File: protein_mmff.py

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#C* copyright 1998-2000 by Warren Lyford Delano of DeLano Scientific.
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#G* Please see the accompanying LICENSE file for further information.
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('HIP'  , '3HB'   ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
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('HIP'  , 'C'     ) : { 'type' : '2'    , 'charge' :  0.5690 } ,
('HIP'  , 'CA'    ) : { 'type' : '3'    , 'charge' :  0.5640 } ,
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('HIP'  , 'CD2'   ) : { 'type' : '2'    , 'charge' :  0.2000 } ,
('HIP'  , 'CE1'   ) : { 'type' : '2'    , 'charge' :  0.6500 } ,
('HIP'  , 'CG'    ) : { 'type' : '2'    , 'charge' :  0.1820 } ,
('HIP'  , 'HA'    ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('HIP'  , 'N'     ) : { 'type' : '26'   , 'charge' : -0.8530 } ,
('HIP'  , 'ND1'   ) : { 'type' : '25'   , 'charge' : -0.7000 } ,
('HIP'  , 'NE2'   ) : { 'type' : '31'   , 'charge' : -0.7000 } ,
('HIP'  , 'O'     ) : { 'type' : '15'   , 'charge' : -0.5700 } ,
('ILE'  , '1HD1'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
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('ILE'  , '2HD1'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
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('ILE'  , '2HT'   ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.4500 } ,
('ILE'  , '3HD1'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
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('ILE'  , '3HG2'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
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('VAL'  , '1HG1'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('VAL'  , '1HG2'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
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('VAL'  , '2HG1'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('VAL'  , '2HG2'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('VAL'  , '2HT'   ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.4500 } ,
('VAL'  , '3HG1'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('VAL'  , '3HG2'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('VAL'  , '3HT'   ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.4500 } ,
('VAL'  , 'C'     ) : { 'type' : '2'    , 'charge' :  0.5690 } ,
('VAL'  , 'CA'    ) : { 'type' : '3'    , 'charge' :  0.5640 } ,
('VAL'  , 'CB'    ) : { 'type' : '3'    , 'charge' :  0.0000 } ,
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}

c_terminal = {
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('TRP'  , '3HB'   ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
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('TRP'  , 'N'     ) : { 'type' : '25'   , 'charge' : -0.7301 } ,
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('TRP'  , 'O'     ) : { 'type' : '15'   , 'charge' : -0.9000 } ,
('TRP'  , 'OXT'   ) : { 'type' : '18'   , 'charge' : -0.9000 } ,
('VAL'  , '1HG1'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('VAL'  , '1HG2'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('VAL'  , '2HG1'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('VAL'  , '2HG2'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('VAL'  , '3HG1'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('VAL'  , '3HG2'  ) : { 'type' : '41'   , 'charge' :  0.0000 } ,
('VAL'  , 'C'     ) : { 'type' : '2'    , 'charge' :  0.9060 } ,
('VAL'  , 'CA'    ) : { 'type' : '3'    , 'charge' :  0.1941 } ,
('VAL'  , 'CB'    ) : { 'type' : '3'    , 'charge' :  0.0000 } ,
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('VAL'  , 'H'     ) : { 'type' : '43'   , 'charge' :  0.3700 } ,
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}

numeric_map = {
    1  : 'C1',
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    }

alpha_map = {}

for a in numeric_map.keys():
    alpha_map[numeric_map[a]] = a

# convert numeric entries in type definitions above
# alpha-numeric

for a in normal.keys():
    na = normal[a]
    na['type'] = numeric_map[int(na['type'])]

for a in n_terminal.keys():
    na = n_terminal[a]
    na['type'] = numeric_map[int(na['type'])]

for a in c_terminal.keys():
    na = c_terminal[a]
    na['type'] = numeric_map[int(na['type'])]


def check_sum(dct):
    sm = {}
    for a in dct.keys():
        if a[0] not in sm:
            sm[a[0]] = dct[a]['charge']
        else:
            sm[a[0]] = sm[a[0]]+ dct[a]['charge']

    for a in sm.keys():
        print(a,'%7.4f'%sm[a])