1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
|
<?xml version="1.0" standalone="yes"?>
<!-- Generated by BEAUTi v1.5.3 -->
<!-- by Alexei J. Drummond and Andrew Rambaut -->
<!-- Department of Computer Science, University of Auckland and -->
<!-- Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh -->
<!-- http://beast.bio.ed.ac.uk/ -->
<beast>
<!-- The list of taxa analyse (can also include dates/ages). -->
<!-- ntax=33 -->
<taxa id="taxa">
<taxon id="Xenopeltis unicolor"/>
<taxon id="Loxocemus bicolor"/>
<taxon id="Morelia spilota"/>
<taxon id="Morelia bredli"/>
<taxon id="Morelia carinata"/>
<taxon id="Morelia amethistina"/>
<taxon id="Morelia oenpelliensis"/>
<taxon id="Morelia boeleni"/>
<taxon id="Morelia viridisS"/>
<taxon id="Morelia viridisN"/>
<taxon id="Liasis olivaceus"/>
<taxon id="Liasis mackloti"/>
<taxon id="Liasis fuscus"/>
<taxon id="Liasis albertisii"/>
<taxon id="Apodora papuana"/>
<taxon id="Bothrochilus boa"/>
<taxon id="Antaresia maculosa"/>
<taxon id="Antaresia stimsoni"/>
<taxon id="Antaresia childreni"/>
<taxon id="Antaresia perthensis"/>
<taxon id="Antaresia melanocephalus"/>
<taxon id="Antaresia ramsayi"/>
<taxon id="Python reticulatus"/>
<taxon id="Python timoriensis"/>
<taxon id="Python sebae"/>
<taxon id="Python molurus"/>
<taxon id="Python curtus"/>
<taxon id="Python regius"/>
<taxon id="Candoia aspera"/>
<taxon id="Morelia nauta"/>
<taxon id="Morelia clastolepis"/>
<taxon id="Morelia tracyae"/>
<taxon id="Morelia kinghorni"/>
</taxa>
<taxa id="oenpelliensis_spilota_split">
<taxon idref="Morelia oenpelliensis"/>
<taxon idref="Morelia spilota"/>
</taxa>
<!-- The sequence alignment (each sequence refers to a taxon above). -->
<!-- ntax=33 nchar=2716 -->
<alignment id="alignment" dataType="nucleotide">
<sequence>
<taxon idref="Xenopeltis unicolor"/>
???????????????????????????????????????????????????????AAACT--AAAATTCCCATTT-CCCACATATAT----GGATATT--ACGAAG--AAAAAA---GGACTAAAAAAAG---TCCTCTCTCGACCCCCCCCCTACCCCCCCCC-ACAGTT---AGTACGGGT------TTTCC-ATATATGTAACTCTTATAGATTTGCCTATCAAGGC-ATACTATGTATAATCATACATTAATGGCTTGCCCCATGAATATTAAACAGGAATTTCCCTTTAAATATTTTAGCCTAAAAAAGCCTTCGTACAGAACTTTAATA----CCACATTTCT-CAGTCGTTCAATGAAGCACGGAT-ATAGTA--TTGTT-GATAACCATGACTATCC--ACATCCAACTTGTCTTACAGGATCTTGCTA-TTCACGTGAAATCCTCTATCCTTTCATAGCAGGCATACCATTCGACTTCTCACGTCCATAACTTGTTTTAACCTCCCTAATGGCTTTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACCTTCAAGATCATCTCGACGGTCCGGAACCATCCCTCTATACTAGCTTTTTCCAAGGCCTTTGGTCGCACCCTTTATAGTGGTACATTTCTCCTCATGATCTGATCACCTATGCCAGTTCAACCACTGGTTTCCTTTTTTT-CTCTGTACCTTTCACCTGACACCCATATATGCACACA----GTCAATGCCCCACCACTACATTCTAATAATCTTCGGCCTACTACCAGTAGCAACAAACATCTCAACATGATGGAACTTCGGCTCAATATTACTAACTTGTCTCGCCATACAAGTACTAACCGGATTCTTTCTAGCCGTCCACTATACAGCCAACATCAATCTAGCATTCTCATCAATTGTACATATCACACGAGACGTCCCCTACGGCTGAATAATACAAAACATTCATGCAATCGGAGCATCCCTATTCTTCATCTGCATTTACATTCACATCGCACGTGGACTATACTATGGATCCTACCTTAACAAAGAAACCTGAATATCAGGCATCACACTTCTCATTACATTAATAGCCACTGCCTTCTTCGGATATGTCCTCCCATGAGGACAAATATCATTCTGAGCCGCCACAGTCATCACAAACCTACTCACCGCAATACCATACCTAGGCACATCACTAACAACATGACTTTGAGGAGGATTTGCCATCAACGATCCAACATTAACCCGATTCTTTGCCCTACACTTCATTCTCCCATTCTTAATCATCTCCTTATCCTCACTTCATGTTATCCTTCTTCACGAAGAAGGATCCAGCAACCCTCTAGGAACAAACCCAGACATCGACAAAATCCCATTCCACCCATATCACACACACAAAGATCTCCTCCTACTAACACTTATAATTACCAGCCTATTTATCGTAGTTTCATTCTTCCCAGACATCTTCAACGACCCAGACAACTTCTCAAAAGCCAACCCCCTAGTCACACCACAACACATCAAACCAGAGTGATATTTTCTATTTGCCTACGGCATTCTCCGATCAATCCCAAATAAACTAGGAGGAGCACTAGCCCTAGTAATAGCGATCATAATCTTATTTACCCTACCATTCACACACACAGCCCACCTACGACCCATAACCTTCCGACCATTATCACAACTAATATTTTGAACATTAATTTCAACATTCGCAACCATCACATGAGCAGCCACAAAACCCGTAGAACCCCCATTTACCGCAATTAGCCAGGCAGCCTCAATCACCTACTTCACATATTTTGCCTCAAACCCAATTCTCGGCTGAACCGAAAACAAAAT????????????????????????????????????????ACTC---GCCAAACAACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACACTCAACCTAGAGGAGCCTGTCTACTAACCGATAATCCACGATTAACCCGACCACTTCTAGCCC-CCAGTCTATATACCGCCGTCGCCAGCCCACCTTGTGAAAGAAACAAAATGAGCTAAACAGTCATA-CACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAACTAATGAAGTGGACCAAGATGGGCTACATTTTCTAACACAGACTATACGAATAAAGTCATGAAACTTACCTTAGAAGGTGGATTTAGCAGTAAGATGAGAACACAACACTCAGCTGAAACCATTGCAATATTAAAGGCAACGCCTGCCCAGTGAGA-TCTCTTTAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCTACATGAGAGTTGAACTGTCTCTTGTAATAAATCAATAAAACTGATCTCCTAGTCCAAAAGCTAGAATACCCATATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTAACCTGCATTAAACCAATTAACAAGTACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAAAACTTCCAAACACCATGAGCCTTACC-TCATACCT---AGGCCGACAAGCCATTATAAGACCCAGTCTTACTGATTAATGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCTATCTTCTTCAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCTAATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACG????????????
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Loxocemus bicolor"/>
????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATGCCCCACCACTATGTTTTAACATTATTCGGCCTACTGCCAGTAGCTACTAATATCTCTACCTGATGAAACTTCGGATCCATACTACTAACATGCCTAACATTACAAGTAGCGACTGGCTTTTTTCTAGCTGTCCACTACACAGCAAACATTAACCTAGCATTCTCATCCATCGTACATATTACCCGAGACGTCCCATATGGATG-AATGTACAAAACCTACATGCTATCGGAGCATCCATATTCTTTATCTGCATTTACATTCACATCGCACGCGGACTATACTATGGCTCCTACATGAACAAAGAAACATGAATATCAGGAATTACCCTCCTAATTACATTAATAGCAACCGCCTTCTTTGGCTATGTTCTTCCATGGGGACAAATATCATTCTGAGCCGCAACCGTTATTACAAACCTACTCACTGCTGTACCATACCTAGGCACATCACTCACTACCTGATTATGGGGGGGATTTGCAATTAATGACCCTACTCTAACACGATTCTTTGCACTACACTTTATTCTACCATTCCTAATTATTTCACTGTCATCACTACACATTATTTTACTTCATGAAGAAGGGTCAAGCAATCCACTAGGAACCAACCCAGACATCGATAAAATCCCATTCCATCCGTATCACTCCTACAAAGACTTTCTTATACTAACACTAATAATTATAATACTATTAATTATTATATCCTTCTTACCAAACATTTTTAATGACCCAGACAATTTCTCAAAAGCCAACCCACTAGTAACACCCCAACATATTAAACCAGAGTGATATTTCCTATTCGCCTACGGAATTCTACGATCTATCCCCAACAAACTCGGAGGCGCACTAGCACTAACAATATCCATCATAATTCTACTTACAACCCCATTTACACATACAGCCCTATTCCGACCAATAACATTCCGCCCTCTAGCACAACTAACATTCTGAACACTAATTTCAACATTTACAACCATTACATGAGTAGCCACAAAACCAGTAGAACCCCCATACATCGCCATCAGCCAAGTAACCACAGCCCTCTACTTCACATTCTTCATCTCTATCCCATTAACCGGATGAATAGAAAATAAAATAATAAAAATCTAA???????????????????????????GCTC---GCCAAATTACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACACTCAACCTAGAGGAGCCTGTCTACTAACCGATAATCCACGATTAACCCAGCCACTTCTAGCCA-TCAGTCTATATACCGCCGTCGCCAGCCTACCTTGCAAAAGAAACAAAGCGGGCATAATAGTGTCAGCACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAACTAATGAAGTGGACCAAGATGGGCTACATTTTCTAACATAGACTATACGAACAAAGATATGAAATCATCTTTCAAAGGCGGATTTAGCAGTAAGCTGAGAACATAATACTCAACTGAAATCAATGCATTATTAAAGGCAACGCCTGCCCAGTGAGAATCTCTTTAACGGCCGCGGTATCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTCGTCTATTAATTGTAGACCCGTATGAAAGGCTATATGAGAGTCGAACTGTCTCTTGTAATAAGTCAATTAAACTGATCTTCTAGTACAAAAGCTAGAATAATGATATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTACTCTATTT-AAACCTATTAATAGATACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAAAGAAACTTCCAAATACTACAAGCTATAAC-TCGTATTAA--AGGTTAACAAACCACTATAAGACCCAGTATTACTGATTATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCTATCTTCTTCAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACGCCCAAATGGTGCAGACGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACG????????????
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Morelia spilota"/>
?GCCACACCCCTCACTTCCTCC-------------------CAACCATAGTCTGTAA-TTTACAGACTATGGT--CCATGCCTTAATATA-AAGCCAAAAATCCATATAATTTACCACAAAATAAAG-----CTCTCTC-TCGGCCCCCCCCCTACCCCCCCCC---AARAA-CATTGGGGAR------ACCGGCACACAAAACCA--TTARAAAACTCTTAACAAACCT--CTCTATGTATAATCTTACATTAATGGTTTGCCCCATGAATATTAAGCAGGAATTTCCCTTTTATTATTTTAGTCTAAAATGGCCTTTGTACAAAATATTCTG----TCCTCATTCTCTTGGTCGTTCTATGCAGCACGAGTT--AACTA-ATCTT-ATTAATCATGGATATTC-TCAAC-CTAAGGGTGTCTCTTAGTCTAGCG-CTTCCCGTGAAATCCTCTATCCTTCCATAGAATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCATATCATGMTA-ATCCTCCCTACTAGCTCTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACTCTCAAGATCATCTCAATGGTCCGGAACCACCCCTCCATACTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCCTTATA-TGGTACATATCACCTCATGTTCTGATCATCTATGTCTAT-CCACCATTGGTAGCTCTCTTTTT-TCTGTACCTTTCATCTGACCACCATATATGCACACACACAGTTAATGCCCCACCACTACATCCTAACCTTATTTGGCCTTCTCCCCGTAGCAACCAATATCTCAACATGATGAAACTTCGGCTCAATACTATTAACATGCCTAGCCCTACAAGTTCTAACCGGCTTCTTCTTAGCTGTCCACTACACAGCAAACATTAACCTGGCATTCTCATCCATCATTCACATTACCCGAGACGTCCCATACGGCTGGATAATACAAAACCTACACGCCATCGGAGCATCTATATTCTTCATTTGCATCTACATCCATATTGCACGTGGATTATACTACGGATCCTATCTCAACAAAGAAACCTGAATATCCGGCATTACCCTACTCATCACACTAATAGCAACCGCCTTCTTCGGTTACGTCCTCCCATGAGGACAAATGTCATTCT?AGCCGCAACTGTAATTACAAACCTACTCACCGCCGTACCCTACCTAGGCACATCTCTAACAACCTGACTATGAGGCGGGTTCGCAATCAATGACCCCACCTTAACACGATTCTTCGCATTACACTTCATCCTACCATTCGCAATTATCTCTCTCTCCTCACTACACATTATTTTACTTCACGAAGAAGGCTCTAGCAACCCATTAGGAACCAACCCAGACATCGACAAAATCCCATTCCACCCTTACCACACCCACAAAGACCTACTCCTACTAACACTTATAATCCTGTTCTTATTCATTGTCGTCTCATTCCTCCCAGACATCTTTAATGACCCAGACAACTTCTCAAAAGCTAACCCTCTAGTAACACCACAGCACATTAAACCAGAGTGGTACTTCCTATTCGCCTATGGCATTCTACGATCCATCCCCAATAAATTAGGAGGCGCACTAGCCCTAGTAATATCAATCCTAATTCTATTCACAATCCCATTCATACACACAGCCTATCTCCGCCCCATAACCTTCCGCCCCCTGTCACAACTCATATTTTGAACACTAATCTCAACATTCGCCACCATTACATGAGCTGCCACAAAGCCAGTAGAACCCCCATTCATCATTATCAGCCAAGTAACCTCAACACTATACTTCACATTCTTCCTATCCATCCCTATTCTAGGGTGAATAGAAAACAAAATAATAAACATCTCCTCCATAACACAGCAGTACAACC--ACTGCTC---GCCAAACAACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAACCTAGAGGAGCCTGTCCAATAACCGATAACCCACGTTTAATCCAACCACTTCTGGCCATCCAGTCTATATACCGCCGTCGCCAGCCCACCTTGCAAAAGAAACAAAGTGAGCCAAACAGTATT-ACACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAACTCATGAAGTGGACAAAGATGGGCTACATTTTCTAACACAGACCATACAAACAAAGACATGAAATTGCCTTTCGAAGGTGGATTTAGCAGTAAGCTAAGGACACAATACCTAGCTGAAATCATTGCAATATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGAACCTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGTCAAACTGTCTCTTGTAATTAATCAATTAAACTGATCTCCCAGTACAAAAGCTGGACTACCCATATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTAACCTATT--AAACCCTATAATAATTACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAACAACATGAGTCATACC-TCATATCGC--AGGCCAACAAGCCACTATAAGACCCAGTAACACTGACAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCCATCTTCTTTAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTAMGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAAGSATTAACAGTC??
