1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
|
Command line: [exonerate -m coding2genome ../scer_cad1.fa /media/Waterloo/Downloads/genomes/scer_s288c/scer_s288c.fa --bestn 3 --showcigar no --showvulgar no]
Hostname: [blackbriar]
C4 Alignment:
------------
Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds:[revcomp]
Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence
Model: coding2genome
Raw score: 2151
Query range: 1228 -> 1
Target range: 1318047 -> 1319274
1228 : ACAGGAGCTGTCTAACCAGAGCACTCTGTAAGTCGCGAGCTTTGACTACTATTTTG : 1174
ThrGlyAlaVal***ProGluHisSerValSerArgGluLeu***LeuLeuPheCy
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ThrGlyAlaVal***ProGluHisSerValSerArgGluLeu***LeuLeuPheCy
1318048 : ACAGGAGCTGTCTAACCAGAGCACTCTGTAAGTCGCGAGCTTTGACTACTATTTTG : 1318102
1173 : CAGTCATCTGTACATTTTGCCTTGATTATTAATTCGCTGCATAAATCATCTATGTC : 1117
sSerHisLeuTyrIleLeuPro***LeuLeuIleArgCysIleAsnHisLeuCysP
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sSerHisLeuTyrIleLeuPro***LeuLeuIleArgCysIleAsnHisLeuCysP
1318103 : CAGTCATCTGTACATTTTGCCTTGATTATTAATTCGCTGCATAAATCATCTATGTC : 1318159
1116 : CAACGATGAATATTTTGGTAGGGAGGAGATCTCTTCGAGAATGTGGTAGCAAGACG : 1063
roThrMetAsnIleLeuValGlyArgArgSerLeuArgGluCysGlySerLysThr
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
roThrMetAsnIleLeuValGlyArgArgSerLeuArgGluCysGlySerLysThr
1318160 : CAACGATGAATATTTTGGTAGGGAGGAGATCTCTTCGAGAATGTGGTAGCAAGACG : 1318213
1062 : CTTTTCCATTCGATATGGCGCTGCTAATGTGTTCAATTGCTTCAGATTGGGTTCGA : 1006
LeuPheHisSerIleTrpArgCys***CysValGlnLeuLeuGlnIleGlyPheGl
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LeuPheHisSerIleTrpArgCys***CysValGlnLeuLeuGlnIleGlyPheGl
1318214 : CTTTTCCATTCGATATGGCGCTGCTAATGTGTTCAATTGCTTCAGATTGGGTTCGA : 1318270
1005 : ATTGTTTTAGTATGAGAAGCAGCCACCGGAAGCACCGAAGCTAGAGATTTCTGATT : 949
uLeuPhe***TyrGluLysGlnProProGluAlaProLysLeuGluIleSerAspS
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
uLeuPhe***TyrGluLysGlnProProGluAlaProLysLeuGluIleSerAspS
1318271 : ATTGTTTTAGTATGAGAAGCAGCCACCGGAAGCACCGAAGCTAGAGATTTCTGATT : 1318327
948 : CAACAGGTGGCTTGTTATTAAGTCGCATTTGATCTCCTTATTTGAACATGGTTTGG : 895
erThrGlyGlyLeuLeuLeuSerArgIle***SerProTyrLeuAsnMetValTrp
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
erThrGlyGlyLeuLeuLeuSerArgIle***SerProTyrLeuAsnMetValTrp
1318328 : CAACAGGTGGCTTGTTATTAAGTCGCATTTGATCTCCTTATTTGAACATGGTTTGG : 1318381
894 : TCCCGATACACTTGCGGTTGCAAATATTATTACACTGGCTCCCTACAGCAAGGGGA : 838
SerArgTyrThrCysGlyCysLysTyrTyrTyrThrGlySerLeuGlnGlnGlyGl
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SerArgTyrThrCysGlyCysLysTyrTyrTyrThrGlySerLeuGlnGlnGlyGl
1318382 : TCCCGATACACTTGCGGTTGCAAATATTATTACACTGGCTCCCTACAGCAAGGGGA : 1318438
837 : AGCACGCTGGGGAATAAAGTATCATCTTCTGTCTCGTATGGAAGATACTTTTGGTC : 781
uAlaArgTrpGlyIleLysTyrHisLeuLeuSerArgMetGluAspThrPheGlyG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
uAlaArgTrpGlyIleLysTyrHisLeuLeuSerArgMetGluAspThrPheGlyG
1318439 : AGCACGCTGGGGAATAAAGTATCATCTTCTGTCTCGTATGGAAGATACTTTTGGTC : 1318495
780 : AATTTCACATTGACATGCTGACGTATCTATTTTTTCAGCGGTCAGGCGTTCAGAGT : 727
