1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
|
Command line: [exonerate -m cdna2genome ../scer_cad1.fa /media/Waterloo/Downloads/genomes/scer_s288c/scer_s288c.fa --bestn 3 --showcigar no --showvulgar no]
Hostname: [blackbriar]
C4 Alignment:
------------
Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence:[revcomp]
Model: cdna2genome
Raw score: 6146
Query range: 0 -> 1230
Target range: 1319275 -> 1318045
1 : TGG : 56
ATrpGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ATrpGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA
1319275 : TGG : 1319220
57 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA : 112
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319219 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA : 1319164
113 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT : 168
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319163 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT : 1319108
169 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT : 224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319107 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT : 1319052
225 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT : 280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319051 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT : 1318996
281 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT : 336
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318995 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT : 1318940
337 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA : 392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318939 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA : 1318884
393 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA : 448
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318883 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA : 1318828
449 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA : 504
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318827 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA : 1318772
505 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA : 560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318771 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA : 1318716
561 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA : 616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318715 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA : 1318660
617 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA : 672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318659 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA : 1318604
673 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318603 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 1318548
729 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC : 784
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318547 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC : 1318492
785 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC : 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318491 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC : 1318436
841 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA : 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318435 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA : 1318380
897 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC : 952
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318379 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC : 1318324
953 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1008
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318323 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1318268
1009 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318267 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1318212
