File: longreads_as_solexa.fastq

package info (click to toggle)
python-biopython 1.68%2Bdfsg-3
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: stretch
  • size: 46,860 kB
  • ctags: 13,237
  • sloc: python: 160,306; xml: 93,216; ansic: 9,118; sql: 1,208; makefile: 155; sh: 63
file content (40 lines) | stat: -rw-r--r-- 8,388 bytes parent folder | download | duplicates (33)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
@FSRRS4401BE7HA [length=395] [gc=36.46] [flows=800] [phred_min=0] [phred_max=40] [trimmed_length=95]
tcagTTAAGATGGGATAATATCCTCAGATTGCGTGATGAACTTTGTTCTGGTGGAGGAGAAGGAAGTGCATTCGACGTATGCCCGTTTGTCGATATTTGtatttaaagtaatccgtcacaaatcagtgacataaatattatttagatttcgggagcaactttatttattccacaagcaggtttaaattttaaatttaaattattgcagaagactttaaattaacctcgttgtcggagtcatttgttcggttattggtcgaaagtaaccncgggaagtgccgaaaactaacaaacaaaagaagatagtgaaattttaattaaaanaaatagccaaacgtaactaactaaaacggacccgtcgaggaactgccaacggacgacacagggagtagnnn
+
eeeccccccc`UUU^UWWeegffhhhhhhhhhhhhhhhhhhggghhhhhhhhhfgfeeeee\\\\ceeeeeeeeeeeeeec^^^YRPOSNVU\YTMMMSMRKKKRUUNNNNS[`aa```\bbeccccccccYUUUbceeee\[`a`\ZYRRRPPP[\\\XXZaWWXeeeeeeccacaccc\WWSSQRPMMKKKLKKKKKKKKPPRRMMLLLPVPPPKKKKKQQTTTPRPPQPMLLMKRRRPPKMKKRLLKKMKKLLKRTPPPQRMMLL;KKKKLLKLLLLXKKKKW\KKLKKKLKKKKLLLQUYXYTLMMPKKKKPPNNKKKK;KKPXPVLLKKKKLRMKLLKKPVKKKKLLLJPPPPRMOROOOOKKKOSSSOOORUZXUUUQMNNZV][Z;;;
@FSRRS4401BRRTC [length=145] [gc=38.62] [flows=800] [phred_min=0] [phred_max=38] [trimmed_length=74]
tcagCCAGCAATTCCGACTTAATTGTTCTTCTTCCATCATTCATCTCGACTAACAGTTCTACGATTAATGAGTTTGGCtttaatttgttgttcattattgtcacaattacactactgagactgccaaggcacncagggataggnn
+
eeeeeeeeecccceeeefecccca`````\[SSSS__a\TTTYaaaaa__^WYW[^[WXWXW[WSSSQZ\\RKKKTPSKKKPPKKKMKKQPVVVTTTTPRKMMLLPPPTVTWMNNRSSWW][[ZZZZXXSSN;NSKKKTVWTT;;
@FSRRS4401B64ST [length=382] [gc=40.58] [flows=800] [phred_min=0] [phred_max=40] [trimmed_length=346]
tcagTTTTCTTAAATTACTTGAATCTGTTGAAGTGGATGTCCACTTTTGTATGCCAAATATGCCCAGCGTATACGATCTTGGCCACATCTCCACATAATCATCAGTCGGATGCAAAAAGCGATTAAACTAAAAATGAATGCGTTTTTAGATGAGTAAATAGGTAATACTTTGTTTAAATAATAAATGTCACAAACAGAACGCGGATTACAGTACCTGAAAATAGTTGTACTGTATCTGTGCCGGCACTTCCTCGGCCCTGAGAAGTTGTCCCGTTGTTTCCATTCGCACCATCCAATGGCCAAAGTTTGCGAAGAATCTGTTCCGTTCCATTACCAATTGTTTTTCCATGctgagactgccaaggcacacaggggataggnn
+
