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233
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Command line: [exonerate -m ner ../scer_cad1.fa /media/Waterloo/Downloads/genomes/scer_s288c/scer_s288c.fa --bestn 3 --showcigar no --showvulgar no]
Hostname: [blackbriar]
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Target range: 1319275 -> 1318045
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57 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA : 112
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319051 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT : 1318996
281 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT : 336
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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337 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA : 392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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393 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA : 448
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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449 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA : 504
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318827 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA : 1318772
505 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA : 560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318771 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA : 1318716
561 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA : 616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318715 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA : 1318660
617 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA : 672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318659 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA : 1318604
673 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318603 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 1318548
729 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC : 784
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318547 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC : 1318492
785 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC : 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318491 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC : 1318436
841 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA : 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318435 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA : 1318380
897 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC : 952
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318379 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC : 1318324
953 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1008
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318323 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1318268
1009 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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1065 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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1121 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318155 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1318100
1177 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318099 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1318046
C4 Alignment:
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Target: gi|330443681|ref|NC_001144.5| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XII, complete sequence
Model: NER:affine:local:dna2dna
Raw score: 502
Query range: 110 -> 1230
Target range: 297910 -> 318994
111 : CAGAAAA--< 31 >--CTGCCCAGAAT--< 10 >--AACGAGCGTTCCG- : 184
| |||||--< NER 1 >--| ||||| | |--< NER 2 >--||| | ||||||-
297911 : CTGAAAA--< 29 >--CCGCCCAAAGT--< 13 >--AACTGGAGTTCCG- : 297993
185 : -< 2 >--ATAGGAAAGAAGC--< 30 >--GTTA-CTAGAAC-AGAAAG- : 246
-< NER 3 >--|| || |||| ||--< NER 4 >--|||| | ||||| | ||||-
297994 : -< 9 >--ATTGG-AAGATGC--< 15 >--GTTATCAAGAACAATAAAG- : 298050
247 : -< 11 >--AAGACT--< 5 >--GGACTTTTTACTATGTTC--< 12 : 286
-< NER 5 >--||||||--< NER 6 >--| ||| || ||| | ||--< NER 7
298051 : -< 11 >--AAGACT--< 10 >--GCACTATTCACTGTCCTC--< 12 : 298096
287 : >--ACTGTCGGAAAT--< 1 >--ACAAAATATAGAGCTAA--GAAT-TCTGA : 335
>--|| || ||||--< NER 8 >--|||||| | | |||| | || | | |||
298097 : >--ACATTCTCAAAT--< 10 >--ACAAAA-AAACAGCTGATTGATTATTTGA : 298145
336 : TGAT--< 369 >--AACTACTT--< 12 >--TGAACG--< 10 >- : 736
||| --< NER 9 >--| || |||--< NER 10 >--|||| |--< NER 11 >-
