635
   194         OH     13    THR    OG1    194    -0.6761         16   ; qtot -1.44
   195         HO     13    THR    HG1    195     0.4102      1.008   ; qtot -1.029
   196          C     13    THR      C    196     0.5973      12.01   ; qtot -0.4321
   197          O     13    THR      O    197    -0.5679         16   ; qtot -1
; residue  14 ARG rtp ARG  q +1.0
   198          N     14    ARG      N    198    -0.3479      14.01   ; qtot -1.348
   199          H     14    ARG      H    199     0.2747      1.008   ; qtot -1.073
   200         CT     14    ARG     CA    200    -0.2637      12.01   ; qtot -1.337
   201         H1     14    ARG     HA    201      0.156      1.008   ; qtot -1.181
   202         CT     14    ARG     CB    202    -0.0007      12.01   ; qtot -1.182
   203         HC     14    ARG    HB1    203     0.0327      1.008   ; qtot -1.149
   204         HC     14    ARG    HB2    204     0.0327      1.008   ; qtot -1.116
   205         CT     14    ARG     CG    205      0.039      12.01   ; qtot -1.077
   206         HC     14    ARG    HG1    206     0.0285      1.008   ; qtot -1.049
   207         HC     14    ARG    HG2    207     0.0285      1.008   ; qtot -1.02
   208         CT     14    ARG     CD    208     0.0486      12.01   ; qtot -0.9716
   209         H1     14    ARG    HD1    209     0.0687      1.008   ; qtot -0.9029
   210         H1     14    ARG    HD2    210     0.0687      1.008   ; qtot -0.8342
   211         N2     14    ARG     NE    211    -0.5295      14.01   ; qtot -1.364
   212          H     14    ARG     HE    212     0.3456      1.008   ; qtot -1.018
   213         CA     14    ARG     CZ    213     0.8076      12.01   ; qtot -0.2105
   214         N2     14    ARG    NH1    214    -0.8627      14.01   ; qtot -1.073
   215          H     14    ARG   HH11    215     0.4478      1.008   ; qtot -0.6254
   216          H     14    ARG   HH12    216     0.4478      1.008   ; qtot -0.1776
   217         N2     14    ARG    NH2    217    -0.8627      14.01   ; qtot -1.04
   218          H     14    ARG   HH21    218     0.4478      1.008   ; qtot -0.5925
   219          H     14    ARG   HH22    219     0.4478      1.008   ; qtot -0.1447
   220          C     14    ARG      C    220     0.7341      12.01   ; qtot 0.5894
   221          O     14    ARG      O    221    -0.5894         16   ; qtot 0
; residue  15 SER rtp SER  q  0.0
   222          N     15    SER      N    222    -0.4157      14.01   ; qtot -0.4157
   223          H     15    SER      H    223     0.2719      1.008   ; qtot -0.1438
   224         CT     15    SER     CA    224    -0.0249      12.01   ; qtot -0.1687
   225         H1     15    SER     HA    225     0.0843      1.008   ; qtot -0.0844
   226         CT     15    SER     CB    226     0.2117      12.01   ; qtot 0.1273
   227         H1     15    SER    HB1    227     0.0352      1.008   ; qtot 0.1625
   228         H1     15    SER    HB2    228     0.0352      1.008   ; qtot 0.1977
   229         OH     15    SER     OG    229    -0.6546         16   ; qtot -0.4569
   230         HO     15    SER     HG    230     0.4275      1.008   ; qtot -0.0294
   231          C     15    SER      C    231     0.5973      12.01   ; qtot 0.5679
   232          O     15    SER      O    232    -0.5679         16   ; qtot 0
; residue  16 ALA rtp ALA  q  0.0
   233          N     16    ALA      N    233    -0.4157      14.01   ; qtot -0.4157
   234          H     16    ALA      H    234     0.2719      1.008   ; qtot -0.1438
   235         CT     16    ALA     CA    235     0.0337      12.01   ; qtot -0.1101
   236         H1     16    ALA     HA    236     0.0823      1.008   ; qtot -0.0278
   237         CT     16    ALA     CB    237    -0.1825      12.01   ; qtot -0.2103
   238         HC     16    ALA    HB1    238     0.0603      1.008   ; qtot -0.15
   239         HC     16    ALA    HB2    239     0.0603      1.008   ; qtot -0.0897
   240         HC     16    ALA    HB3    240     0.0603      1.008   ; qtot -0.0294
   241          C     16    ALA      C    241     0.5973      12.01   ; qtot 0.5679
   242          O     16    ALA      O    242    -0.5679         16   ; qtot 0
; residue  17 PHE rtp PHE  q  0.0
   243          N     17    PHE      N    243    -0.4157      14.01   ; qtot -0.4157