hhhhbbbbh^^UUUhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhUUUUh`hhhhh^^^hhhhbbbhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhUURRRdhbdYYRRW\NLLLLKW\]]^^YQLNNNNV]bddhdhggghhhhhhhhhdZZXXPPPXXa^^^habghhhhhhggghhggghhhhhhhhhhhhhhhhhhaabbhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhfffhhhhhhhhhc^\\\chhhggghhhhhhhhhggghhhhhhhhhhggghggghhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh^]ZXXWW\\TLLLLM__`dfhhhhhhhhhgg^^^^dhhheeXXXZdhhaa;;
@FSRRS4401EJ0YH [length=381] [gc=48.29] [flows=800] [phred_min=0] [phred_max=40] [trimmed_length=343]
tcagTTTTTGGAGAATTCCGTCAGGGACGGCATGGCATATTTGTGGGTTCGGCACGGCGTCCTGGCCAAGAAGAAGAAGACGAATTAGCCCGTTAATTTAATGACACCTTCCCCAATTTTGCAGCAATGATTGGTTCATTCTTGGCGGTGCGTTTTTGTGCTTCGTCGAATTGTTGGCCATTTTGGTCCACCGGCCATCATCTTTACGCTATCCGACTGATTGGAAATCACCGCCTAGCATTTTGCCGAAGATTGTTGCGTTGTACGGCCATGTGCTGATTGTTTACATTGGCATTCTTGGCAATTTGTCCTTGGTCGGCTTTGACGGCAAATTTGCGGTGTTAAGTctgagactgccaaggcacacagggggatagggnn
+
hhhh^^^^^hhhhhhhhhhhhhhggghhhhhhhhhhhhhggghhggghhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhggghhhhhggghhhhhhhhhhh````hh]]]]hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhddhddZRRRRRcVhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhbb__gghhhhhhhhhhhhhhhhggghhhhhhhhhhhhhhhhhhhggghhhhhhhhhhhhhaaaahgbcbghhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhggghhhggbbchhhhhhggghhbbbg\bbhhhhhhhhhfffhhhhhhgggggghhhhhhhhhhhhhhhggghhggd^^]]^dedd^NNNNNZYWOLL;;
@FSRRS4401BK0IB [length=507] [gc=49.31] [flows=800] [phred_min=0] [phred_max=40] [trimmed_length=208]
tcagTTGACCGGCGTTGTGTAACAATAATTCATTATTCTGAGACGATGCCAATGTAATCGACGGTTTATGCCCAATTATTCCCATCTATGCTTAACTGATCAAATACTATTTGCATTACGTCACGAAATTGCGCGAACACCGCCGGCCGACAATAATTTATACCGGACATACCGGAGTTGATGGTAATCGGTAAAGAGTTTTATTTAATTATntattatcnctattaattattgttancaacaatgtgcacgctntgccgcccgccgccgccgtgtcggtaggaccccggacggacccggacccggttcgggtacccgttttcgggttcccggaaccgtttttcgggtacccggttttttcggggggccccccggtaaaaaaccggggaaccccctaaaacgggtaaacgtaccgtaagggaccccctaaacgggggccccgaaaaaccgggacccaaaccggggggaaacggttaaaggggggggaagtaggngnnnnnnnnnnnn
+
eee`__eeeeeeeeeeggaYYY_aeeeeffghghhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhheeeeeeeee^\a`_PPPWWOPP[[WWZ^``accb^^^cc````c`UUUc^ccc\\\\\``]^]][[[\[PPPWW[[^^^``^XTTT\`aaa__^\]]^__PPPSQYYcc`^^^ceeeeeeeeeeeeea````[[OOOOMQQ\NNNNWKLLPPPPPP;QRLLNQS;RVYUUUU[ZWQQNMMS;SUTQPPVVTTRMLMQR;QRPPQPPPQKKLKKQPP\\TLLLLLLKPQKKKKKKLKKKLPKKKKLKKPTTLLKKKKPRPPPMKKKKKKKKJJPPPMMPPMMPKKKKKKKKKJRKKKKKLLQQLLLLLNNLLLLTTNNHHNLLQQLLHHKKKKHHKKKKKKMPMKHKKKKHHHKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKGKKLKKKKKKGKKKKKHHNNMGKKKNNNKKKKKKKKKKKMGGRRLLLKKKKKKKKKKFOKKK;M;;;;;;;;;;;;
