1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
|
//////////////////////////////////////////////////////////////////////
// ScoreMatrix.h
//
// Matrix storage class for storing a set of two-dimensional arrays.
//////////////////////////////////////////////////////////////////////
#ifndef SCOREMATRIX_H
#define SCOREMATRIX_H
#include <stdio.h>
#include "Score.h"
#include "Sequence.h"
//////////////////////////////////////////////////////////////////////
// ScoreMatrix object
//////////////////////////////////////////////////////////////////////
class ScoreMatrix {
friend class Matrix;
int layers;
int rows;
int cols;
SCORE *data;
// printing utility function
void PrintVal (FILE *file, const SCORE &value) const;
public:
// constructors and destructor
ScoreMatrix (int layers, int rows, int cols);
ScoreMatrix (const ScoreMatrix &m);
~ScoreMatrix ();
// fill all entries with value
void Fill (const SCORE &value);
// printing functions
void PrintLayer (FILE *file, int layer) const;
void Print (FILE *file) const;
void PrintSumRange(FILE *file, int beginy, int endy, int beginx, int endx);
//////////////////////////////////////////////////////////////////////
// Access matrix element
//////////////////////////////////////////////////////////////////////
SCORE &operator() (int layer, int row, int col){
/* ASSERT (0 <= layer && layer < layers, "Requested layer out-of-bounds.");
ASSERT (0 <= row && row < rows, "Requested row out-of-bounds.");
ASSERT (0 <= col && col < cols, "Requested column out-of-bounds.");*/
return data[(row * cols + col) * layers + layer];
}
//////////////////////////////////////////////////////////////////////
// Access matrix element (const version)
//////////////////////////////////////////////////////////////////////
const SCORE &operator() (int layer, int row, int col) const {
/*ASSERT (0 <= layer && layer < layers, "Requested layer out-of-bounds.");
ASSERT (0 <= row && row < rows, "Requested row out-of-bounds.");
ASSERT (0 <= col && col < cols, "Requested column out-of-bounds.");*/
return data[(row * cols + col) * layers + layer];
}
//////////////////////////////////////////////////////////////////////
// Access matrix element
//////////////////////////////////////////////////////////////////////
SCORE *GetPtr (int layer, int row, int col){
return data + (row * cols + col) * layers + layer;
}
//////////////////////////////////////////////////////////////////////
// Access matrix element (const version)
//////////////////////////////////////////////////////////////////////
const SCORE *GetPtr (int layer, int row, int col) const {
return data + (row * cols + col) * layers + layer;
}
//////////////////////////////////////////////////////////////////////
// Return number of matrix layers
//////////////////////////////////////////////////////////////////////
const int GetNumLayers() const {
return layers;
}
//////////////////////////////////////////////////////////////////////
// Return number of matrix rows
//////////////////////////////////////////////////////////////////////
const int GetNumRows() const {
return rows;
}
//////////////////////////////////////////////////////////////////////
// Return number of matrix columns
//////////////////////////////////////////////////////////////////////
const int GetNumCols() const {
return cols;
}
};
#endif
|