lnPheHisIleAspMetLeuThrTyrLeuPhePheGlnArgSerGlyValGlnSer
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lnPheHisIleAspMetLeuThrTyrLeuPhePheGlnArgSerGlyValGlnSer
1318496 : AATTTCACATTGACATGCTGACGTATCTATTTTTTCAGCGGTCAGGCGTTCAGAGT : 1318549
726 : GCTGAGGAAAGTAGTTATGAATGTCGTAATCTAAAGCTTCTAGACCAGTCTGTCTA : 670
AlaGluGluSerSerTyrGluCysArgAsnLeuLysLeuLeuAspGlnSerValTy
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlaGluGluSerSerTyrGluCysArgAsnLeuLysLeuLeuAspGlnSerValTy
1318550 : GCTGAGGAAAGTAGTTATGAATGTCGTAATCTAAAGCTTCTAGACCAGTCTGTCTA : 1318606
669 : TCATTGGAGACAAGATCGAGACTGAAATCTGGCATTTCACTACCATTAATACTTTC : 613
rHisTrpArgGlnAspArgAsp***AsnLeuAlaPheHisTyrHis***TyrPheA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rHisTrpArgGlnAspArgAsp***AsnLeuAlaPheHisTyrHis***TyrPheA
1318607 : TCATTGGAGACAAGATCGAGACTGAAATCTGGCATTTCACTACCATTAATACTTTC : 1318663
612 : GTCACCGATGGTAACGGCACCTGTTCGATTTCCGGGGGGAGAATCCCACGAATTGG : 559
rgHisArgTrp***ArgHisLeuPheAspPheArgGlyGluAsnProThrAsnTrp
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rgHisArgTrp***ArgHisLeuPheAspPheArgGlyGluAsnProThrAsnTrp
1318664 : GTCACCGATGGTAACGGCACCTGTTCGATTTCCGGGGGGAGAATCCCACGAATTGG : 1318717
558 : TTAAACTGGGAGCGTTCCATGAGCCTATGTTCCACATAACTTTCTCATTCTCTTGA : 502
LeuAsnTrpGluArgSerMetSerLeuCysSerThr***LeuSerHisSerLeuGl
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LeuAsnTrpGluArgSerMetSerLeuCysSerThr***LeuSerHisSerLeuGl
1318718 : TTAAACTGGGAGCGTTCCATGAGCCTATGTTCCACATAACTTTCTCATTCTCTTGA : 1318774
501 : GTGTGCGGCTGTACTTCTATACTTGTGTTCACAGTCATGTTTTCATCTGAATTAGG : 445
uCysAlaAlaValLeuLeuTyrLeuCysSerGlnSerCysPheHisLeuAsn***A
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
uCysAlaAlaValLeuLeuTyrLeuCysSerGlnSerCysPheHisLeuAsn***A
1318775 : GTGTGCGGCTGTACTTCTATACTTGTGTTCACAGTCATGTTTTCATCTGAATTAGG : 1318831
444 : CGATGGCAATTCCTTTGCAGCCTTGCTAACTGCTGTACTTGTTCCTTTTTCGTTTT : 391
laMetAlaIleProLeuGlnProCys***LeuLeuTyrLeuPheLeuPheArgPhe
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
laMetAlaIleProLeuGlnProCys***LeuLeuTyrLeuPheLeuPheArgPhe
1318832 : CGATGGCAATTCCTTTGCAGCCTTGCTAACTGCTGTACTTGTTCCTTTTTCGTTTT : 1318885
390 : CCCTTTTCTGTTGTTCTTGCAGATCATCGAGGAAGGCTAATATTCTTTCATCATCA : 334
ProPheSerValValLeuAlaAspHisArgGlyArgLeuIlePhePheHisHisGl
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ProPheSerValValLeuAlaAspHisArgGlyArgLeuIlePhePheHisHisGl
1318886 : CCCTTTTCTGTTGTTCTTGCAGATCATCGAGGAAGGCTAATATTCTTTCATCATCA : 1318942
333 : GAATTCTTAGCTCTATATTTTGTAATTTCCGACAGTAAACTTTTTAAAGAACATAG : 277
nAsnSer***LeuTyrIleLeu***PheProThrValAsnPheLeuLysAsnIleV
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nAsnSer***LeuTyrIleLeu***PheProThrValAsnPheLeuLysAsnIleV
1318943 : GAATTCTTAGCTCTATATTTTGTAATTTCCGACAGTAAACTTTTTAAAGAACATAG : 1318999
276 : TAAAAAGTCCGTGGTAGTCTTATTCTGCGCATCTTTCTGTTCTAGTAACTCTACCC : 223
alLysSerProTrp***SerTyrSerAlaHisLeuSerValLeuValThrLeuPro
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alLysSerProTrp***SerTyrSerAlaHisLeuSerValLeuValThrLeuPro
1319000 : TAAAAAGTCCGTGGTAGTCTTATTCTGCGCATCTTTCTGTTCTAGTAACTCTACCC : 1319053
222 : TCTCTTGCAAACTCTTCATTTTGGCTTCTTTCCTATCTCGGAACGCTCGTTGAGCT : 166
