1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
|
# hdpi
A 0 5 6 5 1 0
C 1 1 0 0 0 4
G 5 0 0 0 3 0
T 0 0 0 1 2 2
# yetfasco
A 0.5 0.0 0.0 0.25 0.25 0.25 0.25 0.25 0.25 0.25 0.25 0.25 0.5 0.0 0.0833333334583333
T 0.0 0.0 0.0 0.25 0.25 0.25 0.25 0.25 0.25 0.25 0.25 0.25 0.0 0.0 0.0833333334583333
G 0.0 1.0 0.0 0.25 0.25 0.25 0.25 0.25 0.25 0.25 0.25 0.25 0.0 1.0 0.249999999875
C 0.5 0.0 1.0 0.25 0.25 0.25 0.25 0.25 0.25 0.25 0.25 0.25 0.5 0.0 0.583333333208333
# flyfactorsurvey ZFP finger
A | 92 106 231 135 0 1 780 28 0 700 739 94 60 127 130
C | 138 82 129 81 774 1 3 1 0 6 17 49 193 122 148
G | 270 398 54 164 7 659 1 750 755 65 1 41 202 234 205
T | 290 204 375 411 9 127 6 11 36 20 31 605 335 307 308
# scertf pcm
A | 9 1 1 97 1 94
T | 80 1 97 1 1 2
C | 9 97 1 1 1 2
G | 2 1 1 1 97 2
# scertf pfm
A | 0.090 0.010 0.010 0.970 0.010 0.940
C | 0.090 0.970 0.010 0.010 0.010 0.020
G | 0.020 0.010 0.010 0.010 0.970 0.020
T | 0.800 0.010 0.970 0.010 0.010 0.020
# idmmpmm
> abd-A
0.218451749734889 0.0230646871686108 0.656680805938494 0.898197242841994 0.040694591728526 0.132953340402969 0.74907211028632 0.628313891834571
0.0896076352067868 0.317338282078473 0.321580063626723 0.0461293743372216 0.0502386002120891 0.040694591728526 0.0284994697773065 0.0339342523860021
0.455991516436904 0.0691940615058324 0.0108695652173913 0.0217391304347826 0.0284994697773065 0.0284994697773065 0.016304347826087 0.160127253446448
0.235949098621421 0.590402969247084 0.0108695652173913 0.0339342523860021 0.880567338282079 0.797852598091198 0.206124072110286 0.17762460233298
# JASPAR
>MA0001.1 AGL3
A [ 0 3 79 40 66 48 65 11 65 0 ]
C [94 75 4 3 1 2 5 2 3 3 ]
G [ 1 0 3 4 1 0 5 3 28 88 ]
T [ 2 19 11 50 29 47 22 81 1 6 ]
>MA0001.1 AGL3
0 3 79 40 66 48 65 11 65 0
94 75 4 3 1 2 5 2 3 3
1 0 3 4 1 0 5 3 28 88
2 19 11 50 29 47 22 81 1 6
|
