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429
|
Command line: [exonerate -m ungapped:trans ../scer_cad1.fa /media/Waterloo/Downloads/genomes/scer_s288c/scer_s288c.fa --bestn 3 --showcigar no --showvulgar no]
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Model: ungapped:codon
Raw score: 2151
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1228 : ACAGGAGCTGTCTAACCAGAGCACTCTGTAAGTCGCGAGCTTTGACTACTATTTTG : 1174
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sSerHisLeuTyrIleLeuPro***LeuLeuIleArgCysIleAsnHisLeuCysP
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uLeuPhe***TyrGluLysGlnProProGluAlaProLysLeuGluIleSerAspS
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erThrGlyGlyLeuLeuLeuSerArgIle***SerProTyrLeuAsnMetValTrp
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SerArgTyrThrCysGlyCysLysTyrTyrTyrThrGlySerLeuGlnGlnGlyGl
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SerArgTyrThrCysGlyCysLysTyrTyrTyrThrGlySerLeuGlnGlnGlyGl
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uAlaArgTrpGlyIleLysTyrHisLeuLeuSerArgMetGluAspThrPheGlyG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
uAlaArgTrpGlyIleLysTyrHisLeuLeuSerArgMetGluAspThrPheGlyG
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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AlaGluGluSerSerTyrGluCysArgAsnLeuLysLeuLeuAspGlnSerValTy
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlaGluGluSerSerTyrGluCysArgAsnLeuLysLeuLeuAspGlnSerValTy
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rHisTrpArgGlnAspArgAsp***AsnLeuAlaPheHisTyrHis***TyrPheA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rHisTrpArgGlnAspArgAsp***AsnLeuAlaPheHisTyrHis***TyrPheA
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rgHisArgTrp***ArgHisLeuPheAspPheArgGlyGluAsnProThrAsnTrp
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rgHisArgTrp***ArgHisLeuPheAspPheArgGlyGluAsnProThrAsnTrp
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LeuAsnTrpGluArgSerMetSerLeuCysSerThr***LeuSerHisSerLeuGl
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LeuAsnTrpGluArgSerMetSerLeuCysSerThr***LeuSerHisSerLeuGl
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uCysAlaAlaValLeuLeuTyrLeuCysSerGlnSerCysPheHisLeuAsn***A
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
uCysAlaAlaValLeuLeuTyrLeuCysSerGlnSerCysPheHisLeuAsn***A
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laMetAlaIleProLeuGlnProCys***LeuLeuTyrLeuPheLeuPheArgPhe
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
laMetAlaIleProLeuGlnProCys***LeuLeuTyrLeuPheLeuPheArgPhe
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ProPheSerValValLeuAlaAspHisArgGlyArgLeuIlePhePheHisHisGl
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ProPheSerValValLeuAlaAspHisArgGlyArgLeuIlePhePheHisHisGl
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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276 : TAAAAAGTCCGTGGTAGTCTTATTCTGCGCATCTTTCTGTTCTAGTAACTCTACCC : 223
alLysSerProTrp***SerTyrSerAlaHisLeuSerValLeuValThrLeuPro
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alLysSerProTrp***SerTyrSerAlaHisLeuSerValLeuValThrLeuPro
