1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
|
ID SH3; MATRIX.
AC PS50002;
DT NOV-1995 (CREATED); NOV-1995 (DATA UPDATE); SEP-2009 (INFO UPDATE).
DE Src homology 3 (SH3) domain profile.
MA /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=62;
MA /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=57;
MA /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.938300; R2=0.016376; TEXT='-LogE';
MA /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3462.461426; R2=3.351648; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=462; H_SCORE=5011; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=340; H_SCORE=4602; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA /M: SY='P'; M=-4,-8,-26,-7,-1,-19,-11,-11,-15,-3,-16,-9,-6,6,-3,-6,-2,-3,-14,-25,-15,-3;
MA /M: SY='E'; M=-5,-3,-25,0,4,-18,-8,-9,-17,-5,-15,-11,-4,-4,-3,-8,-1,-6,-14,-26,-14,0;
MA /M: M=-5,-8,-25,-8,-4,-17,-4,-14,-14,-5,-13,-8,-7,-6,-7,-6,-4,-7,-11,-24,-15,-6;
MA /M: M=-10,-6,-23,-7,-1,-9,-17,-8,-15,-1,-12,-6,-6,-6,-3,-1,-6,-4,-14,-21,-6,-2;
MA /M: SY='Y'; M=-5,-15,-21,-18,-9,-4,-24,-12,-1,-6,-1,1,-13,-17,-5,-5,-8,-1,0,-14,3,-8;
MA /M: SY='V'; M=2,-22,-14,-27,-23,7,-21,-17,11,-18,4,4,-20,-25,-22,-19,-9,-4,19,-15,4,-23;
MA /M: SY='R'; M=-9,-15,-24,-17,-9,-13,-25,-14,1,3,-6,1,-11,-19,-4,9,-9,-3,6,-22,-6,-8;
MA /M: SY='A'; M=38,-11,-9,-19,-11,-18,-5,-21,-7,-11,-9,-9,-11,-12,-12,-19,8,3,4,-23,-19,-11;
MA /M: SY='L'; M=-8,-20,-22,-22,-13,-2,-27,-14,11,-16,22,11,-18,-23,-11,-12,-18,-7,5,-21,-2,-13;
MA /M: SY='Y'; M=-17,-19,-26,-22,-20,30,-26,9,-2,-13,0,-1,-16,-28,-14,-11,-16,-9,-7,15,54,-19;
MA /M: SY='D'; M=-11,30,-28,43,14,-34,-6,-4,-33,-2,-27,-24,13,-4,0,-10,2,-8,-26,-35,-20,6;
MA /M: SY='Y'; M=-19,-23,-27,-26,-23,44,-29,6,1,-17,4,0,-20,-30,-20,-14,-20,-10,-6,22,61,-23;
MA /M: SY='E'; M=-6,5,-23,6,11,-22,-15,-3,-19,2,-18,-10,2,-7,6,-3,0,-4,-16,-28,-14,8;
MA /I: I=-6; MI=0; IM=0; B1=-50;
MA /M: SY='A'; M=16,-9,-20,-12,-5,-22,-2,-16,-17,-4,-18,-12,-6,2,-6,-8,5,-1,-11,-24,-20,-7;
MA /M: SY='E'; M=-4,-2,-25,-3,8,-23,-13,-6,-19,5,-19,-10,1,-7,7,6,2,-2,-16,-26,-15,6;
MA /M: SY='D'; M=-6,5,-24,7,7,-23,-10,-3,-22,2,-20,-12,4,-9,4,1,4,0,-18,-29,-14,5;
MA /M: SY='P'; M=-4,4,-24,9,9,-28,-6,-10,-26,-3,-25,-19,0,11,-2,-8,3,-4,-23,-31,-22,2;
MA /M: SY='D'; M=-10,18,-26,24,10,-29,-1,-4,-30,-1,-26,-20,10,-8,1,-6,3,-6,-25,-31,-17,5;
MA /M: SY='E'; M=-12,18,-28,28,35,-28,-14,3,-31,3,-22,-21,6,-6,9,-4,0,-9,-28,-31,-16,22;
