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.. (parent) | ||||
- | rw-r--r-- | 4,998 | AlignmentTree.cpp | |
- | rw-r--r-- | 0 | AlignmentTree.h | |
- | rw-r--r-- | 7,522 | Makefile.am | |
- | rw-r--r-- | 12,156 | MatchRecord.h | |
- | rw-r--r-- | 242 | RepeatHashCat.cpp | |
- | rw-r--r-- | 503 | RepeatHashCat.h | |
- | rw-r--r-- | 4,207 | SeedMatchEnumerator.h | |
- | rw-r--r-- | 1,715 | UniqueMatchFinder.cpp | |
- | rw-r--r-- | 1,020 | UniqueMatchFinder.h | |
- | rw-r--r-- | 725 | addUnalignedIntervals.cpp | |
- | rw-r--r-- | 2,555 | alignmentProjector.cpp | |
- | rw-r--r-- | 1,695 | backbone_global_to_local.cpp | |
- | rw-r--r-- | 56,143 | bbAnalyze.cpp | |
- | rw-r--r-- | 13,424 | bbBreakOnGenes.cpp | |
- | rw-r--r-- | 9,406 | bbFilter.cpp | |
- | rw-r--r-- | 4,295 | calculateBackboneCoverage.cpp | |
- | rw-r--r-- | 4,341 | calculateBackboneCoverage2.cpp | |
- | rw-r--r-- | 2,354 | calculateCoverage.cpp | |
- | rw-r--r-- | 6,123 | checkForLGT.cpp | |
- | rw-r--r-- | 1,394 | coordinateTranslate.cpp | |
- | rw-r--r-- | 1,962 | countInPlaceInversions.cpp | |
- | rw-r--r-- | 1,532 | createBackboneMFA.cpp | |
- | rw-r--r-- | 4,371 | evd.cpp | |
- | rw-r--r-- | 11,130 | extractBCITrees.cpp | |
- | rw-r--r-- | 2,461 | extractBackbone.cpp | |
- | rw-r--r-- | 2,125 | extractBackbone2.cpp | |
- | rw-r--r-- | 2,908 | extractSubalignments.cpp | |
- | rw-r--r-- | 1,501 | gappiness.cpp | |
- | rw-r--r-- | 4,740 | getAlignmentWindows.cpp | |
- | rw-r--r-- | 9,800 | getOrthologList.cpp | |
- | rw-r--r-- | 2,964 | joinAlignmentFiles.cpp | |
- | rw-r--r-- | 3,058 | makeBadgerMatrix.cpp | |
- | rw-r--r-- | 2,844 | makeMc4Matrix.cpp | |
- | rw-r--r-- | 32,200 | mauveAligner.cpp | |
- | rw-r--r-- | 182 | mauveAligner.h | |
- | rw-r--r-- | 716 | mauveToXMFA.cpp | |
- | rw-r--r-- | 3,345 | mfa2xmfa.cpp | |
- | rw-r--r-- | 7,604 | multiEVD.cpp | |
- | rw-r--r-- | 744 | multiToRawSequence.cpp | |
- | rw-r--r-- | 2,446 | pairCompare.cpp | |
- | rw-r--r-- | 29,756 | progressiveMauve.cpp | |
- | rw-r--r-- | 3,932 | projectAndStrip.cpp | |
- | rw-r--r-- | 4,947 | randomGeneSample.cpp | |
- | rw-r--r-- | 103,983 | repeatoire.cpp | |
- | rw-r--r-- | 4,047 | rootTrees.cpp | |
- | rw-r--r-- | 22,253 | scoreALU.cpp | |
- | rw-r--r-- | 17,821 | scoreAlignment.cpp | |
- | rw-r--r-- | 16,510 | scoreProcrastAlignment.cpp | |
- | rw-r--r-- | 6,106 | sortContigs.cpp | |
- | rw-r--r-- | 1,956 | stripGapColumns.cpp | |
- | rw-r--r-- | 4,722 | stripSubsetLCBs.cpp | |
- | rw-r--r-- | 4,349 | toEvoHighwayFormat.cpp | |
- | rw-r--r-- | 1,137 | toGBKsequence.cpp | |
- | rw-r--r-- | 2,355 | toGrimmFormat.cpp | |
- | rw-r--r-- | 1,442 | toMultiFastA.cpp | |
- | rw-r--r-- | 510 | toRawSequence.cpp | |
- | rw-r--r-- | 1,914 | transposeCoordinates.cpp | |
- | rw-r--r-- | 2,576 | unalign.cpp | |
- | rw-r--r-- | 1,132 | uniqueMerCount.cpp | |
- | rw-r--r-- | 7,229 | uniquifyTrees.cpp | |
- | rw-r--r-- | 3,090 | xmfa2maf.cpp |