1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
|
/**
* Title: ProAlign<p>
* Description: <p>
* Copyright: Copyright (c) Ari Loytynoja<p>
* License: GNU GENERAL PUBLIC LICENSE<p>
* @see http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
* Company: ULB<p>
* @author Ari Loytynoja
* @version 1.0
*/
package proalign;
class PwSubstitutionMatrix {
PwSubstitutionMatrix() { }
String protAlphabet = "ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZ";
String dnaAlphabet = "ABCDGHKMNRSTUVWXY";
int[][] pam60 = {
{500,-200,-500,-200,-100,-600,0,-500,-300,-500,-400,-300,-200,0,-300,-500,100,100,-100,-1000,-200,-600,-200},
{-200,500,-900,500,200,-800,-200,0,-400,-100,-700,-600,500,-400,-100,-500,0,-200,-500,-800,-300,-500,100},
{-500,-900,900,-1000,-1000,-900,-700,-600,-400,-1000,-1100,-1000,-700,-600,-1000,-600,-100,-500,-400,-1200,-600,-200,-1000},
{-200,500,-1000,700,300,-1100,-200,-200,-500,-200,-900,-700,200,-500,-100,-600,-200,-300,-600,-1100,-300,-800,200},
{-100,200,-1000,300,700,-1000,-200,-300,-400,-300,-700,-500,0,-300,200,-600,-200,-400,-400,-1200,-300,-700,500},
{-600,-800,-900,-1100,-1000,800,-700,-400,-100,-1000,-100,-200,-600,-700,-900,-700,-500,-600,-500,-300,-500,300,-1000},
{0,-200,-700,-200,-200,-700,600,-600,-700,-500,-800,-600,-100,-400,-500,-700,0,-300,-400,-1100,-300,-1000,-300},
{-500,0,-600,-200,-300,-400,-600,800,-600,-400,-400,-700,100,-200,200,0,-400,-500,-500,-500,-300,-200,0},
{-300,-400,-400,-500,-400,-100,-700,-600,700,-400,0,100,-400,-600,-500,-400,-400,-100,300,-1000,-300,-400,-400},
{-500,-100,-1000,-200,-300,-1000,-500,-400,-400,600,-600,0,0,-400,-100,200,-200,-200,-600,-800,-300,-700,-200},
{-400,-700,-1100,-900,-700,-100,-800,-400,0,-600,600,200,-500,-500,-300,-600,-600,-500,-100,-400,-400,-500,-500},
{-300,-600,-1000,-700,-500,-200,-600,-700,100,0,200,1000,-600,-600,-200,-200,-400,-200,0,-900,-300,-700,-400},
{-200,500,-700,200,0,-600,-100,100,-400,0,-500,-600,600,-400,-200,-300,100,-100,-500,-600,-200,-300,-100},
{0,-400,-600,-500,-300,-700,-400,-200,-600,-400,-500,-600,-400,700,-100,-200,0,-200,-400,-1000,-300,-1000,-200},
{-300,-100,-1000,-100,200,-900,-500,200,-500,-100,-300,-200,-200,-100,700,0,-300,-400,-500,-900,-300,-800,600},
{-500,-500,-600,-600,-600,-700,-700,0,-400,200,-600,-200,-300,-200,0,800,-200,-400,-500,0,-400,-800,-200},
{100,0,-100,-200,-200,-500,0,-400,-400,-200,-600,-400,100,0,-300,-200,500,100,-400,-400,-200,-500,-300},
{100,-200,-500,-300,-400,-600,-300,-500,-100,-200,-500,-200,-100,-200,-400,-400,100,600,-100,-900,-200,-500,-400},
{-100,-500,-400,-600,-400,-500,-400,-500,300,-600,-100,0,-500,-400,-500,-500,-400,-100,600,-1100,-300,-500,-500},
{-1000,-800,-1200,-1100,-1200,-300,-1100,-500,-1000,-800,-400,-900,-600,-1000,-900,0,-400,-900,-1100,1300,-800,-300,-1100},
{-200,-300,-600,-300,-300,-500,-300,-300,-300,-300,-400,-300,-200,-300,-300,-400,-200,-200,-300,-800,-300,-500,-300},