SerLeuAlaAsnSerSerPheTrpLeuLeuSerTyrLeuGlyThrLeuValGluLe
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SerLeuAlaAsnSerSerPheTrpLeuLeuSerTyrLeuGlyThrLeuValGluLe
1319054 : TCTCTTGCAAACTCTTCATTTTGGCTTCTTTCCTATCTCGGAACGCTCGTTGAGCT : 1319110
165 : GCCCTATTCTGGGCAGTCCTCCTACTCTTAGCTTCAGAGTCAATCCTTTTTCTGCC : 109
uProTyrSerGlyGlnSerSerTyrSer***LeuGlnSerGlnSerPhePheCysL
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
uProTyrSerGlyGlnSerSerTyrSer***LeuGlnSerGlnSerPhePheCysL
1319111 : GCCCTATTCTGGGCAGTCCTCCTACTCTTAGCTTCAGAGTCAATCCTTTTTCTGCC : 1319167
108 : TGGTCTGCCCACCTTCCTCTTAGGTGTTCCATCTTTATTTAGCAACATTTGCTTCT : 55
euValCysProProSerSer***ValPheHisLeuTyrLeuAlaThrPheAlaSer
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
euValCysProProSerSer***ValPheHisLeuTyrLeuAlaThrPheAlaSer
1319168 : TGGTCTGCCCACCTTCCTCTTAGGTGTTCCATCTTTATTTAGCAACATTTGCTTCT : 1319221
54 : TCATGTCACCTGCTAAATATATTTGCTGACCTTTCCGAAGGATATTGCCCA : 2
SerCysHisLeuLeuAsnIlePheAlaAspLeuSerGluGlyTyrCysPro
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SerCysHisLeuLeuAsnIlePheAlaAspLeuSerGluGlyTyrCysPro
1319222 : TCATGTCACCTGCTAAATATATTTGCTGACCTTTCCGAAGGATATTGCCCA : 1319274
C4 Alignment:
------------
Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence:[revcomp]
Model: coding2genome
Raw score: 2106
Query range: 0 -> 1230
Target range: 1319275 -> 1318045
1 : ATGGGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA : 55
MetGlyAsnIleLeuArgLysGlyGlnGlnIleTyrLeuAlaGlyAspMetLysLy
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MetGlyAsnIleLeuArgLysGlyGlnGlnIleTyrLeuAlaGlyAspMetLysLy
1319275 : ATGGGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA : 1319221
56 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA : 112
sGlnMetLeuLeuAsnLysAspGlyThrProLysArgLysValGlyArgProGlyA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sGlnMetLeuLeuAsnLysAspGlyThrProLysArgLysValGlyArgProGlyA
1319220 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA : 1319164
113 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT : 166
rgLysArgIleAspSerGluAlaLysSerArgArgThrAlaGlnAsnArgAlaAla
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rgLysArgIleAspSerGluAlaLysSerArgArgThrAlaGlnAsnArgAlaAla
1319163 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT : 1319110
167 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT : 223
GlnArgAlaPheArgAspArgLysGluAlaLysMetLysSerLeuGlnGluArgVa
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GlnArgAlaPheArgAspArgLysGluAlaLysMetLysSerLeuGlnGluArgVa
1319109 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT : 1319053
224 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT : 280
lGluLeuLeuGluGlnLysAspAlaGlnAsnLysThrThrThrAspPheLeuLeuC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lGluLeuLeuGluGlnLysAspAlaGlnAsnLysThrThrThrAspPheLeuLeuC
1319052 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT : 1318996
281 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT : 334
ysSerLeuLysSerLeuLeuSerGluIleThrLysTyrArgAlaLysAsnSerAsp
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ysSerLeuLysSerLeuLeuSerGluIleThrLysTyrArgAlaLysAsnSerAsp
