1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
|
seed used = 1105670841
BASEML (in paml version 4.1, August 2008) Alignments/alignment.phylip TN93 dGamma (ncatG=5)
nparK: 4 K: 5
Frequencies..
T C A G
Homo_sapie 0.2027 0.1622 0.3694 0.2658
Pan_troglo 0.1982 0.1667 0.3694 0.2658
Gorilla_go 0.2072 0.1577 0.3694 0.2658
Pongo_pygm 0.2027 0.1622 0.3694 0.2658
Macaca_mul 0.1937 0.1667 0.3739 0.2658
Homogeneity statistic: X2 = 0.00092 G = 0.00092
Average 0.200901 0.163063 0.370270 0.265766
# constant sites: 218 (98.20%)
ln Lmax (unconstrained) = -316.049385
Distances: TN93 (kappa) (alpha set at 0.50)
This matrix is not used in later m.l. analysis.
Homo_sapie
Pan_troglo 0.0047(999.0000)
Gorilla_go 0.0047(999.0000) 0.0097(999.0000)
Pongo_pygm 0.0000(999.0000) 0.0047(999.0000) 0.0047(999.0000)
Macaca_mul 0.0093( 3.6925) 0.0145( 7.6730) 0.0145( 7.7118) 0.0093( 3.6925)
TREE # 1: (((1, 2), 3), 4, 5); MP score: 4.00
lnL(ntime: 7 np: 33): -320.887907 +0.000000
6..7 7..8 8..1 8..2 7..3 6..4 6..5
0.00000 0.00000 0.00000 0.00453 0.00454 0.00000 0.00920 21.55598 0.00001 0.99826 1.00146 1.00445 0.99825 0.17417 0.18153 0.19832 0.22907 0.17645 0.18334 0.19878 0.22580 0.18183 0.18754 0.19974 0.21832 0.19310 0.19606 0.20117 0.20352 0.21660 0.21370 0.20519 0.18210
tree length = 0.01828
(((Homo_sapie, Pan_troglo), Gorilla_go), Pongo_pygm, Macaca_mul);
(((Homo_sapie: 0.000004, Pan_troglo: 0.004530): 0.000000, Gorilla_go: 0.004542): 0.000000, Pongo_pygm: 0.000004, Macaca_mul: 0.009197);
Detailed output identifying parameters
Parameters (kappa) in the rate matrix (TN93) (Yang 1994 J Mol Evol 39:105-111):
21.55598 0.00001
rate: 0.99826 1.00146 1.00445 0.99825 0.99769
freq: 0.18890 0.19279 0.20071 0.21119 0.20640
transition probabilities between rate categories:
0.17417 0.18153 0.19832 0.22907 0.21692
0.17645 0.18334 0.19878 0.22580 0.21562
0.18183 0.18754 0.19974 0.21832 0.21257
0.19310 0.19606 0.20117 0.20352 0.20615
0.21660 0.21370 0.20519 0.18210 0.18241
check convergence..
|