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SerLeuAlaAsnSerSerPheTrpLeuLeuSerTyrLeuGlyThrLeuValGluLe
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SerLeuAlaAsnSerSerPheTrpLeuLeuSerTyrLeuGlyThrLeuValGluLe
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uProTyrSerGlyGlnSerSerTyrSer***LeuGlnSerGlnSerPhePheCysL
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
uProTyrSerGlyGlnSerSerTyrSer***LeuGlnSerGlnSerPhePheCysL
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108 : TGGTCTGCCCACCTTCCTCTTAGGTGTTCCATCTTTATTTAGCAACATTTGCTTCT : 55
euValCysProProSerSer***ValPheHisLeuTyrLeuAlaThrPheAlaSer
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
euValCysProProSerSer***ValPheHisLeuTyrLeuAlaThrPheAlaSer
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54 : TCATGTCACCTGCTAAATATATTTGCTGACCTTTCCGAAGGATATTGCCCA : 2
SerCysHisLeuLeuAsnIlePheAlaAspLeuSerGluGlyTyrCysPro
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SerCysHisLeuLeuAsnIlePheAlaAspLeuSerGluGlyTyrCysPro
1319222 : TCATGTCACCTGCTAAATATATTTGCTGACCTTTCCGAAGGATATTGCCCA : 1319274
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1 : ATGGGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA : 55
MetGlyAsnIleLeuArgLysGlyGlnGlnIleTyrLeuAlaGlyAspMetLysLy
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MetGlyAsnIleLeuArgLysGlyGlnGlnIleTyrLeuAlaGlyAspMetLysLy
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sGlnMetLeuLeuAsnLysAspGlyThrProLysArgLysValGlyArgProGlyA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GlnArgAlaPheArgAspArgLysGluAlaLysMetLysSerLeuGlnGluArgVa
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lGluLeuLeuGluGlnLysAspAlaGlnAsnLysThrThrThrAspPheLeuLeuC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lGluLeuLeuGluGlnLysAspAlaGlnAsnLysThrThrThrAspPheLeuLeuC
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ysSerLeuLysSerLeuLeuSerGluIleThrLysTyrArgAlaLysAsnSerAsp
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335 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA : 391
AspGluArgIleLeuAlaPheLeuAspAspLeuGlnGluGlnGlnLysArgGluAs
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AspGluArgIleLeuAlaPheLeuAspAspLeuGlnGluGlnGlnLysArgGluAs
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392 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA : 448
nGluLysGlyThrSerThrAlaValSerLysAlaAlaLysGluLeuProSerProA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
snSerAspGluAsnMetThrValAsnThrSerIleGluValGlnProHisThrGln
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GluAsnGluLysValMetTrpAsnIleGlySerTrpAsnAlaProSerLeuThrAs
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GluAsnGluLysValMetTrpAsnIleGlySerTrpAsnAlaProSerLeuThrAs
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
erIleAsnGlySerGluMetProAspPheSerLeuAspLeuValSerAsnAspArg
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671 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 727
GlnThrGlyLeuGluAlaLeuAspTyrAspIleHisAsnTyrPheProGlnHisSe
