1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
|
seed used = 1024005389
AAML (in paml version 4.4, January 2010) ../Alignments/aa_alignment.phylip
Model: Poisson for branchesns = 5 ls = 74
Frequencies..
A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V
Homo_sapie 0.0000 0.0405 0.0270 0.0811 0.0405 0.0135 0.1622 0.0541 0.0000 0.0541 0.0946 0.1351 0.0405 0.0135 0.0541 0.0405 0.0270 0.0000 0.0135 0.1081
Pan_troglo 0.0000 0.0405 0.0270 0.0811 0.0405 0.0135 0.1622 0.0541 0.0000 0.0541 0.0946 0.1351 0.0405 0.0135 0.0541 0.0405 0.0270 0.0000 0.0135 0.1081
Gorilla_go 0.0000 0.0405 0.0270 0.0811 0.0405 0.0135 0.1622 0.0541 0.0000 0.0541 0.0946 0.1351 0.0405 0.0135 0.0541 0.0405 0.0270 0.0000 0.0135 0.1081
Pongo_pygm 0.0000 0.0405 0.0270 0.0811 0.0405 0.0135 0.1622 0.0541 0.0000 0.0541 0.0946 0.1351 0.0405 0.0135 0.0541 0.0405 0.0270 0.0000 0.0135 0.1081
Macaca_mul 0.0000 0.0405 0.0270 0.0811 0.0405 0.0135 0.1622 0.0541 0.0000 0.0541 0.0946 0.1351 0.0405 0.0135 0.0541 0.0405 0.0270 0.0000 0.0135 0.1081
Homogeneity statistic: X2 = 0.00000 G = 0.00000
Average 0.0000 0.0405 0.0270 0.0811 0.0405 0.0135 0.1622 0.0541 0.0000 0.0541 0.0946 0.1351 0.0405 0.0135 0.0541 0.0405 0.0270 0.0000 0.0135 0.1081
# constant sites: 74 (100.00%)
ln Lmax (unconstrained) = -192.057157
AA distances (raw proportions of different sites)
Homo_sapie
Pan_troglo 0.0000
Gorilla_go 0.0000 0.0000
Pongo_pygm 0.0000 0.0000 0.0000
Macaca_mul 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
Printing out site pattern counts
5 1 P
Homo_sapie A
Pan_troglo A
Gorilla_go A
Pongo_pygm A
Macaca_mul A
74
TREE # 1: (((1, 2), 3), 4, 5); MP score: 0
lnL(ntime: 7 np: 7): -221.686260 +0.000000
6..7 7..8 8..1 8..2 7..3 6..4 6..5
0.000004 0.000004 0.000004 0.000004 0.000004 0.000004 0.000004
tree length = 0.00003
(((1: 0.000004, 2: 0.000004): 0.000004, 3: 0.000004): 0.000004, 4: 0.000004, 5: 0.000004);
(((Homo_sapie: 0.000004, Pan_troglo: 0.000004): 0.000004, Gorilla_go: 0.000004): 0.000004, Pongo_pygm: 0.000004, Macaca_mul: 0.000004);
Time used: 0:00
|