@FSRRS4401ARCCB [length=258] [gc=46.90] [flows=800] [phred_min=0] [phred_max=38] [trimmed_length=193]
tcagTTATTGCAGTCGTTCCGCGCCATCGCCGGTAACCGTCCGCGTGTTATTCTGTGTATCGGCCAACCTTCGTATAACTTCGTATAATGTATGCTATACGAAGTTATTACGATCTATACCGGCGAAACTCAGCCGAAAGGTCTCGCGGTAGAGCCTATGAGCTGCCCGACCGATGCATTTAAATTTCCGGGGATCGtcgctgatctgagactgccaaaggcacactagggggataggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
+
eee[WYY_ceeeeeeeffecb`````a__OOOOSU[ZUURQQRUUVUQQSRRSW[[\^^SSSTYY]`a```_[[\\a\YTTTYaac^^\acccceeebbbbbbbeebccceeeeeca``\\WWWWOOOS][[[XXUWWZWWX[WWX^aaaa`\^^^ccaaa__^^WWWWXLLLQRVVVPKKKKKKKKLLPPTQ[[OOPTW`_][[[[[SRQVVVPPKKKLLRV\\\VTKLLLLRSUUU;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
@FSRRS4401CM938 [length=453] [gc=44.15] [flows=800] [phred_min=0] [phred_max=40] [trimmed_length=418]
tcagGTTTTAAATCGCTTTCCAAGGAATTTGAGTCTAAATCCGGTGGATCCCATCAGTACAAATGCGGCGACAAGGCCGTGAAAACACTGCTTAATTCTTTGCACTTTTTGGCCACCTTTTTGGAAATGTTGTTTTGTGTTCTCAAAATTTTCCATCTCAGAACAAACATTCCATCGGGCTGATGTTGTGGCTTTTGGCGCGCGAAGTGCTGCTACTGCGCGGCAAAATCAGTCGCCAGACCGGTTTTGTTGTGGACGACAAAGTGATCATGCCTGACTTGTACTTCTACCGCGATCCGCAAGCGCGAATTGGTCACATAGTTATAGAATTTTTGAGCCTTTTTCTTGACATAAAAAGTGTGGTTTTAAAAATTTCCTGGCAGGACCCACGCCAACGTTCAGGAATAATATCTTTTAAAAAGctgagactgccaaggcacacaggggataggn
+
hhhhhbb]]UUUhhhhbbbhhhhhhhhggghhhhhfUUUhhhhhhhhhhggghhhhhhhhbbbhhhhhhhhhhhhhhhhhh____hhhhhhhhhhhhhggghhhh^^^\ZhhddhYYNNNNNVTSSY^haaVQQSSdWddbdab\_______gghhhhhhhhhhaaahhhhhhhhhggghhhhhhhhhhhhhbbbbhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhUUUUcdhhgda^^c_VVVVVQQQQcWXddhhhhhhhggghhhhhhhhggghhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhggghhhhhhhhhhhhhhh\\^\\hhhhh^^^\ZhURcccWQLLKKKRW\\YYLLLLKKLLLJJJRROUUZ_URWOOOWNYWWX[Yafhhhhhhhhhed[^eTTOOLLLLLTYZZZY]^_b[[VXXXdddddd____ddddd;
@FSRRS4401EQLIK [length=411] [gc=34.31] [flows=800] [phred_min=0] [phred_max=40] [trimmed_length=374]
tcagTTTAATTTGGTGCTTCCTTTCAATTCCTTAGTTTAAACTTGGCACTGAAGTCTCGCATTTATAACTAGAGCCCGGATTTTAGAGGCTAAAAAGTTTTCCAGATTTCAAAATTTATTTCGAAACTATTTTTCTGATTGTGATGTGACGGATTTCTAAATTAAATCGAAATGATGTGTATTGAACTTAACAAGTGATTTTTATCAGATTTTGTCAATGAATAAATTTTAATTTAAATCTCTTTCTAACACTTTCATGATTAAAATCTAACAAAGCGCGACCAGTATGTGAGAAGAGCAAAAACAACAAAAAGTGCTAGCACTAAAGAAGGTTCGAACCCAACACATAACGTAAGAGTTACCGGGAAGAAAACCACTctgagactgccaaggcacacagggggataggnn