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Morelia bredli"/>
?GCCAC-CCCCTCACTTCCT---------------------TAACCATAGTCTGTAA-TTTACAGACTATGGT--CCATGCCTTAATATA-AAACCAAAAATCCATATAATTTACCACAAAATAAAG-----YTYTYTY-TYGGCCCCCCCCCTACMCCCCCCC--AAAGAA-CATTGGGAAA------ACCGGCACACAAAACTA--TTAGAAAACTCTTAACAAACCC--CTCTATGTATAATCTTACATTAATGGTTTGCCTCATGAATATTAAGCAGGAATTTCCCTTTTATTATTTTAGTCTAAAATGGCCTTTGTACAAAACATTCCG----TCCTCATTCTCCTGGTCGTTCTATGCAGCATGAGTT--AACCA-ATCTT-ATTGATCATGGATATTC-TTAAC-CTAAGGGTGTCTCTTATCCTAGCA-CTTCCCGTGAAATCCTCTATCCTTCCATAGAATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCATATTATGCTA-ATCCTCCCTACTAGCCCTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACTCTCAAGATCATCTCAATGGTCCGGAACCACCCCTCCATACTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCTTTATA-TGGTACATATCACCTCATGTTCTGATCACTTATGTCTAT-CCACCATTGGTTGCTCTCTTTTT-TCTGTACCTTTCATCTGACCACCATATATGCACACACACAGTTA????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTCGGCTCAATACTATTAACATGCCTAGCCCTGCAAATCCTAACCGGCTTCTTTTTAGCGGTCCACTACACAGCAAACATCAACCTAGCATTCTCATCCATCATCCACATTACCCGAGACGTCCCATACGGCTGAATAATACAAAASCTACACGCCATCGGAGCATCCCTATTCTTCATCTGCATCTACATCCATATCGCACGTGGGTTATACTACGGATCCTATCTCAACAAAGAAACCTGAATATCCGGTATTACCCTACTCATCACACTAATAGCAACTGCCTTCTTCGGTTATGTCCTTCCATGAGGACAAATATCATTCTRRGCCGCAACTGTAATTACAAATCTACTCACCGCCGTACCATACCTGGGCACATCACTAACAACCTGACTATGAGGCGGATTCGCAATCAATGACCCCACCTTAACACGATTCTTCGCGCTACACTTCATCCTACCATTCGCAATCATCTCTCTCTCTTCACTACACATTATCTTACTTCACGAAGAAGGCTCTAGCAACCCATTAGGAACCAACCCAGACATCGACAAAATCCCATTCCACCCCTACCACACCCACAAAGACCTGCTCCTACTAACGCTCATAATCCTGTTCCTATTCATTATCGTCTCATTCCTCCCAGATATCTTCAATGACCCAGACAACTTCTCAAAAGCTAACCCCTTGGTAACACCACAACACATTAAACCAGAGTGGTACTTCCTATTTGCCTATGGCATTCTACGATCCATCCCCAATAAACTAGGAGGCGCACTAGCCCTAATAATATCGATCCTAATTCTATTCACGATCCCATTCATACACACAGCCTATCTCCGCCCTATAACCTTCCGCCCCCTGTCACAACTTATATTTTGAACACTAATCTCAACATTCGCCACCATTACATGAGCTGCCACAAAACCAGTAGAACCCCCATTCATCATCATTAGCCAAGTAACCTCAACACTATACTTCACATTCTTCCTAACCATCCCAATTCTAGGGTGAATAGAAAACAAAATAATAAACATCTCCTCCATAACACGGCAATCAATC---ATTGCTC---GCCAAACAACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAACCTAGAGGAGCCTGTCCAATAACCGATAACCCACGATTAATCCAACCACTTCTGGCCACCCAGTCTATATACCGCCGTCGCCAGCCCACCTTGCAAAAGAAACAAAGTGAGCCTGACAGTACT-ACACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAACTTATGAAGTGGACTAAGATGGGCTACATTTTCTAACCCAGACCACACGAACAAAGACATGAAACTACCTTTCGAAGGTGGATTTAGCAGTAAGCCAGGAACACAATACCTAGCTGAAACCATTGCAATATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGAACCTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGTCAAACTGTCTCTTGTAATCAATCAATTAAACTGATCTCCCAGTACAAAAGCTGGAATACCCATATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTAACCTATT--AAACCTTATAATAATTACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAACAACATGAATCATACC-TCATACCAC--AGGCCAACAAGCCACTATAAGACCCAGTAACACTGACAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCCATCTTCTTTAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Morelia carinata"/>
?GCCACAACCCTCACTTCCT--------------------AAAACCATAGTCTGTAAA--TACAGACTATGGT--TCTTACCTCAATATA-AAGCCAAAAACCCATATAAAACGC-ACACAATAAAACG---CTCTC-C-TCGGCCCCCCCCCTACCCCCCCC--ATAATAAACATAGGAGAA------ATCAGCACACAAAACTA--CTGAAGATACCCCCTCATCTCT--CCCTATGTATAATCTTACATTAATGGTTTGCCCCATGAATATTAAGCAGGAATTTCCCTTCAAATATTTTAGTCTAAATAAGCCTTCGTACAGAATATTTAG----TCCTCATTTTC-TGGTCGTTCAATGCAACACGGATT--AATGG-ATCTT-ACTAACCATGGCTATCC-TTGAT-CAAGKGGKGTCTYTTAATCTAGTA-CTTCCCGTGAAACCCTCTATCCTTCCATAGAATGCTAACCATTCGACTTYTCACGTCCATATACTGCCA-ATCCTCCCTTATAGCTTTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACTCTCAAGATCATCTCAATGGTCCGGAACCACCCCTCCATACTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCTTTATA-TGGTACATCTTGCCTCATGTTCTGATCACGTATGTTAGT-CCACCACTGGTTTCCCTTTTTTTCTCTGTACCTTTCATCTGACTACCATATATGCATACACACAGTTA???????????????????????????????????????????????????????????????????????CTTCGGCTCGATACTATTAACATGTTTAGCCCTACAAGTATTAACCGGCTTCTTCTTAGCTGTTCACTACACAGCAAACATTAACCTAGCATTCTCATCCATCATTCACATCACCCGAGACGTCCCATACGGCTGAATAATACAAAATCTGCACGCCATCGGAGCATCCATATTCTTCATCTGCATTTACATTCATATTGCACGAGGACTATACTATGGGTCTTACCTCAACAAAGAAACCTGAATATCTGGTATCACCCTGCTAATTATCCTAATAGCAACCGCCTTCTTCGGCTATGTCCTCCCATGAGGACAAATATCATTCTGAGCCGCAACCGTAATCACAAACCTACTCACCGCCGTACCCTACTTAGGCACATCACTAACAACCTGGCTTTGAGGCGGATTCGCAATCAATGACCCAACTCTAACACGATTCTTCGCACTACACTTCATCCTACCATTCGCTATTATCTCCCTATCCTCACTACACATTATCTTGCTTCACGAAGAAGGTTCTAGCAACCCCTTAGGAACCAACCCGGACATCGACAAAATCCCATTCCACCCCTATCACACCTACAAAGATCTTCTTCTACTAACAGTAATAATCCTATTTTTATTCATTATCGTTTCATTCTTCCCAGACATTTTTAATGACCCAGACAACTTCTCAAAAGCCAACCCCCTAGTAACACCACAACACATCAAACCAGAATGATACTTTCTATTTGCCTACGGAATTCTACGATCCATCCCCAATAAACTGGGAGGAGCATTAGCCCTAGTAATATCAATTATAATCCTATTCACCATTCCATTTATACACACAGCCCATCTTCGCCCAATAACCTTCCGCCCACTATCMCAACTAATATTTTGAACACTAATCTCAACATTTATCACTATCACATGAGCTGCCACAAAACCAGTAGAACCCCCATTCATTACCATCAGCCAAGCAACTTCAGCGCTATACTTCACGTTCTTCCTAACCACCCCAATTCTAGGATGAGTAGAAAATAAAATARTAAACATTCCCTCCATAACACAGCAGCACAACC--ACTGCTC---GCCAAACAACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAACCTAGAGGAGCCTGTCCAATAACCGATAACCCACGATCAATCCAACCACTTCTGGCCACCCAGTCTATATACCGCCGTCGCCAGCCCACCCTGCAAAAGAAACAAAGTGAGCCAAATAGTACT-ACACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAACTTATGAAGTGGACCAAGATGGGCTACATTTTCTAACACAGACCATACGAACAAAGAAATGAAACCGTCTTTCAAAGGTGGATTTAGCAGTAAGCTAGGGACACAACACCTAACTGAAACCATTGCAATATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGAACTTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGTCAAACTGTCTCTTGTAATCTATCAATTAAACTGATCTCCCAGTACAAAAGCTGGAATACTTATATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTAACCTATT--AAACCCTATAATAACTACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAATAACATGAGCTATTTC-TCATAATAC--AGGCCAACAAGCCACTAAAAGACCCAGTAATACTGACAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCTATCTTCTTTAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Morelia amethistina"/>
?ACCACACCCCTCACTTCCTC--------------------CAACCATAGTCTGTAA-TTTACAGACTATGGT--CCATGCCTTAATATA-AAGCCAAAAATCCATATAATTTACCACAAAATAAAG-----CTCTCTC-TCGGCCCCCCCCCTACCCCCCCCC--AAAAAAACATTGGGGAA------ACCGGCACACAAAACCA--TTAAAAAACTCTTAACAAACCT--CTCTATGTATAATCTTACATTAATGGTTTGCCCCATGAATATTAAGCAGGAATTTCCCTTTTATTATTTTAGTCTAAAATGGCCTTTGTACAAAATATTCTG----TCCTCATTTTCTTGGTCGTTCTATGCAGCATGAGCT--AACTA-ATCTT-ATTAATCATGGATATTC-TTAAC-CTARGGGTGTCTCTTAGTCTAGCG-CTTCCCGTGAAATCCTCTATCCTTCCATAGAATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCATATCATGCTA-ATCCTCCCTACTAGCCCTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACTCTCAAGATCATCTCAATGGTCCGGAACCACCCCTCCATACTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCCTTATA-TGGTACATATCACCTCATGTTCTGATCATCTATGTCTAC-CCACCATTGGTTGCTCTCTTTTT-TCTGTACCTTTCATCTGACCACCATATATGCACACACACAGTTAATGCCCCACCACTACATCTTAACCTTATTTGGCCTCCTACCGGTAGCAACCAACATTTCAACATGATGAAACTTCGGCTCAATACTACTAACATGCCTTGCACTACAAGTACTAACTGGCTTCTTCCTAGCCGTACACTACACAGCGAACATTAACCTAGCATTCTCATCCATCATTCACATCACCCGAGACGTCCCATATGGCTGAATAATACAAAACCTGCACGCTATTGGAGCATCCATATTCTTCATCTGCATCTACATTCACATCGCACGAGGACTATACTACGGATCATACCTTAACAAAGAAACCTGAATATCCGGCATTACCCTGCTCATCACACTAATAGCAACCGCTTTCTTCGGATACGTCCTCCCATGGGGACAAATATCATTCTGAGCCGCAACCGTAATCACAAACCTACTTACCGCCATCCCGTACCTAGGTACATCCCTAACAACCTGACTTTGGGGCGGATTTGCAATCAACGACCCCACCCTAACACGCTTTTTCGCATTACACTTCATTCTACCATTCGCAATCATCTCCTTATCCTCACTACACATCATCCTACTACACGAAGAAGGCTCTAGCAACCCATTAGGAACCAACCCAGATATTGACAAAATCCCATTCCACCCATACCACTCCTACAAAGACCTCCTCCTACTAACACTAATAATCTTATTCCTATTCATCATCGTTTCATTCTTCCCTGATATCTTCAACGACCCAGACAACTTCTCAAAAGCCAATCCTCTAGTAACACCACAGCACATTAAACCAGAATGATACTTCCTATTCGCCTACGGCATCCTACGATCCATTCCCAACAAACTCGGGGGCGCACTAGCCCTAGTGATATCAATCATAATCCTATTTACCATCCCATTCATACACACAGCCCACCTCCGCCCCATAACCTTCCGCCCACTTTCACAATTAATATTTTGAACACTAGTCTCAACATTTATCACCATCACATGAGCCGCCACAAAACCAGTAGAACCACCATACATTATAATCAGCCAAATAACCGCAACATTATACTTCACATTCTTCTTATCCATCCCCATCCTAGGATGAATAGAAAACAAAATAATAAATATCCCCTCCCAGCCATAACATGGCAAC--ATCTGCTC---GCCAAACAACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAACCTAGAGGAGCCTGTCCAGTAACCGATAACCCACGATTAATCCAACCACTTCTGGCCWCCCAGTCTATATACCGCCGTCGCCAGCCCACCTTGCAAAAGAAACAAMGTGAGCCAAACAGTACC-ACACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAACTTATGAAGTGGATCAAGATGGGCTACATTTTCTAACCCAGACAATACGAACAAAGACWTGAAACCATCTTTCGAAGGTGGATTTAGCAGTAAGCCAGGAACACAATACCCAGCTGAAACCATTGCAATATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGAACTTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGTCAAACTGTCTCTTGTAATTAATCAATTAAACTGATCTCCCAGTACAAAAGCTGGAATGCCCATATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACCAACCTATT--AAACCCTATAATAGCTACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAACAA-ATGAGCTTTCCC-TCACACCTC--AGGCCAACAAGCCACTATAAGACCCAGTAACACTGACAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCCATCTTCTTCAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAGTGGCGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Morelia oenpelliensis"/>
?GCCAC-MCCCTCACTTCCT---------------------TAACCATAGTCTGTAA-TTTACAGACTATGGT--CCATGCCTTAATATA-AAACCAGAAATCCATATAATTTACCACCAAATAAAG-----YTYTYTY-TYGGCCCCCCCCCTACCCCCCCCC--AAAGAA-CATTGGGAGA------ACCGGCACACAAAATTA--TTAGAAGACTTTTAACATACCC--CTCTATGGATAATTTTACATTAATGGTTTGCCTCATGRATATTAAGCAGGGAWTTCCCTTTTATTATTTTAGTCTAAAACGGCCCTTGTACCAGACATTCCG----TCCTCATTCTCCTGGTCGTTCTATGCAGCATGAGTT--AACCA-ATCTT-ATTGATCATGGATATTCCTTGAC-CTAAGGGTGTSTCTTATCCTAGCA-CTTCCCGTGAAATCCT-TATCCTTCCATAGAATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCATATAATGCTA-ATCCTCCCTACTAGCCCTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACTCTCAAGATCATCTCAATGGTCCGGAACCACCCCTCCATACTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCTTTATA-TGGTACATATCACCTCATGTTCTGATCACTTATGTCTAT-CCACCATTGGTTGCTCTCTTTTT-TCTGTACCTTTCATCTGACCACCATATATGCACACACACAGTTA????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTCGGCTCAATACTATTAACATGCCTAGCCCTACAAGTACTAACCGGCTTCTTCCTAGCCGTCCACTACACAGCAAATATCAACCTAGCATTTTCATCCATTATCCACATCACCCGTGACGTCCCATACGGTTGAATAATACAAAACCTACACGCCATCGGAGCATCCATATTCTTCATTTGCATTTATATTCACATCGCTCGAGGACTATACTATGGGTCATACCTTAACAAAGAAACCTGAATATCCGGTATCACCCTACTCATTACACTAATAGCAACCGCCTTCTTCGGATATGTTCTTCCATGAGGACAGATATCATTCTGAGCCGCAACCGTAATTACAAACCTACTTACCGCCGTACCATACCTAGGCACATCACTAACAACATGACTATGAGGCGGATTCGCAATCAATGACCCAACCCTAACCCGATTCTTTGCATTACACTTCATCCTACCATTTGCAATTATCTCTTTATCCTCACTACATATCATCCTACTCCATGAAGAAGGTTCCAGCAATCCATTAGGAACCAATCCTGACATTGACAAAATCCCATTCCACCCATACCACTCCCACAAAGACCTACTCCTATTAACACTAATAACCCTACTCCTATTCATTATTGTCTCATTCTTCCCAGATATTTTCAACGACCCAGACAACTTCTCAAAAGCCAATCCCATAGTAACACCACAACACATCAAACCAGAATGGTACTTCCTATTTGCCTACGGCATCCTACGATCCATCCCAAACAAACTAGGAGGCGCATTAGCCCTAGTAATATCAATTATAATTCTATTCACCGCCCCATTCACACATACAGCCTACCTACGCCCTATAACCTTTCGCCCACTTTCACAACTAATATTCTGAGCACTAGTATCAACATTCATCACCATTACATGAGCCGCCACAAAACCAGTAGAACCACCATTTATCATCATCAGCCAAACAACTGCAACACTATACTTCACATTCTTCTTATCCATCCCCATCACAGGATGAATTGAAAACAAAATAATAAACACCCACTCC-TAACATGGCAACACACCG---TTGCTC---GCCAAACAACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAACCTAGAGGAGCCTGTCCAATAACCGATAACCCACGATTAATCCAACCACTTCTGGCCATCCAGTCTATATACCGCCGTCGCCAGCCCACCTTGCAAAAGAAACAAAGTGAGCCAAACAGTATT-ACACTAAAACGACAGGTCGAGGTGTAACTTATGAAGTGGACCAAGATGGGCTACATTTTCTAACACAGACCATACGAAAAAAGACATGAAAACGTCTCTCAAAGGTGGATTTAGCAGTAAGCTAAGAACACAATACCTAGCTGAAACCATTGCAATATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGAACTTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGTCAAACTGTCTCTTGTAATCAATCAATTAAACTGACCTCCCAGTACAAAGGCTGGGATACCCCTATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTAACCTATT--AAACCCTATAATAGACACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAACAACATGAGCCATCCC-TCATACCAC--AGGCCAACAAGCCATTACAAGACCCAGTAACACTGACAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCCATCTTCTTCAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGTGCAGCCGSTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Morelia boeleni"/>