   244          H     17    PHE      H    244     0.2719      1.008   ; qtot -0.1438
   245         CT     17    PHE     CA    245    -0.0024      12.01   ; qtot -0.1462
   246         H1     17    PHE     HA    246     0.0978      1.008   ; qtot -0.0484
   247         CT     17    PHE     CB    247    -0.0343      12.01   ; qtot -0.0827
   248         HC     17    PHE    HB1    248     0.0295      1.008   ; qtot -0.0532
   249         HC     17    PHE    HB2    249     0.0295      1.008   ; qtot -0.0237
   250         CA     17    PHE     CG    250     0.0118      12.01   ; qtot -0.0119
   251         CA     17    PHE    CD1    251    -0.1256      12.01   ; qtot -0.1375
   252         HA     17    PHE    HD1    252      0.133      1.008   ; qtot -0.0045
   253         CA     17    PHE    CE1    253    -0.1704      12.01   ; qtot -0.1749
   254         HA     17    PHE    HE1    254      0.143      1.008   ; qtot -0.0319
   255         CA     17    PHE     CZ    255    -0.1072      12.01   ; qtot -0.1391
   256         HA     17    PHE     HZ    256     0.1297      1.008   ; qtot -0.0094
   257         CA     17    PHE    CE2    257    -0.1704      12.01   ; qtot -0.1798
   258         HA     17    PHE    HE2    258      0.143      1.008   ; qtot -0.0368
   259         CA     17    PHE    CD2    259    -0.1256      12.01   ; qtot -0.1624
   260         HA     17    PHE    HD2    260      0.133      1.008   ; qtot -0.0294
   261          C     17    PHE      C    261     0.5973      12.01   ; qtot 0.5679
   262          O     17    PHE      O    262    -0.5679         16   ; qtot 0
; residue  18 ALA rtp ALA  q  0.0
   263          N     18    ALA      N    263    -0.4157      14.01   ; qtot -0.4157
   264          H     18    ALA      H    264     0.2719      1.008   ; qtot -0.1438
   265         CT     18    ALA     CA    265     0.0337      12.01   ; qtot -0.1101
   266         H1     18    ALA     HA    266     0.0823      1.008   ; qtot -0.0278
   267         CT     18    ALA     CB    267    -0.1825      12.01   ; qtot -0.2103
   268         HC     18    ALA    HB1    268     0.0603      1.008   ; qtot -0.15
   269         HC     18    ALA    HB2    269     0.0603      1.008   ; qtot -0.0897
   270         HC     18    ALA    HB3    270     0.0603      1.008   ; qtot -0.0294
   271          C     18    ALA      C    271     0.5973      12.01   ; qtot 0.5679
   272          O     18    ALA      O    272    -0.5679         16   ; qtot 0
; residue  19 ASN rtp ASN  q  0.0
   273          N     19    ASN      N    273    -0.4157      14.01   ; qtot -0.4157
   274          H     19    ASN      H    274     0.2719      1.008   ; qtot -0.1438
   275         CT     19    ASN     CA    275     0.0143      12.01   ; qtot -0.1295
   276         H1     19    ASN     HA    276     0.1048      1.008   ; qtot -0.0247
   277         CT     19    ASN     CB    277    -0.2041      12.01   ; qtot -0.2288
   278         HC     19    ASN    HB1    278     0.0797      1.008   ; qtot -0.1491
   279         HC     19    ASN    HB2    279     0.0797      1.008   ; qtot -0.0694
   280          C     19    ASN     CG    280      0.713      12.01   ; qtot 0.6436
   281          O     19    ASN    OD1    281    -0.5931         16   ; qtot 0.0505
   282          N     19    ASN    ND2    282    -0.9191      14.01   ; qtot -0.8686
   283          H     19    ASN   HD21    283     0.4196      1.008   ; qtot -0.449
   284          H     19    ASN   HD22    284     0.4196      1.008   ; qtot -0.0294
   285          C     19    ASN      C    285     0.5973      12.01   ; qtot 0.5679
   286          O     19    ASN      O    286    -0.5679         16   ; qtot 0
; residue  20 LEU rtp LEU  q  0.0
   287          N     20    LEU      N    287    -0.4157      14.01   ; qtot -0.4157
   288          H     20    LEU      H    288     0.2719      1.008   ; qtot -0.1438
   289         CT     20    LEU     CA    289    -0.0518      12.01   ; qtot -0.1956
   290         H1     20    LEU     HA    290     0.0922      1.008   ; qtot -0.1034
   291         CT     20    LEU     CB    291    -0.1102      12.01   ; qtot -0.2136
   292         HC     20    LEU    HB1    292     0.0457      1.008   ; qtot -0.1679
   293         HC     20    LEU    HB2    293     0.0457      1.008   ; qtot -0.1222
