File: sequence_formats.rst

package info (click to toggle)
openstructure 2.11.1-2
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: forky, sid
  • size: 206,256 kB
  • sloc: cpp: 188,571; python: 36,686; ansic: 34,298; fortran: 3,275; sh: 312; xml: 146; makefile: 29
file content (53 lines) | stat: -rw-r--r-- 936 bytes parent folder | download | duplicates (4)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
Supported Sequence File Formats
================================================================================

FASTA
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

*Recognized File Extensions*
  .fasta, .fna, .fas, .fa, .fsa
  
*Format Name*
  fasta

*Mode*
  Read/Write

ClustalW
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

*Recognized File Extensions*
  .aln
  
*Format Name*
  clustal

*Mode*
  Read-only

PIR
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

This is the format used by the
`Protein Information Resource (PIR) <https://proteininformationresource.org/>`_.

*Recognized File Extensions*
  .pir

*Format Name*
  pir

*Mode*
  Read/Write

Promod 2
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

*Recognized File Extensions*
  .ali
  
*Format Name*
  promod

*Mode*
  Read-only