??AAACAACCCTCACTTCCTT--------------------CAACCATAGTCTGGA---TTCCAGACTATGGT--TGTTACCTAAAAAACTAAAGAAAAAATCCATATAAAC----------TAAAAA----CTCTCTC-TCGGCCCCCCCCCTACMCCCCCC---GGGTCAGCACAAAAAC-------ATCAC---------------CCAAAAATCCCCCTTTTT-CC--CCCTATGTATAATCTTACATTAATGGTTTGCCCCATGAATAATAAGCAGGAATTTCCCTTTAAATATTTTAGTCTAAAATAGCCTTT-TACATAAAATTATG----TCCTCATTTCT-TGGTCGTTCAATGCAGCACGGATT--AATAT-ATCTT-ATTGATCATGGATATCC-TTGGT-CTAATGGTGTCTCTTAGTCTAACA-CTTCCCGTGAAATCCTCTATCCTTCCATAGAATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCATATAATGCCA-ATCCTCCCTATCAGCTTTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACTCTCAARATCATCTCAATGGTCCGGAACCACCCCTCCATCCTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCTTTATA-TGGTACATCTCACCTCATGTTCTGATCATCTATGTCAAC-CCACCACTGGTAGCTCTTTTTTTCTCTGTACCTTTCATCTGACTACCATATATGCATACACACAGTTA????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTCGGCTCTATACTATTAACATGCTTAGGCTTACAAGTAATAACCGGCTTCTTCCTAGCCGTACACTACACAGCAAACATCAACTTAGCATTCTCATCCATCATCCACATCACCCGAGACGTCCCATACGGCTGAATAATACAAAACTTGCACGCTATCGGAGCATCTATATTCTTCATCTGCATTTACATCCACATCGCACGAGGGTTGTACTACGGATCATACCTTAACAAAGAAACCTGAATATCTGGCATTACCCTACTTATCACATTAATAGCAACTGCCTTCTTTGGATACGTTCTCCCATGAGGACAAATATCATTCTGAGSSGCWRCMGTWATCACAAACCTACTCACTGCCATCCCTTATCTAGGCACATCACTAACAACTTGACTATGAGGCGGATTCGCAATCAATGATCCTACACTAACACGATTTTTCGCACTACACTTCATCCTTCCATTCGCAATCATTTCCTTATCCTCACTACACATCATCCTACTCCACGAAGAAGGTTCCAGCAACCCATTAGGAACCAACCCAGACATCGACAAAATCCCATTCCACCCATACCACTCCTACAAAGATCTTCTCCTACTAACATTAATAACCCTGTTCTTATTTATCATCGTCTCATTCTTCCCAGATATTTTTAACGACCCAGACAACTTTTCAAAAGCTAATCCCCTAGTAACACCACAACACATCAAACCTGAGTGATACTTTCTATTCGCCTATGGCATCCTACGATCCATCCCCAACAAACTAGGAGGTGCATTAGCCCTAGTAATATCAATCATGATCCTGTTTACCATCCCGTTTACACATACAGCCCACCTCCGTCCTATAACCTTCCGTCCACTCTCACAACTAATATTCTGAATATTAGTATCAACATTCATCACCATCACATGAGCCGCCACAAAACCAGTAGAACCACCATTCATTACCATCAGTCAAGTAACCTCAACACTTTACTTCACATTCTTCTTATCCATCCCCATCCTAGGATGGATAGAAAACAAAATAATAGACATTCCATCCGTAACACGGCAGTACAATC-----GCTGCCCGCCAAACAACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAACCTAGAGGAGCCTGTCCAATAACCGATAACCCACGATTAATCCAACCACTTCTGGCCATCCAGTCTATATACCGCCGTCGCCAGCCCACCTTGCAAAAGAAACAAAGTGAGCCAAACAGTATT-ACACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAACTCATGAAGTGGACAAAGATGGGCTACATTTTCTAACACAGATCATACAAACAAAGACATGAAATTGCCTTTCGAAGGTGGATTTAGCAGTAAGCTAAGAACACAATACCTAGCTGAAACCATTGCAATATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGAACTTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCAYTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGTCAAACTGTCTCTTGTAATCAATCAATTAAACTGATCTCCCAGTACAAAAGCTGGAATACCTATATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTAACCTATT--AAACCACATAATAACTACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAACAACATGAGCCATTCC-TCATACCAC--AGGCCAACAAGCCACTATAAGACCCAGTAACACTGACAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCCATCTTCTTTAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Morelia viridisS"/>
?A-ATCAACCCTCACTTCCTCC-------------------TAGCCATAGTCTGTAAG-TTACAGACTATGGCT--CATGCCTTAATATATAAACCAAAAACCCATATAAT-CACTGAACAATAAAA-----CTYTYTYCTCGGCCCCCCCCCTACCCCCCCC---GGAAAACCATAAAA---------ATCAGCACATAAATAAA--CCTACTAATCCCATTGCTTCCT---CCTATGTATAATCTTACATTAATGGTTTGCCCCATGAATATTAAGCAGGAATTTCCCTTCAAATATTTTAGCCTAAATTAGCTTCCGTACAAAATATCTAG----CCCTCATTTTC-TGGTCGTTCAATGCAATCGGGGTT--AATAA-ATCTT-ACTAACCATGGATATCC-TTGAT-CAGGTGGTGTCTCTTAATTTAGTA-CTTCCCGTGAAATCCTCTATCCTTCCATAGAATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCATATTATGTCA-ATCCTCCCTTCTAGCTTTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACTCTCAAGATCATCTCAATGGTCCGGAACCACCCCTCCATCCTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCTTTATA-TGGTACATCTTGTCTCATGTTCTGATCACCTATGCTAGT-CCACCACTGGTTTCCCTTTTTTTCTCGGTACCTTTCATCTGACTACCATATATGCACACACACAGTAA????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTCGGYTCAATACTATTAACATGCCTAGCCCTACAAGTATTAACCGGCTTCTTCCTAGCCGTTCACTACACAGSAAACATTAATCTAGCATTCTCATCCATCATCCACATCTCCCGAGATGTTCCATACGGTTGAATAATACAAAACCTACACGCCATCGGAGCATCCATATTCTTCATTTGCATCTACATCCATATTGCACGAGGATTATACTATGGATCCTACCTCAACAAAGAAACCTGAATATCCGGTATTACCCTACTCATCACACTAATAGCAACCGCCTTCTTCGGCTATGTCCTCCCATGAGGACAAATATCATTCTGAGCCGCAACCGTAATCACAAACCTACTTACCGCTGTACCCTACCTGGGTACATCACTAACAACCTGATTATGAGGCGGATTCGCAATCAACGACCCAACCCTAACACGATTTTTTGCACTGCACTTCATCCTACCATTCGCAATCATCTCTCTATCCTCACTTCATGTTATCCTACTCCACGAAGAAGGCTCCAGCAATCCACTAGGAACTAATCCAGATATCGATAAAATCCCATTTCATCCATACCACTCCTACAAAGACCTACTCCTACTAACACTAATAATCCTATTCTTATTCATCATCGTTTCATTCTTCCCAGACATTTTTAACGATCCGGACAACTTCTCAAAAGCTAACCCATTAGTAACACCACAACACATCAAACCAGAATGGTATTTCCTATTCGCCTACGGCATTCTACGATCCATCCCCAACAAACTAGGAGGCGCATTAGCCTTAGTAATATCAATCATAATCCTATTTACCATCCCATTTACACACACAGCCTACCTCCGCCCCATAACCTTTCGTCCACTATCACAATTAATATTTTGAACATTGGTTGCAACATTCGCCACTATTACATGGGCTGCCACAAAACCAGTAGAACCCCCATTTATCCTCATTAGCCAAGTAACTTCAACACTATATTTCACATTCTTCTTATCCATCCCAATTTTAGGATGAATGGAAAATAAAATAATAAACATCCCCTCCATAACATGGCAGTACAATC--ACTGCTC---GCCAAACAACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAGCCTAGAGGAGCCTGTCCAATAACCGATAACCCACGATTAATCCAACCACTTCTGGCCACCCAGTCTATATACCGCCGTCGCCAGCCCACCTTGCAAAAGAAACAAAGTGAGCCAAATAGTACT-ACACTAAAACGACAGGTCGAGGTGTAACTTATGAAGTGGACCAAGATGGGCTACATTTTCTAACACAGACTATACGAACAAGGACYTGAAATAGTCTCTCAAAGGTGGATTTAGCAGTAAGCTAAGAACATAATACCTAGCTGAAACCATTGCAATATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGAACTTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGTCAAACTGTCTCTTGTAATCAATCAATTAAACTGATCTCCCAGTACAAAAGCTGGTATATTCATATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAATTAACCTATT--AAATCCCATAATAACTACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAATAACATGAGCTATTCC-TCATTACAC--AGGCCAACAAGCCACTACAAGACCCAGTAACACTGACAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCCATCTTCTTTAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Morelia viridisN"/>
?A-CTCAACCCTCACTTCCTTC-------------------CAGCCATAGTCTGTAAA-TTACAGGCTATGGCT--CATACCTTGATATATAAACCAAAAACCCATATAATTCACCACACAACAAAA-----CTCTCTCCTCGGCCCCCCCC-TACCCCCCCCC--GGAAAAACATAGAAGAA------GTCAGCACAATTAAACT--TACTGATAACCCCTTGCTTCCT--CCCTATGTATAATCTTACATTAATGGTTTGCCCCATGAATATTAAGCAGGAATTTCCCTTCAAATATTTTAGCCTAAAATAGCCTTTGTACAAAATACCTTG----TCCTCATTTTC-TGGTCGTYCAATGCAATCGGGTCT--AACAA-ATCTT-ACTAACCATGGATATCC-TTGAT-CAAGTTGTGTCTCTTAATCTAGTAACTTCCCGTGAAATCCTCTATCCT-CCATAGAATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCATATAATGCCA-ATCCTCCCTTTAAGCTTTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACTCTCAAGATCATCTCAATGGTCCGGAACCACCCCTCCATCCTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCTTTATA-TGGTACATCTTGTCTCATGTTCTGATCACCTATGTTAGT-CCGCCACTGGTTTCCCTTTTTTTCTCTGTACCTTTCATCTGACTACCATATATGCACACACACAGTAA????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTCGGCTCAATATTATTAACATGTTTAGCCCTACAAGTACTAACCGGCTTCTTCTTAGCCGTCCACTACACAGCAAACATCAACCTAGCATTCTCATCCATTATCCATATCACTCGAGATGTCCCATACGGCTGAATAATACAAAACCTACACGCCATCGGAGCATCCATATTCTTCATTTGCATTTACATCCACATCGCACGAGGACTATACTACGGATCCTACCTCAACAAAGAGACTTGAATATCCGGTATCACCCTACTCATCACATTAATGGCAACCGCCTTCTTTGGCTATGTCCTCCCATGAGGACAAATATCATTCTGAGCTGCAACCGTAATCACAAACCTACTCACCGCCGTACCCTACCTGGGTACATCATTAACAACCTGGCTATGAGGCGGATTCGCAATCAACGACCCAACCCTCACACGATTCTTTGCACTACATTTCATCTTACCATTCGCAATCATCTCTCTATCCTCACTACACGTTATCCTTCTTCACGAAGAAGGCTCCAGCAACCCACTAGGAACTAACCCAGACATCGATAAAATTCCATTTCACCCATACCACTCCTACAAAGACCTGCTACTATTAACACTAATAATTTTATTCTTACTCATTATCGTTTCATTCTTCCCAGACATCTTTAACGACCCGGATAACTTCTCAAAAGCCAACCCCCTAGTCACACCACAACACATCAAACCAGAGTGGTATTTTCTATTCGCCTATGGCATCCTACGATCCATCCCCAACAAACTAGGAGGCGCATTAGCCCTAGTAATATCAATTATAATCCTATTTTCCACCCCATTCACACACACAGCCTACCTACGTCCAATAACTTTCCGTCCACTATCACAACTAATATTTTGAACATTAATCGCAACATTCGCCACCATTACATGAGCCGCCACAAAACCAGTAGAACCCCCATTCATCATCATTAGCCAAGTAACTTCAACACTATATTTCACATTCTTCTTATCCATCCCAATTCTAGGGTGGATAGAAAACAAAATAATAAACATCT???CCATAACATGGCAGTACAACC--ACTGCTC---GCCAAACAACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAACCTAGAGGAGCCTGTCCAATAACCGATAACCCACGATTAATCCAACCACTTCTGGCCATTCAGTCTATATACCGCCGTCGCCAGCCCACCTTGCAAAAGAAACAAAGTGAGCTAAACAGTACT-ACACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAACTTATGAGGTGGACCAAGATGGGCTACATTTTCTAACACAGAMTATACGAACAAAGACATGAAACAGTCTCTCAAAGGTGGATTTAGCAGTAAGCTAAGAACACAATACCTAGCTGAAACCATTGCAATATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGAATTTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGTCAAACTGTCTCTTGTAATCAATCAATTAAACTGATCTCCCAGTACAAAAGCTGGCATATCTATATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTAACCTATT--AAATCTTATAATAACTACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAATAACATGAGCCATTCC-TCATCACAC--AGGCCAACAAGCCACTACAAGACCCAGTAAAACTGACAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCCATCTTCTTTAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Liasis olivaceus"/>
?GCCACAACCCTCACTTCCCC-----------------ACCTAACCATAGTCTGTAAA-TTACAGACTATGGT--TGATACCTTAATACA-AAGCCGAAACCCCATATAAACAGCACCACAACAAAA----CTCTACTC-TCGGCCCCCCCCCTACMCCCCCCC--ACAAAAACATAGGARAA------ATCAGCACAAACAATC---MCCTAAAATCCCCCCTTAACCC--CCCTATGTATAATCTTACATTAATGGTTTGCCCCATGAATATTAAGCAGGAATTCCCCTTTAAATATTTTAGTCTGAATTAGCCCTTGTACAAAAAATCTTG----TCCTCATTTTC-TGGTCGTTCAATGCAGCACGGATT--AATAG-ATCTT-ATTAACCATGGCTATCC-TTGAT-CTAGTGGTGTCCCATGATCTAGTA-CTTCCCGTGAAATCCTCTATCCTTCCATTGAATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCATATAATGCCA-ATCCTCCCTAACAGCTTTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACTCTCAAGATCATCTCAATGGTCCGGAACCACCCCTCCATACTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCTTTATA-TGGTACATTTCACCTCATGTTCTGATCAGCTATGTCAAT-CCACCACTGGTAGCTCTTTTTT-CTCTGTACCTTTCATCTGACTACCATATATGCACACACACAGTAAATGCCCCACCACTACATTCTAACCCTGTTCGGCCTCTTACCAGTAGCAACCAACATTTCAACATGATGAAACTTCGGTTCAATACTACTAACATGCCTAGTCCTACAAGTATTAACCGGTTTCTTCCTAGCTGTCCACTACACAGCAAACATCAATCTAGCATTCTCATCCATCGTTCACATTACCCGAGACGTCCCATACGGCTGAATAATACAAAACCTACACGCTATCGGAGCATCTATATTCTTCATTTGCATCTACATCCATATCGCACGAGGTCTATACTACGGATCATACCTTAACAAAGAAACCTGAATATCTGGTATCACCCTACTCATCACACTAATAGCAACCGCTTTCTTCGGATATGTCCTTCCATGGGGACAAATATCATTCTGGGCCGCAACCGTAATCACAAACCTACTCACTGCCGTACCCTATCTAGGCACATCACTAACAACCTGACTTTGAGGCGGATTCGCAATCAACGACCCCACCCTAACACGATTCTTCGCACTACACTTCATCCTACCATTCGCAATCATCTCTTTATCCTCACTACACATCATCCTACTCCACGAAGAAGGATCTAGCAACCCATTAGGAACCAACCCAGACATCGACAAAATCCCATTCCACCCCTATCACTCACACAAAGACCTTCTCCTATTAACACTAATAATAATATTCCTATTCATTATCGTATCATTCTTCCCAGATATTTTCAACGACCCAGATAACTTCTCAAAAGCCAACCCCTTAGTAACACCACAACACATTAAACCAGAATGATACTTCCTATTCGCCTACGGCATTCTACGATCTATCCCCAACAAACTTGGAGGCGCATTAGCTCTAGTAGCATCAATCATAATCCTATTCACCACCCCATTCACACACACAGCCAACCTCCGCCCTATAACCTTCCGCCCCCTGTCACAACTAATATTCTGAACATTAGTCTCAACATTCATCACTATTACATGAGCCGCCACAAAACCAGTAGAACCCCCATTCATCGCTATCAGCCAAGTAACCTCAATACTCTATTTCACATTTTTCTTGTCCATCCCCATCCTAGGATGAATAGAAAACAAAATAATAAACACCCCCTCCATAACACGGCAACACAACC--GTTGCTC---GCCAAACAACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAACCTAGAGGAGCCTGTCCAATAACCGATAACCCACGATTAATCCAACCACCCCTAGCCACTCAGTCTATATACCGCCGTCGCCAGCCCACCTTGCAAAAGAAACAAAGTGAGCCAAACAGTCAT-ACACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAACTTATGGGGTGGACCAAGATGGGCTACATTTTCTAACATAGACCATACGAACAAAGACATGAAACCGTCTTTCAAAGGTGGATTTAGCAGTAAGCTAAGAACATAATACCTAGCTGAAACCATTGCAATATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGTATTTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGTCAAACTGTCTCTTGTAATTAATCAATTAAACTGATCTTTCAGTACAAAAGCTGAAATACCCATATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTAACCTATT--AAACCTATTAATAACTACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAACAACATGAGCTATTCC-TCATAACAC--AGGCCAACAAGCCACTACAAGACCCAGTAACACTGACAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCCATCTTCTTTAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Liasis mackloti"/>