   294         CT     20    LEU     CG    294     0.3531      12.01   ; qtot 0.2309
   295         HC     20    LEU     HG    295    -0.0361      1.008   ; qtot 0.1948
   296         CT     20    LEU    CD1    296    -0.4121      12.01   ; qtot -0.2173
   297         HC     20    LEU   HD11    297        0.1      1.008   ; qtot -0.1173
   298         HC     20    LEU   HD12    298        0.1      1.008   ; qtot -0.0173
   299         HC     20    LEU   HD13    299        0.1      1.008   ; qtot 0.0827
   300         CT     20    LEU    CD2    300    -0.4121      12.01   ; qtot -0.3294
   301         HC     20    LEU   HD21    301        0.1      1.008   ; qtot -0.2294
   302         HC     20    LEU   HD22    302        0.1      1.008   ; qtot -0.1294
   303         HC     20    LEU   HD23    303        0.1      1.008   ; qtot -0.0294
   304          C     20    LEU      C    304     0.5973      12.01   ; qtot 0.5679
   305          O     20    LEU      O    305    -0.5679         16   ; qtot 0
; residue  21 PRO rtp PRO  q  0.0
   306          N     21    PRO      N    306    -0.2548      14.01   ; qtot -0.2548
   307         CT     21    PRO     CD    307     0.0192      12.01   ; qtot -0.2356
   308         H1     21    PRO    HD1    308     0.0391      1.008   ; qtot -0.1965
   309         H1     21    PRO    HD2    309     0.0391      1.008   ; qtot -0.1574
   310         CT     21    PRO     CG    310     0.0189      12.01   ; qtot -0.1385
   311         HC     21    PRO    HG1    311     0.0213      1.008   ; qtot -0.1172
   312         HC     21    PRO    HG2    312     0.0213      1.008   ; qtot -0.0959
   313         CT     21    PRO     CB    313     -0.007      12.01   ; qtot -0.1029
   314         HC     21    PRO    HB1    314     0.0253      1.008   ; qtot -0.0776
   315         HC     21    PRO    HB2    315     0.0253      1.008   ; qtot -0.0523
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; residue  22 LEU rtp LEU  q  0.0
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; residue  23 TRP rtp TRP  q  0.0
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; residue  24 LYS rtp LYS  q +1.0
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   383          C     24    LYS      C    383     0.7341      12.01   ; qtot 1.589
   384          O     24    LYS      O    384    -0.5894         16   ; qtot 1
; residue  25 GLN rtp GLN  q  0.0
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   392         CT     25    GLN     CG    392    -0.0645      12.01   ; qtot 0.9042
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   397          N     25    GLN    NE2    397    -0.9407      14.01   ; qtot 0.1204
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   401          O     25    GLN      O    401    -0.5679         16   ; qtot 1
; residue  26 GLN rtp GLN  q  0.0
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   403          H     26    GLN      H    403     0.2719      1.008   ; qtot 0.8562
   404         CT     26    GLN     CA    404    -0.0031      12.01   ; qtot 0.8531
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   406         CT     26    GLN     CB    406    -0.0036      12.01   ; qtot 0.9345
   407         HC     26    GLN    HB1    407     0.0171      1.008   ; qtot 0.9516
   408         HC     26    GLN    HB2    408     0.0171      1.008   ; qtot 0.9687
   409         CT     26    GLN     CG    409    -0.0645      12.01   ; qtot 0.9042
   410         HC     26    GLN    HG1    410     0.0352      1.008   ; qtot 0.9394
   411         HC     26    GLN    HG2    411     0.0352      1.008   ; qtot 0.9746
   412          C     26    GLN     CD    412     0.6951      12.01   ; qtot 1.67
   413          O     26    GLN    OE1    413    -0.6086         16   ; qtot 1.061
   414          N     26    GLN    NE2    414    -0.9407      14.01   ; qtot 0.1204
   415          H     26    GLN   HE21    415     0.4251      1.008   ; qtot 0.5455
   416          H     26    GLN   HE22    416     0.4251      1.008   ; qtot 0.9706
   417          C     26    GLN      C    417     0.5973      12.01   ; qtot 1.568
   418          O     26    GLN      O    418    -0.5679         16   ; qtot 1
; residue  27 HIE rtp HIE  q  0.0
