1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
|
Command line: [exonerate -m protein2genome gene001_baits.fasta gene001_contigs.fasta --showcigar no --showvulgar no --bestn 1 --refine full]
Hostname: [Michiels-MacBook-Pro.local]
C4 Alignment:
------------
Query: Morus-gene001
Target: NODE_1_length_2817_cov_100.387732 SPAdes contig NODE_1:[revcomp]
Model: protein2genome:local
Raw score: 1978
Query range: 48 -> 482
Target range: 2392 -> 388
49 : MetValGlnThrProLeuHisValSerAlaGlyAsnAsnArgAlaAspIleValLysPheLe : 69
|||..!||||||||||||||||||||||||||| !!|||||||||!!:||||||||||||||
MetThrGlnThrProLeuHisValSerAlaGlyTyrAsnArgAlaGluIleValLysPheLe
2392 : ATGACACAAACCCCCCTCCACGTGTCTGCTGGTTACAACAGGGCGGAGATAGTTAAATTTCT : 2332
70 : uLeuGluPheProGlyProGluLysValGluLeuGluAlaLysAsnMet >>>> Target : 86
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1
uLeuGluPheProGlyProGluLysValGluLeuGluAlaLysAsnMet++
2331 : TCTTGAGTTTCCAGGGCCAGAGAAGGTTGAGTTGGAAGCCAAGAACATGgt........... : 2279
87 : Intron 1 >>>> TyrGlyGluThrProLeuHisMetAlaAlaLysAsnGlyCysAsnA : 101
52 bp ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
++TyrGlyGluThrProLeuHisMetAlaAlaLysAsnGlyCysAsnA
2278 : ..............agTATGGGGAAACTCCTTTGCACATGGCAGCAAAGAATGGATGCAATG : 2084
102 : spAlaAlaArgLeuLeuLeuAlaHisGlyAlaPheIleGluAlaLysAlaAsn >>>> Ta : 119
|||||||||||:!!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
spAlaAlaArgValLeuLeuAlaHisGlyAlaPheIleGluAlaLysAlaAsn++
2083 : ATGCTGCTCGGGTGCTTCTTGCTCATGGTGCTTTTATTGAAGCCAAAGCAAATgt....... : 2028
120 : rget Intron 2 >>>> AsnGlyMetThrProLeuHisLeuAlaValTrpTyrSerLeu : 132
109 bp ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
++AsnGlyMetThrProLeuHisLeuAlaValTrpTyrSerLeu
2027 : ..................agAATGGGATGACGCCCCTACACCTTGCTGTCTGGTATTCACTC : 1882
133 : ArgSerGluAspPheSerThrValLysThrLeuLeuGluTyrAsnAlaAspCysCysAlaGl : 153
!!|||! !|||! !||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| !!|||||
CysSerAlaAspCysSerThrValLysThrLeuLeuGluTyrAsnAlaAspCysSerAlaGl
1881 : TGTTCGGCAGATTGCTCAACTGTAAAGACATTGCTCGAGTACAATGCTGATTGCAGTGCAGA : 1819
154 : uAspAsn >>>> Target Intron 3 >>>> GluGlyLysThrProIleAsnHisLe : 164
||||||| 86 bp ||| !!! !||||||:!!||||||||
uAspAsn++ ++GluArgMetThrProLeuAsnHisLe
1818 : GGACAATgt.........................agGAGAGAATGACTCCTCTAAACCATCT : 1700
165 : uSerLysGlyProGlySerGluLysLeuArgGluLeuLeuValCysHisLeuGluGluGlnA : 185
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| !!! ||||||||||||||||
uSerLysGlyProGlySerGluLysLeuArgGluLeuLeuPheLeuHisLeuGluGluGlnA
1699 : GTCAAAAGGTCCTGGTAGTGAAAAGTTGAGGGAACTATTATTCTTGCACCTTGAAGAGCAGC : 1637
186 : rgLysArgArgAlaIleGluAlaCysSerGluThrGlnAlaLysMetAspGluLeuGluAsn : 205
|||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!||||||||||||||||||||||||
rgLysArgArgAlaIleGluAlaCysSerGluThrLysAlaLysMetAspGluLeuGluAsn
1636 : GAAAGAGAAGAGCTATTGAAGCATGCAGTGAAACTAAAGCTAAGATGGATGAACTTGAAAAT : 1577
206 : GluLeuSerAsnIleValGlyLeuAsnAspLeuLysIleGlnLeuArgArgTrpAlaArgGl : 226
|||||||||||||||||||||||||||!!:||||||||||||||||||!:!|||||||||||
GluLeuSerAsnIleValGlyLeuAsnGluLeuLysIleGlnLeuArgLysTrpAlaArgGl
1576 : GAATTATCAAACATAGTGGGCTTGAACGAGCTCAAAATACAATTACGGAAATGGGCAAGGGG : 1514
227 : yMetLeuLeuAspGluArgArgArgAlaLeuGlyLeuLysValGlyThrArgArgProProH : 247
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
yMetLeuLeuAspGluArgArgArgAlaLeuGlyLeuLysValGlyThrArgArgProProH
1513 : AATGCTTTTGGATGAAAGGCGTAGGGCCCTCGGTCTAAAAGTTGGTACCCGAAGACCGCCTC : 1451