?ACCACAACCCTCACTTCCTT--------------------CAGCCATAGTCTGTAA-TTTACAGGCTATGGC--TGATACCTTAATATA-AAACCAAAATCCCATATAAATACCACCACAACAAAG-----CTCTCTC-TCGGCCCCCCCCCTACMCCCCCCC--ACCAAAACATAGAARAA------ATCAGCACAATAAATA---CTARAAGTATTTGCTTCCTTCC--CCCTATGTATAATCTTACATTAATGGTTTGCCCCATGAATATTTAGCAGGAATTTCCCTTTAAATATTTTAGCCTAAAATAGCCTTTGTACACAAAACTATG----TCCTCATTTCT-TGGTCGTTCAATGCAGCACGGATT--AATAG-ATTTT-AATAACCATGACTATCC-TTGAT-CTAGTGGTGTCCCATGATTTAGTA-CTTCCCGTGAAATCCTCTATCCTTCCATTGAATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCATATAATGCTA-ATCCTCCCTAACAGCTTTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACTCTCAAGATCATCTCAATGGTCCGGAACCACCCCTCCATACTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCTTTATA-TGGTACATTTCACCTCATGTTCTGATCAGCTATGTTACT-CCACCACTGGTATCCCTTTTTT-CTCTGTACCTTTCATCTGACTACCATATATGCACACACACAGTTAATGCCCCACCACTACGTTCTAACCCTGTTTGGTCTCTTACCAGTAGCAACCAATATTTCAACATGATGAAACTTCGGCTCAATACTACTAACATGTTTAGCCCTACAAGTACTAACCGGATTCTTCCTGGCTGTCCACTACACAGCAAATATTAACCTGGCATTCTCATCCATCGTTCACATCACTCGAGATGTCCCATACGGCTGAATAATACAAAACCTACACGCCATCGGAGCATCTATATTCTTCATTTGTATCTACATCCACATCGCCCGAGGCCTATACTACGGATCATACCTTAACAAAGAAACCTGAATATCCGGTATTACCCTGCTTATCACACTAATAGCAACCGCCTTCTTCGGATACGTCCTTCCATGAGGACAAATATCATTCTGAGCCGCAACCGTAATTACAAACCTTCTCACCGCCGTACCCTACCTAGGCACATCCTTGACAACCTGGCTATGAGGGGGGTTCGCAATCAACGACCCCACCCTAACACGATTCTTCGCATTACACTTCATCCTACCATTCGCAATCATCTCTTTATCCTCACTACACGTCATCCTCCTTCATGAAGAGGGGTCTAGCAACCCACTAGGAACTAACCCAGACATCGACAAAATCCCATTCCACCCCTACCACTCCCACAAAGACCTTCTCCTACTAACACTAATAATAATATTCCTATTCATTATTGTTTCCTTTTTCCCAGACATCTTCAACGACCCAGACAATTTCTCAAAAGCCAACCCTCTAGTAACACCACAACACATTAAACCAGAGTGGTACTTCCTATTCGCCTACGGCATCCTACGATCTATCCCCAACAAACTTGGAGGAGCATTAGCCCTAGTAATATCAATCATAATCTTATTTTGTACCCCATTCACACACACAGCCCACCTCCGCCCCATAACTTTCCGCCCACTATCCCAACTAATATTCTGAACACTAGTCTCAACATTCATCACCATCACATGAGCCGCCACAAAACCAGTAGAACCCCCATTCATCACCATTAGCCAAGTAACCTCAATTCTATACTTCACATTTTTTCTATCCATCCCTATTCTAGGATGAGTAGAGAACAAAATTATAAACGCCCCCTCCATAACACGGCAACACARC--CATTGCTC---GCCAAACAACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAACCTAGAGGAGCCTGTCCAATAACCGATAACCCACGATTAATCCAACCACCCCTGGCCATTCAGTCTATATACCGCCGTCGCCAGCCCACCTTGCAAAAGAAACAAAGTGAGCCAAACAGTCAT-ACACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAACTTATGAGGTGGACCAAGATGGGCTACATTTTCTAACACAGACCACACGAACAAAGACATGAAACTGTCCTTCAAAGGTGGATTTAGCAGTAAGCTAAGAACACAATACCTAGCTGAAACCATTGCAATATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGAACTTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGTCAAACTGTCTCTTGTAATCAATCAATTAAACTGATCTCCCAGTACAAAAGCTGGGATACCCCTATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTAACCTATT--AAACCTTATAATAACTACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAACAAAATGAGCCATCCC-TCATACCAA--AGGCCAACAAGCCACCACAAGACCCAGTAAGACTGACAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCTATCTTCTTTAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCCGATGGTGCAGCCGCTATCAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Liasis fuscus"/>
?ACCACAACCCTCACTTCCTC--------------------CAGCCATAGTCTGTAA-TTTACAGGCTATGGC--TGATACCTTAATATA-AAACCAAAATCCCATATAAATACCACCACAACAAAG-----CTCTCTY-TCGGCCCCCCCCCTACCCCCCCCC--ACCAAAACATAGAAGAA------ATCAGCACA-AAATAACA-CTAGAAGTATTACTTCCTTGCC--CCCTATGTATAATCTTACATTAATGGTTTGCCCCATGAATATTTAGCAGGAATTTCCCTTCAAATATTTTAGCCTAAAATAGCCTTCATACATAAAATTATG----TCCTCATTTCT-TGGTCGTTCAATGCAGCACGGATT--AATGG-ATTTT-AATAACCATGACTATCC-TTGAT-CTAGTGGTGTCCCATGATTTAGTA-CTTCCCGTGAAATCCTCTATCCTTCCATTGAATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCATATAATGCTA-ATCCTCCCTAACAGCTTTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACTCTCAAGATCATCTCAATGGTCCGGAACCACCCCTCCATACTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCTTTATA-TGGTACATTTCACCTCATGTTCTGATCAGCTATGTTATT-CCACCACTGGTATCCCTTTTTT-CTCTGTACCTTTCATCTGACTACCATATATGCACACACACAGTAA????????????????????????????????????????????????ACCAATATTTCAACATGATGAAACTTCGGCTCAATACTACTAACATGTTTAGCCCTACAAGTATTAACCGGATTCTTCCTGGCTGTCCACTATACAGCAAATATTGACCTGGCATTCTCATCCATCATCCACATCACTCGAGACGTCCCATACGGCTGAATAATACAAAACCTACACGCCATCGGAGCATCAATATTCTTCATTTGTATCTACATCCACATCGCCCGAGGCCTATACTACGGATCATACCTCAACAAAGAAACCTGAATATCCGGCATCACCCTACTTATCACACTAATAGCAACCGCCTTCTTCGGGTACGTCCTTCCATGAGGACAAATATCATTCTGAGCCGCAACCGTAATCACAAACCTTCTTACCGCCGTACCCTACCTAGGCACATCCTTGACAACCTGATTATGAGGCGGATTCGCAATCAACGACCCCACCCTAACACGATTCTTCGCATTACACTTCATCCTACCATTCGCAATCATCTCTTTATCCTCACTACACGTCATCCTCCTCCACGAGGAGGGGTCTAGCAACCCACTAGGGACTAACCCAGACATCGACAAAATCCCATTCCACCCTTACCACTCCCACAAAGACCTTCTCCTACTAACACTAATAATAATATCCCTACTCATTATTGTTTCCTTTTTCCCAGACATCTTCAACGACCCAGACAACTTCTCAAAAGCCAACCCCTTGGTAACACCACAACACATTAAACCAGAATGATACTTCCTGTTCGCCTACGGCATCCTACGATCTATTCCCAACAAACTTGGAGGAGCATTAGCTCTAGTAATATCAATCATAATCTTATTTTCTACCCCATTCACACACACAGCCCACCTCCGCCCTATAACTTTCCGCCCACTATCCCAACTAATATTCTGAACACTAATCTCAACATTCATCACCATCACATGAGCCGCCACAAAACCAGTAGAACCCCCATTCATCATCATCAGCCAAGTAACCTCAATACTATACTTCACATTTTTCCTATCCATCCCCATTCTAGGATGGGTAGAGAACAAAATTATAAACACCCCCTCTATAACACGGCAATACAAC--CATTGCTC---GCCAAACAACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAACCTAGAGGAGCCTGTCCAATAACCGATAACCCACGATTAATCCAACCACCCCTGGCCACCCAGTCTATATACCGCCGTCGCCAGCCCACCTTGCAAAAGAAACAAAGTGAGCCAAACAGTCAT-ACACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAACTTATGAGGTGGACTAAGATGGGCTACATTTTCTAACACAGACCACACGAACAAAGACATGAAACTGTCCTTCAAAGGCGGATTTAGCAGTAAGCTAAGAACACAATACCTAGCTGAAACCATTGCAATATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGAATTTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGTCAAACTGTCTCTTGTAATCAATCAATTAAACTGATCTCCCAGTACAAAAGCTGGAATACCCCTATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTAACCTATT--AAACCTTATAATAACTACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAACAAAATGAGCCATCCC-TCATACCAA--AGGCCAACAAGCCACCACAAGACCCAGTAAAACTGACAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCTATCTTCTTTAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCCGATGGTGCAACCGCTATCAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Liasis albertisii"/>
????GCTCCTCTCACTTCCTC--------------------AGACCACAGTCTGCAA---TGCAGACTGTGGTTTTGTGCCCAGAATATA--AACCAAAAAACCATATAAACAACACCRCGACAAAAAAGA--TCTCTC-TCGGCCCCCCCCMTACMCCCCCCC--AAAAAAACATARAGGAA------ATCAG--------------------TTCATARACT--------CTCTATGTATAATCTTACATTAATGGTTTGCCCCATGAATATTAAGCAGGAATTCCCCTTTAAATATTTTAATCTAAATTAGCCTTCGTACACAAAATTCAG----TCCTCATTCTC-TGGTCGTTCAATGCAGCACGGATT--AATCA-GTCTT-ACTAACCATGGATATCC-TTGAT-CTAGTCGTCTCTCTTAGTCTAACA-CTTCCCGTGAAACCCTCTATCCTTCCACTGAATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCATATAATGCTA-ATCCTCTCTACTGGCTCTTTCCAAGGSCGCTGGTTACACTCTCAAGATCATCTCAATGGTCCGGAACCACCCCTCCATACTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCTTTATA-TGGTACACTTCACCTCATGTTCTGATCAGCTATGTCAAT-CCGCCTTTGGTTTCTCTTTTTTT-CCTGTACCTTTCATCTGACTACCATATATGCACACACACAGTT?ATGCCCCACCACTACATTTTAACCCTATTTGGCCTCCTACCCGTAGCAACCAACATCTCAACATGATGAAACTTTGGTTCAATACTATTAACATGCTTAGCTCTACAGGTACTAACCGGCTTCTTCCTAGCCGTCCACTACACAGCAAACATCAACCTAGCATTTTCATCCATCATCCACATTACCCGAGATGTCCCATTCGGCTGAATAATACAAAACCTACACGCCATCGGAGCATCCATATTCTTCATTTGCATCTACATTCACATCGCACGGGGGCTCTACTACGGATCATACCTAAACAAAGAAACCTGAATATCCGGCATTACCCTACTCATCACACTGATAGCAACCGCCTTCTTCGGATACGTCCTCCCATGAGGACAAATATCATTCTGAGCTGCAACCGTAATCACAAACCTACTAACCGCCGTACCCTACCTAGGCACATCACTAACAACCTGATTATGGGGCGGATTTGCAATCAACGACCCTACCCTAACACGATTCTTCGCACTACACTTCATCCTACCTTTCGCAATCATCTCCTTATCTTCACTACACATTATCCTTCTTCACGAAGAAGGCTCTAGCAACCCACTAGGAACCAATCCAGACATCGACAAAATCCCATTCCACCCCTATCACTCCCACAAAGATCTTCTCCTACTGACACTAATAATACTATCTCTGCTCATCATCGTCTCATTCTTCCCAGACATCTTTAATGACCCAGATAACTTCTCTAAAGCCAACCCATTAGTAACGCCACAACACATCAAACCAGAATGATACTTCCTATTCGCCTATGGTATCCTACGATCCATCCCCAATAAACTAGGAGGCGCACTAGCCCTAGTAATATCAATCATAATTTTATTCACCATCCCGTTCACACACACAGCCCATCTTCGCCCCATAACCTTCCGCCCATTCTCACAACTAATATTTTGAACACTAGTCTCAACATTTATCACCATCACATGAGCCGCCACAAAACCAGTAGAACCCCCATTTATCGTCATCAGCCAAGTAACTTCAACACTATACTTTACATTCTTCTTACTCATCCCCATTTTGGGCTGAACAGAAAATAAAATAATAAACACCCTCTTCCTAACATGGCAACACAAT--AACTGCTC---GCCAAACAACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAACCTAGAGGAGCCTGTCCAATAACCGATAACCCACGATTAATCCAACCACTTCTGGCCATTCAGTCTATATACCGCCGTCGCAAGCCCACCTTGCAAAAGAAACAAAGTGAGCCAAATAGTCCT-ACACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAACTCATGAAGTGGACCAGGATGGGCTACATTTTCTAACACAGACCACACGAACAAAGATATGAAACTATCTTCCAAAGGTGGATTTAGCAGTAAGCTAAGAACACAATGCCTAGCTGAAACCATTGCAATATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGAACTTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTYTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGTCAAACTGTCTCTTGTAATAAATCAATTAAACTGATCTCCCAGTACAAAAGCTGGAATACCAACATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTAACCTATT--AAACCCCATAATAGCCACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAACAACATGAGCCATCCC-TCATACCTC--AGGCCAACAAGCCACTATAAGACCCAGTAACACTGACAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCCATCTTCTTTAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Apodora papuana"/>
?GCCACAACCCTCAMTTCCTT--------------------CAGCCACAGTYTGTAA-TTTACAGACTGTGGC--CCATGCCTCAATATA-AAGCCGAAAATCCATATAAATAACACCAAAACAAAG-----CTYTCCC-TYGGCCCCCCCCCTACCCCCCCCC--AAAAAAATATAGAGAA------CTATAGAACAAATAACCA---CCAAGAAGTTCACTATCCCCC--TCCTATGTATAATCTTACATTAATGGTTTGCCCCATGAATATTAAGCCGGAATTTCCCTTTAAATATTTTAGTCTAAATATGCCCTTGTACACAAAATTCAG----TCCTCATTTCT-TGGTCGTTCAATGCAGCCAGGAAT--AATCA-ATCTT-ATTAACCATGGATATCC-TTGAT-CTAGTGGTGTCTCTTGGTCTAGTA-CTTCCCGTGAAATCCTCTATCCTTCCATTGAATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCATGTATTGCCA-ATCCTCCCTAACAGCTTTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACTCTCAAGATCATCTCAATGGTCCGGAACCACCCCTCCATCCTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCTTTATA-TGGTACACTTCACCTCATGTTCTGATCAGCTATGTCAAT-CCACCACTGGTAGCTCTCTTTT-CTCTGTACCTTTCATCTGACTACCATATATGCACACACACAGTAAATGCCCCACCATTACATCCTAACCCTGTTCGGCCTCCTACCAGTAGCAACCAACATTTCAACATGATGAAACTTCGGCTCAATACTACTAACATGCCTAGCCCTACAAGTATTAACTGGCTTCTTCCTGGCCGTACACTACACAGCAAACATCAACCTAGCATTCTCATCCATCATTCACATCACCCGAGATGTCCCATACGGCTGAATAATACAAAACTTACACGCCATCGGAGCATCCATATTCTTCATCTGTATCTACATCCATATTGCACGGGGCCTATACTACGGATCGTACCTAAATAAAGAAACCTGAATATCTGGCATCACCCTACTCATCACACTAATAGCAACCGCCTTCTTCGGATATGTCCTTCCATGAGGACAAATGTCATTCTGAGCCGCAACTGTAATCACAAATCTGCTCACTGCAGTACCCTACCTGGGTACATCACTAACAACTTGATTATGAGGCGGCTTCGCAATCAATGACCCCACCCTGACACGATTCTTCGCACTACACTTCATCCTACCATTCGAAATCATCTCTTTATCCTCACTACACATCATCCTACTTCATGAAGAAGGCTCTAGTAACCCATTGGGAACTAACCCAGACATCGACAAAATCCCATTCCACCCCTACCACTCTCACAAAGACCTTCTCCTATTAACACTAATAATTCTACTCCTATTCATCACCATATCATTCTTCCCAGATATTTTCAACGACCCAGACAACTTCTCAAAAGCCAACCCACTAGTAACACCACAACACATCAAACCAGAATGATACTTCCTATTCGCCTATGGGATCCTACGATCCATCCCCAACAAACTAGGGGGCGCATTAGCCCTAGTAACATCGATCATAATCCTATTCACCATCCCATTTACACACACAGCTCACCTCCGACCTATAACCTTCCGCCCCCTATCACAACTGATATTCTGAACATTAGTATCAACATTTATCACCATTACATGGGCCGCCACAAAACCAGTAGAACCCCCATTCATCATCATTAGCCAAGCAACCTCATTATTATACTTCACATTCTTCTTATCCTTCCCTATCCTAGGGTGGACAGAAAACAAAATAATAAACACCCCCTCCATAACATGGCAATACAACC-CATTGCTC---GCCAAACAACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAACCTAGAGGAGCCTGTCCAATAACCGATAACCCACGATTAATCCAACCACCCCTAGCCTCTCAGTCTATATACCGCCGTCGCCAGCCCACCTTGCAAAAGAAACAAAGTGAGCCAAATAGTTAT-ACACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAGCTTATGGGGTGGCCCAAGATGGGCTACATTTTCTAACATAGACCATACGAACAAAGACATGAAACCGTCTTTAAAAGGTGGATTTAGCAGTAAGCTAAGAACACAATACCTAGCTGAAACCATTGCAATATTAAAGGCGATGCCTGCCCAGTGAGAATTTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGTCAAACTGTCTCTTGTAATCAATCAATTAAACTGATCTCCCAGTACAAAAGCTGGAATACCCATATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTAACCTATT--AAACCTCATAATAACTACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAATAACATGAGCCATCCC-TCATACCAA--AGGCCAACAAGCCACCACAAGACCCAGTAAGACTGATAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCCATCTTCTTTAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCCGATGGTGCAGCCGSTATCAAAGGTTCGTCTGTTCAACGATTAACASTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Bothrochilus boa"/>