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; residue  29 LYS rtp LYS  q +1.0
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; residue  30 LYS rtp LYS  q +1.0
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; residue  32 LYS rtp LYS  q +1.0
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   524         CT     32    LYS     CD    524    -0.0479      12.01   ; qtot 1.884
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   526         HC     32    LYS    HD2    526     0.0621      1.008   ; qtot 2.008
   527         CT     32    LYS     CE    527    -0.0143      12.01   ; qtot 1.994
   528         HP     32    LYS    HE1    528     0.1135      1.008   ; qtot 2.107
   529         HP     32    LYS    HE2    529     0.1135      1.008   ; qtot 2.221
   530         N3     32    LYS     NZ    530    -0.3854      14.01   ; qtot 1.835
   531          H     32    LYS    HZ1    531       0.34      1.008   ; qtot 2.175
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   533          H     32    LYS    HZ3    533       0.34      1.008   ; qtot 2.855
   534          C     32    LYS      C    534     0.7341      12.01   ; qtot 3.589
   535          O     32    LYS      O    535    -0.5894         16   ; qtot 3
; residue  33 GLY rtp GLY  q  0.0
   536          N     33    GLY      N    536    -0.4157      14.01   ; qtot 2.584
   537          H     33    GLY      H    537     0.2719      1.008   ; qtot 2.856
   538         CT     33    GLY     CA    538    -0.0252      12.01   ; qtot 2.831
   539         H1     33    GLY    HA1    539     0.0698      1.008   ; qtot 2.901
   540         H1     33    GLY    HA2    540     0.0698      1.008   ; qtot 2.971
   541          C     33    GLY      C    541     0.5973      12.01   ; qtot 3.568
   542          O     33    GLY      O    542    -0.5679         16   ; qtot 3
; residue  34 LEU rtp LEU  q  0.0
   543          N     34    LEU      N    543    -0.4157      14.01   ; qtot 2.584
   544          H     34    LEU      H    544     0.2719      1.008   ; qtot 2.856
   545         CT     34    LEU     CA    545    -0.0518      12.01   ; qtot 2.804
   546         H1     34    LEU     HA    546     0.0922      1.008   ; qtot 2.897
   547         CT     34    LEU     CB    547    -0.1102      12.01   ; qtot 2.786
   548         HC     34    LEU    HB1    548     0.0457      1.008   ; qtot 2.832
   549         HC     34    LEU    HB2    549     0.0457      1.008   ; qtot 2.878
   550         CT     34    LEU     CG    550     0.3531      12.01   ; qtot 3.231
   551         HC     34    LEU     HG    551    -0.0361      1.008   ; qtot 3.195
   552         CT     34    LEU    CD1    552    -0.4121      12.01   ; qtot 2.783
   553         HC     34    LEU   HD11    553        0.1      1.008   ; qtot 2.883
   554         HC     34    LEU   HD12    554        0.1      1.008   ; qtot 2.983
   555         HC     34    LEU   HD13    555        0.1      1.008   ; qtot 3.083
   556         CT     34    LEU    CD2    556    -0.4121      12.01   ; qtot 2.671
   557         HC     34    LEU   HD21    557        0.1      1.008   ; qtot 2.771
   558         HC     34    LEU   HD22    558        0.1      1.008   ; qtot 2.871
   559         HC     34    LEU   HD23    559        0.1      1.008   ; qtot 2.971
   560          C     34    LEU      C    560     0.5973      12.01   ; qtot 3.568
   561          O     34    LEU      O    561    -0.5679         16   ; qtot 3
; residue  35 PHE rtp CPHE q -1.0
   562          N     35    PHE      N    562    -0.3821      14.01   ; qtot 2.618
   563          H     35    PHE      H    563     0.2681      1.008   ; qtot 2.886
   564         CT     35    PHE     CA    564    -0.1825      12.01   ; qtot 2.704
   565         H1     35    PHE     HA    565     0.1098      1.008   ; qtot 2.813
   566         CT     35    PHE     CB    566    -0.0959      12.01   ; qtot 2.717
   567         HC     35    PHE    HB1    567     0.0443      1.008   ; qtot 2.762
   568         HC     35    PHE    HB2    568     0.0443      1.008   ; qtot 2.806
   569         CA     35    PHE     CG    569     0.0552      12.01   ; qtot 2.861
   570         CA     35    PHE    CD1    570      -0.13      12.01   ; qtot 2.731
   571         HA     35    PHE    HD1    571     0.1408      1.008   ; qtot 2.872