{-600,-500,-200,-800,-700,300,-1000,-200,-400,-700,-500,-700,-300,-1000,-800,-800,-500,-500,-500,-300,-500,900,-700},
{-200,100,-1000,200,500,-1000,-300,0,-400,-200,-500,-400,-100,-200,600,-200,-300,-400,-500,-1100,-300,-700,500}
};
int[][] pam120 = {
{300,0,-300,0,0,-400,100,-300,-100,-200,-300,-200,-100,100,-100,-300,100,100,0,-700,-100,-400,-100},
{0,400,-600,400,300,-500,0,100,-300,0,-400,-400,300,-200,0,-200,0,0,-300,-600,-100,-300,200},
{-300,-600,900,-700,-700,-600,-400,-400,-300,-700,-700,-600,-500,-400,-700,-400,0,-300,-300,-800,-400,-100,-700},
{0,400,-700,500,300,-700,0,0,-300,-100,-500,-400,200,-300,100,-300,0,-100,-300,-800,-200,-500,300},
{0,300,-700,300,500,-700,-100,-100,-300,-100,-400,-300,100,-200,200,-300,-100,-200,-300,-800,-100,-500,400},
{-400,-500,-600,-700,-700,800,-500,-300,0,-700,0,-100,-400,-500,-600,-500,-300,-400,-300,-100,-300,400,-600},
{100,0,-400,0,-100,-500,500,-400,-400,-300,-500,-400,0,-200,-300,-400,100,-100,-200,-800,-200,-600,-200},
{-300,100,-400,0,-100,-300,-400,700,-400,-200,-300,-400,200,-100,300,100,-200,-300,-300,-300,-200,-100,100},
{-100,-300,-300,-300,-300,0,-400,-400,600,-300,100,100,-200,-300,-300,-200,-200,0,300,-600,-100,-200,-300},
{-200,0,-700,-100,-100,-700,-300,-200,-300,500,-400,0,100,-200,0,200,-100,-100,-400,-500,-200,-500,-100},
{-300,-400,-700,-500,-400,0,-500,-300,100,-400,500,300,-400,-300,-200,-400,-400,-300,100,-300,-200,-200,-300},
{-200,-400,-600,-400,-300,-100,-400,-400,100,0,300,800,-300,-300,-100,-100,-200,-100,100,-600,-200,-400,-200},
{-100,300,-500,200,100,-400,0,200,-200,100,-400,-300,400,-200,0,-100,100,0,-300,-400,-100,-200,0},
{100,-200,-400,-300,-200,-500,-200,-100,-300,-200,-300,-300,-200,600,0,-100,100,-100,-200,-700,-200,-600,-100},
{-100,0,-700,100,200,-600,-300,300,-300,0,-200,-100,0,0,600,100,-200,-200,-300,-600,-100,-500,400},
{-300,-200,-400,-300,-300,-500,-400,100,-200,200,-400,-100,-100,-100,100,600,-100,-200,-300,100,-200,-500,-100},
{100,0,0,0,-100,-300,100,-200,-200,-100,-400,-200,100,100,-200,-100,300,200,-200,-200,-100,-300,-100},
{100,0,-300,-100,-200,-400,-100,-300,0,-100,-300,-100,0,-100,-200,-200,200,400,0,-600,-100,-300,-200},
{0,-300,-300,-300,-300,-300,-200,-300,300,-400,100,100,-300,-200,-300,-300,-200,0,500,-800,-100,-300,-300},
{-700,-600,-800,-800,-800,-100,-800,-300,-600,-500,-300,-600,-400,-700,-600,100,-200,-600,-800,1200,-500,-200,-700},
{-100,-100,-400,-200,-100,-300,-200,-200,-100,-200,-200,-200,-100,-200,-100,-200,-100,-100,-100,-500,-200,-300,-100},
{-400,-300,-100,-500,-500,400,-600,-100,-200,-500,-200,-400,-200,-600,-500,-500,-300,-300,-300,-200,-300,800,-500},
{-100,200,-700,300,400,-600,-200,100,-300,-100,-300,-200,0,-100,400,-100,-100,-200,-300,-700,-100,-500,400}
};
int[][] pam160 = {
{200,0,-200,0,0,-300,100,-200,-100,-200,-200,-100,0,100,-100,-200,100,100,0,-500,0,-300,0},
{0,300,-400,300,200,-400,0,100,-200,0,-400,-300,200,-100,100,-100,0,0,-200,-500,-100,-300,200},
{-200,-400,900,-500,-500,-500,-300,-300,-200,-500,-600,-500,-400,-300,-500,-300,0,-200,-200,-700,-300,0,-500},