1318995 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT : 1318942
335 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA : 391
AspGluArgIleLeuAlaPheLeuAspAspLeuGlnGluGlnGlnLysArgGluAs
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AspGluArgIleLeuAlaPheLeuAspAspLeuGlnGluGlnGlnLysArgGluAs
1318941 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA : 1318885
392 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA : 448
nGluLysGlyThrSerThrAlaValSerLysAlaAlaLysGluLeuProSerProA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nGluLysGlyThrSerThrAlaValSerLysAlaAlaLysGluLeuProSerProA
1318884 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA : 1318828
449 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA : 502
snSerAspGluAsnMetThrValAsnThrSerIleGluValGlnProHisThrGln
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
snSerAspGluAsnMetThrValAsnThrSerIleGluValGlnProHisThrGln
1318827 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA : 1318774
503 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA : 559
GluAsnGluLysValMetTrpAsnIleGlySerTrpAsnAlaProSerLeuThrAs
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GluAsnGluLysValMetTrpAsnIleGlySerTrpAsnAlaProSerLeuThrAs
1318773 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA : 1318717
560 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA : 616
nSerTrpAspSerProProGlyAsnArgThrGlyAlaValThrIleGlyAspGluS
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nSerTrpAspSerProProGlyAsnArgThrGlyAlaValThrIleGlyAspGluS
1318716 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA : 1318660
617 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA : 670
erIleAsnGlySerGluMetProAspPheSerLeuAspLeuValSerAsnAspArg
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
erIleAsnGlySerGluMetProAspPheSerLeuAspLeuValSerAsnAspArg
1318659 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA : 1318606
671 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 727
GlnThrGlyLeuGluAlaLeuAspTyrAspIleHisAsnTyrPheProGlnHisSe
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GlnThrGlyLeuGluAlaLeuAspTyrAspIleHisAsnTyrPheProGlnHisSe
1318605 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 1318549
728 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC : 784
rGluArgLeuThrAlaGluLysIleAspThrSerAlaCysGlnCysGluIleAspG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rGluArgLeuThrAlaGluLysIleAspThrSerAlaCysGlnCysGluIleAspG
1318548 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC : 1318492
785 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC : 838
lnLysTyrLeuProTyrGluThrGluAspAspThrLeuPheProSerValLeuPro
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lnLysTyrLeuProTyrGluThrGluAspAspThrLeuPheProSerValLeuPro
1318491 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC : 1318438
839 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA : 895
LeuAlaValGlySerGlnCysAsnAsnIleCysAsnArgLysCysIleGlyThrLy
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LeuAlaValGlySerGlnCysAsnAsnIleCysAsnArgLysCysIleGlyThrLy