   572         CA     35    PHE    CE1    572    -0.1847      12.01   ; qtot 2.687
   573         HA     35    PHE    HE1    573     0.1461      1.008   ; qtot 2.833
   574         CA     35    PHE     CZ    574    -0.0944      12.01   ; qtot 2.739
   575         HA     35    PHE     HZ    575      0.128      1.008   ; qtot 2.867
   576         CA     35    PHE    CE2    576    -0.1847      12.01   ; qtot 2.682
   577         HA     35    PHE    HE2    577     0.1461      1.008   ; qtot 2.828
   578         CA     35    PHE    CD2    578      -0.13      12.01   ; qtot 2.698
   579         HA     35    PHE    HD2    579     0.1408      1.008   ; qtot 2.839
   580          C     35    PHE      C    580      0.766      12.01   ; qtot 3.605
   581         O2     35    PHE    OC1    581    -0.8026         16   ; qtot 2.803
   582         O2     35    PHE    OC2    582    -0.8026         16   ; qtot 2
; residue  36 Cl  rtp CL   q -1.0
   583         Cl     36     Cl     Cl    583         -1      35.45   ; qtot 1
; residue  37 Cl  rtp CL   q -1.0
   584         Cl     37     Cl     Cl    584         -1      35.45   ; qtot 0

[ bonds ]
;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3
    1     2     1 
    1     3     1 
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[ angles ]
;  ai    aj    ak funct            c0            c1            c2            c3
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  564   580   581     1 
  564   580   582     1 
  581   580   582     1 

[ dihedrals ]
;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3            c4            c5
    2     1     5     6     9 
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  546   545   547   550     9 
  560   545   547   548     9 
  560   545   547   549     9 
  560   545   547   550     9 
  543   545   560   561     9 
  543   545   560   562     9 
  546   545   560   561     9 
  546   545   560   562     9 
  547   545   560   561     9 
  547   545   560   562     9 
  545   547   550   551     9 
  545   547   550   552     9 
  545   547   550   556     9 
  548   547   550   551     9 
  548   547   550   552     9 
  548   547   550   556     9 
  549   547   550   551     9 
  549   547   550   552     9 
  549   547   550   556     9 
  547   550   552   553     9 
  547   550   552   554     9 
  547   550   552   555     9 
  551   550   552   553     9 
  551   550   552   554     9 
  551   550   552   555     9 
  556   550   552   553     9 
  556   550   552   554     9 
  556   550   552   555     9 
  547   550   556   557     9 
  547   550   556   558     9 
  547   550   556   559     9 
  551   550   556   557     9 
  551   550   556   558     9 
  551   550   556   559     9 
  552   550   556   557     9 
  552   550   556   558     9 
  552   550   556   559     9 
  545   560   562   563     9 
  545   560   562   564     9 
  561   560   562   563     9 
  561   560   562   564     9 
  560   562   564   565     9 
  560   562   564   566     9 
  560   562   564   580     9 
  563   562   564   565     9 
  563   562   564   566     9 
  563   562   564   580     9 
  562   564   566   567     9 
  562   564   566   568     9 
  562   564   566   569     9 
  565   564   566   567     9 
  565   564   566   568     9 
  565   564   566   569     9 
  580   564   566   567     9 
  580   564   566   568     9 
  580   564   566   569     9 
  562   564   580   581     9 
  562   564   580   582     9 
  565   564   580   581     9 
  565   564   580   582     9 
  566   564   580   581     9 
  566   564   580   582     9 
  564   566   569   570     9 
  564   566   569   578     9 
  567   566   569   570     9 
  567   566   569   578     9 
  568   566   569   570     9 
  568   566   569   578     9 
  566   569   570   571     9 
  566   569   570   572     9 
  578   569   570   571     9 
  578   569   570   572     9 
  566   569   578   576     9 
  566   569   578   579     9 
  570   569   578   576     9 
  570   569   578   579     9 
  569   570   572   573     9 
  569   570   572   574     9 
  571   570   572   573     9 
  571   570   572   574     9 
  570   572   574   575     9 
  570   572   574   576     9 
  573   572   574   575     9 
  573   572   574   576     9 
  572   574   576   577     9 