??GCACCGCCCTCACTTCCTC--------------------CGACCGCAGTCTGCC----AGCAGGCTGCGGTC-GCATGCCCAAAAACACAAACCAAAAAACCATATAAACAACGCCGCAACAAAAGG----YCYCYC-TCGGCCCCCCCCCTAC-CCCCCCC-ACAAAAAACATAGAGAAA------ATCAG--------------------TTTTCACAC---------CCCTATGTATAATCTTACATTAATGGTTTGCCCCATGAATATTAAGCAGGAATTTCCCTTCAAATATTTTAATCTAAAATAGCCTTTGTACATAAAATTTGC----CCCTCATTTCT-TGGTCGTTCAATGCAGCATGGATT--AATCA-GTCTT-ATTAACCATGGATATTC-TCAGT-CTAGTTGTGTCTCTTAGCCTAACA-CTTCCCGTGAAATCCTCTATCCTTCCACTGAATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCATATAATGCTA-ATCCTCCCTACT-GGTTTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACTCTCAAGATCATCTCAATGGTCCGGAACCACCCCTCCATACTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCTTTATA-TGGTACATTTTGTCTCATGTTCTGATCATCTATGCCTAC-CCTCCATTGGTTTGTCTTTTTT-CTCTGTACCTTTCATCTGACTACCATATATGCACACACACAGTA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTTGGCTCAATATTATTAACATGCCTGGCCCTACAAGTACTAACCGGCTTCTTCCTGGCCGTCCACTACACAGCAAACATCAACCTGGCATTCTCATCCATTATTCACATCACCCGAGATGTCCCATATGGCTGAATAATACAAAACCTGCACGCCATCGGAGCATCCATATTCTTCATTTGCGTATACATTCACATCGCACGAGGACTATACTACGGGTCATACCTAAACAAAGAAACCTGAATATCTGGCATTACCCTGCTCATCACACTAATAGCGACCGCCTTCTTTGGATATGTCCTCCCGTGAGGACAGATATCATTCTGAGCCGCAACCGTAATTACAAACCTGTTAACAGCAGTACCCTACCTGGGCACATCACTAACAACCTGGTTGTGAGGCGGGTTCGCAATCAATGACCCCACCCTAACACGATTCTTCGCACTACACTTCATCCTACCATTCGCAATCATCTCCCTATCCTCACTACACATCATCCTACTTCACGAGGAGGGCTCCAGCAACCCACTAGGAACCAACCCAGACATCGACAAAATCCCTTTCCACCCCTACCACTCCCACAAAGACTTTCTTCTTCTAACACTAATAACCCTATCCTTACTCATCATCGTCTTATTCTTCCCAGACATCTTTAACGACCCAGACAACTTCTCAAAAGCCAACCCCCTAGTAACACCACAACACATCAAACCAGAATGATACTTCCTATTCGCCTACGGCATCCTACGTTCAATCCCCAATAAACTAGGAGGCGCACTAGCCTTAGTAATATCAATCATAATCCTATTCACCATCCCATTCACACACACAGCCCACCTTCGCCCCATAACCTTCCGTCCACTATCACAACTAATATTCTGAACATTAGTGTCAACATTTATCACTATCACATGGGCCGCCACAAAACCAGTAGAACCACCATTTATCACTATCAGCCAAACAACCTCAACACTATATTTTACATTCTTTTTACTTACCCCCATCCTAGGCTGAATAGAAAACAAAATAATAAAAACTCCCTCCCTAACACGGCAACACTATC--ATTGCTC---GCCAAACAACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAACCTAGAGGAGCCTGTCCAATAACCGATAACCCACGATTAATCCAACCACTTCTGGCCATCCAGTCTATATACCGCCGTCGAAAGCCCACCTTGCAAAAGAAACAAAGTGAGCCAAATAGTTCT-ACACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAACTCATGAAGTGGACCAGGATGGGCTACATTTTCTAACACAGACCATACGAACAAAGACATGAAACCGTCTTCCAAAGGTGGATTTAGCAGTAAGCTAAGAACACAATGCTTAGCTGAAAC--TTGCAATATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGAACTTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGTCAAACTGTCTCTTGTAATAAATCAATTAAACTGATCTCCCAGTACAAAAGCTGGGATACCAACATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTAACCTATT--AAACCCCATAATAGCTACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAACAACATGAGCCATTCC-TCATATCCT--AGGCCAACAAGCCACTACAAGACCCAGTAACACTGATAACTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCCATCTTCTTCAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTRTTCAACGATTAACAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Antaresia maculosa"/>
?ACCACAACCCTCACTTCCTCC--------------------AGCCATAGTCTGTAAATTTACAGACTATGGC--TGATACCTCAACATA-CAGCCAAAATTCCATATAATAT-CCCCACAACAA-----CTYTYTYTCYTYGGCCCCCCCCCTACCCCCCCC---ATCCAAATATATAAGAA------ATCAGCACAATAAACCT--ACTAGGAATTGCCAATAACTCC--CCCTATGTATAATCTTACATTAATGGTTTGCCCCATGAATATTAAGCAGGAATTCCCCTTCAAATATTTTAGTCTAAAATAGCCTTTGTACAGAATATTTAG----TCCTCATTTCT-TGGTCGTTCAATGCAACACGGATT---ATCAGTTCTT-ACTAACCATGGATATCC-TTGAT-CTAGTGGTGTCTCTTAATCTAGTA-CTTCCCGTGAAATCCTCTATCCTTCCATAGAATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCATATAATGCCA-ATCCTCCCTATCAGCTTTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACTCTCAAGATCATCTCAATGGTCCGGAACCACCCCTCCTTACTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCTTTATA-TGGTTCATTTTGTCTCATGTTCTGATCACCTATGCTTAT-CCACCACTGGTAGCTCTTTTTT-CTCTGTACCTTTCATCTGACTACCATATATGCACACACACAGTAA????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTCGGCTCAATATTATTAACATGSCTGGSCCTGCAAGTATTAACCGGATTCTTCTTGGCCGTCCATTACACAGCAAATATCAACCTAGCATTTTCATCCATTATTCACATCACCCGAGATGTCCCATACGGCTGAATAATACAAAACCTACACGCCATYGGAGCCTCCATATTCTTCATTTGCATTTATATCCACATTKYACGAGGACTATACTACGGATCTTACCTCAATAAAGAAACCTGAATATCTGGTATCACCCTTCTTATCACACTAATAGCAACAGCCTTCTTCGGTTACGTTCTCCCATGAGGACARATATCATTCTGAGCCGCAACCGTAATCACAAACTTACTTACCGCCGTCCCATATCTAGGCACATCACTAACAACATGATTATGAGGGGGCTTTGCAATCAATGATCCCACCCTGACACGATTCTTCGCACTACACTTTATTCTACCATTCGCAATTATCTCCTTATCCTCACTACACATTATTTTACTTCACGAAGAGGGCTCCAGCAACCCACTAGGAACCAACCCAGACATTGACAAAATTCCATTTCACCCCTACCACTCTCATAAAGACCTGCTCCTACTCACACTAATAATTCTACTCTTACTCACTATCGTCTCATTTCTCCCAGACATCTTCAATGACCCAGACAACTTCTCAAAAGCTAATCCCCTAGTAACACCACAACACATCAAACCAGAGTGATATTTCCTATTCGCCTATGGCATTTTACGATCCATCCCTAATAAACTGGGAGGCGCACTAGCCCTAGTAATATCAATCATAATCCTATTTACCATTCCATTCACACACACAGCCCGCCTACGCCCCATAACCTTCCGCCCACTATCACAACTAATATTTTGAACATTAGTATCAACATTCGCCACCATTACATGAGCCGCCACAAAACCAGTAGAACCCCCATTTATCATCATCAGCCAAGCAACTTCAATTCTATACTTCACATTCTTCCTATCTACCCCAATTCTAGGGTGGGTGGAAAACAAAATAATAAATATCTCCTCCCTAACACGGCAGTATAAAC--ACTGCTC---GCCAAACAACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAACCTAGAGGAGCCTGTCCAATAACCGATAACCCACGATTAATCCAACCACTTCTGGCCATTCAGTCTATATACCACCGTCGCCAGCCCACCTTGCAAAAGAAACAAAGTGAGCTAAATAGTACT-ACACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAACTTATGAAGTGGACCAAGATGGGCTACATTTTCTAACACAGACTATACGAACAAAGACGTGAAACCGCCTTTCAAAGGTGGATTTAGCAGTAAGYTAAGAACATAATACCTAGCTGAAACCATTGCAATATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAAAACTTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGTCAAACTGTCTCTTGTAATCAATCAATTAAACTGATCTCCCAGTACAAAAGCTGGAATACCCATATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTAACTTATT--AAACCATATAATAGCTACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAACAACGTAAGCTATTCC-TTACATCACC-AGGCCAACAAGCCACTACAAGACCCAGTAACACTGACAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCCATCTTCTTTAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGCGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Antaresia stimsoni"/>
?ACCACAACCCTCAMTTCCTTTCAGCCATAGTCTGTAAATACAGCCATAGTCTGTAAA--TACAGACTATGGC--TGATACCGCCATATA-GAGCCGAAAACCCATATAATATGCCACACAATAAA------CTYTYTCCTYGGCCCCCCCCCTACCCCCCCCC--ATTAAAACATATGGGAA------AACAGCACAAATACATA--TTAAAGAATGTCCAATTAATCC--TCCTATGTATAATCTTACATTAATGGTTTGCCCCATGAATATTAAGCAGGAATTCCCCTTTAAATATTTTAGCCTAAAATGTCCTTCGTACAGAATATTAAG----TCCTCATTTTC-TGGTCGTTCAATGCAATCAGGATT--AATCA-TTCTT-ACTAACCATGGCTATCC-TTGAT-CTAGTGGTGTCCCTTAATTTAGTA-CTTCCCGTGAAATCCTCTATCCTTCCATAGAATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCATATAGTGTTG-ATCCTCTT-AATAGCTTTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACTCTCAAGATCATCTCAATGGTCCGGAACCACCCCTCCATACTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCTTTATA-TGGTTCATTTAGTCTCATGTTCTGATCAGCTATGTCAAT-CCACCACTGGTAGCTCTTTTTT-CTCTGTACCTTTCATCTGACTACCATATATGCACACACACAGTAA????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTCGGCTCAATACTATTAACATGTCTAGCCCTACAAGTATTAACCGGCTTTTTCCTAGCCGTTCATTATACAGCAAACATTAACCTAGCATTTTCATCCATCGTTCACATTACCCGAGACGTCCCATACGGCTGAATAATACAAAACCTACACGCCATCGGAGCATCCATATTCTTTATTTGTATTTATATTCACATCGCACGCGGACTATACTATGGATCCTACCTCAACAAAGAAACCTGAATATCCGGTATCACCCTGCTCATCACACTAATAGCAACCGCCTTCTTCGGCTATGTCCTCCCATGAGGACAAATATCATTCTGAGCCGCAACCGTAATCACAAACCTACTCACCGCCGTACCATACCTAGGCACATCGCTAACAACCTGACTGTGAGGGGGGTTCGCAATCAATGACCCCACCCTAACACGATTCTTCGCACTACACTTTATTCTACCATTCGCAATCATCTCCTTATCCTCCCTACACATTATCTTACTACACGAAGAAGGCTCAAGCAACCCACTAGGAACTAACCCAGACATCGACAAAATCCCATTCCACCCATACCACACCCACAAAGATCTACTCTTATTAACACTAATAGTTTTACTCCTATTCATTATCATTTCATTTTCCCCAGATATCTTTAATGACCCAGACAACTTCTCAAAAGCCAACCCCCTAGTAACACCACAACACATCAAACCAGAATGGTACTTCCTATTTGCCTACGGTATCCTACGATCCATTCCCAACAAACTAGGAGGCGCACTAGCCTTAGTAATATCTATCATAATCCTATTCACCATCCCATTCACACACACAGCCCACCTACGCCCAATAACCTTCCGCCCACTCTCACAACTAACATTCTGAACACTGGTCTCAACATTCGCCACCATCACATGAGCCGCCACAAAACCAGTAGAACCCCCATTTATCACCATCAGTCAAGTAACCTCAACACTATACTTCGCATTCTTCCTATCTATCCCAATTCTCGGATGAGTAGAAAACAAAATAATAAACATTTCATCCATAACACGGCAGTATTAAC---CTGCTC---GCCAAACAACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAACCTAGAGGAGCCTGTCCAATAACCGACAACCCACGATTAACCCAACCACTTCTAGCCACTCAGTCTATATACCGCCGTCGCCAGCCCACCTTGCAAAAGAAACAAAGTGAGCCAAACAGTACT-ACACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAACTTATGAAGTGGACCAAGATGGGCTACATTTTCTAACACAGACTATACGAACAAAGACATGAAACTGTCTTTCAAAGGTGGATTTAGCAGTAAGCTAAGAACACAATACCTAGCTGAAACCATTGCAATATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGAACTTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGTCAAACTGTCTCTTGTAATTAATCAATTAAACTGATCTCCCAGTACAAAAGCTGGAATACACCTATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTAACCTATT--AAACCTAATAATAACTACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAACAACATGAGCCTTCCC-TCATACCAA--AGGCCAACAAGCCATCACAAGACCCAGTAACACTGACAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCCATCTTCTTTAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGTGCAGCCGSTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Antaresia childreni"/>
?GCCACAACCCTCACTTCCTTCCAGCCATAGTCTGTAAATACAGCCATAGTCTGTAAA--TACAGACTATGGC--TGATGCCGCCATATA-GAGCCGAAAAACCATATAATATACCACACAATAAA------CTCTCTCCTCGGCCCCCCCCCTACCCCCCCCC--ATTAAAACATATGGGAA------AGCAGCACAAATACATA--TTAAAGAATGTCCAATTAATCC--TCCTATGTATAATCTTACATTAATGGTTTGCCCCATGAATATTAAGCAGGAATTCCCCTTTAAATATTTTAGTCTAAAATGTCCTTTGTACAGAATATTTAG----CCCTCATTCTC-TGGTCGTTCAATGCAATCGGGATT--AATCA-TTCTT-AATAACCATGACTATCC-TTGAT-CTAGTGGTGTCCCTTGATTTAGTA-CTTCCCGTGAAATCCTCTATCCTTTCATAGAATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCATATAGTGTTG-ATCCTCTT-AATAGCTTTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACTCTCAAGATCATCTCAATGGTCCGGAACCACCCCTCCATACTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCTTTATA-TGGTTCATTTAGTCTCATGTTCTGATCAGCTATGTCAAT-CCACCACTGGTAGCTCTTTTTT-CTCTGTACCTTTCATCTGACTACCATATATGCACACACACAGTAAATGCCCCACCACTACATTCTAACCCTATTCGGCCTTCTGCCTGTAGCAACCAACATCTCAACATGATGAAACTTCGGCTCAATACTATTAACATGTCTAGCCCTACAAGTATTAACCGGTTTTTTCTTAGCTGTTCACTATACAGCAAACATTAACCTAGCATTTTCATCCATCGTTCACATTACCCGAGACGTCCCATATGGCTGAATAATACAAAACCTACACGCCATCGGAGCATCCATATTCTTTATTTGTATTTATATTCACATCGCACGCGGACTATACTATGGATCCTACCTCAACAAAGAAACCTGAATATCCGGTATCACCCTGCTCATCACACTAATAGCAACCGCCTTCTTCGGCTATGTTCTCCCATGAGGACAAATATCATTCTGAGCCGCAACCGTAATCACAAACCTACTCACCGCCGTACCATACCTGGGCACATCACTAACAACCTGACTGTGAGGAGGATTCGCAATCAATGACCCCACCCTAACGCGGTTCTTCGCGCTACACTTTATTCTACCATTCGCAATCATCTCCTTATCCTCCCTACACATTATTTTACTACACGAGGAAGGCTCCAGCAACCCACTAGGGACTAACCCAGACATCGATAAAATCCCATTCCACCCGTACCACACCCACAAAGACCTACTCCTACTAACACTAATAATTTTACTTCTATTAATTATCGTTTCATTTTCCCCGGACATCTTTCATGACCCAGACAACTTCTCAAAAGCCAACCCCCTAGTAACACCACAACACATTAAACCAGAATTATACTTCCTATTTGCCTACGGCATCCTACGATCTATCCCCAACAAACTAGGAGGCGCACTGGCCTTAGTAATATCCATCATAATCCTATTCACCATCCCATTCACACACACAGCCCACCTACGGCCAATAACCTTCCGCCCACTCTCACAACTAATATTTTGAGCACTAATTTCAACATTCGTCACCATCACATGGGCCGCCACAAAGCCAGTAGAACCCCCATTTATCATCATCAGTCAAGTAACCTCAACACTATACTTCACATTCTTCCTATCTATCCCAATTCTCGGATGAGTAGAAAACAAAATAATAAACATTTCATCCATAACACGGCAGTATTAAC---CTGCTC---GCCAAACAACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAACCTAGAGGAGCCTGTCCAATAACCGATAACCCACGATTAATCCAACCACTTCTAGCCACTCAGTCTATATACCGCCGTCGCCAGCCCACCTTGCAAAAGAAACAAAGTGAGCCAAACAGTACT-ACACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAACTTATGAAGTGGGCCAAGATGGGCTACATTTTCTAACACAGACTATACGAACAAAGACATGAAACTGTCTTTCAAAGGTGGATTTAGCAGTAAGCTAAGAACACAATACCTAGCTGAAACCATTGCAATATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGAACTTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGTCAAACTGTCTCTTGTAATTAATCAATTAAACTGATCTCCCAGTACAAAAGCTGGAACATTCATATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTAACCTATT--AAACCTCATAATAACTACTTTCAGTTGGGGCGASTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAACAACATGAGCCATCCCCTCATACAAC--AGGCCAACAAGCCACTACAAGACCCAGTAACACTGACAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCCATCTTCTTTAAGAGCCCTTATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGTGCAGCCGCTATTAACGGTACGTTTGTTCAACGATTACCAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Antaresia perthensis"/>
?ATCA-AACCC------------------------AAAACTAAGCCACAGCCTGTTT--AAACAGGCTGTGGC--TGATGCCGCCATACA-AAGCCGAAATTCCATATAACACACCACAATATAAA------CTYTYTCCTYGGCCCCCCCCCTACCCCCCCCC--AACCAAACATATAAGAA------AACAGAACAGTGAACAA--TTAGAGATTCTCCAATTAACTC--TCCTATGTATAATCTTACATTAATGGTTTGCCCCATGGATATTAAGCAGGAATTTCCCTTCAAATATTTTAGTCTAAAATAGCCTTTGTACAGTCTATTTAG----TCCTCATTTTC-TGGTCGTTCAATGCAGCATGGATT--AATCA-TTCTT-ACCGATCATGACTATCC-TTGAT-CTAGTGGTGTCTCTTAATTTAGTA-CTTCCCGTGAAATCCTCTATCCTTCCCTAGAATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCATATAATGCTA-ATCCTCCCTAAAAGCTTTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACTCTCAAGATCATCTCAATGGTCCGGAACCACCCCTCCATACTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCTTTATA-TGGTTCATTCTTTCTCATGTTCTGATCAGCTATGTCAAT-CCACCATTGGTTGCCCTTTTTT-CTCTGTACCTTTCATCTGACTACCATATATGCACACACACAGTAA????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTCGGMTCAATACTACTAACATGTTTAGCCTTACAAGTACTAACCGGCTTTTTTTTGGCCGTCCACTACACAGCAAACATCAACCTGGCATTTTCATCCATCATTCACATTACCCGAGACGTCCCATATGGCTGAATAATACAAAACCTGCACGCCATCGGAGCATCCATATTCTTCATTTGCATCTACATTCACATTGCACGCGGACTCTACTACGGATCCTACCTCAACAAAGAAACCTGGATATCGGGAATTACCCTCCTCATCACACTGATAGCTACCGCCTTCTTCGGCTACGTCCTCCCATGAGGACAGATATCATTCTGAGCCGCAACAGTAATCACCAACCTACTCACCGCTGTACCCTACCTAGGCACATCACTAACAACCTGACTATGAGGGGGGTTCGCAATCAACGATCCCACCCTGACGCGATTCTTCGCACTACACTTCATCCTACCATTCGCAATCATTTCTCTATCATCCTTACACATTATCTTACTACACGAAGAGGGCTCCAGCAACCCACTAGGAACCAACCCAGACATTGACAAAATCCCATTCCACCCATACCACTCCCACAAAGACCTGCTCCTACTAACACTTATAATTTTATTCTTATTCATTATCCTATCGTTCTCCCCGGACATCTTCAACGACCCAGATAACTTCTCAAAAGCTAACCCCCTAGTAACACCACAACACATTAAACCAGAATGGTACTTCCTGTTCGCCTACGGAATTCTACGATCCATTCCAAATAAATTAGGAGGCGCACTAGCCCTTGTGATATCAATCATAATCCTATTTACCATCCCATTCATACACACCGCCCACCTACGCCCAATAACCTTCCGCCCACTTTCACAACTTATATTCTGAACACTAGTCTCAACATTTGCCACCATTACATGAGCCGCCACAAAACCGGTAGAGCCCCCATACATCCTCATTAGCCAAGTGACCGCAACACTATACTTCACATTCTTTCTATCCATCCCAATCCTAGGATGAATAGAAAACAAAATAATAAACACCTCCTCCATAACACGGCASTACAACC--ACTGCTC---GCCAAACAACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAACCTAGAGGAGCCTGTCTAATAACCGATAACCCACGATTAATCCAACCACTTCTAGCCGCTCAGTCTATATACCGCCGTCGCCAGCCCACCTTGCAAAAGAAACAAAGTGAGCCAAACAGTAAT-ACACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAACTTATGAAGTGGACCAAGATGGGCTACATTTTCTAACACAGACCATACGAACAAAGGCATGAAACCGCCTTTCGAAGGTGGATTTAGCAGTAAGCTAAGAACACAACACCTAGCTGAAACCRTTGCAATATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGAACTTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGTCAAACTGTCTCTTGTAATCAATCAATTAAACTGATCTCCCAGTACAAAAGCTGGAATACCCATATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACCAACCTATT--AAACCCCATAATAGCTACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAACAA-ATGAGCTCTCCC-TCACACCTC--AGGCCAACAAGCCACTATAAGACCCAGTAACACTGACAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCCATCTTCTTCAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGCGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Antaresia melanocephalus"/>
