File: sample.hmm

package info (click to toggle)
psortb 3.0.6%2Bdfsg-3
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: bookworm
  • size: 121,044 kB
  • sloc: perl: 3,652; ansic: 698; cpp: 338; sh: 27; makefile: 23
file content (80 lines) | stat: -rw-r--r-- 8,146 bytes parent folder | download | duplicates (5)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
HMMER2.0  [2.2g]
NAME  sample
LENG  20
ALPH  Amino
RF    no
CS    no
MAP   yes
COM   hmmbuild sample.hmm sample.aln
COM   hmmcalibrate sample.hmm
NSEQ  262
DATE  Thu Jul 18 16:46:33 2002
CKSUM 72
XT      -8455     -4  -1000  -1000  -8455     -4  -8455     -4 
NULT      -4  -8455
NULE     595  -1558     85    338   -294    453  -1158    197    249    902  -1085   -142    -21   -313     45    531    201    384  -1998   -644 
EVD    -7.935809   0.378357
HMM        A      C      D      E      F      G      H      I      K      L      M      N      P      Q      R      S      T      V      W      Y    
         m->m   m->i   m->d   i->m   i->i   d->m   d->d   b->m   m->e
           -5      *  -8046
     1   1089    467  -2673  -6768   -796   -659  -2409    849    193   1182      2  -1869  -1045  -2295   -182    320     96     56    335  -3000     1
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -      0 -13207 -14249   -894  -1115   -701  -1378     -5      * 
     2   2027    447  -7766  -3539     52   -316  -2320    301  -1493    936     40  -2385  -1390  -3041  -3469     23   -283    405   -173  -1457     2
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -      0 -13207 -14249   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     3   1617   -167  -7821  -2243   -295   -545  -5897    748  -3587   1486    563  -1761  -2024  -2960  -6582   -241   -863    888   -669  -1883     3
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -      0 -13207 -14249   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     4   1591   1196  -7825  -7188    474    107  -2063    237  -6783   1310    898  -2487  -2622  -6406  -3384   -242     32    721  -5763  -2904     4
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -      0 -13207 -14249   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     5   1506    513  -3345  -7188    222    302  -5898    503  -6783   1271    610  -3224  -1603  -6406  -2582    181   -413    878  -5763  -2809     5
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -      0 -13207 -14249   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     6   1440    223  -3710  -7184    809   -171  -5897    107  -2624   1507    529  -2338  -1100  -6403  -3384      4    310    318  -1628  -5421     6
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -      0 -13207 -14249   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     7   1612    180  -2599  -3892    255   -440  -5893     20  -6766   1350    365  -2410   -960  -2071  -3564    606    174    271  -1528  -2809     7
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -      0 -13207 -14249   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     8   1585    423  -3710  -7179    704   -657  -2320    225  -6776   1418   1461  -1783  -1277  -2310  -2510     17   -285     -8  -5764  -1227     8
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -      0 -13207 -14249   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     9    960    158  -3345  -7188   1536    681  -5898  -1418  -6783   1689    830  -6672  -2024  -3044  -2070   -127    -11     82  -1628  -1835     9
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -      0 -13207 -14249   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    10   1026   -112  -2552  -7181   1507     41  -1382    666  -3426    836   1374  -2534  -1707  -6402  -2558    584    319     83   -752  -1290    10
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -      0 -13207 -14249   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    11   1914    694  -7823  -7187   -560   -430  -2320   -331  -6782  -1680    532  -1213    549  -3228  -6583   1877    495   -599  -1434  -2856    11
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -      0 -13207 -14249   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    12    757   -466  -6127  -3656    718   1151    196  -2590  -3315    328   -478  -1079    321    307  -1081    968    706    -61  -1573  -5206    12
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -      0 -13207 -14249   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    13   1000  -6537  -3232  -2391    209   -307  -2293   -628  -1618  -1132  -1582     11   1569    221  -1242   1445    320   -285  -6751    105    13
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -      0 -13207 -14249   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    14   2898   -404  -2416  -3298  -3040  -2094  -2237  -2168  -3138   -770  -5205  -2356  -3499  -1579  -1803    391   -481    941  -6384  -2878    14
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -      0 -13207 -14249   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    15    100   -590  -2447  -1916   1378  -1669   2443  -1720  -2146    634   1557    375  -6592   1180  -1701    -30   -279   -400    575     99    15
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -      0 -13207 -14249   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    16   3497  -6782  -8621  -3773  -9001   -604  -8243  -8742  -8545  -2782  -8108  -1797  -3489  -8192  -3395   -763  -2069  -3775  -9245  -9046    16
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -      0 -13207 -14249   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    17   2298    -15    256    354  -2312   -505  -1418  -2280   -540  -1810   -828   -159  -3213   1475  -1854   -547  -1272   -601  -1871   -797    17
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -      0 -13207 -14249   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    18   -154  -6626   1590   1257  -3304   -335  -4816   -720  -1834  -1320  -1535    132    788    559  -2515   -232   1053      4   -122  -2912    18
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -      0 -13207 -14249   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    19    713  -2321   -444    -28    303    -71  -2203   -302   -562   -250  -2516   -422    514    915  -2477   -173   1214   -107   -140   -459    19
     -   -138   -511    238     32   -408    393     80   -626    186   -467   -739    283    402     60     81    352    165   -355   -278   -251 
     -  -8371     -4 -14249     -1 -10944   -701  -1378      *      * 
    20    223  -2308    424    359  -1127   -115   -224    190   -196   -251  -1078    494    384     51  -1298   -279    459    418     17   -749    21
     -      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      * 
     -      *      *      *      *      *      *      *      *      0 
//