+
hhh^UUU^^ggghhhhhhhhhfffhhhhhhhhhhhfffggghhhhhhhhhhhhhhhhhhhhfffhhhhhhhhhhggghhh____hhhhdhdPPPPOOLLLLQQ^\WLLLYLLLLLLLKKKKRRLLLTYRKLLLLYPaadddghhhhhhhhhhha^^`PQQOOOMMMY^\OQSfhhhhhhhhhhhhhhhhhhdbbgga\NNLKKQP^^[TLOOQ\Ueaa^YX[\PPNSSSSNNLNNVV^^fdhddgh`bbhhhggghhhhhhhbbb`hhhgggggghhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhddPNNLLWQQZLLLLMVVV_dhhhhhh^^^hhhhhhhhhhhggghhhhhhhhhhhhhhhhhhhhXXSQQVVVTTTT`dZhdddddhhhhh^^XVTT]_\\YRKKKKKRRRRU;;
@FSRRS4401AOV6A [length=309] [gc=22.98] [flows=800] [phred_min=0] [phred_max=40] [trimmed_length=273]
tcagTTTTCAAATTTTCCGAAATTTGCTGTTTGGTAGAAGGCAAATTATTTGATTGAATTTTGTATTTATTTAAAACAATTTATTTTAAAATAATAATTTTCCATTGACTTTTTACATTTAATTGATTTTATTATGCATTTTATATTTGTTTTCTAAATATTCGTTTGCAAACTCACGTTGAAATTGTATTAAACTCGAAATTAGAGTTTTTGAAATTAATTTTTATGTAGCATAATATTTTAAACATATTGGAATTTTATAAAACATTATATTTTTctgagactgccaaggcacacagggggataggn
+
hhhhbbbbhZZZbbbbhhh^^^ggghhhhggghhhhhhhhhhggghhhggghhhhhhh____hehbbbhb``ZZZZdc^a__cUUSSTTTT[[[fhh]]``hhhhhhhhZZZYYhhh^^^bbbhhhZZZZheehhhhhbbbahahddcbSSSS^Saaad^dhhhbgghhZZZghhhhhhggZZZgghhhhhZZZhhhhggghhhhhh]]^^]hddaffYYPPPPNSUeaeaa^\Z\`^XVVVPPPXYd```ccacVVVV\NPPPPQQc`__aUWZZZhWgghhhhhZZZZ^]hdbbbaNNNNNZVST\;
@FSRRS4401EG0ZW [length=424] [gc=23.82] [flows=800] [phred_min=0] [phred_max=40] [trimmed_length=389]
tcagTTTTGATCTTTTAATAATGAATTTTAATGTGTTAAAATGATTGCATTGATGGCATAACCGCATTTAAATTAATTACATGAAGTGTAAGTATGAAATTTTCCTTTCCAAATTGCAAAAACTAAAATTTAAAATTTATCGTAAAAATTAACATATATTTTAAACGATTTTAAGAAACATTTGTAAATTATATTTTTGTGAAGCGTTCAAACAAAAATAAACAATAAAATATTTTTCTATTTAATAGCAAAACATTTGACGATGAAAAGGAAAATGCGGGTTTGAAAATGGGCTTTGCCATGCTATTTTCATAATAACATATTTTTATTATGAATAATAAATTTACATACAATATATACAGTCTTAAATTTATTCATAATATTTTTGAGAATctgagactgccaaggcacacaggggataggn
+
hh`XSSSTddhh\\\]hhhhhhhhhbbbbhhghhhbbZZZZhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhheZZUUUcchhhhhhhhhhhhhhhhhhhddXSSSQQSS__UUUbb[[acc`\LLLLLQ[KKKKUTXNNOO\\\WbhhhZ]]\\ggZZhhhhhhbb__^^^hhh____hb^UUUghccbh^a^^bb[ddPPPPPaSaccbaZ\_aVVV]NNNNL\RQR^SQRKKKN\PKKKKLYSdZ^^dhhhhhbbbbh]ZZZhhhhhhh[[__^\NNNNV\`XXXWW[[SSTThdddhhhhhhhhhhhhh[XXXghhhhhhhhhhh^^^^^hhhhhhhhhhhb`bZTTTRXdhhhhhhhhhhhhhhhhggXXXgggh`\`ddee_\MMMMM`c___ccddddehhhZZZXVVeebbb_QSSSX^ecc;