{0,300,-500,400,300,-600,0,0,-300,0,-400,-300,200,-200,100,-200,0,-100,-300,-600,-100,-400,200},
{0,200,-500,300,400,-500,0,0,-200,-100,-300,-200,100,-100,200,-200,0,-100,-200,-700,-100,-400,300},
{-300,-400,-500,-600,-500,700,-400,-200,0,-500,100,0,-300,-400,-500,-400,-300,-300,-200,-100,-300,500,-500},
{100,0,-300,0,0,-400,400,-300,-300,-200,-400,-300,0,-100,-200,-300,100,-100,-200,-700,-100,-500,-100},
{-200,100,-300,0,0,-200,-300,600,-300,-100,-200,-300,200,-100,200,100,-100,-200,-200,-300,-100,0,100},
{-100,-200,-200,-300,-200,0,-300,-300,500,-200,200,200,-200,-200,-200,-200,-200,0,300,-500,-100,-200,-200},
{-200,0,-500,0,-100,-500,-200,-100,-200,400,-300,0,100,-200,0,300,-100,0,-300,-400,-100,-400,0},
{-200,-400,-600,-400,-300,100,-400,-200,200,-300,500,300,-300,-300,-200,-300,-300,-200,100,-200,-200,-200,-300},
{-100,-300,-500,-300,-200,0,-300,-300,200,0,300,700,-200,-200,-100,-100,-200,-100,100,-400,-100,-300,-200},
{0,200,-400,200,100,-300,0,200,-200,100,-300,-200,300,-100,0,-100,100,0,-200,-400,0,-200,100},
{100,-100,-300,-200,-100,-400,-100,-100,-200,-200,-300,-200,-100,500,0,-100,100,0,-200,-500,-100,-500,-100},
{-100,100,-500,100,200,-500,-200,200,-200,0,-200,-100,0,0,500,100,-100,-100,-200,-500,-100,-400,300},
{-200,-100,-300,-200,-200,-400,-300,100,-200,300,-300,-100,-100,-100,100,600,-100,-100,-300,100,-100,-400,0},
{100,0,0,0,0,-300,100,-100,-200,-100,-300,-200,100,100,-100,-100,200,100,-100,-200,0,-300,-100},
{100,0,-200,-100,-100,-300,-100,-200,0,0,-200,-100,0,0,-100,-100,100,300,0,-500,0,-300,-100},
{0,-200,-200,-300,-200,-200,-200,-200,300,-300,100,100,-200,-200,-200,-300,-100,0,400,-600,-100,-300,-200},
{-500,-500,-700,-600,-700,-100,-700,-300,-500,-400,-200,-400,-400,-500,-500,100,-200,-500,-600,1200,-400,-100,-600},
{0,-100,-300,-100,-100,-300,-100,-100,-100,-100,-200,-100,0,-100,-100,-100,0,0,-100,-400,-100,-300,-100},
{-300,-300,0,-400,-400,500,-500,0,-200,-400,-200,-300,-200,-500,-400,-400,-300,-300,-300,-100,-300,800,-400},
{0,200,-500,200,300,-500,-100,100,-200,0,-300,-200,100,-100,300,0,-100,-100,-200,-600,-100,-400,300}
};
int[][] pam250 = {
{200,0,-200,0,0,-300,100,-100,-100,-100,-200,-100,0,100,0,-200,100,100,0,-600,0,-300,0},
{0,300,-400,300,300,-400,0,100,-200,100,-300,-200,200,-100,100,-100,0,0,-200,-500,-100,-300,200},
{-200,-400,1200,-500,-500,-400,-300,-300,-200,-500,-600,-500,-400,-300,-500,-400,0,-200,-200,-800,-300,0,-500},
{0,300,-500,400,300,-600,100,100,-200,0,-400,-300,200,-100,200,-100,0,0,-200,-700,-100,-400,300},
{0,300,-500,300,400,-500,0,100,-200,0,-300,-200,100,-100,200,-100,0,0,-200,-700,-100,-400,300},
{-300,-400,-400,-600,-500,900,-500,-200,100,-500,200,0,-300,-500,-500,-400,-300,-300,-100,0,-200,700,-500},
{100,0,-300,100,0,-500,500,-200,-300,-200,-400,-300,0,0,-100,-300,100,0,-100,-700,-100,-500,0},
{-100,100,-300,100,100,-200,-200,600,-200,0,-200,-200,200,0,300,200,-100,-100,-200,-300,-100,0,200},
