File: Makefile

package info (click to toggle)
proda 1.0-12
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: bullseye, buster, sid
  • size: 584 kB
  • sloc: cpp: 8,549; xml: 163; makefile: 109; sh: 12
file content (61 lines) | stat: -rw-r--r-- 2,422 bytes parent folder | download | duplicates (2)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
################################################################################
# Makefile for proda
################################################################################

################################################################################
# 1) Choose C++ compiler.
################################################################################

#CXX = g++

################################################################################
# 2) Set C++ flags.
#    a) DEBUG mode -- no optimizations, no inlining
#    b) PROFILE mode -- for gprof
#    c) RELEASE mode
################################################################################

CPPFLAGS+=-DVERSION="\"1.00\""

# debug mode    
CXXFLAGS+=-g -W -Wall -pedantic

# profile mode
#CXXFLAGS = -pg -W -Wall -pedantic

# release mode
#CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG -mmmx -msse -msse2 -mfpmath=sse -march=pentium4 -mcpu=pentium4 -funroll-loops -fomit-frame-pointer 
#CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG -funroll-loops 

################################################################################
# 3) Dependencies
################################################################################

TARGETS = proda
OBJECTS = AlignedFragment.o Assert.o Block.o Consistency.o GlobalAlign.o LocalAlign.o Main.o PairAligner.o Matrix.o MultiSequence.o ProbModel.o Score.o ScoreMatrix.o Sequence.o SparseMatrix.o Tree.o Utilities.o

.PHONY : all
all : $(TARGETS)

proda : $(OBJECTS)
	$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -lm $(OBJECTS) -o proda $(LDFLAGS)

Assert.o: Assert.h
AlignedFragment.o: AlignedFragment.h Utilities.h
Block.o: Block.h Sequence.h AlignedFragment.h Sequence.h Utilities.h Types.h
GlobalAlign.o: Assert.h GlobalAlign.h Matrix.h MultiSequence.h ProbModel.h Score.h Sequence.h
Main.o: Assert.h Block.h Consistency.h GlobalAlign.h Matrix.h MultiSequence.h ProbModel.h SparseMatrix.h Tree.h Utilities.h PairAligner.h
PairAligner.o: PairAligner.h Sequence.h AlignedFragment.h ProbModel.h
Matrix.o: Matrix.h Score.h ScoreMatrix.h SparseMatrix.h
MultiSequence.o: Assert.h MultiSequence.h Sequence.h Utilities.h
ProbModel.o: Matrix.h ProbModel.h Score.h
Score.o: Score.h
ScoreMatrix.o: ScoreMatrix.h Score.h
Sequence.o: Assert.h Sequence.h
SparseMatrix.o: Matrix.h Score.h SparseMatrix.h
Tree.o: GlobalAlign.h Matrix.h MultiSequence.h Tree.h 
Utilities.o: Assert.h Utilities.h

.PHONY : clean
clean:
	rm -f *.o