1318437 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA : 1318381
896 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC : 952
sProCysSerAsnLysGluIleLysCysAspLeuIleThrSerHisLeuLeuAsnG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sProCysSerAsnLysGluIleLysCysAspLeuIleThrSerHisLeuLeuAsnG
1318380 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC : 1318324
953 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1006
lnLysSerLeuAlaSerValLeuProValAlaAlaSerHisThrLysThrIleArg
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lnLysSerLeuAlaSerValLeuProValAlaAlaSerHisThrLysThrIleArg
1318323 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1318270
1007 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1063
ThrGlnSerGluAlaIleGluHisIleSerSerAlaIleSerAsnGlyLysAlaSe
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ThrGlnSerGluAlaIleGluHisIleSerSerAlaIleSerAsnGlyLysAlaSe
1318269 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1318213
1064 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1120
rCysTyrHisIleLeuGluGluIleSerSerLeuProLysTyrSerSerLeuAspI
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rCysTyrHisIleLeuGluGluIleSerSerLeuProLysTyrSerSerLeuAspI
1318212 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1318156
1121 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1174
leAspAspLeuCysSerGluLeuIleIleLysAlaLysCysThrAspAspCysLys
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
leAspAspLeuCysSerGluLeuIleIleLysAlaLysCysThrAspAspCysLys
1318155 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1318102
1175 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1230
IleValValLysAlaArgAspLeuGlnSerAlaLeuValArgGlnLeuLeu***
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IleValValLysAlaArgAspLeuGlnSerAlaLeuValArgGlnLeuLeu***
1318101 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1318046
C4 Alignment:
------------
Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
Target: gi|330443688|ref|NC_001145.3| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence
Model: coding2genome
Raw score: 116
Query range: 1065 -> 1224
Target range: 255638 -> 255794
1066 : TGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACATAG : 1123
CysTyrHisIleLeuGluGluIleSerSerLeuProLysTyrSerSerLeuAspIleA
||+! .!.||| !!:...||+:!::!:! ||+|||||+|||...:!:||+:!:|
CysSerGluIleTrpAspArgIleThrThrHisProLysTyrSerAspIleAspValA
255639 : TGTTCGGAAATTTGGGATAGAATAACAACACATCCGAAATACTCAGATATTGATGTCG : 255696
1124 : ATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAAATAGT : 1180
spAspLeuCysSerGluLeuIleIleLysAlaLysCysThrAspAspCysLysIleVa
||! !|||||+++|||++||!!: ||||||||||||:!!!!: :!:||
spGlyLeuCysSerGluLeuMetAlaLysAlaLysCysSerGluArg<->GlyValVa
255697 : ATGGTTTATGTTCCGAGCTAATGGCAAAGGCAAAATGTTCAGAAAGA<->GGGGTTGT : 255750
1181 : AGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTC : 1224
lValLysAlaArgAspLeuGlnSerAlaLeuValArgGlnLeu
+:!!!!.||+...|||:!:||+ |||+|| !!::!!.:!:
lIleAsnAlaGluAspValGlnLeuAlaLeuAsnLysHisMet
255751 : CATCAATGCAGAAGACGTTCAATTAGCTTTGAATAAGCATATG : 255794
-- completed exonerate analysis
|