MA /M: SY='L'; M=-8,-28,-18,-30,-21,7,-30,-21,21,-27,38,17,-27,-28,-20,-20,-24,-8,13,-21,-1,-21;
MA /M: SY='S'; M=3,0,-19,0,2,-22,-6,-10,-20,-5,-22,-15,3,-3,1,-5,15,8,-15,-30,-17,0;
MA /M: SY='F'; M=-12,-28,-20,-34,-25,36,-29,-20,13,-26,21,11,-22,-27,-27,-19,-20,-8,10,-8,11,-24;
MA /I: I=-6; MI=0; IM=0;
MA /M: SY='K'; M=-9,-1,-23,-2,5,-20,-17,-5,-20,14,-17,-8,1,-14,5,14,-4,-4,-16,-24,-11,4;
MA /M: SY='K'; M=-5,-4,-28,-3,9,-25,-16,-9,-22,17,-21,-11,-3,1,5,9,-5,-7,-18,-24,-15,6;
MA /M: SY='G'; M=-1,-3,-28,-3,-12,-29,50,-16,-37,-13,-29,-20,4,-18,-14,-14,1,-16,-28,-23,-27,-13;
MA /M: SY='D'; M=-14,30,-29,44,28,-34,-14,-1,-32,2,-24,-23,11,-8,7,-6,0,-9,-27,-35,-19,18;
MA /M: SY='I'; M=-8,-18,-23,-22,-14,-3,-27,-16,10,-7,2,6,-14,-18,-11,-7,-11,-4,10,-20,-2,-14;
MA /M: SY='I'; M=-10,-28,-18,-32,-25,11,-32,-19,24,-25,22,16,-24,-27,-21,-21,-20,-8,19,-18,4,-24;
MA /M: SY='Y'; M=-9,-7,-24,-10,-3,-8,-22,0,-7,-3,-7,-3,-4,-17,-1,-2,-5,-1,-8,-18,2,-3;
MA /M: SY='I'; M=-4,-27,-19,-32,-27,1,-32,-27,32,-24,19,14,-24,-26,-23,-23,-16,-5,32,-25,-5,-27;
MA /M: SY='L'; M=-7,-21,-18,-23,-16,-2,-26,-18,14,-20,18,9,-19,-23,-15,-17,-14,-5,11,-24,-5,-17;
MA /M: SY='E'; M=-6,14,-24,14,16,-24,-9,-2,-26,6,-23,-17,14,-11,5,3,3,-4,-23,-30,-16,10;
MA /M: SY='K'; M=-4,5,-22,6,6,-23,-14,-6,-21,11,-21,-11,3,-13,4,5,1,-2,-14,-26,-11,4;
MA /I: I=-5; MI=0; MD=-13; IM=0;
MA /M: SY='S'; M=-5,-1,-16,-1,-1,-12,-11,-5,-11,-5,-11,-8,0,-13,-3,-7,1,1,-8,-22,-7,-3; D=-3;
MA /I: I=-5; MI=-13; IM=-13; DM=-13;
MA /M: SY='D'; M=-10,22,-25,26,16,-27,-9,0,-26,-1,-23,-19,17,-8,3,-6,4,-4,-24,-34,-18,9;
MA /M: SY='D'; M=-4,6,-24,8,3,-27,3,-8,-25,-2,-23,-16,4,-7,-2,-7,1,-8,-20,-29,-19,0;
MA /M: SY='D'; M=-8,13,-27,16,7,-26,11,1,-31,-6,-26,-19,11,-13,-2,-9,2,-10,-27,-28,-16,2;
MA /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30,10,-20,-29,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,148,31,-20;
MA /M: SY='W'; M=-16,-32,-32,-33,-26,11,-23,-20,-11,-19,-7,-9,-31,-29,-18,-18,-30,-19,-18,85,27,-20;
MA /M: SY='R'; M=-11,-5,-27,-5,4,-14,-21,-8,-15,9,-10,-6,-5,-15,2,10,-9,-7,-13,-18,-5,2;
MA /M: SY='G'; M=15,-16,-14,-20,-20,-19,17,-23,-11,-18,-12,-8,-11,-20,-19,-21,0,-8,0,-23,-21,-20;
MA /M: SY='R'; M=-12,-2,-26,-1,12,-23,-20,-2,-22,16,-17,-9,-1,-14,10,23,-5,-7,-17,-24,-10,9;
MA /M: SY='N'; M=-8,-2,-10,-6,-9,-11,-18,-5,-9,-9,-7,-6,2,-19,-9,-7,-3,-3,-7,-29,-8,-10;
MA /M: M=-8,-5,-22,-7,-4,-14,-15,-6,-8,-4,-6,-3,-3,-16,-5,-4,-7,-6,-7,-26,-9,-5;