?ACCACA----------CCTTCC-----------------CCAACCATAGTCTGTAACC--ACAGACTATGGT--CGATGTCTCAATATA-AAGCCAAAAATCTATATAAATAAA-ACACAATAAAG-----CTCTCTCCTCGGCCCCCCCC-TACMCCCCCC--ACAAGAAATATAGAAGAA------ACCAGCACATAAGACTA--TAAGGATTCCCCCCTTCTTTCC--CCCTATGTATAATCTTACATTAATGGTTTGCCCCATGAATATTAAGCCGGAATTCCCATTTAAATATTTTAATCTAAATTTGCCTTTGTACTTAAAATTCAG----TCCTCATTTCT-TGGTCGTTCAATGCAGCACGGATT--AATAG-ATCTT-ATTAACCATGGCTATCC-TTGAT-CTAGTGGTGTCCCATGATCTAGCT-CTTCCCGTGAAATCCTCTATCCTTCCTCTGAATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCATATTATGCCA-ATCCTCCCTAACAGCTTTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACTCTCAAGATCATCTCAATGGTCCGGAACCACCCCTCCATACTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCTTTATA-TGGTACATTTTGCCTCATGTTCTGATCAGCTATGTTATT-CCACCACTGGTATCCCTTTTTT-CTCTGTACCTTTCATCTGACTACCATATATGCACACACACAGTAAATGCCCCACCACTACATCCTAACCCTATTTGGCCTTCTGCCTGTAGCAACTAACATCTCAACATGATGAAACTTCGGCTCAATACTACTAACATGTTTAGGCCTACAAGTACTAACCGGCTTCTTCCTAGCCGTCCACTACACCGCAAACATTAACCTGGCATTCTCATCTATCGTTCACATCTCCCGAGATGTCCCATACGGCTGAATAATACAAAACCTACATGCAATCGGAGCATCCATATTCTTCATCTGTATCTACATTCACATTGCACGAGGATTATACTACGGATCCTACCTTAACAAAGAAACCTGAATATCAGGCATCACACTACTCATCACACTAATAGCGACCGCTTTCTTCGGATATGTGCTTACATGAGGACAAATATCATTATGAGCCGCAACCGTAATCACAAACCTACTCACCGCCGTGCCCTACCTAGGCACATCTCTAACAACCTGACTATGAGGAGGATTCGCAATCAATGATCCTACCCTAACACGATTCTTCGCACTCCACTTCATTCTGCCATTCGCAATCATCTCCTTATCCTCACTACACATCATCCTACTTCACGAAGAAGGCTCCAGCAACCCATTAGGAACCAACCCAGACATTGACAAAATCCCATTCCACCCATACCACTCCCACAAAGATCTCCTCCTCCTAACACTAATAATCATAAGCCTATTCATCATCAGCTCGTTCTTCCCAGATATCTTCAACGACCCCGACAACTTCTCAAAAGCCAACCCCCTAGTAACACCACAGCACATTAAACCAGAATGATACTTCCTATTCGCCTACGGAATTCTACGATCCATTCCCAACAAACTAGGAGGCGCATTAGCATTAGTAATATCAATTATAATCCTATTTATTATCCCATTTACACACACAGCCCGCCTTCGCCCTATAACCTTCCGCCCTCTATCACAACTAATATTTTGAACACTAGTATCAACATTCATCACCATTACATGGGCCGCCACAAAACCAGTAGAACCACCATTCATTGTAATCAGCCAAGTAACCTCATCACTATACTTCACATTCTTCTTATCAACACCCATTCTGGGATGAGCAGAAAACAAAATAATAAACATTTCATCCCAGCCATAACATGGCAACACACTTGCTC---GCCAAACAACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAACCTAGAGGAGCCTGTCCAATAACCGATAACCCACGATTAATCCAACCACTTCTGGCCACCCAGTCTATATACCGCCGTCACCAGCCCACCTTGCAAAAGAAACATAGTGAGCCAAATAGTCCT-ACACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAACTTATGAAGTGGATCAAGATGGGCTACATTTTCTAACACAGACCATACGAACAAAGACATGAAAACATCTTTCAAAGGTGGATTTAGCAGTAAGCTAAGAACACAATACCTAGCTGAAACCATTGCAATATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGAACTTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGTCAGACTGTCTCTTGTAATCAATCAATTAAACTGATCTCCCAGTACAAAAGCCGGGATACCCATATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTGAACTAACCTATT--AAACCACATAATAACTACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAACAAAATGAGCCATCCC-TCATACCATTGAGGCCAACAAGCCACCACAAGACCCAGTAAAACTGACAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCCATCTTCTTTAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAGATGGTGCAGCCGCTATCAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Antaresia ramsayi"/>
?ACCACG----------CCTTCC-----------------CCA-CCATAGTCTGTAAA-TTACAGACTATGGT--CGTTGCCTCAACATA-AAGCCAAAAACCCATATAAACAAAAC--ATATAAA----CTCTCTCTCCTCGACCCCCCCC-TACCCCCCCC--ACAAGAAATATAGAAGAA------ACCAGCACATAAGACTA--TAAGGATTTCCCCCTCCTTTCC--CCCTATGTATAATCTTACATTAATGGTTTGCCCCATGAATATTAAGCCGGAATTCCCATTTAAATATTTTAATCTAAATT-GCCTTCGTACCTAAAATTCAG----TCCTCATTTCT-TGGTCGTTCAATGCAGCACGGATT--AATAG-ATCTT-ATTAACCATGGCTATCC-TTGAT-CTAGTGGTGTCCCATGATCTAGCT-CTTCCCGTGAAATCCTCTATCCTTCCTCTGAATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCACGTTATGCCA-ATCCTCCCTAACAGCTTTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACTCTCAAGATCATCTCAATGGTCCGGAACCATCCCTCCATACTAGCCTTTTCCAACACCTTTGGTTGCACCCTTTATA-TGGTACACTCTGCCTCATGTTCTGATCAGCTATGTTATT-CCACCACTGGTATCCCTTTTTT-CTCTG-ACCTTTCATCTGANTACCATATATGCACACACACAGTAA????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTCGGCTCAATACTACTAACATGCTTAGGTYTACAAGTACTAACCGGCTTYTTCCTAGCCGTCCACTACACCGCAAACATTAACCTGGCATTCTCATCTATCGTTCACATCACCCGAGATGTCCCATACGGCTGAATAATACAAAACCTACACGCCATCGGAGCATCCATATTCTTCATTTGTATCTACATTCACATTGCACGAGGATTATACTACGGATCCTACCTTAACAAAGAAACCTGAATATCGGGTATTACATTACTCATTACACTAATAGCAACCGCCTTCTTCGGATATGTCCTTCCATGAGGACAAATATCATTCTGAGCCGCAACCGTAATTACAAACCTACTCACCGCCGTACCATACCTAGGTACATCTCTAACAACCTGACTGTGAGGAGGATTCGCAATCAATGATCCCACCCTAACACGATTCTTTGCGCTACACTTCATCCTACCATTCGCAATCATCTCCTTGTCCTCACTACACATTATCTTACTTCACGAAGAAGGCTCCAGCAACCCATTAGGAACCAACCCAGACATTGACAAAATCCCGTTCCACCCGTACCACTCCCACAAAGACCTCCTCCTCCTAACGCTAATAATTATATCCTTATTTATTATCACCTCGTTCTTCCCAGACATCTTTAACGACCCCGACAATTTCTCAAAAGCCAACCCCCTAGTAACACCACAGCACATTAAACCAGAGTGGTACTTCCTATTTGCCTACGGCATCCTACGATCCATCCCCAACAAACTAGGAGGCGCACTAGCCCTAGTAATATCAATCATAATCCTATTTACCATTCCATTCACACACACAGCCTACCTTCGCCCTATAACCTTCCGCCCCCTATCACAACTAATATTCTGAACACTAGTCTCAACATTCATCACCATTACATGAGCCGCCACAAAACCAGTAGAACCACCATTCATTATAATTAGCCAAGTAACCTCAACACTATACTTCATATTCTTCTTATCAACACCCATCCTAGGATGAATAGAAAATAAAATAATAAACATTTCATCCATAACATGGCAACGCAA----TTTGCTC---GCCAAACAACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAGCCTAGAGGAGCCTGTCCAATAACCGATAACCCACGATTAATCCAACCACTTTTGGCCACCCAGTCTATATACCGCCGTCGCCAGCCCACCTTGCAAAAGAAACAAAGTGAGCCAAATAGTTTC-ACACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAACTCATGAAGTGGATCAAGATGGGCTACATTTTCTAACACAGACCATACGAACAAAGACATGAAAACATCTTTTAAAGGTGGATTTAGCAGTAAGCTAAGAACACAATACCTAGCTGAAACCGTTGCAATATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGAACTTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGTCAAACTGTCTCTTGTAATCAATCAATTAAACTGATCTCCCAGTACAAAAGCTGGAATATACATATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTAACCTATT--AAACCTTATAATAGGTACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAACAACATGAGCCATCCC-TCATACCA---AGGCCAACAAGCCATTACAAGACCCAGTAACACTGATAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCCATCTTCTTCAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Python reticulatus"/>
??CCATCACCCTCACTTCCTCC--------------------AACCATAGCCAAATA-TTT---GGCTATGGTT-TCATGCCAAAATATATCAACCAAAAACCCATATTAATATAATGCTATAAAATGG-------TCCCTCGACCCCCCCCCTACCCCCCCC--AAAAAA--CATAAGGAAA------GTCCG-CACATCATAAACCTCGTACTTTTCCCTATTTTTT-GCTCCTATGTATAATCTTACATTAATGGCTTGCCCCATGGATAATAAGCAGGAATTTCCCTTTTAATATTTTAGTCTAAATTAGCCTTCGTACAGGTAATTCAGT----CCTCATTTTC-TGGTCGTTCAATGCAGCATGGATT--AATAA-TTGTT-GATAACCATGGATATCC-TTGAT-CTAGTTGTGTCCCTTGATTTAACA-CTTCCCGTGAAATCCTCTATCCTTCCGCGTAATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCATTAATTGCTA-CTCCTCTTTACT-GGTTTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACCTTCAAGATCATCTCAATGGTCCGGAACCACCCCTCCATACTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCCTTATA-TGGTACATATCACCTCATGTTCTGATCACCTATGCTAGA-CCACCACTGGTAGCTCTTTTTT-CTCTCTCCCTTTCACCTGACTACCATATATGCACACACACAGTAAATGCCCCACCATTATATCCTAACCTTATTTGGCCTTCTACCAGTAGCAACCAACATCTCAACCTGATGAAACTTCGGCTCAATATTACTAACATGTCTAGCCTTACAAGTACTAACCGGCTTTTTCCTAGCCGTCCATTACACAGCAAACATTAACCTAGCATTTTCATCCATCATCCACATCACCCGAGACGTCCCATACGGCTGAATAATACAAAACCTTCACGCTATCGGAGCATCCATATTCTTCATCTGCATCTACATCCACATCGCACGAGGCCTATACTACGGATCATACCTCAACAAAGAAACCTGAATATCAGGCATCACCCTACTCATCACACTAATAGCCACCGCTTTTTTCGGTTACGTCCTTCCATGAGGACAAATATCATTCTGAGCCGCAACCGTAATTACAAACCTACTCACTGCCGTACCATACCTAGGTACATCACTAACAACCTGGCTTTGAGGCGGATTCGCAATCAACGACCCCACCCTAACACGATTCTTTGCACTACATTTTATTTTACCATTCGCGATTATCTCATTATCCTCATTACACGTTATCTTACTCCACGAAGAAGGTTCTAGCAACCCCCTAGGAACCAACCCAGACATCGACAAAATCCCATTCCACCCATACCACTCTTACAAAGACTTCCTCTTACTAACATTAATAGTCCTATCTCTATTCATTATCGTCTCATTCTTCCCAGATATCTTCAACGACCCAGACAATTTCTCAAAAGCCAACCCCCTAGTAACACCACAACACATTAAACCAGAATGATACTTCCTATTCGCTTACGGTATTCTACGATCCATCCCCAACCAACTTGGAGGAGCATTAGCCTTAGTAATATCTATTATAATCTTATTCACTATCCCATTCACACACACAGCTAATCTTCGTCCCATAACCTTCCGACCCCTCTATCAACTCATGTTCTGAACACTAGTCTCCACTTTTATTACTATCACATGAGCCGCTACAAAACCCGTAGAGCCCCCTTTTATCACTATTAGTCAAGTAACTTCAACACTTTATTTCACATTCTTCATCTCCATCCCATTCCTAGGATGAATAGAAAACAAAATAATACATCTCAACTCCATAACACGGCAATATAACCCA-TTGC?C---GCCAAACAACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAACCTAGAGGAGCCTGTCTAATAACCGATAACCCACGATTAACCCAACCACTTCTGGCCATCCAGTCTATATACCGCCGTCGCCAGCCCACCTTGCAAAAGAAACAAAGTGAGCCAAACAGTACT-ACACTAATACGACAGGTCGAGGTGTAACTAATGAAGTGGACCAAGATGGGCTACATTTTCTAACACAGAACACACGAACAAAGACATGAAACTGCCTTCCAAAGGTGGATTTAGCAGTAAGCTAAGGACAAAATACCTAGCTGAAACCATTGCAATATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGAATTTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAAAGTCAAACTGTCTCTTGTAATTAATCAATTAAACTGATCTCCCAGTACAAAAGCTGGAATATCCATATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTAACTTATT--AAACCCACTAATAACTACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAAAACTTCCAAATAATATGAATAATCCC-TCATACCAT--AGGCCAACAAGCCACCACAAGACCCAGTAACACTGACAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCCATCTTCTTTAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTRTTCAACGATTAACAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Python timoriensis"/>
TA-CACCACCA------------------------------AGACCATAGTCGGTAAATC----GACTATGGTCTTTTTACGCCAAAAATACAACCAAAAATCCATATTAATATAGCAATATAAAATAG-------CCCCTCGACCCCCCCCCTACCCCCCCCC-ACAAAAA-TATAAAGAAA------ACCCG-TATGTCATAAACTCCGAATTTTTCCCTATTTTT--GCCCCTATGTATAATCATACATTATTGGCTTGCCCCATGGATAATAAGCAAGAATTCCCTTTTTAATATTTTAGTCTAAAATTGCCTTT-TACAAAAAACTCAGT----CCTCATTTCT-TGGTCGTTCAATGCAGCATGGGCT--AATAA-TTATT-AATAACCATGACTATCC-TTGAT-CTAGTTGTGTCTCTTAGTTTGGTA-CTTCCCGTGAAATCCTCTATCCTTCCGCGTAATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCATTAATTGCTA-TTCCTCTTTACT-GGTTTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACCTTCAAGATCATCTCAATGGTCCGGAACCACCCCTCCATACTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCCTTATA-TGGTACATTTTGCCTCATGTTCTGATCACCTATGCTAGA-CCACCTCTGGTAGCTCTTTTTT-CTCTCTCCCTTTCACCTGACTACCATATATGCACACACACAGTAA????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTCGGCTCACTACTATTAACATGTCTAGCCCTACAAGTATTAACTGGTTTTTTCCTAGCCGTTCACTACACAGCAAACATTAACCTGGCATTTTCATCCATCATTCACATCACCCGAGACGTCCCATACGGTTGAATGATACAAAACCTCCACGCCATCGGAGCATCCATATTTTTCATTTGTATTTACATCCACATCGCACGAGGCCTATACTACGGATCATATYTTAACAAAGAAACTTGAATATCAGGCATCACCCTACTCATCACATTAATAGCTACTGCTTTCTTCGGATATGTTCTTCCATGAGGACAAATATCATTCTGRGCCGCAACTGTAATTACAAACCTACTTACAGCCGTACCATACCTGGGCACATCATTAACAACCTGACTCTGAGGCGGATTTGCAATCAACGACCCAACTCTAACACGATTCTTCGCACTACACTTTATCCTACCATTCGCAATCATCTCACTATCCTCACTACACATTATCTTACTCCATGAAGAAGGTTCTAGCAACCCCCTAGGAACTAACCCAGACATCGATAAAATCCCATTCCACCCCTATCATTCCCACAAAGACTTCCTCTTACTAATACTAATAATTCTATTTTTATTCATTATCGTTTCATTCTTCCCAGATATTTTCAACGACCCAGACAATTTCTCAAAAGCTAACCCACTAGTGACACCACAACACATTAAACCAGAATGATACTTCCTATTTGCCTATGGCATCCTACGATCTATTCCCAATAAACTAGGAGGAGCCCTAGCCCTAGTAATATCTATTATAATTCTATTCACCATCCCATTCACACACACAGCCTATCTTCGTCCAATAACCTTTCGCCCTTTCTCACAATTCATATTCTGAACACTAATCACTACATTCATCACCATCACATGAGCCGCTACAAAACCTGTAGAACCACCATTCATTATTATCAGCCAAGCGACATCAACACTATATTTCACCTTCTTCATTTCAATCCCTCTTCTAGGCTGAATAGAAAACAAAATAATACACCTCAATTCCATAACATGGCAATAAAACC--ACTGCTC---GCCAAACAACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAACCTAGAGGAGCCTGTCTAATAACCGATAACCCACGATTAACCCAACCATTTCTGGCCACCCAGTCTATATACCGCCGTCGCCAGCCCACCTTGCAAGAGAAACAAAGTGAGCCAAACAGTACT-ACACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAACTAATGAAATGGACTAAGATGGGCTACATTTTCTAGCACAGAACACACGAACAAAGATATGAAACTATCTTCCAAAGGTGGATTTAGCAGTAAGCTAAGGACAAAATACCTAGCTGAAACCATTGCAATATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGTATTTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGTCAAACTGTCTCTTGTAATTAATCAATTAAACTGATCTTTCAGTACAAAAGCTGAAATACCCATATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTAACCTATT--AAACCTATTAATAACTACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAACAACATGAGCTATTCC-TCATAACAC--AGGCCAACAAGCCACTACAAGACCCAGTAACACTGACAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCCATCTTCTTTAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Python sebae"/>