248 : isMetAlaPheLeuGlyAsnProGlyThr{G} >>>> Target Intron 4 >>>> { : 257
|||||||||||||||||||||||||||||{|} 222 bp {
isMetAlaPheLeuGlyAsnProGlyThr{G}++ ++{
1450 : ATATGGCCTTCCTTGGCAACCCTGGAACA{G}gt.........................ag{ : 1198
258 : ly}LysThrMetValAlaArgValLeuGlyLysLeuLeuHisMetValGlyIleLeuProTh : 277
||}|||||||||:!!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ly}LysThrMetIleAlaArgValLeuGlyLysLeuLeuHisMetValGlyIleLeuProTh
1197 : GC}AAAACCATGATAGCCCGTGTTCTTGGAAAATTACTCCATATGGTGGGAATTCTACCTAC : 1139
278 : rAspLysValThrGluValGlnArgThrAspLeuValGlyGluPheValGlyHisThrGlyP : 298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rAspLysValThrGluValGlnArgThrAspLeuValGlyGluPheValGlyHisThrGlyP
1138 : AGACAAGGTAACAGAAGTACAGCGGACTGATTTGGTTGGGGAATTTGTTGGTCATACTGGAC : 1076
299 : roLysThrArgArgLys >>>> Target Intron 5 >>>> IleLysAspAlaGluG : 309
||||||||||||||||| 133 bp ||||||||||||||||
roLysThrArgArgLys++ ++IleLysAspAlaGluG
1075 : CAAAAACTAGGAGGAAGgt.........................agATTAAAGATGCAGAAG : 910
310 : lyGlyIleLeuPheValAspGluAlaTyrArgLeuIleProMetGlnLysAlaAspAspLys : 329
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lyGlyIleLeuPheValAspGluAlaTyrArgLeuIleProMetGlnLysAlaAspAspLys
909 : GAGGAATTTTATTTGTGGATGAAGCATACCGATTGATACCCATGCAGAAGGCAGATGATAAG : 850
330 : AspTyrGlyLeuGluAlaLeuGluGluIleMetSerValMetAspSerArgLysIleValVa : 350
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| !!|||||||||||
AspTyrGlyLeuGluAlaLeuGluGluIleMetSerValMetAspSerGlyLysIleValVa
849 : GACTACGGTTTGGAAGCATTAGAAGAGATCATGTCTGTTATGGACAGTGGAAAAATAGTGGT : 787
351 : lIlePheAlaGlyTyrSerGluProMetLysArgValIleAlaSerAsnGluGlyPheCysA : 371
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lIlePheAlaGlyTyrSerGluProMetLysArgValIleAlaSerAsnGluGlyPheCysA
786 : CATATTCGCTGGTTATAGCGAGCCAATGAAACGTGTAATTGCTTCCAATGAAGGTTTCTGCC : 724
372 : rgArgValThrLysPhePheHisPheAsnAspPheAsnSerGluGluLeuAlaThrIleLeu : 391
||||||||||||||||||||||||||:!!||||||||||||||||||||||||!.!||||||
rgArgValThrLysPhePheHisPheAspAspPheAsnSerGluGluLeuAlaAsnIleLeu
723 : GAAGGGTTACCAAGTTCTTCCACTTTGATGACTTCAATTCGGAAGAATTAGCGAATATTCTC : 664
392 : HisLeuLysMetAsnAsnGlnAlaGluAspSerLeuLeuTyrGlyPheLysLeuHisAlaSe : 412
|||:!!||||||!:!||||||.!!|||!!:||||||||||||||||||||||||||||||||
HisIleLysMetSerAsnGlnThrGluGluSerLeuLeuTyrGlyPheLysLeuHisAlaSe
663 : CATATTAAGATGAGTAACCAAACAGAGGAAAGCTTATTGTATGGGTTTAAGTTGCATGCTTC : 601
413 : rCysThrValGluAlaValAlaGlyLeuIleGlnArgGluThrThrGluLysGlnArgMetG : 433
|||||||:!!||||||:!!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||! !|
rCysThrIleGluAlaIleAlaGlyLeuIleGlnArgGluThrThrGluLysGlnArgArgG
600 : CTGCACCATAGAAGCCATTGCAGGACTGATACAGAGAGAAACAACTGAAAAGCAGCGTAGGG : 538
434 : luMetAsnGlyGlyLeuValAspProIleLeuValAsnAlaArgGluAsnLeuAspLeuArg : 453
||||||||||||||||||||||||||!!:|||||||||||||||||||||||||||||||||
luMetAsnGlyGlyLeuValAspProMetLeuValAsnAlaArgGluAsnLeuAspLeuArg
537 : AGATGAATGGAGGCTTAGTAGACCCAATGCTAGTAAACGCCCGAGAAAACTTGGACCTCAGG : 478
454 : LeuAsnPheAspCysIleAspThrGluGluLeuArgThrIleThrLeuGluAspLeuGluAl : 474
|||!:!||||||||||||||||||||||||||| !!||||||||||||||||||||||||||
LeuSerPheAspCysIleAspThrGluGluLeuCysThrIleThrLeuGluAspLeuGluAl
477 : CTCAGCTTTGACTGCATCGACACCGAAGAACTATGTACAATTACCCTAGAGGATTTAGAAGC : 415
475 : aGlyIleGlnLeuLeuSerGln*** : 482
||||||||||||||||!!!||||||
aGlyIleGlnLeuLeuThrGln***
414 : AGGAATTCAGCTTTTGACGCAATGA : 389
-- completed exonerate analysis
|