{-100,-200,-200,-200,-200,100,-300,-200,500,-200,200,200,-200,-200,-200,-200,-100,0,400,-500,-100,-100,-200},
{-100,100,-500,0,0,-500,-200,0,-200,500,-300,0,100,-100,100,300,0,0,-200,-300,-100,-400,0},
{-200,-300,-600,-400,-300,200,-400,-200,200,-300,600,400,-300,-300,-200,-300,-300,-200,200,-200,-100,-100,-300},
{-100,-200,-500,-300,-200,0,-300,-200,200,0,400,600,-200,-200,-100,0,-200,-100,200,-400,-100,-200,-200},
{0,200,-400,200,100,-300,0,200,-200,100,-300,-200,200,0,100,0,100,0,-200,-400,0,-200,100},
{100,-100,-300,-100,-100,-500,0,0,-200,-100,-300,-200,0,600,0,0,100,0,-100,-600,-100,-500,0},
{0,100,-500,200,200,-500,-100,300,-200,100,-200,-100,100,0,400,100,-100,-100,-200,-500,-100,-400,300},
{-200,-100,-400,-100,-100,-400,-300,200,-200,300,-300,0,0,0,100,600,0,-100,-200,200,-100,-400,0},
{100,0,0,0,0,-300,100,-100,-100,0,-300,-200,100,100,-100,0,200,100,-100,-200,0,-300,0},
{100,0,-200,0,0,-300,0,-100,0,0,-200,-100,0,0,-100,-100,100,300,0,-500,0,-300,-100},
{0,-200,-200,-200,-200,-100,-100,-200,400,-200,200,200,-200,-100,-200,-200,-100,0,400,-600,-100,-200,-200},
{-600,-500,-800,-700,-700,0,-700,-300,-500,-300,-200,-400,-400,-600,-500,200,-200,-500,-600,1700,-400,0,-600},
{0,-100,-300,-100,-100,-200,-100,-100,-100,-100,-100,-100,0,-100,-100,-100,0,0,-100,-400,-100,-200,-100},
{-300,-300,0,-400,-400,700,-500,0,-100,-400,-100,-200,-200,-500,-400,-400,-300,-300,-200,0,-200,1000,-400},
{0,200,-500,300,300,-500,0,200,-200,0,-300,-200,100,0,300,0,0,-100,-200,-600,-100,-400,300}
};
int[][] swdna = {
{1000,-900,-900,1000,-900,1000,-900,1000,1000,1000,-900,-900,-900,1000,1000,1000,-900},
{-900,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000},
{-900,1000,1000,-900,-900,1000,-900,1000,1000,-900,1000,-900,-900,1000,-900,1000,1000},
{1000,1000,-900,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000},
{-900,1000,-900,1000,1000,-900,1000,-900,1000,1000,1000,-900,-900,1000,-900,1000,-900},
{1000,1000,1000,1000,-900,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000},
{-900,1000,-900,1000,1000,1000,1000,-900,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000},
{1000,1000,1000,1000,-900,1000,-900,1000,1000,1000,1000,-900,-900,1000,1000,1000,1000},
{1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000},
{1000,1000,-900,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,-900,-900,1000,1000,1000,-900},
{-900,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,-900,-900,1000,-900,1000,1000},
{-900,1000,-900,1000,-900,1000,1000,-900,1000,-900,-900,1000,1000,-900,1000,1000,1000},
{-900,1000,-900,1000,-900,1000,1000,-900,1000,-900,-900,1000,1000,-900,1000,1000,1000},
{1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,-900,-900,1000,1000,1000,1000},
{1000,1000,-900,1000,-900,1000,1000,1000,1000,1000,-900,1000,1000,1000,1000,1000,1000},
{1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000},
{-900,1000,1000,1000,-900,1000,1000,1000,1000,-900,1000,1000,1000,1000,1000,1000,1000}
};
}
|
