1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
|
Supplemental results for CODEML (seqf: algn treef: tree)
dN/dS (w) for site classes (K=3)
p: 0.98794 0.00000 0.01206
w: 0.09887 1.00000178.86147
Naive Empirical Bayes (NEB) probabilities for 3 classes & postmean_w & P(w>1)
(amino acids refer to 1st sequence: Gorilla_gorilla)
1 M 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
2 A 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
3 R 0.99997 0.00000 0.00003 ( 1) 0.104 0.000
4 Y 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
5 R 0.99999 0.00000 0.00001 ( 1) 0.101 0.000
6 C 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
7 C 0.99999 0.00000 0.00001 ( 1) 0.100 0.000
8 R 0.99998 0.00000 0.00002 ( 1) 0.102 0.000
9 S 0.99997 0.00000 0.00003 ( 1) 0.104 0.000
10 Q 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
11 S 0.99997 0.00000 0.00003 ( 1) 0.104 0.000
12 R 0.99896 0.00000 0.00104 ( 1) 0.284 0.001
13 S 0.99997 0.00000 0.00003 ( 1) 0.104 0.000
14 R 0.99999 0.00000 0.00001 ( 1) 0.101 0.000
15 C 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
16 Y 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
17 R 0.99976 0.00000 0.00024 ( 1) 0.142 0.000
18 Q 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
19 S 0.99534 0.00000 0.00466 ( 1) 0.932 0.005
20 R 0.99998 0.00000 0.00002 ( 1) 0.102 0.000
21 S 0.99997 0.00000 0.00003 ( 1) 0.104 0.000
22 R 0.99992 0.00000 0.00008 ( 1) 0.113 0.000
23 C 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
24 Y 0.99998 0.00000 0.00002 ( 1) 0.103 0.000
25 R 0.99976 0.00000 0.00024 ( 1) 0.142 0.000
26 Q 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.100 0.000
27 R 0.99971 0.00000 0.00029 ( 1) 0.151 0.000
28 Q 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
29 S 0.99997 0.00000 0.00003 ( 1) 0.104 0.000
30 Q 0.99997 0.00000 0.00003 ( 1) 0.105 0.000
31 S 0.99986 0.00000 0.00014 ( 1) 0.123 0.000
32 R 0.99998 0.00000 0.00002 ( 1) 0.102 0.000
33 S 0.99880 0.00000 0.00120 ( 1) 0.313 0.001
34 R 0.99942 0.00000 0.00058 ( 1) 0.202 0.001
35 C 0.99996 0.00000 0.00004 ( 1) 0.106 0.000
36 Y 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
37 R 0.99976 0.00000 0.00024 ( 1) 0.142 0.000
38 Q 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
39 S 0.99997 0.00000 0.00003 ( 1) 0.104 0.000
40 Q 0.99997 0.00000 0.00003 ( 1) 0.105 0.000
41 S 0.99534 0.00000 0.00466 ( 1) 0.932 0.005
42 R 0.99998 0.00000 0.00002 ( 1) 0.102 0.000
43 S 0.99997 0.00000 0.00003 ( 1) 0.104 0.000
44 R 0.99992 0.00000 0.00008 ( 1) 0.113 0.000
45 C 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
46 Y 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
47 R 0.99976 0.00000 0.00024 ( 1) 0.142 0.000
48 Q 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.100 0.000
49 R 0.99999 0.00000 0.00001 ( 1) 0.101 0.000
50 Q 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
51 R 0.99999 0.00000 0.00001 ( 1) 0.101 0.000
52 S 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
53 R 0.99921 0.00000 0.00079 ( 1) 0.240 0.001
54 R 0.99999 0.00000 0.00001 ( 1) 0.101 0.000
