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"""Unit tests for the Bio.PDB.Superimposer module."""
import unittest
try:
import numpy
except ImportError:
from Bio import MissingPythonDependencyError
raise MissingPythonDependencyError(
"Install NumPy if you want to use Bio.PDB.")
from Bio.PDB import Superimposer, Selection
from Bio.PDB import PDBParser
class SuperimposerTests(unittest.TestCase):
"""Test Superimposer module."""
def test_Superimposer(self):
"""Test on module that superimpose two protein structures."""
pdb1 = "PDB/1A8O.pdb"
p = PDBParser()
s1 = p.get_structure("FIXED", pdb1)
fixed = Selection.unfold_entities(s1, "A")
s2 = p.get_structure("MOVING", pdb1)
moving = Selection.unfold_entities(s2, "A")
rot = numpy.identity(3).astype('f')
tran = numpy.array((1.0, 2.0, 3.0), 'f')
for atom in moving:
atom.transform(rot, tran)
sup = Superimposer()
sup.set_atoms(fixed, moving)
self.assertTrue(numpy.allclose(sup.rotran[0], numpy.identity(3)))
self.assertTrue(numpy.allclose(sup.rotran[1], numpy.array([-1.0, -2.0, -3.0])))
self.assertAlmostEqual(sup.rms, 0.0, places=3)
atom_list = ['N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'SE', 'C', 'N', 'C', 'C',
'O', 'C', 'C', 'O', 'O', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C',
'C', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C',
'N', 'N', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'O', 'N',
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'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O']
sup.apply(moving)
atom_moved = []
for aa in moving:
atom_moved.append(aa.element)
self.assertEqual(atom_moved, atom_list)
if __name__ == '__main__':
runner = unittest.TextTestRunner(verbosity=2)
unittest.main(testRunner=runner)
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