Folder: 0.4.0-8

package info (click to toggle)

perm 0.4.0-8

links: PTS, VCS
area: main
in suites: bookworm, forky, sid, trixie
size: 976 kB
sloc: cpp: 13,499; makefile: 98; sh: 12

			.. (parent)
d	rwxr-xr-x	4,096	.pc
d	rwxr-xr-x	4,096	debian
-	rw-r--r--	7,518	AlignmentsQ.cpp
-	rw-r--r--	2,394	AlignmentsQ.h
-	rw-r--r--	1,355	ChrIndex2GeneName.cpp
-	rw-r--r--	885	ChrIndex2GeneName.h
-	rw-r--r--	4,170	ChromosomeInBits.cpp
-	rw-r--r--	16,165	ColorSpaceRead.cpp
-	rw-r--r--	11,058	ColorSpaceRead.h
-	rw-r--r--	6,312	FileInputBuffer.cpp
-	rw-r--r--	857	FileInputBuffer.h
-	rw-r--r--	2,120	FileOutputBuffer.cpp
-	rw-r--r--	755	FileOutputBuffer.h
-	rw-r--r--	9,954	Filename.cpp
-	rw-r--r--	1,786	Filename.h
-	rw-r--r--	3,388	Flags.cpp
-	rw-r--r--	967	Flags.h
-	rw-r--r--	7,802	GenomeInBits.cpp
-	rw-r--r--	1,655	GenomeInBits.h
-	rw-r--r--	10,173	GenomeNTdata.cpp
-	rw-r--r--	2,484	GenomeNTdata.h
-	rw-r--r--	8,167	Genome_Index.cpp
-	rw-r--r--	1,788	Genome_Index.h
-	rw-r--r--	28,878	Genome_Index_Table.cpp
-	rw-r--r--	5,052	Genome_Index_Table.h
-	rw-r--r--	22,588	Genome_Index_TableQ.cpp
-	rw-r--r--	4,522	Genome_Index_TableQ.h
-	rw-r--r--	1,593	HashIndexT.cpp
-	rw-r--r--	772	HashIndexT.h
-	rw-r--r--	6,226	Index_Table.cpp
-	rw-r--r--	1,538	Index_Table.h
-	rw-r--r--	6,849	LongReadsSet.cpp
-	rw-r--r--	1,193	LongReadsSet.h
-	rw-r--r--	1,755	MappingResult.cpp
-	rw-r--r--	10,564	MappingResult.h
-	rw-r--r--	8,358	MismatchScores.cpp
-	rw-r--r--	1,779	MismatchScores.h
-	rw-r--r--	25,088	PairedReadsMapping.cpp
-	rw-r--r--	4,366	PairedReadsMapping.h
-	rw-r--r--	6,864	PairedReadsSet.cpp
-	rw-r--r--	2,037	PairedReadsSet.h
-	rw-r--r--	42,511	ParameterList.cpp
-	rw-r--r--	4,930	ParameterList.h
-	rw-r--r--	537	ParseReadsOpts.cpp
-	rw-r--r--	531	ParseReadsOpts.h
-	rw-r--r--	6,719	PerM.cpp
-	rw-r--r--	224	PerMTest.cpp
-	rw-r--r--	0	ReSeq_bits.cpp
-	rw-r--r--	10,096	ReadInBits.cpp
-	rw-r--r--	5,508	ReadInBits.h
-	rw-r--r--	11,703	ReadInBitsSet.cpp
-	rw-r--r--	2,846	ReadInBitsSet.h
-	rw-r--r--	20,087	ReadsFileParser.cpp
-	rw-r--r--	3,463	ReadsFileParser.h
-	rw-r--r--	41,676	ReadsMapping.cpp
-	rw-r--r--	11,320	ReadsMapping.h
-	rw-r--r--	563	ReadsMappingFlags.cpp
-	rw-r--r--	580	ReadsMappingFlags.h
-	rw-r--r--	2,785	ReadsMappingStats.cpp
-	rw-r--r--	1,581	ReadsMappingStats.h
-	rw-r--r--	7,641	ReadsQualScores.cpp
-	rw-r--r--	4,633	ReadsQualScores.h
-	rw-r--r--	44,809	SeedPattern.cpp
-	rw-r--r--	4,852	SeedPattern.h
-	rw-r--r--	6,428	ShortReadUtil.cpp
-	rw-r--r--	4,964	ShortReadUtil.h
-	rw-r--r--	1,798	TestChromosomeNTdata.cpp
-	rw-r--r--	406	TestChromosomeNTdata.h
-	rw-r--r--	15,617	TestGenome_Index_TableQ.cpp
-	rw-r--r--	526	TestGenome_Index_TableQ.h
-	rw-r--r--	3,090	bitsOperationUtil.cpp
-	rw-r--r--	7,028	bitsOperationUtil.h
-	rw-r--r--	1,713	boolFlagArray.cpp
-	rw-r--r--	911	boolFlagArray.h
-	rw-r--r--	4,727	chdir.cpp
-	rw-r--r--	690	chdir.h
-	rw-r--r--	1,354	chromosomeInBits.h
-	rw-r--r--	10,174	chromosomeNTdata.cpp
-	rw-r--r--	2,011	chromosomeNTdata.h
-	rw-r--r--	1,138	makefile
-	rw-r--r--	1,002	minQ.cpp
-	rw-r--r--	252	minQ.h
-	rw-r--r--	5,081	refInBinFile.cpp
-	rw-r--r--	360	refInBinFile.h
-	rw-r--r--	0	refInBinary.h
-	rw-r--r--	373	resource.h
-	rw-r--r--	1,087	seedOptions.h
-	rw-r--r--	179	stdafx.cpp
-	rw-r--r--	4,876	stdafx.h