1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
|
AAML (in paml version 4.5, December 2011) ../Alignments/aa_alignment.phylip
Model: Poisson for branchesns = 5 ls = 74
Frequencies..
A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V
Homo_sapie 0.0000 0.0405 0.0270 0.0811 0.0405 0.0135 0.1622 0.0541 0.0000 0.0541 0.0946 0.1351 0.0405 0.0135 0.0541 0.0405 0.0270 0.0000 0.0135 0.1081
Pan_troglo 0.0000 0.0405 0.0270 0.0811 0.0405 0.0135 0.1622 0.0541 0.0000 0.0541 0.0946 0.1351 0.0405 0.0135 0.0541 0.0405 0.0270 0.0000 0.0135 0.1081
Gorilla_go 0.0000 0.0405 0.0270 0.0811 0.0405 0.0135 0.1622 0.0541 0.0000 0.0541 0.0946 0.1351 0.0405 0.0135 0.0541 0.0405 0.0270 0.0000 0.0135 0.1081
Pongo_pygm 0.0000 0.0405 0.0270 0.0811 0.0405 0.0135 0.1622 0.0541 0.0000 0.0541 0.0946 0.1351 0.0405 0.0135 0.0541 0.0405 0.0270 0.0000 0.0135 0.1081
Macaca_mul 0.0000 0.0405 0.0270 0.0811 0.0405 0.0135 0.1622 0.0541 0.0000 0.0541 0.0946 0.1351 0.0405 0.0135 0.0541 0.0405 0.0270 0.0000 0.0135 0.1081
Homogeneity statistic: X2 = 0.00000 G = 0.00000
Average 0.0000 0.0405 0.0270 0.0811 0.0405 0.0135 0.1622 0.0541 0.0000 0.0541 0.0946 0.1351 0.0405 0.0135 0.0541 0.0405 0.0270 0.0000 0.0135 0.1081
# constant sites: 74 (100.00%)
ln Lmax (unconstrained) = -192.057157
AA distances (raw proportions of different sites)
Homo_sapie
Pan_troglo 0.0000
Gorilla_go 0.0000 0.0000
Pongo_pygm 0.0000 0.0000 0.0000
Macaca_mul 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
Printing out site pattern counts
5 1 P
Homo_sapie A
Pan_troglo A
Gorilla_go A
Pongo_pygm A
Macaca_mul A
74
ML distances of aa seqs.
Homo_sapie
Pan_troglo 0.0000
Gorilla_go 0.0000 0.0000
Pongo_pygm 0.0000 0.0000 0.0000
Macaca_mul 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
|
