1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
|
BASEML (in paml version 4.7, January 2013) Alignments/alignment.phylip TN93 dGamma (ncatG=5)
nparK: 3 K: 5
Frequencies..
T C A G
Homo_sapie 0.20270 0.16216 0.36937 0.26577
Pan_troglo 0.19820 0.16667 0.36937 0.26577
Gorilla_go 0.20721 0.15766 0.36937 0.26577
Pongo_pygm 0.20270 0.16216 0.36937 0.26577
Macaca_mul 0.19369 0.16667 0.37387 0.26577
Homogeneity statistic: X2 = 0.00092 G = 0.00092
Average 0.20090 0.16306 0.37027 0.26577
# constant sites: 218 (98.20%)
ln Lmax (unconstrained) = -316.049385
Distances: TN93 (kappa) (alpha set at 0.50)
This matrix is not used in later m.l. analysis.
Homo_sapie
Pan_troglo 0.0047(999.0000)
Gorilla_go 0.0047(999.0000) 0.0097(999.0000)
Pongo_pygm 0.0000(999.0000) 0.0047(999.0000) 0.0047(999.0000)
Macaca_mul 0.0093( 3.6925) 0.0145( 7.6730) 0.0145( 7.7118) 0.0093( 3.6925)
TREE # 1: (((1, 2), 3), 4, 5); MP score: 4.00
lnL(ntime: 7 np: 29): -320.889683 +0.000000
6..7 7..8 8..1 8..2 7..3 6..4 6..5
0.000004 0.000004 0.000004 0.004535 0.004545 0.000004 0.009207 21.545564 0.000010 1.001018 1.000331 0.996616 1.001816 0.165748 0.165857 0.195112 0.239407 0.166061 0.174074 0.188708 0.240865 0.163268 0.173998 0.196904 0.239320 0.186168 0.184689 0.195431 0.211295
tree length = 0.01830
(((Homo_sapie, Pan_troglo), Gorilla_go), Pongo_pygm, Macaca_mul);
(((Homo_sapie: 0.00000, Pan_troglo: 0.00453): 0.00000, Gorilla_go: 0.00454): 0.00000, Pongo_pygm: 0.00000, Macaca_mul: 0.00921);
Detailed output identifying parameters
Parameters (kappa) in the rate matrix (TN93) (Yang 1994 J Mol Evol 39:105-111):
21.54556 0.00001
rate: 1.00102 1.00033 0.99662 1.00182 1.00022
freq: 0.20000 0.20000 0.20000 0.20000 0.20000
transition probabilities between rate categories:
0.16575 0.16586 0.19511 0.23941 0.23388
0.16606 0.17407 0.18871 0.24087 0.23029
0.16327 0.17400 0.19690 0.23932 0.22651
0.18617 0.18469 0.19543 0.21129 0.22242
0.31875 0.30138 0.22384 0.06911 0.08691
check convergence..
|
