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import pymongo
import pytest
from pymongo.errors import DocumentTooLarge, OperationFailure
from maggma.stores import GridFSStore, MemoryStore, MongoStore
from maggma.stores.shared_stores import MultiStore, StoreFacade
from maggma.validators import JSONSchemaValidator
@pytest.fixture()
def mongostore():
store = MongoStore("maggma_test", "test")
store.connect()
yield store
store._collection.drop()
@pytest.fixture()
def gridfsstore():
store = GridFSStore("maggma_test", "test", key="task_id")
store.connect()
yield store
store._files_collection.drop()
store._chunks_collection.drop()
@pytest.fixture()
def multistore():
return MultiStore()
@pytest.fixture()
def memorystore():
store = MemoryStore()
store.connect()
return store
def test_add_stores(multistore, mongostore, gridfsstore):
# Should be empty at the start
assert multistore.count_stores() == 0
multistore.ensure_store(mongostore)
assert multistore.count_stores() == 1
assert multistore.get_store_index(mongostore) == 0
# Attempting to reinsert this store should do nothing
multistore.ensure_store(mongostore)
assert multistore.count_stores() == 1
# Make a copy of the mongostore and it should still do nothing
temp_mongostore = MongoStore.from_dict(mongostore.as_dict())
multistore.ensure_store(temp_mongostore)
assert multistore.count_stores() == 1
assert multistore.get_store_index(temp_mongostore) == 0
# Add this copy again, but don't use ensure_store
# This tests the case in which a prior thread added
# the store, but this current process was already
# waiting for the lock acquisition
multistore.add_store(temp_mongostore)
assert multistore.count_stores() == 1
# Add the GridFSStore to the MultiStore()
multistore.ensure_store(gridfsstore)
assert multistore.count_stores() == 2
assert multistore.get_store_index(gridfsstore) == 1
# Add something that isn't a store
class DummyObject:
def __init__(self, a: int):
self.a = a
with pytest.raises(TypeError):
multistore.ensure_store(DummyObject(1))
def test_store_facade(multistore, mongostore, gridfsstore):
StoreFacade(mongostore, multistore)
assert multistore.count_stores() == 1
assert multistore.get_store_index(mongostore) == 0
StoreFacade(gridfsstore, multistore)
assert multistore.count_stores() == 2
assert multistore.get_store_index(gridfsstore) == 1
def test_multistore_query(multistore, mongostore, memorystore):
memorystore_facade = StoreFacade(memorystore, multistore)
mongostore_facade = StoreFacade(mongostore, multistore)
temp_mongostore_facade = StoreFacade(MongoStore.from_dict(mongostore.as_dict()), multistore)
memorystore_facade._collection.insert_one({"a": 1, "b": 2, "c": 3})
assert memorystore_facade.query_one(properties=["a"])["a"] == 1
assert memorystore_facade.query_one(properties=["a"])["a"] == 1
assert memorystore_facade.query_one(properties=["b"])["b"] == 2
assert memorystore_facade.query_one(properties=["c"])["c"] == 3
mongostore_facade._collection.insert_one({"a": 4, "b": 5, "c": 6})
assert mongostore_facade.query_one(properties=["a"])["a"] == 4
assert mongostore_facade.query_one(properties=["a"])["a"] == 4
assert mongostore_facade.query_one(properties=["b"])["b"] == 5
assert mongostore_facade.query_one(properties=["c"])["c"] == 6
assert temp_mongostore_facade.query_one(properties=["a"])["a"] == 4
assert temp_mongostore_facade.query_one(properties=["a"])["a"] == 4
assert temp_mongostore_facade.query_one(properties=["b"])["b"] == 5
assert temp_mongostore_facade.query_one(properties=["c"])["c"] == 6
def test_multistore_count(multistore, mongostore, memorystore):
memorystore_facade = StoreFacade(memorystore, multistore)
memorystore_facade._collection.insert_one({"a": 1, "b": 2, "c": 3})
assert memorystore_facade.count() == 1
memorystore_facade._collection.insert_one({"aa": 1, "b": 2, "c": 3})
assert memorystore_facade.count() == 2
assert memorystore_facade.count({"a": 1}) == 1
def test_multistore_distinct(multistore, mongostore):
mongostore_facade = StoreFacade(mongostore, multistore)
mongostore_facade._collection.insert_one({"a": 1, "b": 2, "c": 3})
mongostore_facade._collection.insert_one({"a": 4, "d": 5, "e": 6, "g": {"h": 1}})
assert set(mongostore_facade.distinct("a")) == {1, 4}
# Test list distinct functionality
mongostore_facade._collection.insert_one({"a": 4, "d": 6, "e": 7})
