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# Makefile for proda
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# 1) Choose C++ compiler.
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#CXX = g++
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# 2) Set C++ flags.
# a) DEBUG mode -- no optimizations, no inlining
# b) PROFILE mode -- for gprof
# c) RELEASE mode
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CPPFLAGS+=-DVERSION="\"1.00\""
# debug mode
CXXFLAGS+=-g -W -Wall -pedantic
# profile mode
#CXXFLAGS = -pg -W -Wall -pedantic
# release mode
#CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG -mmmx -msse -msse2 -mfpmath=sse -march=pentium4 -mcpu=pentium4 -funroll-loops -fomit-frame-pointer
#CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG -funroll-loops
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# 3) Dependencies
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TARGETS = proda
OBJECTS = AlignedFragment.o Assert.o Block.o Consistency.o GlobalAlign.o LocalAlign.o Main.o PairAligner.o Matrix.o MultiSequence.o ProbModel.o Score.o ScoreMatrix.o Sequence.o SparseMatrix.o Tree.o Utilities.o
.PHONY : all
all : $(TARGETS)
proda : $(OBJECTS)
$(CXX) $(CXXFLAGS) $(CPPFLAGS) -lm $(OBJECTS) -o proda $(LDFLAGS)
Assert.o: Assert.h
AlignedFragment.o: AlignedFragment.h Utilities.h
Block.o: Block.h Sequence.h AlignedFragment.h Sequence.h Utilities.h Types.h
GlobalAlign.o: Assert.h GlobalAlign.h Matrix.h MultiSequence.h ProbModel.h Score.h Sequence.h
Main.o: Assert.h Block.h Consistency.h GlobalAlign.h Matrix.h MultiSequence.h ProbModel.h SparseMatrix.h Tree.h Utilities.h PairAligner.h
PairAligner.o: PairAligner.h Sequence.h AlignedFragment.h ProbModel.h
Matrix.o: Matrix.h Score.h ScoreMatrix.h SparseMatrix.h
MultiSequence.o: Assert.h MultiSequence.h Sequence.h Utilities.h
ProbModel.o: Matrix.h ProbModel.h Score.h
Score.o: Score.h
ScoreMatrix.o: ScoreMatrix.h Score.h
Sequence.o: Assert.h Sequence.h
SparseMatrix.o: Matrix.h Score.h SparseMatrix.h
Tree.o: GlobalAlign.h Matrix.h MultiSequence.h Tree.h
Utilities.o: Assert.h Utilities.h
.PHONY : clean
clean:
rm -f *.o
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