?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CTTCCTCAGACAC-AAACTCA-ACCTCAAATAAAAATAAAAATAAT-----------CCTACCTCGGCCCCCCCCCTACCCCCCCC--ACTATTT-CATATGGAA-------TACAGGATATATAC-TTTGTTAGAAAAATCCATATTTTTTCTACCCTATGTATAATCTTACATTAATGGCTTGCCCCATGAATAATAAGCGGGAATTCCTAATAAAATATTTTAGCCTAAAATTGCCTTCGTACATAAAATT-AGC---TCCACATTTCTTTGGTCGTTCAATGCTGCANGGATTATAGTAC-TTCTT-AATACACATGACTATCC-TTGAT-CTAGTCGTCTCTCTTAACTTAACA-CTTCCCGTGAAATCCTCTATCCTTTCATA-CATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCATAAGT-GCTA-CCCCTCTTCTCTTGCTCTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACTCTCAAGATCATCTCGACGGTCCGGAACCACCCCTCCATACTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCTTTATA-TGGTACATTTTGCCGCATGTTCTGATCACCTATGCTAGT-CAACCACTGGTATCCCTTTTTT-CTCT-TCCCTTTCACCTGACTACCATATATGCACACACACAGTTAATGCCACACCATTATATCTTAACCCTATTCGGACTCCTACCAGTAGCAACCAACATTTCAACATGATGAAATTTCGGCTCAATACTACTAACATGTTTAGCCTTACAAACGCTCACAGGCTTCTTCCTAGCTGTCCACTACACAGCAAACATTAACCTAGCATTCTCATCTATCATTCACATCATCCGTGACGTCCCACATGGCTGAATAATACAAAACCTGCACGCCATCGGCGCATCTATATTCTTTATTTGCATTTACATCCACATCGCACGAGGCCTATACTATGGATCCTATCTTAACAAAGAAACCTGAATATCAGGTATCACACTCCTCATCATCCTAATAGCAACCGCGTTCTTCGGCTACGTCCTCCCATGAGGACAAATATCATTCTGAGCCGCAACAGTAATCACCAACCTACTCACTGCTGTACCCTACCTAGGAACAACTCTAACAACCTGATTATGGGGAGGCTTCGCAATCAACGACCCAACCCTGACACGATTCTTCGCACTACACTTCATCTTACCATTCGCTATCATCTCTCTATCATCATTACACGTCATCCTACTACACGAAGAAGGCTCCAGCAACCCATTAGGTACCAACCCAGACATCGACAAAATCCCATTCCACCCCTACCACTCATACAAAGACCTCCTTCTACTAACACTAATGATCCTTTCCCTACTAATCATCGTCTCATTCTTTCCAGATATTTTCAACGACCCAGACAACTTCTCAAAAGCCAATCCACTAGTCACACCCCAGCATATTAAACCAGAATGATACTTCCTATTCGCCTACGGAATCCTACGATCAATCCCAAACAAACTAGGAGGCGCCCTAGCCCTAGTAATATCAATCATAATTCTATTAACCATCCCATTCACACACACATCCACTATACGATCAATAACATTCCGACCATTATCACAACTAATATTCTGAACATTAGTATCAACATTCATCACTATCACATGAGCCGCCACAAAACCAGTAGAACCACCATTCATTATCATCAGCCAAGTAACCGCAACACTATACTTCACATTCTTCATTTCAACCCCCATCCTAGGATGACTAGAAAACAAAATAACAAATCACCCATCCATAACACGGCAACACTAT--AGTTGCTC---GCCAAACCACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAACCTAGAGGAGCCTGTCTAATAACCGATAACCCACGATTAATCCAACCACTTCTAGCCACCCAGTCTATATACCGCCGTCGCCAGCTCACCTTGCAAAAGAAACAAAGTGAACCAAATAGTCAT-ACACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAACTAATGAAGTGGACTATGATGGGCTACATTTTCTAATACAGACCATACGAATAAAGACATGAAACTTTCTTTTGAAGGTGGATTTAGCAGTAAGATGAGAACACAATACTCAACTGAAACCATTGCAATATTAAAGGCAACGCCTGCCCAGTGAGAATTTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCACTTGTCTATTAATTGTAGACCCGTATGAAAGGCCACATGAGAGTCAAACTGTCTCTTGTAATCAATCAATTAAACTGATCTCCCAGTACAAAAGCTGAGATATACATATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTAAACTATT--AAACCCACTAATAGCTACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAACAACATGAGCCATCCC-TCATATTAC--AGGCCAACAAGCCACCACAAGACCCAGTAACACTGATAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCCATCTTCTTTAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Python molurus"/>
?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CTTCCTCAGACAC-AAACTCA-ACCTCAAATAAAAATAAAAACAAT-----------CCTACCTCGGCCCCCCCCCTACCCCCCCCC-ACTATTT-CATATGGAA-------TACAGGATATATACATTTGTTAGAAAAATCCATATTTTTTCTACCCTATGTATAATCTTACATTAATGGCTTGCCCCATGAATAATAAGCGGGAATTCCTAATAAAATATTTTAGCCTAAAATTGCCTTCGTACATAAAATT-AGC---TCCACATTTCTTTGGTCGTTCAATGCTGCACGGATTATAGTAC-TTCTT-AATACACATGACTATCC-TTGAT-CTAGTCGTCTCTCTTAACTTAACA-CTTCCCGTGAAATCCTCTATCCTTTCATA-CATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCATAAGT-GCTA-CCCCTCTTCTCTTGCTCTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACTCTCAAGATCATCTCGACGGTCCGGAACCACCCCTCCATACTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCTTTATA-TGGTACATTTTGCCGCATGTTCTGATCACCTATGCTAGT-CAACCACTGGTATCCCTTTTTT-CTCTCTCCCTTTCACCTGACTACCATATATGCACACACACAGTTAATGCCCCACCACTATATCCTAACCTTATTTGGCCTCCTACCAGTAGCAACCAACATCTCAACATGATGAAACTTCGGCTCAATACTATTAGCATGCTTAGCCCTACAAGTATTAACCGGATTCTTCCTAGCCGTCCACTACACAGCAAACATCAACCTAGCATTCTCATCTATCATTCACATCACCCGCGATGTTCCATACGGCTGAATAATACAAAACCTACACGCTATCGGCGCATCCATATTCTTCATCTGCATCTACATTCACATCGCACGAGGACTATACTACGGCTCCTATCTAAATAAAGAAACCTGAATATCCGGAATTACACTACTCATCACACTTATGGCAACCGCCTTCTTCGGATATGTCCTCCCATGAGGGCAAATATCATTCTGAGCTGCAACCGTAATTACCAACCTATTAACCGCCGTACCATACTTAGGCACAACCCTAACAACCTGGTTATGAGGAGGATTCGCAATCAATGATCCCACCCTCACACGATTTTTTGCACTACATTTCATCCTACCATTCGCAATCATCTCCATATCATCACTACACATCATCCTACTCCACGAAGAAGGATCTAGCAACCCACTAGGAACAAACCCAGACATCGACAAAATCCCATTCCACCCATACCACTCATACAAAGACCTACTCTTCCTGACCCTAATAATCCTATTTATACTCATCATCGTCTCATTCTTCCCTGATATCTTCAACGACCCAGACAACTTCTCAAAAGCCAATCCACTAGTTACACCCCAACACATTAAACCAGAGTGGTACTTCCTATTCGCCTATGGGATCCTACGATCCATCCCAAACAAACTAGGTGGCGCATTAGCCCTAGTAATATCAATCATAATCCTATTTATTATCCCATTCACACATACAGCCCACTTCCGCCCAATAACTTTCCGCCCACTATCACAACTAATGTTCTGAACACTAGTATCAACATTCATCACTATCACATGAGCCGCCACAAAACCAGTAGAACCTCCATATATCATCATTAGCCAAGTAACAGCAACACTATACTTTATCTTCTTCATCTCTATACCCCTCCTAGGATGAATTGAAAACAAAATAACAAACACCCCCTCCATAACACGGCAACACTAT--AGTTGCTC---GCCAAACCA?TACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAACCTAGAGGAGCCTGTCTAATAACCGATAACCCACGATTAATCCAACCACTTCTAGCCACCCAGTCTATATACCGCCGTCGCCAGCTCACCTTGCAAAAGAAACAAAGTGAACCAAATAGTCAT-ACACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAACTAATGAAGTGGACTATGATGGGCTACATTTTCTAATACAGACCATACGAATAAAGACATGAAACTTTCTTTTGAAGGTGGATTTAGCAGT?????????????????????????????????????TATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGTATTTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGTCAAACTGTCTCTTGTAATTAATCAATTAAACTGATCTTTCAGTACAAAAGCTGAAATACCCATATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTAACCTATT--AAACCTATTAATAACTACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAACAACATGAGCTATTCC-TCATAACAC--AGGCCAACAAGCCACTACAAGACCCAGTAACACTGACAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCCATCTTCTTTAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Python curtus"/>
?CCACAAAA-----------------------------------CCAT-----------------ATTAATYTT--CCCACCTATAAYTA-AACCCGAAATTCCCTATAAA--CACAACAAAAAATA-----CTCCTTCYTCGCCCCCCCCC-TACCCCCCCCCCAC-ATTT-AATATAAGAT------TCTGG--AATATACACACATCGTTAATTTCCATATTTTTT--ATGCTATGTATAATCTTACATTAATGGTTTGCCCCATGAATAATAAGCCGGAATTCCATATTAAATATTTTAGCCTAAAATTGCCTTAGTACCTAAAACT-AGTCCTTCCTCATTTTC-TGGTCGTTCAATGCTGCATGGATT--AATCA-TTCTTTAACAGATATGTCTATCC-TTGAT-CTAGTCGTCTCTCTTAACCTGGCG-CTTCCCGTGAAATCCTCTATCCTTTCATA-CATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCACATTT-GCTA-CCCCTCTTCTCTTGCTCTTTCCAAGGCCGCTGGTTACACTCTCAAGATCATCTCGACGGTCCGGAACCACCCCTCCATACTAGCCTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCCTTATA-TGGTACATTTTGCTTCATGTTCTGGTCACCTATGCTAGT-CAACCACTGGTTTCCCTTTTTTTCTCTGTACCTTTCATCTGACCACCATATATGCACACACACAGTTA????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTCGGTTCAATATTACTCACTTGCCTAGTCCTACAAGTACTAACCGGCTTCTTCCTAGCCGTCCACTACACAGCAAACATCAACCTAGCATTTTCCTCTATTATACACATCACCCGCGACGTCCCATACGGCTGAATAATACAAAACTTACACGCYATCGGCGCATCTATATTTTTCATCTGCATCTATATCCACATCGCACGAGGACTATATTACGGCTCCTATCTCAATAAAGAAACCTGAATGTCTGGCATTACACTCCTCATCACACTAATAGCAACCGCTTTTTTCGGATATGTCCTCCCATGAGGACAGATGTCATTCTGAGCCGCAACCGTAATCACCAATCTACTAACTGCTGTACCATACCTAGGCACAACCCTAACAACCTGATTATGAGGAGGGTTCGCAATCAACGACCCCACCCTCACACGATTCTTTGCACTACACTTCATCCTACCTTTCGCAATCATCTCTTTATCATCACTACACATTATTCTCCTTCATGAAGAAGGATCTAGCAATCCACTAGGAACCAACCCCGACATCGACAAAATCCCATTCCACCCATACCACTCTCACAAAGACTTCCTCCTACTCACACTATTAATCCTTTTCCTATTTATCATTGTCTCCTTCTTCCCAGACATTTTTAATGATCCAGATAACTTCTCAAAAGCTAACCCCCTTGTCACACCCCAACACATTAAACCAGAATGATACTTCTTATTCGCTTACGGAATCCTACGATCCATCCCAAACAAACTAGGTGGCGCATTAGCATTAGTAATATCAATCATAATCTTATTTACCATCCCATTCACACACACAGCCCATCTTCGCCCTATAACCTTCCGACCGTTCTCACAACTAATATTCTGAACACTAATCTCAACATTCATCACCATCACATGGGCCGCCACAAAACCAGTAGAACCCCCATATATTATCATCAGCCAAGCAACTGCAGCATTATACTTCACCTTCTTCATCTCTACACCCCTCCTGGGCTGAATAGAAAATAAAATAACAAACACTCCCT?CATAACACGGCAATACAA-----TTGCTC---GCCAAACCACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAGGACTTGACGGTACTTCACC--CAACCTAGAGGAGCCTGTCTAATAACCGATAACCCACGATTAATCCAACCACTTCTGGCCACCCAGTCTATATACCACCGTCGCCAGCTCACCTTGCAAAAGAAACAAAGTGAACAAAACAGTCATTACACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAACTAATGAAGTGGACTAAGATGGGCTACATTTTCTAATACAGACCACACGAATAAAGACATGAAACTGTTCTCTGAAGGCGGATTTAGCAGTAAGCTAAGGACACAATACTCAACTGAAACCACTGCAATATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGAACTCCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGCCAAACTGTCTCTTGTAATCAATCAATTAAACTGATCTCCCAGTACAAAAGCTGAGATACTCATATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACCAACCTATT--AAACCTAATAATAGCTACTTTCAGTTGGGGCGACTTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAACAACATGAGCAATTCC-TCATACCAC--AGGCCAACAAGCCACTACAAGACCCAGTAACACTGACAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCCATCTTCTTCAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGCGCAGCCGCTATTAAAGGKTCSTTTGTTCAACGATTAACAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Python regius"/>
?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTACCTCAAT----AAACCCAAACCCACTATAAAAATATAA-----------------CCCCCTCGGCCCCCCCCCTTCCCCCCCCC-ACTTACA---TAGGAGGA------TTTAG-ATATATACACATATTAGGATTTTCCCTATCTTTTC-ACCCTATGTATAATCTTACATTAATGGTTTGCCCCATGAATATTAAACCAGAATTTCCAATTAAATATTTTAACCTAAAATTGCCTTCGTACACTACACC-AGT---CCCTCATTTCT-TGGTCGTTCAATGCTGCACGGATTATAGTAC-TTATT-AATGCTCATGTCTATCC-TTGGT-CTAGTGGTGTCTCTTAGTTTAACA-CTTCCCGTGAAATCCTCTATCCTTTCATA-CATGCTAACCATTCGACTTCTCACGTCCACAAGT-GCTA-CCCCTCCTCTCTTGCTCTTTCCAAGACCGCTGGTTACACTCTCAAGATCATCTCGATGGTCCGGAACCACCCCTCCATACTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCTTTATA-TGGTACAATTCACCTCATGTTCTGATCAGCTATGCCAGT-CCACCACTGGTATCCCTTTTTT-CTCTCTCCCTTTCACCTGACTACCATATATGCACACACACAGTTAATGCCCCACCACTATATCCTAACCCTCTTCGGCCTTCTACCAGTAGCAACCAACATCTCAACATGATGAAACTTCGGCTCAATACTACTAACATGTCTAATGTTACAAGTACTTACCGGCTTCTTCCTAGCTGTCCACTATACAGCAAACATCAACCTAGCATTTTCATCCATTATCCATATTACCCGTGACGTCCCCTACGGCTGACTAATACAAAACCTACACGCCATCGGCGCATCGATATTCTTTATCTGCATCTACATTCACATCGCACGAGGACTATACTACGGCTCCCACCTCAATAAAGAAACCTGGATATCAGGTATTACACTTCTCATCACACTGATGGCAACCGCCTTCTTCGGGTATGTACTCCCATGAGGACAAATATCCTTCTGAGCCGCAACAGTAATTACCAACCTACTCACTGCTGTACCGTACCTAGGCGCAACCATAACCACCTGATTATGAGGAGGGTTCGCAATCAACGACCCCACCCTTACACGATTTTTCGCACTACACTTCATCCTACCATTCGAGATTATTTCCCTGTCATCATTACACATTATTTTACTTCACGAAGAAGGATCTAGCAACCCACTAGGAACCAACCCAGACATCGACAAAATCCCATTCCACCCGTATCACTCATACAAAGACCTCCTACTACTAACACTAATACTACTAACACTTATAATCACCGTCTCCTTCTTCCCAGATATCTTCAACGACCCAGACAACTTCTCAAAAGCCAACCCATTAGTCACCCCCCAACACATTAAACCAGAGTGATACTTCCTATTCGCCTATGGCATCCTACGATCAATCCGAAATAAGCTTGGAGGGGCCTTAGCTCTAGTAATATCAATTATAATTATACTAACAGCCCCACTCACACACACAGCCCACCTCCGCCCAATAACCTTCCGACCACTTTCACAACTAATATTTTGAACCCTAATTTCAACATTCATTACCATTACATGAGCCGCCATAAAACCAGTAGAACCCCCATACATCATTATCAGCCAAACAACTTCAACACTATACTTCACCTTCTTTATCTCAACACCCATCCTAGGGTGAGTT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGAATTTCTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTATTAATTGTAGACCAGTATGAA?GGCCACATGAAAGTCAAACTGTCTCTTGTAATTAATCAATTAAACTGATCTCCCAGTACAAAAGSTGGAATATCCATATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTAACTTATT--AAACCCASTAATAACTACTTTCAGTTGGGGCRACTTTGGAACAAAACAAAACTTCCAAAYAAYATGAATAATCCC-TCATACCAT--AGGCCAACAAGCCACCACAAGACCCAGTAACACTGACANTTGANCCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCCATCTTCTTTAARASCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCA?ATGG?????????????????????????????????????????????