  572   574   576   578     9 
  575   574   576   577     9 
  575   574   576   578     9 
  574   576   578   569     9 
  574   576   578   579     9 
  577   576   578   569     9 
  577   576   578   579     9 

[ dihedrals ]
;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3
    5    22    20    21     4 
   20    24    22    23     4 
   24    33    31    32     4 
   31    35    33    34     4 
   35    45    43    44     4 
   37    41    40    42     4 
   43    47    45    46     4 
   47    60    58    59     4 
   52    56    55    57     4 
   58    62    60    61     4 
   62    72    70    71     4 
   64    68    67    69     4 
   70    74    72    73     4 
   74    92    90    91     4 
   76    79    88    80     4 
   79    82    80    81     4 
   79    86    88    89     4 
   80    84    82    83     4 
   82    86    84    85     4 
   84    88    86    87     4 
   90    94    92    93     4 
   94   114   112   113     4 
  112   116   114   115     4 
  116   124   122   123     4 
  122   126   124   125     4 
  126   140   138   139     4 
  138   142   140   141     4 
  142   160   158   159     4 
  144   147   156   148     4 
  147   150   148   149     4 
  147   154   156   157     4 
  148   152   150   151     4 
  150   154   152   153     4 
  152   156   154   155     4 
  158   162   160   161     4 
  162   167   165   166     4 
  165   169   167   168     4 
  169   184   182   183     4 
  182   186   184   185     4 
  186   198   196   197     4 
  196   200   198   199     4 
  200   222   220   221     4 
  208   213   211   212     4 
  211   214   213   217     4 
  213   215   214   216     4 
  213   218   217   219     4 
  220   224   222   223     4 
  224   233   231   232     4 
  231   235   233   234     4 
  235   243   241   242     4 
  241   245   243   244     4 
  245   263   261   262     4 
  247   250   259   251     4 
  250   253   251   252     4 
  250   257   259   260     4 
  251   255   253   254     4 
  253   257   255   256     4 
  255   259   257   258     4 
  261   265   263   264     4 
  265   273   271   272     4 
  271   275   273   274     4 
  275   287   285   286     4 
  277   282   280   281     4 
  280   283   282   284     4 
  285   289   287   288     4 
  289   306   304   305     4 
  304   307   306   316     4 
  316   320   318   319     4 
  318   322   320   321     4 
  322   339   337   338     4 
  337   341   339   340     4 
  341   363   361   362     4 
  346   349   347   348     4 
  347   351   349   350     4 
  347   346   343   360     4 
  351   354   352   353     4 
  352   356   354   355     4 
  354   358   356   357     4 
  356   360   358   359     4 
  361   365   363   364     4 
  365   385   383   384     4 
  383   387   385   386     4 
  387   402   400   401     4 
  392   397   395   396     4 
  395   398   397   399     4 
  400   404   402   403     4 
  404   419   417   418     4 
  409   414   412   413     4 
  412   415   414   416     4 
  417   421   419   420     4 
  421   436   434   435     4 
  423   426   432   427     4 
  426   430   432   433     4 
  427   430   428   429     4 
  428   432   430   431     4 
  434   438   436   437     4 
  438   455   453   454     4 
  453   457   455   456     4 
  457   477   475   476     4 
  475   479   477   478     4 
  479   499   497   498     4 
  497   501   499   500     4 
  501   514   512   513     4 
  506   510   509   511     4 
  512   516   514   515     4 
  516   536   534   535     4 
  534   538   536   537     4 
  538   543   541   542     4 
  541   545   543   544     4 
  545   562   560   561     4 
  560   564   562   563     4 
  564   581   580   582     4 
  566   569   578   570     4 
  569   572   570   571     4 
  569   576   578   579     4 
  570   574   572   573     4 
  572   576   574   575     4 
  574   578   576   577     4 

; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif

; Include water topology
#include "amber99sb.ff/tip3p.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif

; Include topology for ions
#include "amber99sb.ff/ions.itp"

[ system ]
; Name
Villin N68H in explicit water

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein             1
SOL              2761