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GlnThrGlyLeuGluAlaLeuAspTyrAspIleHisAsnTyrPheProGlnHisSe
1318605 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 1318549
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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lnLysTyrLeuProTyrGluThrGluAspAspThrLeuPheProSerValLeuPro
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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LeuAlaValGlySerGlnCysAsnAsnIleCysAsnArgLysCysIleGlyThrLy
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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953 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1006
lnLysSerLeuAlaSerValLeuProValAlaAlaSerHisThrLysThrIleArg
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lnLysSerLeuAlaSerValLeuProValAlaAlaSerHisThrLysThrIleArg
1318323 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1318270
1007 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1063
ThrGlnSerGluAlaIleGluHisIleSerSerAlaIleSerAsnGlyLysAlaSe
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ThrGlnSerGluAlaIleGluHisIleSerSerAlaIleSerAsnGlyLysAlaSe
1318269 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1318213
1064 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1120
rCysTyrHisIleLeuGluGluIleSerSerLeuProLysTyrSerSerLeuAspI
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rCysTyrHisIleLeuGluGluIleSerSerLeuProLysTyrSerSerLeuAspI
1318212 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1318156
1121 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1174
leAspAspLeuCysSerGluLeuIleIleLysAlaLysCysThrAspAspCysLys
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
leAspAspLeuCysSerGluLeuIleIleLysAlaLysCysThrAspAspCysLys
1318155 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1318102
1175 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1230
IleValValLysAlaArgAspLeuGlnSerAlaLeuValArgGlnLeuLeu***
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IleValValLysAlaArgAspLeuGlnSerAlaLeuValArgGlnLeuLeu***
1318101 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1318046
C4 Alignment:
------------
Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds:[revcomp]
Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence
Model: ungapped:codon
Raw score: 2072
Query range: 1230 -> 0
Target range: 1318045 -> 1319275
1230 : CTACAGGAGCTGTCTAACCAGAGCACTCTGTAAGTCGCGAGCTTTGACTACTATTT : 1176
LeuGlnGluLeuSerAsnGlnSerThrLeu***ValAlaSerPheAspTyrTyrPh
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LeuGlnGluLeuSerAsnGlnSerThrLeu***ValAlaSerPheAspTyrTyrPh
1318046 : CTACAGGAGCTGTCTAACCAGAGCACTCTGTAAGTCGCGAGCTTTGACTACTATTT : 1318100
1175 : TGCAGTCATCTGTACATTTTGCCTTGATTATTAATTCGCTGCATAAATCATCTATG : 1119
eAlaValIleCysThrPheCysLeuAspTyr***PheAlaAla***IleIleTyrV
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eAlaValIleCysThrPheCysLeuAspTyr***PheAlaAla***IleIleTyrV
1318101 : TGCAGTCATCTGTACATTTTGCCTTGATTATTAATTCGCTGCATAAATCATCTATG : 1318157
1118 : TCCAACGATGAATATTTTGGTAGGGAGGAGATCTCTTCGAGAATGTGGTAGCAAGA : 1065
alGlnArg***IlePheTrp***GlyGlyAspLeuPheGluAsnValValAlaArg