1065 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318211 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1318156
1121 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318155 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1318100
1177 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318099 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1318046
C4 Alignment:
------------
Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds:[revcomp]
Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence
Model: cdna2genome
Raw score: 6146
Query range: 1230 -> 0
Target range: 1318045 -> 1319275
1230 : CTACAGGAGCTGTCTAACCAGAGCACTCTGTAAGTCGCGAGCTTTGACTACTATTT : 1175
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318046 : CTACAGGAGCTGTCTAACCAGAGCACTCTGTAAGTCGCGAGCTTTGACTACTATTT : 1318101
1174 : TGCAGTCATCTGTACATTTTGCCTTGATTATTAATTCGCTGCATAAATCATCTATG : 1119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318102 : TGCAGTCATCTGTACATTTTGCCTTGATTATTAATTCGCTGCATAAATCATCTATG : 1318157
1118 : TGG : 1063
TCCAACGATGAATATTTTrpTAGGGAGGAGATCTCTTCGAGAATGTGGTAGCAAGA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TCCAACGATGAATATTTTrpTAGGGAGGAGATCTCTTCGAGAATGTGGTAGCAAGA
1318158 : TGG : 1318213
1062 : CGCTTTTCCATTCGATATGGCGCTGCTAATGTGTTCAATTGCTTCAGATTGGGTTC : 1007
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318214 : CGCTTTTCCATTCGATATGGCGCTGCTAATGTGTTCAATTGCTTCAGATTGGGTTC : 1318269
1006 : GAATTGTTTTAGTATGAGAAGCAGCCACCGGAAGCACCGAAGCTAGAGATTTCTGA : 951
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318270 : GAATTGTTTTAGTATGAGAAGCAGCCACCGGAAGCACCGAAGCTAGAGATTTCTGA : 1318325
950 : TTCAACAGGTGGCTTGTTATTAAGTCGCATTTGATCTCCTTATTTGAACATGGTTT : 895
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318326 : TTCAACAGGTGGCTTGTTATTAAGTCGCATTTGATCTCCTTATTTGAACATGGTTT : 1318381
894 : GGTCCCGATACACTTGCGGTTGCAAATATTATTACACTGGCTCCCTACAGCAAGGG : 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318382 : GGTCCCGATACACTTGCGGTTGCAAATATTATTACACTGGCTCCCTACAGCAAGGG : 1318437
838 : GAAGCACGCTGGGGAATAAAGTATCATCTTCTGTCTCGTATGGAAGATACTTTTGG : 783
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318438 : GAAGCACGCTGGGGAATAAAGTATCATCTTCTGTCTCGTATGGAAGATACTTTTGG : 1318493
782 : TCAATTTCACATTGACATGCTGACGTATCTATTTTTTCAGCGGTCAGGCGTTCAGA : 727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318494 : TCAATTTCACATTGACATGCTGACGTATCTATTTTTTCAGCGGTCAGGCGTTCAGA : 1318549
726 : GTGCTGAGGAAAGTAGTTATGAATGTCGTAATCTAAAGCTTCTAGACCAGTCTGTC : 671
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318550 : GTGCTGAGGAAAGTAGTTATGAATGTCGTAATCTAAAGCTTCTAGACCAGTCTGTC : 1318605
670 : TATCATTGGAGACAAGATCGAGACTGAAATCTGGCATTTCACTACCATTAATACTT : 615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318606 : TATCATTGGAGACAAGATCGAGACTGAAATCTGGCATTTCACTACCATTAATACTT : 1318661
614 : TCGTCACCGATGGTAACGGCACCTGTTCGATTTCCGGGGGGAGAATCCCACGAATT : 559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318662 : TCGTCACCGATGGTAACGGCACCTGTTCGATTTCCGGGGGGAGAATCCCACGAATT : 1318717
558 : GGTTAAACTGGGAGCGTTCCATGAGCCTATGTTCCACATAACTTTCTCATTCTCTT : 503
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318718 : GGTTAAACTGGGAGCGTTCCATGAGCCTATGTTCCACATAACTTTCTCATTCTCTT : 1318773
502 : GAGTGTGCGGCTGTACTTCTATACTTGTGTTCACAGTCATGTTTTCATCTGAATTA : 447
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318774 : GAGTGTGCGGCTGTACTTCTATACTTGTGTTCACAGTCATGTTTTCATCTGAATTA : 1318829
446 : GGCGATGGCAATTCCTTTGCAGCCTTGCTAACTGCTGTACTTGTTCCTTTTTCGTT : 391
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318830 : GGCGATGGCAATTCCTTTGCAGCCTTGCTAACTGCTGTACTTGTTCCTTTTTCGTT : 1318885
390 : TTCCCTTTTCTGTTGTTCTTGCAGATCATCGAGGAAGGCTAATATTCTTTCATCAT : 335
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318886 : TTCCCTTTTCTGTTGTTCTTGCAGATCATCGAGGAAGGCTAATATTCTTTCATCAT : 1318941
334 : CAGAATTCTTAGCTCTATATTTTGTAATTTCCGACAGTAAACTTTTTAAAGAACAT : 279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318942 : CAGAATTCTTAGCTCTATATTTTGTAATTTCCGACAGTAAACTTTTTAAAGAACAT : 1318997