298146 : TGAA--< 20288 >--AGCTTCTT--< 9 >--TGAAAG--< 16 >- : 318477
737 : -GAAAAAATAGATACGTCAGCATG--< 11 >--TTGACCAAAAGTATCTTCCA : 798
-||| ||||| || | || | ||--< NER 12 >--||||| | | |||| |
318478 : -GAATAAATACAT--GGCACCTTG--< 6 >--TTGACATTCAATGCCTTCTA : 318523
799 : TACGAG--< 12 >--ACTTT--< 11 >--TGCTTCCCCTTGC--< : 847
| |||--< NER 13 >--|||||--< NER 14 >--| | ||||||| |--< NE
318524 : -AAGAG--< 37 >--ACTTT--< 41 >--TTCCTCCCCTTCC--< : 318631
848 : 44 >--GGACCAA--< 19 >--ATCAAATGCGACTTAA--< 9 >- : 933
R 15 >--|||| ||--< NER 16 >--||||||| | || ||--< NER 17 >-
318632 : 6 >--GGACGAA--< 2 >--ATCAAAT-CAACCAAA--< 5 >- : 318660
934 : -ACCTGT--< 7 >--GAAATC--< 1 >--CTAGCTTC--< 11 : 970
-||||||--< NER 18 >--||||||--< NER 19 >--|||| |||--< NER 2
318661 : -ACCTGT--< 16 >--GAAATC--< 4 >--CTAGTTTC--< 9 : 318709
971 : >--TGGCTGCTTCTCAT--< 13 >--GAACCCAAT--< 1 >--TG : 1018
0 >--|| || | ||||||--< NER 21 >--||| ||| |--< NER 22 >--||
318710 : >--TGTCT-CATCTCAT--< 4 >--GAATCCAGT--< 8 >--TG : 318744
1019 : AAGC--< 2 >--TTGAACACATT-AGCAG--< 7 >--TCGAATGGA : 1056
|||--< NER 23 >--|||| |||||| | |||--< NER 24 >--|||||| |
318745 : TAGC--< 7 >--TTGACCACATTCACCAG--< 15 >--TCGAAT-GC : 318795
1057 : AAAGCGTCTTGCTACCACATTCTCGAA--< 9 >--TCCCT--< 2 > : 1099
|||| || ||| ||||| |||||--< NER 25 >--|||||--< NER 26 >
318796 : AAAGAAGCTAGCT-GAACATTATCGAA--< 13 >--TCCCT--< 12 > : 318852
1100 : --CAAAATATTCATCGTTGGA--< 3 >--AGATGATTT--< 3 >-- : 1132
--|||||| ||| || | | |--< NER 27 >--|||| ||||--< NER 28 >--
318853 : --CAAAATTTTCTTCATAGAA--< 19 >--AGAT-ATTT--< 16 >-- : 318914
1133 : CAGCGA--< 17 >--AATGTACAG--< 2 >--GACTGCAAAA--< : 1179
|||| |--< NER 29 >--| ||||| |--< NER 30 >--|||| |||||--< N
318915 : CAGCTA--< 5 >--ACTGTACCG--< 11 >--GACTTCAAAA--< : 318960
1180 : 10 >--AGCTCGCGACTTA--< 10 >--TGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1230
ER 31 >--|||| |||| |--< NER 32 >--|| | ||||||||||||||
318961 : 5 >--AGCTATAGACTCA--< 2 >--TGATAGGACAGCTCCTGTAG : 318994
C4 Alignment:
------------
Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence
Model: NER:affine:local:dna2dna
Raw score: 440
Query range: 509 -> 1192
Target range: 183946 -> 184603
510 : TGAGA--< 23 >--TGGAACGCTC--< 20 >--GATTCTCCCCCCGGAAA : 584
|||||--< NER 1 >--|| ||| ||--< NER 2 >--|| ||| | | |||
183947 : TGAGA--< 26 >--TGAAACTGTC--< 15 >--GAAGCTCTTTCAGAAAA : 184019
585 : TCGAACAGGTG--< 12 >--GTGACGAAAG--< 19 >--CCAGATTTCAG : 647
| ||| |||--< NER 3 >--|||| || ||--< NER 4 >--|| |||| ||
184020 : GCCAACTCGTG--< 14 >--GTGAAGACAG--< 12 >--CCGGATTACAA : 184077
648 : TCT--< 17 >--ATAGACAGACTGGTC--< 1 >--AGAAGCT-TTAGAT : 696
|||--< NER 5 >--| ||| || | |||--< NER 6 >--|||| || ||||
184078 : TCT--< 12 >--AGAGAAAGGCAAGTC--< 4 >--AGAAACTGGCAGAT : 184125
697 : -TACGACATTCATAACTACTTTC--< 19 >--GACCGCTGA--< 2 >-- : 748
| ||| || | || | ||||--< NER 7 >--| |||||||--< NER 8 >--
184126 : CTTGGAC-TTGAAAAGGAGTTTC--< 22 >--GGCCGCTGA--< 12 >-- : 184191
749 : AAAT--AGATACGTCAGCAT--< 11 >--ATTGACCAAAAGTA--< 6 : 793
|||| |||| | |||||||--< NER 9 >--||| || |||| ||--< NER 10
184192 : AAATGCAGAT-CATCAGCAT--< 2 >--ATT-ACGAAAACTA--< 15 : 184240
794 : >--ATACGAGACAGA--< 6 >--TACTTTATTCCCCAGCGT--< 10 : 835
>--| || ||| |||--< NER 11 >--|||| || ||||| |--< NER 12
184241 : >--AAACCAGAAAGA--< 20 >--TACTAGGTT-ACCAGCTT--< 11 : 184300
836 : >--GCTGT--< 13 >--AATAATATTTGCAACCGCAAG--< 20 >--T : 903
>--|||||--< NER 13 >--|| || | || || | || |--< NER 14 >--|
184301 : >--GCTGT--< 11 >--AAGAAGACATGGAAACCCAGG--< 10 >--T : 184347
904 : TCAAATAAGGAGATCAA--< 7 >--TTAATAACAAG--< 19 >--TC : 959
||||| ||| ||| ||--< NER 15 >--|||| || |||--< NER 16 >--|
184348 : TCAAAGAAGAAGAAGAA--< 2 >--TTAAAAAGAAG--< 16 >--TG : 184395
960 : TCTAGCTTCGGTGCTT-CCGG--TGGCTGCTTCTCATAC--< 15 >--CCAAT : 1015
|||| || | ||| |||| || || ||| ||||--< NER 17 >--| |||
184396 : TCTA-CTAGAGAACTTGCCGGCAAGGTTGGGTCT-ATAC--< 7 >--CAAAT : 184444
1016 : CTGAA--< 2 >--AATTGAACA--< 19 >--AATGGAAAAGCGTCTT : 1066
||| |--< NER 18 >--||||| | |--< NER 19 >--| ||| |||| ||
184445 : CTGGA--< 14 >--AATTGGAAA--< 13 >--ATTGGCAAAG-GTGCC : 184500
1067 : GCTACCACATTCT--< 20 >--CAAAATATT--< 14 >--GATGATTT : 1130
| |||||||| |--< NER 20 >--||| || ||--< NER 21 >--||||||
184501 : GAAACCACATTTT--< 2 >--CAAGATGTT--< 18 >--GATGATGC : 184550
1131 : AT--GCAGCGAA--< 7 >--TCAAGGC--< 13 >--GACTGCAAAAT : 1178
|| ||||| |--< NER 22 >--|| ||||--< NER 23 >--||| | |||||
184551 : ATCCTCAGCGGA--< 3 >--TCTAGGC--< 6 >--GACGGTAAAAT : 184589
1179 : AGTAGTCAAAGCTC : 1192
|||||||| | |||
184590 : AGTAGTCACACCTC : 184603
-- completed exonerate analysis
|