55 R 0.99975 0.00000 0.00025 ( 1) 0.143 0.000
56 R 0.99997 0.00000 0.00003 ( 1) 0.104 0.000
57 R 0.99800 0.00000 0.00200 ( 1) 0.456 0.002
58 R 0.99883 0.00000 0.00117 ( 1) 0.307 0.001
59 S 0.99852 0.00000 0.00148 ( 1) 0.364 0.001
60 C 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
61 Q 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
62 T 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
63 R 0.99998 0.00000 0.00002 ( 1) 0.102 0.000
64 R 0.99997 0.00000 0.00003 ( 1) 0.104 0.000
65 R 0.99999 0.00000 0.00001 ( 1) 0.101 0.000
66 A 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
67 M 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
68 R 0.99997 0.00000 0.00003 ( 1) 0.104 0.000
69 C 0.99997 0.00000 0.00003 ( 1) 0.105 0.000
70 C 0.99703 0.00000 0.00297 ( 1) 0.631 0.003
71 R 0.99998 0.00000 0.00002 ( 1) 0.102 0.000
72 R 0.99998 0.00000 0.00002 ( 1) 0.102 0.000
73 R 0.99997 0.00000 0.00003 ( 1) 0.104 0.000
74 Y 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
75 R 0.99993 0.00000 0.00007 ( 1) 0.112 0.000
76 L 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
77 R 0.99997 0.00000 0.00003 ( 1) 0.104 0.000
78 R 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
79 R 0.99731 0.00000 0.00269 ( 1) 0.580 0.003
80 R 0.98844 0.00000 0.01156 ( 1) 2.166 0.012
81 P 0.00004 0.00000 0.99996 ( 3) 178.855 1.000
82 Y 0.99998 0.00000 0.00002 ( 1) 0.102 0.000
83 H 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
84 I 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
85 V 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
86 S 1.00000 0.00000 0.00000 ( 1) 0.099 0.000
Positively selected sites
Prob(w>1) mean w
81 P 1.000** 178.855
lnL = -517.824749
Bayes Empirical Bayes (BEB) probabilities for 3 classes (class) & postmean_w
(amino acids refer to 1st sequence: Gorilla_gorilla)
1 M 0.96652 0.03140 0.00208 ( 1) 0.110 +- 0.219
2 A 0.93808 0.04936 0.01255 ( 1) 0.183 +- 0.657
3 R 0.97548 0.02272 0.00180 ( 1) 0.103 +- 0.238
4 Y 0.97644 0.02259 0.00097 ( 1) 0.098 +- 0.164
5 R 0.96923 0.02829 0.00248 ( 1) 0.110 +- 0.268
6 C 0.98706 0.01251 0.00043 ( 1) 0.088 +- 0.131
7 C 0.98074 0.01825 0.00102 ( 1) 0.095 +- 0.182
8 R 0.97875 0.01974 0.00151 ( 1) 0.099 +- 0.224
9 S 0.98350 0.01555 0.00094 ( 1) 0.093 +- 0.185
10 Q 0.97775 0.02131 0.00093 ( 1) 0.097 +- 0.165
11 S 0.98350 0.01555 0.00094 ( 1) 0.093 +- 0.185
12 R 0.96174 0.03249 0.00577 ( 1) 0.135 +- 0.484
13 S 0.98350 0.01555 0.00094 ( 1) 0.093 +- 0.185
14 R 0.96923 0.02829 0.00248 ( 1) 0.110 +- 0.268
15 C 0.97271 0.02545 0.00184 ( 1) 0.105 +- 0.228
16 Y 0.97217 0.02641 0.00142 ( 1) 0.103 +- 0.190
17 R 0.97290 0.02368 0.00342 ( 1) 0.115 +- 0.379
18 Q 0.97775 0.02131 0.00093 ( 1) 0.097 +- 0.165
19 S 0.74208 0.19856 0.05935 ( 1) 0.594 +- 1.498
20 R 0.96411 0.03114 0.00475 ( 1) 0.126 +- 0.407
21 S 0.98350 0.01555 0.00094 ( 1) 0.093 +- 0.185
22 R 0.97123 0.02616 0.00262 ( 1) 0.110 +- 0.296
23 C 0.96712 0.03068 0.00219 ( 1) 0.110 +- 0.233
24 Y 0.73374 0.23721 0.02905 ( 1) 0.399 +- 0.757
25 R 0.97290 0.02368 0.00342 ( 1) 0.115 +- 0.379