mongostore_facade._collection.insert_one({"a": 4, "d": 6, "g": {"h": 2}})
# Test distinct subdocument functionality
ghs = mongostore_facade.distinct("g.h")
assert set(ghs) == {1, 2}
# Test when key doesn't exist
assert mongostore_facade.distinct("blue") == []
# Test when null is a value
mongostore_facade._collection.insert_one({"i": None})
assert mongostore_facade.distinct("i") == [None]
# Test to make sure DocumentTooLarge errors get dealt with properly using built in distinct
mongostore_facade._collection.insert_many([{"key": [f"mp-{i}"]} for i in range(1000000)])
vals = mongostore_facade.distinct("key")
# Test to make sure distinct on array field is unraveled when using manual distinct
assert len(vals) == len(list(range(1000000)))
assert all(isinstance(v, str) for v in vals)
# Test to make sure manual distinct uses the criteria query
mongostore_facade._collection.insert_many([{"key": f"mp-{i}", "a": 2} for i in range(1000001, 2000001)])
vals = mongostore_facade.distinct("key", {"a": 2})
assert len(vals) == len(list(range(1000001, 2000001)))
def test_multistore_update(multistore, mongostore):
mongostore_facade = StoreFacade(mongostore, multistore)
mongostore_facade.update({"e": 6, "d": 4}, key="e")
assert mongostore_facade.query_one(criteria={"d": {"$exists": 1}}, properties=["d"])["d"] == 4
mongostore_facade.update([{"e": 7, "d": 8, "f": 9}], key=["d", "f"])
assert mongostore_facade.query_one(criteria={"d": 8, "f": 9}, properties=["e"])["e"] == 7
mongostore_facade.update([{"e": 11, "d": 8, "f": 9}], key=["d", "f"])
assert mongostore_facade.query_one(criteria={"d": 8, "f": 9}, properties=["e"])["e"] == 11
test_schema = {
"type": "object",
"properties": {"e": {"type": "integer"}},
"required": ["e"],
}
mongostore_facade.validator = JSONSchemaValidator(schema=test_schema)
mongostore_facade.update({"e": 100, "d": 3}, key="e")
# Continue to update doc when validator is not set to strict mode
mongostore_facade.update({"e": "abc", "d": 3}, key="e")
# ensure safe_update works to not throw DocumentTooLarge errors
large_doc = {f"mp-{i}": f"mp-{i}" for i in range(1000000)}
large_doc["e"] = 999
with pytest.raises((OperationFailure, DocumentTooLarge)):
mongostore_facade.update([large_doc, {"e": 1001}], key="e")
mongostore_facade.safe_update = True
assert mongostore_facade.safe_update is True
mongostore_facade.update([large_doc, {"e": 1001}], key="e")
assert mongostore_facade.query_one({"e": 1001}) is not None
def test_multistore_groupby(multistore, mongostore):
mongostore_facade = StoreFacade(mongostore, multistore)
mongostore_facade.update(
[
{"e": 7, "d": 9, "f": 9},
{"e": 7, "d": 9, "f": 10},
{"e": 8, "d": 9, "f": 11},
{"e": 9, "d": 10, "f": 12},
],
key="f",
)
data = list(mongostore_facade.groupby("d"))
assert len(data) == 2
grouped_by_9 = next(g[1] for g in data if g[0]["d"] == 9)
assert len(grouped_by_9) == 3
grouped_by_10 = next(g[1] for g in data if g[0]["d"] == 10)
assert len(grouped_by_10) == 1
data = list(mongostore_facade.groupby(["e", "d"]))
assert len(data) == 3
def test_multistore_remove_docs(multistore, mongostore):
mongostore_facade = StoreFacade(mongostore, multistore)
mongostore_facade._collection.insert_one({"a": 1, "b": 2, "c": 3})
mongostore_facade._collection.insert_one({"a": 4, "d": 5, "e": 6, "g": {"h": 1}})
mongostore_facade.remove_docs({"a": 1})
assert len(list(mongostore_facade.query({"a": 4}))) == 1
assert len(list(mongostore_facade.query({"a": 1}))) == 0
def test_multistore_connect_reconnect(multistore, mongostore):
mongostore_facade = StoreFacade(mongostore, multistore)
assert isinstance(mongostore_facade._collection, pymongo.collection.Collection)
mongostore_facade.close()
assert mongostore_facade._coll is None
mongostore_facade.connect()
# Test using the multistore to close connections
multistore.close_all()
assert mongostore_facade._coll is None
multistore.connect_all()
assert isinstance(mongostore_facade._collection, pymongo.collection.Collection)
def test_multistore_name(multistore, mongostore):
mongostore_facade = StoreFacade(mongostore, multistore)
assert mongostore_facade.name == "mongo://localhost/maggma_test/test"
def test_multistore_ensure_index(multistore, mongostore):
mongostore_facade = StoreFacade(mongostore, multistore)
assert mongostore_facade.ensure_index("test_key")
# TODO: How to check for exception?
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