MA /I: I=-4; MI=-12; MD=-12; IM=-12;
MA /M: SY='R'; M=-1,0,-12,-1,-2,-12,-4,-6,-11,1,-10,-7,1,-8,-2,3,3,3,-6,-16,-8,-3; D=-2;
MA /I: I=-4; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12; E1=-50;
MA /M: SY='T'; M=-2,2,-13,-1,-2,-11,-7,-9,-11,-5,-10,-8,3,-10,-4,-7,7,12,-7,-21,-9,-3; D=-2;
MA /I: I=-4; MI=-12; IM=-12; DM=-12;
MA /M: SY='G'; M=-5,0,-23,0,-7,-26,28,-13,-30,-9,-23,-16,4,-19,-11,-9,-2,-13,-23,-26,-23,-9;
MA /M: SY='Q'; M=-10,3,-28,4,15,-28,-14,1,-24,13,-21,-10,3,-8,17,11,-2,-8,-23,-25,-13,15;
MA /M: SY='E'; M=-8,-6,-25,-6,10,-18,-21,-8,-13,4,-13,-7,-6,-10,8,7,-3,-3,-11,-22,-11,8;
MA /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-19,-29,67,-20,-39,-20,-28,-19,-1,-20,-19,-20,-1,-20,-29,-20,-29,-19;
MA /M: SY='Y'; M=-15,-27,-28,-30,-24,20,-29,-16,10,-23,14,7,-25,-27,-20,-19,-25,-13,2,20,21,-22;
MA /M: SY='I'; M=-8,-29,-21,-35,-28,22,-32,-25,26,-26,15,10,-23,-26,-28,-23,-17,-7,24,-14,7,-28;
MA /M: SY='P'; M=-8,-20,-38,-11,-1,-29,-19,-20,-19,-10,-29,-19,-20,84,-10,-20,-9,-9,-27,-30,-29,-10;
MA /M: SY='S'; M=11,-5,-10,-8,-5,-19,-3,-13,-17,-7,-20,-14,0,-12,-5,-10,17,8,-8,-31,-18,-5;
MA /M: SY='N'; M=-3,18,-19,8,-1,-21,-4,-2,-18,-2,-24,-16,28,-11,-1,-4,10,4,-19,-35,-19,-1;
MA /M: SY='Y'; M=-16,-20,-22,-23,-20,28,-28,6,-1,-13,1,-1,-17,-28,-15,-10,-17,-9,-6,13,50,-20;
MA /M: SY='V'; M=-5,-27,-15,-29,-25,1,-29,-25,23,-18,14,10,-25,-27,-23,-15,-14,-2,31,-25,-7,-25;
MA /M: SY='E'; M=-1,-1,-23,0,14,-24,-16,-6,-20,6,-16,-11,-3,-11,11,5,1,-1,-16,-24,-14,12;
MA /M: SY='E'; M=-9,-7,-27,-2,11,-20,-20,-10,-15,0,-14,-9,-9,11,0,-5,-7,-8,-17,-26,-14,4;
MA /M: M=-6,-13,-21,-15,-9,-8,-20,-11,0,-7,-3,0,-10,-17,-7,-6,-7,-5,0,-19,-3,-9;
MA /M: SY='D'; M=-8,9,-25,10,5,-23,-8,-5,-21,2,-19,-13,8,-10,-1,0,-1,-6,-18,-29,-15,1;
MA /M: SY='S'; M=-1,-4,-21,-5,-4,-18,-9,-6,-14,-7,-14,-10,-1,-7,-4,-5,4,-1,-11,-29,-14,-5;
MA /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
NR /RELEASE=57.8,509019;
NR /TOTAL=998(797); /POSITIVE=997(796); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=1(1);
NR /FALSE_NEG=52; /PARTIAL=2;
CC /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC /SCALING_DB=reversed;
CC /AUTHOR=P_Bucher;
CC /TAXO-RANGE=??E?V; /MAX-REPEAT=5;
CC /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=SH3;
CC /VERSION=1;
CC /home/mpagni/gitlab/PfTools/build/src/C/pfcalibrateV3 --pam-distance [0,300,50,50] -H profile --report toto.pdf --verbose sh3.prf
//
|
