package info
(click to toggle)
Folder: src
| .. (parent) | ||||
| d | rwxr-xr-x | 63 | pugixml | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | swig | |
| - | rw-r--r-- | 2,043 | Accuracy.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 4,940 | AlignmentPrinter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,776 | AssertUtils.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 4,140 | AssertUtils.h | |
| - | rw-r--r-- | 4,868 | BaiIndexedBamReader.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 7,542 | BamFile.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 12,257 | BamHeader.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 5,420 | BamReader.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 82,405 | BamRecord.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 12,043 | BamRecordBuilder.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 19,348 | BamRecordImpl.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 4,371 | BamRecordTags.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 3,114 | BamRecordTags.h | |
| - | rw-r--r-- | 18,207 | BamTagCodec.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 6,953 | BamWriter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,666 | BarcodeQuery.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,016 | CMakeLists.txt | |
| - | rw-r--r-- | 3,471 | ChemistryTable.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,127 | ChemistryTable.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,793 | Cigar.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,846 | CigarOperation.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 5,133 | Compare.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,363 | Config.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 9,982 | DataSet.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 4,426 | DataSetBaseTypes.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,075 | DataSetElement.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 5,431 | DataSetIO.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,705 | DataSetIO.h | |
| - | rw-r--r-- | 13,958 | DataSetTypes.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 3,422 | DataSetUtils.h | |
| - | rw-r--r-- | 11,853 | DataSetXsd.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,494 | EntireFileQuery.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 3,055 | EnumClassHash.h | |
| - | rw-r--r-- | 4,354 | FastaReader.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,826 | FileProducer.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 3,428 | FileProducer.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,452 | FileUtils.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 5,303 | FileUtils.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,127 | FofnReader.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,166 | FofnReader.h | |
| - | rw-r--r-- | 5,398 | Frames.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 4,502 | GenomicInterval.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,959 | GenomicIntervalQuery.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,065 | IRecordWriter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 7,421 | IndexedFastaReader.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,477 | MD5.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 3,117 | MemoryUtils.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 4,816 | MemoryUtils.h | |
| - | rw-r--r-- | 14,723 | PbiBuilder.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,791 | PbiFile.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 14,542 | PbiFilter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,636 | PbiFilterQuery.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 17,025 | PbiFilterTypes.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 6,995 | PbiIndex.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 18,841 | PbiIndexIO.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 5,872 | PbiIndexIO.h | |
| - | rw-r--r-- | 5,941 | PbiIndexedBamReader.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 15,729 | PbiRawData.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 5,849 | ProgramInfo.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 4,857 | Pulse2BaseCache.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,578 | QNameQuery.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,044 | QualityValue.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,934 | ReadAccuracyQuery.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 31,063 | ReadGroupInfo.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 10,904 | SamTagCodec.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 4,587 | SamWriter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 6,024 | SequenceInfo.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 4,663 | SequenceUtils.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,627 | StringUtils.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,941 | SubreadLengthQuery.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 5,650 | Tag.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,099 | TagCollection.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 3,848 | TimeUtils.h | |
| - | rw-r--r-- | 4,976 | UnmappedReadsQuery.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 5,011 | ValidationErrors.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 4,187 | ValidationErrors.h | |
| - | rw-r--r-- | 4,622 | ValidationException.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 16,692 | Validator.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 3,110 | Version.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 5,466 | Version.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,303 | VirtualRegionTypeMap.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 13,246 | VirtualZmwBamRecord.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 5,391 | VirtualZmwCompositeReader.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 3,982 | VirtualZmwCompositeReader.h | |
| - | rw-r--r-- | 5,356 | VirtualZmwReader.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 4,869 | VirtualZmwReader.h | |
| - | rw-r--r-- | 6,951 | WhitelistedZmwReadStitcher.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 5,375 | XmlReader.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,153 | XmlReader.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,340 | XmlWriter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,240 | XmlWriter.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,984 | ZmwGroupQuery.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,661 | ZmwQuery.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 7,732 | ZmwReadStitcher.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,156 | ZmwTypeMap.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 10,779 | files.cmake |