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alGlnArg***IlePheTrp***GlyGlyAspLeuPheGluAsnValValAlaArg
1318158 : TCCAACGATGAATATTTTGGTAGGGAGGAGATCTCTTCGAGAATGTGGTAGCAAGA : 1318211
1064 : CGCTTTTCCATTCGATATGGCGCTGCTAATGTGTTCAATTGCTTCAGATTGGGTTC : 1008
ArgPheSerIleArgTyrGlyAlaAlaAsnValPheAsnCysPheArgLeuGlySe
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ArgPheSerIleArgTyrGlyAlaAlaAsnValPheAsnCysPheArgLeuGlySe
1318212 : CGCTTTTCCATTCGATATGGCGCTGCTAATGTGTTCAATTGCTTCAGATTGGGTTC : 1318268
1007 : GAATTGTTTTAGTATGAGAAGCAGCCACCGGAAGCACCGAAGCTAGAGATTTCTGA : 951
rAsnCysPheSerMetArgSerSerHisArgLysHisArgSer***ArgPheLeuI
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rAsnCysPheSerMetArgSerSerHisArgLysHisArgSer***ArgPheLeuI
1318269 : GAATTGTTTTAGTATGAGAAGCAGCCACCGGAAGCACCGAAGCTAGAGATTTCTGA : 1318325
950 : TTCAACAGGTGGCTTGTTATTAAGTCGCATTTGATCTCCTTATTTGAACATGGTTT : 897
leGlnGlnValAlaCysTyr***ValAlaPheAspLeuLeuIle***ThrTrpPhe
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
leGlnGlnValAlaCysTyr***ValAlaPheAspLeuLeuIle***ThrTrpPhe
1318326 : TTCAACAGGTGGCTTGTTATTAAGTCGCATTTGATCTCCTTATTTGAACATGGTTT : 1318379
896 : GGTCCCGATACACTTGCGGTTGCAAATATTATTACACTGGCTCCCTACAGCAAGGG : 840
GlyProAspThrLeuAlaValAlaAsnIleIleThrLeuAlaProTyrSerLysGl
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GlyProAspThrLeuAlaValAlaAsnIleIleThrLeuAlaProTyrSerLysGl
1318380 : GGTCCCGATACACTTGCGGTTGCAAATATTATTACACTGGCTCCCTACAGCAAGGG : 1318436
839 : GAAGCACGCTGGGGAATAAAGTATCATCTTCTGTCTCGTATGGAAGATACTTTTGG : 783
yLysHisAlaGlyGlu***SerIleIlePheCysLeuValTrpLysIleLeuLeuV
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
yLysHisAlaGlyGlu***SerIleIlePheCysLeuValTrpLysIleLeuLeuV
1318437 : GAAGCACGCTGGGGAATAAAGTATCATCTTCTGTCTCGTATGGAAGATACTTTTGG : 1318493
782 : TCAATTTCACATTGACATGCTGACGTATCTATTTTTTCAGCGGTCAGGCGTTCAGA : 729
alAsnPheThrLeuThrCys***ArgIleTyrPhePheSerGlyGlnAlaPheArg
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alAsnPheThrLeuThrCys***ArgIleTyrPhePheSerGlyGlnAlaPheArg
1318494 : TCAATTTCACATTGACATGCTGACGTATCTATTTTTTCAGCGGTCAGGCGTTCAGA : 1318547
728 : GTGCTGAGGAAAGTAGTTATGAATGTCGTAATCTAAAGCTTCTAGACCAGTCTGTC : 672
ValLeuArgLysValValMetAsnValValIle***SerPhe***ThrSerLeuSe
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ValLeuArgLysValValMetAsnValValIle***SerPhe***ThrSerLeuSe
1318548 : GTGCTGAGGAAAGTAGTTATGAATGTCGTAATCTAAAGCTTCTAGACCAGTCTGTC : 1318604
671 : TATCATTGGAGACAAGATCGAGACTGAAATCTGGCATTTCACTACCATTAATACTT : 615
rIleIleGlyAspLysIleGluThrGluIleTrpHisPheThrThrIleAsnThrP
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rIleIleGlyAspLysIleGluThrGluIleTrpHisPheThrThrIleAsnThrP
1318605 : TATCATTGGAGACAAGATCGAGACTGAAATCTGGCATTTCACTACCATTAATACTT : 1318661
614 : TCGTCACCGATGGTAACGGCACCTGTTCGATTTCCGGGGGGAGAATCCCACGAATT : 561
heValThrAspGlyAsnGlyThrCysSerIleSerGlyGlyArgIleProArgIle
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
heValThrAspGlyAsnGlyThrCysSerIleSerGlyGlyArgIleProArgIle
1318662 : TCGTCACCGATGGTAACGGCACCTGTTCGATTTCCGGGGGGAGAATCCCACGAATT : 1318715
560 : GGTTAAACTGGGAGCGTTCCATGAGCCTATGTTCCACATAACTTTCTCATTCTCTT : 504
Gly***ThrGlySerValPro***AlaTyrValProHisAsnPheLeuIleLeuLe
