1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
|
Command line: [exonerate -m ungapped ../scer_cad1.fa /media/Waterloo/Downloads/genomes/scer_s288c/scer_s288c.fa --bestn 3 --showcigar no --showvulgar no]
Hostname: [blackbriar]
C4 Alignment:
------------
Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence:[revcomp]
Model: ungapped:dna2dna
Raw score: 6150
Query range: 0 -> 1230
Target range: 1319275 -> 1318045
1 : ATGGGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA : 56
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319275 : ATGGGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA : 1319220
57 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA : 112
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319219 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA : 1319164
113 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT : 168
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319163 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT : 1319108
169 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT : 224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319107 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT : 1319052
225 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT : 280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1319051 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT : 1318996
281 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT : 336
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318995 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT : 1318940
337 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA : 392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318939 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA : 1318884
393 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA : 448
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318883 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA : 1318828
449 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA : 504
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318827 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA : 1318772
505 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA : 560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318771 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA : 1318716
561 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA : 616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318715 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA : 1318660
617 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA : 672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318659 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA : 1318604
673 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318603 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 1318548
729 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC : 784
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318547 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC : 1318492
785 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC : 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318491 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC : 1318436
841 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA : 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318435 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA : 1318380
897 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC : 952
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318379 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC : 1318324
953 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1008
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318323 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1318268
1009 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318267 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1318212
1065 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318211 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1318156
1121 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318155 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1318100
1177 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1318099 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1318046
C4 Alignment:
------------
Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
Target: gi|330443688|ref|NC_001145.3| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence
Model: ungapped:dna2dna
Raw score: 233
Query range: 121 -> 236
Target range: 254031 -> 254146
122 : TTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCTCAACGAGCGTT : 179
| || ||||| ||||| | |||||||||||| ||| |||| |||||| |||| ||
254032 : TGGATCCTGAAACTAAGCAGAAGAGGACTGCCCAAAATCGGGCCGCTCAAAGAGCTTT : 254089
180 : CCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGTAGAGTTACTAGA : 236
| || | || || || |||||| ||| | ||| |||| | ||||
254090 : TAGGGAACGTAAGGAGAGGAAGATGAAGGAATTGGAGAAGAAGGTACAAAGTTTAGA : 254146
C4 Alignment:
------------
Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
Target: gi|330443688|ref|NC_001145.3| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence
Model: ungapped:dna2dna
Raw score: 151
Query range: 1098 -> 1166
Target range: 255671 -> 255739
1099 : CCAAAATATTCATCGTTGGACATAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAA : 1156
|| ||||| ||| | || | |||| |||||| ||| |||| |||||||
255672 : CCGAAATACTCAGATATTGATGTCGATGGTTTATGTTCCGAGCTAATGGCAAAGGCAA : 255729
1157 : AATGTACAGA : 1166
||||| ||||
255730 : AATGTTCAGA : 255739
-- completed exonerate analysis
|