278 : AGTAAAAAGTCCGTGGTAGTCTTATTCTGCGCATCTTTCTGTTCTAGTAACTCTAC : 223
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318998 : AGTAAAAAGTCCGTGGTAGTCTTATTCTGCGCATCTTTCTGTTCTAGTAACTCTAC : 1319053
222 : CCTCTCTTGCAAACTCTTCATTTTGGCTTCTTTCCTATCTCGGAACGCTCGTTGAG : 167
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319054 : CCTCTCTTGCAAACTCTTCATTTTGGCTTCTTTCCTATCTCGGAACGCTCGTTGAG : 1319109
166 : CTGCCCTATTCTGGGCAGTCCTCCTACTCTTAGCTTCAGAGTCAATCCTTTTTCTG : 111
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319110 : CTGCCCTATTCTGGGCAGTCCTCCTACTCTTAGCTTCAGAGTCAATCCTTTTTCTG : 1319165
110 : CCTGGTCTGCCCACCTTCCTCTTAGGTGTTCCATCTTTATTTAGCAACATTTGCTT : 55
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319166 : CCTGGTCTGCCCACCTTCCTCTTAGGTGTTCCATCTTTATTTAGCAACATTTGCTT : 1319221
54 : CTTCATGTCACCTGCTAAATATATTTGCTGACCTTTCCGAAGGATATTGCCCAT : 1
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319222 : CTTCATGTCACCTGCTAAATATATTTGCTGACCTTTCCGAAGGATATTGCCCAT : 1319275
C4 Alignment:
------------
Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
Target: gi|330443688|ref|NC_001145.3| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence
Model: cdna2genome
Raw score: 518
Query range: 0 -> 516
Target range: 85010 -> 667216
1 : ATGGGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAAGC : 58
|||| || | |||| | |||||| |||| | | | |||| ||||||||||
85011 : ATGGTGAACCT-CTTCAAGACGGTCAG--AATA-A-TCAACAGG----ATGAAGAAGC : 85059
59 : AAATGTT >>>> Target Intron 1 >>>> GCTA-AATAAAGATGGAACACC : 86
||| | |++ 168908 bp -+|| | ||| || | | |||
85060 : AAAAGATgt.........................tgGCGAGGATAGCGA--GCA-ACC : 253993
87 : TAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCAGAAA--AAGGATT-GACTCTGAAGCTAAGAGT : 141
|||| ||||| ||| | | ||| ||| ||| || || ||||| |||||
253994 : GAAGAAGAAGGGTAGCAAAACTAGCAAAAAGCAAGATTTGGATCCTGAAACTAAGCAG : 254051
142 : AGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCTCAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCA : 199
| |||||||||||| ||| |||| |||||| |||| || | || | || || |
254052 : AAGAGGACTGCCCAAAATCGGGCCGCTCAAAGAGCTTTTAGGGAACGTAAGGAGAGGA : 254109
200 : AAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGTA >>>> Target Intron 2 >>>> GAG : 228
| |||||| ||| | ||| ||||-- 96824 bp -+| |
254110 : AGATGAAGGAATTGGAGAAGAAGGTAca.........................tgGGG : 350962
229 : TTACTAGAACA--GAAAGATGCGCAGAATA--AGACTACCACGGACTT-TTTACTATG : 281
| | || | || |||| | ||||| || ||||| ||| ||| |||
350963 : TGATTATATCATTTCTGGATGAG--GAATACCTGAAGACCAC--TCTTCATTAAAATG : 351016
282 : TTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAAT-TACAAAATATAG >>>> Target Intr : 321
||||||||||| | | || | ||| || | | | |||-+ 122118 b
351017 : TTCTTTAAAAA-TATTCTTTTGGATATATTCTA---CTAGtt................ : 351055
322 : on 3 >>>> AGCTAAGAATTCTGATGATG-----AAAGAA >>>> Target In : 347
p ++| |||||||||||| ||| ||||||-+ 193839
351056 : .........agATGGAAGAATTCTGATAATGCTGTAAAAGAAat.............. : 473204
348 : AG : 385
tron 4 >>>> TATTAGCCTTCC--TCGATGATCTGCA--A-GAACAACAGAAAAr
bp ++| |||| || | ||||| | || || | ||| | | ||
...........agTCATAGCGTTACGTTCGAT-ACCTTCACTACGAAGATCCAAACSe
473205 : TC : 667083
386 : GGAAAACGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCG : 442
gGluAsnGluLysGlyThrSerThrAlaValSerLysAlaAlaLysGluLeuProSer
:::......! ! ! .!. ! ... !:!:... +|+||+:!:
rPheSerSerSerAspLysPheLeuThrPhePheSerLeuSerSerPheLeuProThr
667084 : TTTTTCTAGTTCCGATAAATTCCTTACCTTCTTTTCACTTTCCTCTTTTCTCCCTACA : 667140
443 : CCTAATTCAGATGAA : 499
ProAsnSerAspGluAACATGACTGT-GA-ACA-CAAGTATAGAAGTACAGCCGCACA
!! ! ..! ..!|||||| |||| || | | | ||||||||||||| ||
Thr***GlnThrSerAACATG-CTGTAGATAGAGCTTCTATAGAAGTACAGTTATTCA
667141 : ACTTAGCAAACGTCA : 667199
500 : CTCAAGAGAATGAGAAA : 516
||| | || | |||
667200 : AACAAAAAAAAAAAAAA : 667216
-- completed exonerate analysis
|