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gly***ThrGlySerValPro***AlaTyrValProHisAsnPheLeuIleLeuLe
1318716 : GGTTAAACTGGGAGCGTTCCATGAGCCTATGTTCCACATAACTTTCTCATTCTCTT : 1318772
503 : GAGTGTGCGGCTGTACTTCTATACTTGTGTTCACAGTCATGTTTTCATCTGAATTA : 447
uSerValArgLeuTyrPheTyrThrCysValHisSerHisValPheIle***IleA
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uSerValArgLeuTyrPheTyrThrCysValHisSerHisValPheIle***IleA
1318773 : GAGTGTGCGGCTGTACTTCTATACTTGTGTTCACAGTCATGTTTTCATCTGAATTA : 1318829
446 : GGCGATGGCAATTCCTTTGCAGCCTTGCTAACTGCTGTACTTGTTCCTTTTTCGTT : 393
rgArgTrpGlnPheLeuCysSerLeuAlaAsnCysCysThrCysSerPhePheVal
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rgArgTrpGlnPheLeuCysSerLeuAlaAsnCysCysThrCysSerPhePheVal
1318830 : GGCGATGGCAATTCCTTTGCAGCCTTGCTAACTGCTGTACTTGTTCCTTTTTCGTT : 1318883
392 : TTCCCTTTTCTGTTGTTCTTGCAGATCATCGAGGAAGGCTAATATTCTTTCATCAT : 336
PheProPheLeuLeuPheLeuGlnIleIleGluGluGly***TyrSerPheIleIl
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PheProPheLeuLeuPheLeuGlnIleIleGluGluGly***TyrSerPheIleIl
1318884 : TTCCCTTTTCTGTTGTTCTTGCAGATCATCGAGGAAGGCTAATATTCTTTCATCAT : 1318940
335 : CAGAATTCTTAGCTCTATATTTTGTAATTTCCGACAGTAAACTTTTTAAAGAACAT : 279
eArgIleLeuSerSerIlePheCysAsnPheArgGln***ThrPhe***ArgThr*
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eArgIleLeuSerSerIlePheCysAsnPheArgGln***ThrPhe***ArgThr*
1318941 : CAGAATTCTTAGCTCTATATTTTGTAATTTCCGACAGTAAACTTTTTAAAGAACAT : 1318997
278 : AGTAAAAAGTCCGTGGTAGTCTTATTCTGCGCATCTTTCTGTTCTAGTAACTCTAC : 225
*****LysValArgGlySerLeuIleLeuArgIlePheLeuPhe******LeuTyr
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
*****LysValArgGlySerLeuIleLeuArgIlePheLeuPhe******LeuTyr
1318998 : AGTAAAAAGTCCGTGGTAGTCTTATTCTGCGCATCTTTCTGTTCTAGTAACTCTAC : 1319051
224 : CCTCTCTTGCAAACTCTTCATTTTGGCTTCTTTCCTATCTCGGAACGCTCGTTGAG : 168
ProLeuLeuGlnThrLeuHisPheGlyPhePheProIleSerGluArgSerLeuSe
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ProLeuLeuGlnThrLeuHisPheGlyPhePheProIleSerGluArgSerLeuSe
1319052 : CCTCTCTTGCAAACTCTTCATTTTGGCTTCTTTCCTATCTCGGAACGCTCGTTGAG : 1319108
167 : CTGCCCTATTCTGGGCAGTCCTCCTACTCTTAGCTTCAGAGTCAATCCTTTTTCTG : 111
rCysProIleLeuGlySerProProThrLeuSerPheArgValAsnProPheSerA
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rCysProIleLeuGlySerProProThrLeuSerPheArgValAsnProPheSerA
1319109 : CTGCCCTATTCTGGGCAGTCCTCCTACTCTTAGCTTCAGAGTCAATCCTTTTTCTG : 1319165
110 : CCTGGTCTGCCCACCTTCCTCTTAGGTGTTCCATCTTTATTTAGCAACATTTGCTT : 57
laTrpSerAlaHisLeuProLeuArgCysSerIlePheIle***GlnHisLeuLeu
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laTrpSerAlaHisLeuProLeuArgCysSerIlePheIle***GlnHisLeuLeu
1319166 : CCTGGTCTGCCCACCTTCCTCTTAGGTGTTCCATCTTTATTTAGCAACATTTGCTT : 1319219
56 : CTTCATGTCACCTGCTAAATATATTTGCTGACCTTTCCGAAGGATATTGCCCAT : 1
LeuHisValThrCys***IleTyrLeuLeuThrPheProLysAspIleAlaHis
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LeuHisValThrCys***IleTyrLeuLeuThrPheProLysAspIleAlaHis
1319220 : CTTCATGTCACCTGCTAAATATATTTGCTGACCTTTCCGAAGGATATTGCCCAT : 1319275
-- completed exonerate analysis
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