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Candoia aspera"/>
?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AAA----CTA-------------------------CT-CTCTGG-GACCCCCCCC-TACCCCCCCC--AGATAAACTATACTAAAATTTACCTGAGTACACTATGTAAATATTGTACATTAGTCTATATTTC--ATGCTATGTATAATCATACATTAATGATCTGCCCCATGGATAATAAGCAGGAATTTCCCTATTAATATTTCAGCCTATTAATGCCTTAGTACAGTCAGTGTGTC---ACCACATCAT--GGGTCGTTTTATGCAGCAAGGATTA-ACTA--TTATT-GGTAATCATGCCTATCC--TGATCCAAGTTGTC-CTCTTAATCTACCTA-CTCACGTGAAATCCTCTATCCTTCCAAGAATGGCTAACAGTCCTGCTTTTCACGTCCATATAT-GCTA-CCCCTCCTTTATTGCACTTTCCAAGGCCACTGGTTACTCTTTCAAGTCCATCTCAACGGTCCGGAACCATCCCTCTATACTAGCTTTTTCCAAGACCTTTGGTCGCACCCTTTATATTGGCGCAC-TGATCTCATGATCTGATCACCTATGCCAGTTCAACCACTGGTAACCTTTTTTT-CTCTCTACCTTTCACCTGACACCCATATAT-----------GTTGATGCCCCACCAACAAATACTAATTCTATTTGGACTACTACCAGTAGCTACTAACATTTCAACATGATGAAACTTCGGATCAATATTACTAACCTGTTCAGCATTACAAGTAATAACAGGATTCTCCTTATCAATACATTACACAGCAAATATTAACCTAGCATTCTGCTCCATTATCCATATTACACGAGACGTCCCACATGGATGAGTAATACAAAACCTACACGCCATCGGAGCATCGATATTTTTTATCTGTATCTACATATATATTGCACGAGGACTATACTATGGCTCGTACTTAAACAAAGAGACATGACTATCAGGCACCACACTACTAATCATACTTATAGCAACCGCATTCTTCGGATATGTACTACCATGAGGCCAAATATCATTCTGAGCAGCAACTGTTATCACTAATCTACTAACTGCAATTCCATACCTTGGAACTACAATGACAACTTGACTATGAGGCGGATTCGCAATCAACGATCCAACCCTGACCCGATTCTTTGCACTACACTTCATTCTACCATTCGGAATTATTTCAGTATCATCAATTCATATTATACTTCTGCACGAAGACGGATCAGGCAACCCATTAGGAACCAACTCAGACATTGATAAAATTCCATTCCATCCATACCACACATATAAAGATATTTTAATAATCTCAATTATAATTATTACACTACTACTAACCGTATCATTCTTCCCTGACATTATAAATGACCCAGAAAACTTCTCAAAAGCTAACCCTCTTGTCACACCACAACACATTAAACCAGAATGATATTTCTTATTTGCCTACGGAATTCTACGATCAATCCCAAACAAGCTCGGAGGGGCCCTAGCCCTAGTAATATCAATCATAATTCTATTCACCATGCCATTCACACACACATCACCTATACGATCACTAACATTCCGACCATTAATACAATTTATATTCTGAACATTAGTGGCAACATTCGTAATCATCACCTGAACCGCCACAAAACCTGTAGAACCACCATTCACTACCATCAGCCAAGTAGCATCAATTATCTACTTCACATTCTTCATATCTAACCCAATCCTAGGGTGACTTGAAAATAAAATTACAAAACACAACTACAAGGCAGATAAATACAA---AACTGCTC---GCCAAATTACTACGAGTGAAAACTTAAAACTTAAAAGACTTGACGGTACTTCACACTCAACCTAGAGGAGCCTGTCTAATAACCGATAATCCACGATTAACCCAACCACTCCTGGCCCCACAGCCTATATACCGCCGTCGCCAGCCCACCTTGTGAAAGAAACTAAGTGGACAAAACAG-CATCACACTAACACGACAGGTCGAGGTGTAGCATATGAAGTGGTCAAAGATGGGCTACATTTTCTAACTTAGACCAAACGAACAAGACAATGAAATAAACCTTTAAAGGCGGATTTAGTAGTAAGATGAGAACACAATACTCAACTGATACAAATGCAATATTAAAGGCAATGCCTGCCCAGTGAGAATATCTTTAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGTCTACTAATTATAGACCAGTATGAAAGGCCACATGAGAGCCAAACTGTCTCTTATAGTTAATCAATTAAACTGATCTACTAGTACAAAAGCTAGAATAAACATATAAGACCAGAAGACCCTGTGAAGCTTAAACTAACCTATT--AAACCAACTAATAGCTACTTTAGGTTGGGGCGACCTTGGAACAAAACAGAACTTCCAAATAAAATGAGCTATAAC-TCATACAAC--AGACCAACAAGCCAATTTACGACCCAGTATAACTGACAATTGAACCAAGTTACTCCAGGGATAACAGCGCTATCTTCTTTAAGAGCCCATATCAAAAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGTGCAGAAGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACAGTCCT
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Morelia nauta"/>
????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CCACTACATCTTAACCTTATTTGGCCTCCTACCGGTAGCAACCAACATTTCAACATGATGAAACTTCGGCTCAATACTACTAACATGCCTAGCGCTACAAGTACTAACCGGCTTCTTCCTAGCCGTACACTACACAGCGAACATTAACCTAGCATTTTCATCCATCATCCACATTACCCGAAACGTCCCATATGGCTGAATAATACAGAACCTACACGCTATCGGAGCATCCATATTCTTCATCTGCATTTACATCCACATCGCACGAGGACTATACTACGGATCATACCTAAACAAAGAAACCTGAATATCCGGCATCACCCTGCTCATCACACTAATAGCAACTGCCTTCTTCGGATACGTCCTCCCATGAGGACAAATATCATTCTGAGCCGCAACCGTAATTACAAACCTACTTACCGCTATTCCTTACCTAGGCACATCACTGACAACCTGACTTTGAGGCGGATTCGCAATCAACGACCCCACCTTAACACGTTTTTTCGCATTACACTTCATCCTACCATTCGCAATCATCTCCTTATCCTCACTACACATCATCCTACTTCACGAAGAAGGCTCTAGCAACCCATTAGGAACCAACCCAGACATTGACAAAATCCCGTTCCACCCATACCACACCTACAAAGACCTCCTCTTACTAACACTAATAATCCTGTTCCTATTCATCATCGTTTCATTCTTCCCTGATATC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Morelia clastolepis"/>
????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CCACTACATCTTAACCCTATTTGGCCTCCTACCAGTAGCAACCAACATTTCAACATGATGAAACTTCGGCTCAATACTACTAACATGCCTAGCACTACAAGTACTAACCGGCTTCTTCCTAGCCGTACACTACACAGCGAACATTAACCTAGCATTCTCATCCATCATCCACATTACCCGAGACGTCCCATATGGCTGAATAATACAAAACCTACACGCTATCGGAGCATCCATATTCTTCATTTGCATTTACATTCACATCGCACGAGGACTATACTACGGATCTTACCTAAACAAAGAAACCTGAATATCCGGCATCACCCTGCTCATCACACTAATAGCAACTGCCTTCTTCGGATACGTCCTCCCATGAGGACAAATATCATTCTGAGCCGCAACCGTAATTACAAACCTACTTACCGCTATTCCTTACCTAGGCACATCACTGACAACCTGACTTTGAGGCGGATTCGCAATCAACGACCCCACCCTTACACGTTTTTTCGCATTACACTTCATCCTACCATTCGCAATCATCTCCTTATCCTCACTACACGTCATCCTACTACACGAAGAAGGCTCTAGCAACCCATTAGGAACCAACCCAGACATTGACAAAATCCCGTTCCACCCATACCACACCTACAAAGACCTCCTCTTACTAACACTAATAGTCCTGTTCCTATTCATCATCGTTTCATTCTTCCCTGATATC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Morelia tracyae"/>
????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CCACTACATCCTAACCCTATTTGGCCTCCTACCAGTAGCAACCAACATTTCAACATGATGAAACTTCGGCTCAATACTACTAACATGTCTAGCTCTACAAGTACTAACCGGCTTCTTTCTAGCCGTACACTACACAGCAAACATTAACCTAGCATTTTCATCCATCATTCACATTACCCGAGACGTCCCATACGGCTGAATAATACAAAATCTACACGCTATCGGAGCATCCATATTCTTCATTTGCATTTACATCCACATCGCACGAGGACTATACTACGGATCTTACCTAAACAAAGAAACTTGAATATCAGGCATTACCCTACTCATCACACTAATAGCAACTGCCTTCTTTGGATACGTCCTCCCATGAGGACAAATATCATTCTGAGCCGCAACCGTAATTACAAACCTACTTACCGCCATCCCATACCTAGGCACATCTCTAACAACCTGACTTTGAGGCGGATTCGCAATTAACGACCCTACCCTAACACGCTTTTTCGCATTACACTTCATCCTACCATTCGCAATCATTTCCCTATCCTCACTACACATCATTCTACTCCACGAAGAAGGTTCTAGCAACCCATTAGGAACCAACCCAGACATTGACAAAATCCCATTCCATCCGTACCACTCCCACAAAGACCTCCTTTTACTAACACTAATAATCTTATTTCTATTCATCATCGTTTCATTCTTTCCTGATATT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
</sequence>
<sequence>
<taxon idref="Morelia kinghorni"/>
????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CCACTACATCTTAACCTTATTTGGCCTCCTACCAGTAGCAACCAACATTTCAACATGATGAAACTCCGGCTCAATACTACTAACATGTCTAGCACTACAAGTACTAACCGGCTTCTCCCTAGCTGTACACTACACAGCGAACATTAACCTAGCATTTTCATCCATCATCCACATTACCCGAGACGTCCCATATGGCTGAATAATACAGAACCTACACGCTATCGGAGCATCCATATTCTTCATCTGCATTTACATCCACATCGCACGAGGACTATACTACGGATCATACCTAAACAAAGAAACCTGAATATCCGGCATCACCCTGCTCATCACACTAATAGCAACTGCCTTCTTCGGATACGTTCTCCCATGAGGACAAATATCATTCTGAGCCGCAACCGTAATTACAAACCTACTTACCGCTATTCCTTACCTAGGCACATCACTGACAACCTGACTTTGAGGCGGATTCGCAATCAACGACCCCACCCTAACACGTTTTTTCGCATTACACTTCATCCTACCATTCGCAATCATCTCCTTATCCTCACTACACGTCATCCTACTACACGAAGAAGGCTCTAGCAACCCATTAGGAACCAACCCAGACATTGACAAAATCCCGTTCCACCCATACCACACCTACAAAGACCTCCTCTTACTAACACTAATAGTCCTGTTCCTATTCATCATCGTTTCATTCTTCCCTGATATT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
</sequence>
</alignment>
<!-- The unique patterns from 1 to end -->
<!-- npatterns=1216 -->
<patterns id="patterns" from="1">
<alignment idref="alignment"/>
</patterns>
<!-- A prior assumption that the population size has remained constant -->
<!-- throughout the time spanned by the genealogy. -->
<constantSize id="constant" units="substitutions">
<populationSize>
<parameter id="constant.popSize" value="94.0" lower="0.0" upper="Infinity"/>
</populationSize>
</constantSize>
<!-- Generate a random starting tree under the coalescent process -->
<!-- Has calibration -->
<coalescentTree id="startingTree">
<constrainedTaxa>
<taxa idref="taxa"/>
<tmrca monophyletic="false">
<taxa idref="oenpelliensis_spilota_split"/>
</tmrca>
</constrainedTaxa>
<constantSize idref="constant"/>
</coalescentTree>
<!-- Generate a tree model -->
<treeModel id="treeModel">
<coalescentTree idref="startingTree"/>
<rootHeight>
<parameter id="treeModel.rootHeight"/>
</rootHeight>
<nodeHeights internalNodes="true">
<parameter id="treeModel.internalNodeHeights"/>
</nodeHeights>
<nodeHeights internalNodes="true" rootNode="true">
<parameter id="treeModel.allInternalNodeHeights"/>
</nodeHeights>
</treeModel>
<!-- Generate a coalescent likelihood -->
<coalescentLikelihood id="coalescent">
<model>
<constantSize idref="constant"/>
</model>
<populationTree>
<treeModel idref="treeModel"/>
</populationTree>
</coalescentLikelihood>
<!-- The uncorrelated relaxed clock (Drummond, Ho, Phillips & Rambaut, 2006) -->
<discretizedBranchRates id="branchRates">
<treeModel idref="treeModel"/>
<distribution>
<logNormalDistributionModel meanInRealSpace="true">
<mean>
<parameter id="ucld.mean" value="0.0010" lower="0.0" upper="Infinity"/>
</mean>
<stdev>
<parameter id="ucld.stdev" value="0.1" lower="0.0" upper="Infinity"/>
</stdev>
</logNormalDistributionModel>
</distribution>
<rateCategories>
<parameter id="branchRates.categories" dimension="64"/>
</rateCategories>
</discretizedBranchRates>
<rateStatistic id="meanRate" name="meanRate" mode="mean" internal="true" external="true">
<treeModel idref="treeModel"/>
<discretizedBranchRates idref="branchRates"/>
</rateStatistic>
<rateStatistic id="coefficientOfVariation" name="coefficientOfVariation" mode="coefficientOfVariation" internal="true" external="true">
<treeModel idref="treeModel"/>
<discretizedBranchRates idref="branchRates"/>
</rateStatistic>
<rateCovarianceStatistic id="covariance" name="covariance">
<treeModel idref="treeModel"/>
<discretizedBranchRates idref="branchRates"/>
</rateCovarianceStatistic>
<!-- The HKY substitution model (Hasegawa, Kishino & Yano, 1985) -->
<HKYModel id="hky">
<frequencies>
<frequencyModel dataType="nucleotide">
<frequencies>
<parameter id="frequencies" value="0.25 0.25 0.25 0.25"/>
</frequencies>
</frequencyModel>
</frequencies>
<kappa>
<parameter id="kappa" value="1.0" lower="0.0" upper="Infinity"/>
</kappa>
</HKYModel>
<!-- site model -->
<siteModel id="siteModel">
<substitutionModel>
<HKYModel idref="hky"/>
</substitutionModel>
<gammaShape gammaCategories="4">
<parameter id="alpha" value="0.5" lower="0.0" upper="1000.0"/>
</gammaShape>
</siteModel>
<treeLikelihood id="treeLikelihood" useAmbiguities="false">
<patterns idref="patterns"/>
<treeModel idref="treeModel"/>
<siteModel idref="siteModel"/>
<discretizedBranchRates idref="branchRates"/>
</treeLikelihood>
<tmrcaStatistic id="tmrca(oenpelliensis_spilota_split)">
<mrca>
<taxa idref="oenpelliensis_spilota_split"/>
</mrca>
<treeModel idref="treeModel"/>
</tmrcaStatistic>
<!-- Define operators -->
<operators id="operators">
<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="0.1">
<parameter idref="kappa"/>
</scaleOperator>
<deltaExchange delta="0.01" weight="0.1">
<parameter idref="frequencies"/>
</deltaExchange>
<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="0.1">
<parameter idref="alpha"/>
</scaleOperator>
<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
<parameter idref="ucld.mean"/>
</scaleOperator>
<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
<parameter idref="ucld.stdev"/>
</scaleOperator>
<subtreeSlide size="9.4" gaussian="true" weight="15">
<treeModel idref="treeModel"/>
</subtreeSlide>
<narrowExchange weight="15">
<treeModel idref="treeModel"/>
</narrowExchange>
<wideExchange weight="3">
<treeModel idref="treeModel"/>
</wideExchange>
<wilsonBalding weight="3">
<treeModel idref="treeModel"/>
</wilsonBalding>
<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
<parameter idref="treeModel.rootHeight"/>
</scaleOperator>
<uniformOperator weight="30">
<parameter idref="treeModel.internalNodeHeights"/>
</uniformOperator>
<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
<parameter idref="constant.popSize"/>
</scaleOperator>
<upDownOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
<up>
<parameter idref="ucld.mean"/>
</up>
<down>
<parameter idref="treeModel.allInternalNodeHeights"/>
</down>
</upDownOperator>
<swapOperator size="1" weight="10" autoOptimize="false">
<parameter idref="branchRates.categories"/>
</swapOperator>
<randomWalkIntegerOperator windowSize="1" weight="10">
<parameter idref="branchRates.categories"/>
</randomWalkIntegerOperator>
<uniformIntegerOperator weight="10">
<parameter idref="branchRates.categories"/>
</uniformIntegerOperator>
</operators>
<!-- Define MCMC -->
<mcmc id="mcmc" chainLength="10000000" autoOptimize="true">
<posterior id="posterior">
<prior id="prior">
<normalPrior mean="25.0" stdev="3.0">
<statistic idref="tmrca(oenpelliensis_spilota_split)"/>
</normalPrior>
<gammaPrior shape="0.05" scale="40.0" offset="0.0">
<parameter idref="kappa"/>
</gammaPrior>
<oneOnXPrior>
<parameter idref="constant.popSize"/>
</oneOnXPrior>
<coalescentLikelihood idref="coalescent"/>
</prior>
<likelihood id="likelihood">
<treeLikelihood idref="treeLikelihood"/>
</likelihood>
</posterior>
<operators idref="operators"/>
<!-- write log to screen -->
<log id="screenLog" logEvery="10000">
<column label="Posterior" dp="4" width="12">
<posterior idref="posterior"/>
</column>
<column label="Prior" dp="4" width="12">
<prior idref="prior"/>
</column>
<column label="Likelihood" dp="4" width="12">
<likelihood idref="likelihood"/>
</column>
<column label="rootHeight" sf="6" width="12">
<parameter idref="treeModel.rootHeight"/>
</column>
<column label="ucld.mean" sf="6" width="12">
<parameter idref="ucld.mean"/>
</column>
</log>
<!-- write log to file -->
<log id="fileLog" logEvery="10000" fileName="pythonidae-beast-calibrated.log">
<posterior idref="posterior"/>
<prior idref="prior"/>
<likelihood idref="likelihood"/>
<parameter idref="treeModel.rootHeight"/>
<tmrcaStatistic idref="tmrca(oenpelliensis_spilota_split)"/>
<parameter idref="constant.popSize"/>
<parameter idref="kappa"/>
<parameter idref="frequencies"/>
<parameter idref="alpha"/>
<parameter idref="ucld.mean"/>
<parameter idref="ucld.stdev"/>
<rateStatistic idref="meanRate"/>
<rateStatistic idref="coefficientOfVariation"/>
<rateCovarianceStatistic idref="covariance"/>
<treeLikelihood idref="treeLikelihood"/>
<coalescentLikelihood idref="coalescent"/>
</log>
<!-- write tree log to file -->
<logTree id="treeFileLog" logEvery="10000" nexusFormat="true" fileName="pythonidae-beast-calibrated.trees" sortTranslationTable="true">
<treeModel idref="treeModel"/>
<discretizedBranchRates idref="branchRates"/>
<posterior idref="posterior"/>
</logTree>
</mcmc>
<report>
<property name="timer">
<mcmc idref="mcmc"/>
</property>
</report>
</beast>
|