26 Q 0.97703 0.02193 0.00105 ( 1) 0.098 +- 0.175
27 R 0.97113 0.02559 0.00329 ( 1) 0.114 +- 0.355
28 Q 0.97092 0.02715 0.00193 ( 1) 0.106 +- 0.231
29 S 0.98350 0.01555 0.00094 ( 1) 0.093 +- 0.185
30 Q 0.97404 0.02445 0.00152 ( 1) 0.102 +- 0.210
31 S 0.97567 0.02227 0.00206 ( 1) 0.104 +- 0.271
32 R 0.96411 0.03114 0.00475 ( 1) 0.126 +- 0.407
33 S 0.77054 0.19899 0.03047 ( 1) 0.402 +- 0.971
34 R 0.70058 0.24616 0.05327 ( 1) 0.557 +- 1.238
35 C 0.97507 0.02335 0.00158 ( 1) 0.102 +- 0.216
36 Y 0.97217 0.02641 0.00142 ( 1) 0.103 +- 0.190
37 R 0.97290 0.02368 0.00342 ( 1) 0.115 +- 0.379
38 Q 0.97775 0.02131 0.00093 ( 1) 0.097 +- 0.165
39 S 0.98350 0.01555 0.00094 ( 1) 0.093 +- 0.185
40 Q 0.97401 0.02447 0.00152 ( 1) 0.102 +- 0.210
41 S 0.74208 0.19856 0.05935 ( 1) 0.594 +- 1.498
42 R 0.96411 0.03114 0.00475 ( 1) 0.126 +- 0.407
43 S 0.98350 0.01555 0.00094 ( 1) 0.093 +- 0.185
44 R 0.97123 0.02616 0.00262 ( 1) 0.110 +- 0.296
45 C 0.96712 0.03068 0.00219 ( 1) 0.110 +- 0.233
46 Y 0.97644 0.02259 0.00097 ( 1) 0.098 +- 0.164
47 R 0.97290 0.02368 0.00342 ( 1) 0.115 +- 0.379
48 Q 0.97703 0.02193 0.00105 ( 1) 0.098 +- 0.175
49 R 0.96923 0.02829 0.00248 ( 1) 0.110 +- 0.268
50 Q 0.97092 0.02715 0.00193 ( 1) 0.106 +- 0.231
51 R 0.96923 0.02829 0.00248 ( 1) 0.110 +- 0.268
52 S 0.97298 0.02548 0.00154 ( 1) 0.103 +- 0.205
53 R 0.97073 0.02569 0.00359 ( 1) 0.118 +- 0.393
54 R 0.96923 0.02829 0.00248 ( 1) 0.110 +- 0.268
55 R 0.93815 0.04692 0.01493 ( 1) 0.203 +- 0.786
56 R 0.97548 0.02272 0.00180 ( 1) 0.103 +- 0.238
57 R 0.96427 0.02869 0.00704 ( 1) 0.141 +- 0.554
58 R 0.95417 0.03437 0.01145 ( 1) 0.175 +- 0.721
59 S 0.75845 0.20578 0.03576 ( 1) 0.439 +- 1.066
60 C 0.98706 0.01251 0.00043 ( 1) 0.088 +- 0.131
61 Q 0.97775 0.02131 0.00093 ( 1) 0.097 +- 0.165
62 T 0.95364 0.04119 0.00517 ( 1) 0.132 +- 0.362
63 R 0.96411 0.03114 0.00475 ( 1) 0.126 +- 0.407
64 R 0.97548 0.02272 0.00180 ( 1) 0.103 +- 0.238
65 R 0.96923 0.02829 0.00248 ( 1) 0.110 +- 0.268
66 A 0.93808 0.04936 0.01255 ( 1) 0.183 +- 0.657
67 M 0.96652 0.03140 0.00208 ( 1) 0.110 +- 0.219
68 R 0.97548 0.02272 0.00180 ( 1) 0.103 +- 0.238
69 C 0.98364 0.01565 0.00071 ( 1) 0.092 +- 0.158
70 C 0.70111 0.23643 0.06246 ( 1) 0.621 +- 1.436
71 R 0.97875 0.01974 0.00151 ( 1) 0.099 +- 0.224
72 R 0.97875 0.01974 0.00151 ( 1) 0.099 +- 0.224
73 R 0.97548 0.02272 0.00180 ( 1) 0.103 +- 0.238
74 Y 0.97644 0.02259 0.00097 ( 1) 0.098 +- 0.164
75 R 0.97178 0.02547 0.00274 ( 1) 0.110 +- 0.307
76 L 0.95663 0.03912 0.00425 ( 1) 0.126 +- 0.321
77 R 0.96948 0.02761 0.00291 ( 1) 0.112 +- 0.305
78 R 0.95579 0.03866 0.00555 ( 1) 0.134 +- 0.411
79 R 0.58948 0.26683 0.14369 ( 1) 1.151 +- 2.197
80 R 0.47719 0.33503 0.18778 ( 1) 1.483 +- 2.457
81 P 0.00015 0.03692 0.96293 ( 3) 6.614 +- 2.783
82 Y 0.96693 0.03068 0.00239 ( 1) 0.111 +- 0.245
83 H 0.97787 0.02106 0.00107 ( 1) 0.097 +- 0.179
84 I 0.95125 0.04219 0.00657 ( 1) 0.142 +- 0.442
85 V 0.93085 0.05164 0.01751 ( 1) 0.219 +- 0.830
86 S 0.93237 0.05137 0.01626 ( 1) 0.210 +- 0.784
Positively selected sites
Prob(w>1) mean w
81 P 0.963* 6.614 +- 2.783
|
