File: Makefile

package info (click to toggle)
probcons 1.12-12
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: bullseye, buster, sid
  • size: 668 kB
  • sloc: cpp: 7,263; xml: 567; makefile: 114; sh: 21
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# Makefile for probcons
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# 1) Choose C++ compiler.
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CXX = g++

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# 2) Set C++ flags.
#    a) DEBUG mode -- no optimizations, enable SafeVector checking, no inlining
#    b) PROFILE mode -- for gprof
#    c) RELEASE mode
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OTHERFLAGS = -DNumInsertStates=2 -DVERSION="1.12"
OTHERFLAGS-RNA = -DNumInsertStates=1 -DVERSION="1.12"

# debug mode    
#CXXFLAGS = -g -W -Wall -pedantic -DENABLE_CHECKS -fno-inline $(OTHERFLAGS)

# profile mode
#CXXFLAGS = -pg -W -Wall -pedantic $(OTHERFLAGS)

# release mode
#CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -mmmx -msse -msse2 -mfpmath=sse -march=pentium4 -mcpu=pentium4 -funroll-loops -fomit-frame-pointer 

CXXFLAGS-RNA := -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS-RNA) -funroll-loops $(CXXFLAGS)
CXXFLAGS := -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -funroll-loops $(CXXFLAGS)


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# 3) Dependencies
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TARGETS = probcons probcons-RNA pc-compare pc-project pc-makegnuplot

.PHONY : all
all : $(TARGETS)

probcons : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h Main.cc
	$(CXX) $(CXXFLAGS) -lm -o probcons Main.cc $(LDFLAGS)

pc-compare : MultiSequence.h Sequence.h FileBuffer.h SafeVector.h CompareToRef.cc
	$(CXX) $(CXXFLAGS) -o pc-compare CompareToRef.cc $(LDFLAGS)

probcons-RNA : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults-RNA.h SafeVector.h Main-RNA.cc
	$(CXX) $(CXXFLAGS-RNA) -lm -o probcons-RNA Main-RNA.cc $(LDFLAGS)

fixref : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h FixRef.cc
	$(CXX) $(CXXFLAGS) -o fixref FixRef.cc $(LDFLAGS)

pc-project : MultiSequence.h Sequence.h SafeVector.h ProjectPairwise.cc
	$(CXX) $(CXXFLAGS) -o pc-project ProjectPairwise.cc $(LDFLAGS)

pc-makegnuplot : MakeGnuPlot.cc
	$(CXX) $(CXXFLAGS) -o pc-makegnuplot MakeGnuPlot.cc $(LDFLAGS)

.PHONY : clean
clean:
	rm -f $(TARGETS)